1. 2009～2011사업연도 중 OOO에게 지급한 급여 OOO중 2011.2.28. 등기임원으로 등재된 이후에 지급한 급여 상당액에 대하여는 손금에 산입하는 것으로 2009～2011사업연도 법인세의 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 경정하고,

2. 청구법인이 제시한 현장관리비 및 판매관리비 지출관련 증빙자료, 금융기관 대체출금내역 등을 토대로 2009～2011사업연도 중의 현장관리비 OOO중 OOO및 판매관리비 OOO가공경비인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 2009～2011사업연도법인세의 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 청구법인은 1994.4.20.부터 현재까지 OOO본점소재지로 하여 건축엔지니어링 및 관련기술 서비스업(종합감리) 등을 영위하는 법인사업자이다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.7.17.～2013.8.25. 기간 동안 청구법인에 대하여 통합조사를 실시한 결과, 2009～2011사업연도 중 실제 지출이 확인되지 아니한 현장관리비 OOO및 기타 판매비와 관리비 OOO업무무관 급여지급액 OOO합계 OOO손금 부인하는 것으로 하여 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2013.10.23. 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 OOO2010사업연도분 OOO2011사업연도분 OOO합계 OOO각 경정·고지하는 한편, 대표자에 대한 상여처분OOO및 임원 OOO에 대한 기타소득처분OOO하는 것으로 하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 주장①에 대하여

(가) 「법인세법」제19조는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것은 손금으로 인정하고 있고, 대법원 판례(1990.2.13. 선고 89누2851 판결)에서는 납세자가 그 소득을 얻기 위하여 필요로 하는 통상적 경비는 과세관청이 그 부존재를 입증할 것을 요구하고 있다. 하지만, 조사청은 청구법인의 업무에 통상적으로 필요한 현장관리비에 대하여 청구법인이 제시한 관련 증빙, 송금내역 등을 확인하지 아니하고 청구법인의 회계처리방식에 따라 일괄적으로 그 비용을 가공원가로 보아 손금 부인하였다.

(나) 청구법인은 종합감리업을 영위하고 있고 주업무는 송전선로 건설에 대한 감리업무를 수행하고 있는바, 업무 특성상 청구법인의 직원들 대다수는 본사가 아닌 건설현장에 파견되어 있고 파견현장에서 발생하는 현장관리비는 청구법인의 업무상 발생할 수밖에 없는 비용으로, 송전선로 건설은 도시보다는 농어촌지역의 산을 따라 건설되므로 파견지역이 도시지역이 아닌 농어촌지역이 대부분으로서 현장관리비의 주요 구성항목은 파견 인원의 숙소 임차비용과 관리비용, 식대, 교통비, 현장사무실 운영비 등인바, 현장이 위치한 지역이 농어촌지역이다 보니 일반과세자보다는 간이과세사업자들이 많아 세금계산서를 발급받는 것이 쉽지 아니하고 개인별로 법인카드를 발급하는 것 또한 현장이 많아 관리상 어려움이 많다. 이에 청구법인은 감리현장 파견시 비용에 대한 내부규정을 제정하여 이에 따라 비용을 지급하고 있다.

(다) 청구법인이 현장관리비 지급은 크게 전도금으로 먼저 보내고 증빙을 갖추어 오면 정산하는 방식과 금액이 비교적 큰 숙소임차료 등은 청구법인의 본사에서 직접 지급하는 방식으로 나누어지고 있다.

(라) 위와 같이 청구법인의 업무와 관련하여 발생한 비용의 경우 청구법인이 직접 관계자에게 지급한 비용은 청구법인의 송금내역으로 확인할 수 있고, 나머지 직원들에게 지급된 비용은 송금내역을 가지고 확인할 수 있다.

(마) 적격증빙을 미수취한 내역 중 가산세 대상금액(적격증빙미수취가산세 OOO원천징수불이행가산세 OOO이 있음에도 불구하고, 조사청은 이를 모두 가공원가로 보아 손금 부인함으로써 실제보다 OOO과다하게 손금 부인하여 과세하였으므로 이는 부당하다.

(2) 주장②에 대하여

(가) 청구법인에는 40개 현장에 연인원 146명이 파견되어 상주하면서 감리업무를 수행하고 있으며, 분기별로 현장감리에 대하여 본사 차원에서 현장점검하고 있는바, 현장점검시 본사 지원인력의 부족으로 인해 다른 현장 감리원이 현장점검에 참여하게 되는데, 이러한 과정에서 현장별로 귀속할 수 없는 차량유지비, 식대 등 출장경비가 발생하고, 추가적인 업무에 따른 별도수당을 지급하는데 이러한 비용이 청구법인의 회계계정상 복리후생비, 차량유지비에 포함되게 된다.

(나) 조사청은 청구법인의 2009～2011사업연도 복리후생비, 차량유지비, 여비교통비, 접대비 등 합계 OOO중 71%에 해당하는 OOO가공혐의금액으로 보아 그 소명을 요구하였고, 이에 대하여 청구법인은 적격증빙 수취(세금계산서, 신용카드, 현금영수증), 적격증빙수취 미대상, 적격증빙 미수취로 구분하여 소명하였다.

(다) 적격증빙 미수취내역은 청구법인이 복리후생비 중 임직원 애경사비 중 건별로 OOO만원 초과분에 해당되는 금액 등으로 적격증빙을 수취하지 못한 금액이며, 이에 대하여 청구법인은 전표를 모두 확인하여 관리상 미흡하였던 금액을 소명하였는바, 동 금액은 손금 부인 및 대표자 상여처분 될 성격이 아니라 적격증빙을 갖추지 못한 데 대한 가산세 부과대상이다.

(3) 주장③, ④에 대하여

(가) 「법인세법 시행령」제43조 제4항에 의하면, 상근이 아닌 임원에게 지급되는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 관련예규(법인46012-1394, 2000.6.19.)에 의하면 “법인이 비상근임원에게 지급하는 보수는 법인세법시행령 제43조 제4항의 규정에 의하여 손금 산입하는 것이나, 법인의 규모, 영업내용, 근로의 제공 및 경영참여 사실여부 등에 비추어 비상근임원에게 급여를 지급하는 것이 부당하다고 인정되는 경우에는 「법인세법」제52조의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아님”이라고 하여 원칙적으로 손금에 산입하나 부당행위계산으로 부인할 만한 사안이 있는 경우 손금으로 인정하지 않도록 하고 있다.

(나) 처분청이 손금 부인한 OOO이사의 급여지급액의 경우 동 OOO주요 이사회에 매번 참석한 것이 이사회 의사록에 의하여 확인되고, 상장기업의 사외이사의 경우 월 OOO백만원 이상 수령하는 경우가 많으므로 급여 수준도 과도하지 않다. 청구법인이 OOO에게 매달 지급하는 OOO만원 이하의 급여는 상근하는 다른 세 명의 등기임원 보수의 5분의1 수준이며, 청구법인에 근무하는 직원 146명 중 가장 낮은 급여를 받는 직원의 급여보다도 낮은 수준으로 부당행위계산으로 부인될 수준은 아니므로 비상근 등기임원인 OOO이사의 급여를 법인의 손금으로 부인한 처분은 부당하다.

(다)(예비적 청구) 처분청은 위 급여지급액에 대하여 부당과소신고가산세를 부과하였는바, 청구법인은 OOO이사에게 지급한 급여에 대하여 정당하게 원천징수를 이행하고 지급조서를 제출하는 등 관련의무를 성실히 수행하였으며, 동 비용에 대하여 손금이냐 아니냐는 과세당국과 청구법인과 다툼이 있는 사항으로 설령 손금으로 인정되지 않는다 하더라도 부당과소신고가산세 부과대상은 아니다.

나. 처분청 의견

(1) 주장①에 대하여

(가) 청구법인은 처분청이 청구법인의 업무에 통상적으로 필요한 현장관리비에 대하여 관련 증빙, 송금내역 등을 확인하지 아니하고 청구법인의 회계처리 방식에 따라 일괄적으로 계상한 비용계정을 가공원가로 보고 손금 부인하였다고 주장하나, 청구법인의 진술 및 청구법인의 컴퓨터에서 추출한 ‘현장전도금 정산처리방법’에 따르면 각 현장별로 인원수, 차량대수 등 일정한 기준에 따라 차량유지비, 교통비 등이 현장전도금으로 매월 10일 지급되고 있고 매월 말일 감리회의에서 현장전도금에 대한 증빙을 제출하여 현장관리비로 상계하는 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 처분청이 개별전표, 증빙 등에 대한 사실관계 확인 없이 회계 프로그램상 임시계정과목인 ‘현장전도금’ 계상여부에 따라 현장전도금으로 계상하지 않은 금액을 모두 가공혐의금액으로 보았다고 주장하나, 청구법인의 ‘현장전도금 처리방법’에 따르면 가사용 영수증, 식품, 병원, 의류, 가방 등 가정에서 사용한 영수증과 개인 신용카드 영수증을 사용할 수 없도록 규정하고 있으나, 조사청이 2009년 2월 현장별 현장관리비 전표를 집계한 바 감리현장과 동떨어진 지역에서 사용한 비용, 직원 개인적으로 사용한 가사비용 등 사업과 무관한 비용의 증빙이 무분별하게 첨부되어 있어 현장관리비 전표상의 비용증빙으로 도저히 인정하기 어려워 현장에 지급한 금융증빙 및 지출결의서 등으로 현장관리비 지출현황을 파악하였다. 즉, 현장관리비 전표로 청구법인이 수익을 얻기 위하여 필요로 하는 ‘통상적 경비’임을 확인할 수가 없었으므로 실제 지급한 것으로 확인되는 비용을 경비로 추인하였다.

(다) 또한, 청구법인이 제출한 계정별 원장의 원시자료는 조사 착수일(2013.7.17.) 이후 수정된 것으로 그 자료의 진실성이 의심되는 바, 처분청은 청구법인의 경리담당자(OOO)의 컴퓨터에서 추출한 회계프로그램 원시자료를 바탕으로 청구법인의 ‘현장전도금 처리규정’에 따른 현장전도금만을 경비로 인정하였으며, 청구법인은 조사 당시부터 심판청구 현재까지 현장전도금과 별도로 현금인출, 송금 등 여러 수단을 통하여 현장관리비가 지출되었다고 주장만 할 뿐 실제 지출비용을 증명할 수 있는 금융증빙이나 현금인출 및 지출결의서 등의 객관적 자료를 제출하지 못하고 있다.

(라) 청구법인은 자금에 대한 내부관리를 위하여 자금집행시 가급적 인터넷뱅킹을 하지 못하도록 하고 있고, OOO만원 이상의 자금집행시 부사장의 사전승인을 받고 은행창구를 통해 출금하도록 하고 있다고 주장하나, 조사청은 현장전도금 이체와 관련하여 계좌이체 명세서를 첨부하고 있고 2009.9.14. 집행된 현장전도금의 경우 회계프로그램 상의 현장전도금 금액 OOO계좌이체 명세서상의 이체금액 OOO일치하는 것을 확인하고 현장전도금 및 현장관리비에 대한 계좌이체 명세를 제출할 것으로 요구하였으나, 청구법인은 계좌이체 명세를 찾을 수 없고 현장관리비 중 일부는 감리현장의 관련 기관, 건설사에게 뇌물이나 리베이트를 지급하는데 사용하기 때문에 실제 귀속자를 밝힐 수 없다는 이유로 제출을 거부하였다.

(마) 소모품비 등 현장에서 공통으로 사용되는 비용, 임차료 등 현장주재를 위한 비용은 청구법인의 계좌에서 직접 송금하거나 현장관리비 외 판매비와 관리비에 이미 반영된 것으로 확인되었고, 조사과정에서 확인된 월세 등의 비용은 추가 인정비용으로 반영하였다.

(바) 청구법인은 단장 직무수당으로 OOO지급하였고 이 는 원천징수 불이행에 따른 가산세 부과대상이지 가공원가는 아니라고 주장하나, 수당지급의 근거와 실제로 수당을 지급한 사실을 증명할 수 있는 증빙이나 자료가 없고 손익계산서, 급여지급현황, 원천징수 영수증 등의 증빙자료에 의하여 수당에 대한 소득세를 원천징수한 사실이 객관적으로 확인되지 아니할 뿐 아니라 청구법인이 개업한 이래 오랜 기간 동안 단장 직무수당 등의 명목으로 가공원가를 계상하다가 처분청이 가공원가로 손금 부인하자 동 직무수당은 원천징수 대상금액이므로 원천징수 불이행에 대한 가산세만 부담하겠다는 청구주장은 타당하지 아니하다.

(사) 위와 같이 계정별 원장의 현장전도금과 세금계산서, 신용카드 사용액, 법인 계좌에서 송금된 금액 OOO손금으로 인정하였으며, 현장관리비 OOO가공원가로 보아 손금 부인하고 대표자 상여처분한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 주장②에 대하여

청구법인의 사업장에서 전표와 전표에 첨부된 증빙을 비교하여 확인한 바, 현장관리비와 동일하게 업무와 무관한 비용 증빙이 무분별하게 첨부되어 있어 일부 판매비와 관리비OOO가공원가로 보아 손금불산입하였는바, 이는 청구법인이 확인서와 함께 증빙불비내역으로 제출한 사항이었으나 과세관청에서 실제 업무와 관련하여 지출된 비용으로 도저히 인정해 줄 수 없는 외형의 장부계상으로 전형적인 가공원가의 계상이었다.

(3) 주장③, ④에 대하여

OOO2011.2.28.에서야 등기임원으로 등재되었고, OOO에게 지급한 급여에 대하여 조사당시 청구법인의 OOO부사장, OOO배우자 OOO감사가 부당하게 급여를 계상하여 지급한 것으로 확인한 사항이며, 실제로 근무하지 않으면서 근로소득자로 신고하고 경비로 계상한 행위는 법인과 개인의 소득을 조작한 행위로서 부당과소신고가산세 부과대상이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 현장관리비 지출내역서상 적격증빙을 수취하지 못한 금액OOO중 일부금액OOO가공원가로 보아 손금부인하고 대표자 상여로 소득처분한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

② 판매관리비 중 적격증빙을 수취하지 못한 금액OOO을 가공원가로 보아 손금부인하고 대표자 상여로 소득처분한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

③ 등기임원 OOO급여 지급액OOO업무무관비용으로 보아 손금부인하고 기타소득으로 소득처분한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

④(예비적 청구) 쟁점③과 관련하여 부당과소신고가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

3. 인건비

4. 고정자산의 수선비

5. 고정자산에 대한 감가상각비

21. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제43조(상여금 등의 손금불산입) ④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①, ②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2009～2011사업연도의 현장관리비 지출내역 중에서 적격증빙을 미수취하여 손금 부인된 금액 OOO중 가산세 부과대상(적격증빙 미수취가산세 OOO원천징수불이행가산세 OOO있음에도, 조사청은 이를 모두 가공원가로 보아 손금 부인하여 실제 과세하여야 할 금액OOO보다 OOO과다하게 손금 부인하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하는바, 청구법인이 조사청에 소명한 2009～2011사업연도의 현장관리비 소명내역(원장)을 정리하면 아래 [표1]～[표3]과 같다.

(나) 이에 대하여 처분청은건설 및 감리업종이 현장 업무임을 감안하여 적격증빙을 갖추지 못한영수증에 대하여도 최대한 청구법인의 특수성을 감안하여 증빙에 의한 조사가 아니라 자금출금을 위주로 조사를 진행하였는바, 자금출금이 확인된 비용에 대하여는 최대한 반영하였다는 의견이다.

(다) 한편, 청구법인은 기타 판매관리비 내역 중 적격증빙 미수취 금액 OOO복리후생비 중 임직원 애경사비 중 건별로 OOO만원 초과분에 해당되는 금액 등으로 적격증빙을 수취하지 못한 금액이며, 이에 대하여 청구법인은 전표를 모두 확인하여 관리상 미흡하였던 금액을 소명하였는바, 동 금액은 손금 부인 및 대표자 상여처분 될 성격이 아니라 적격증빙미수취가산세 부과대상이라고 주장하였고, 이와 관련하여 청구법인이 조사청에 소명한 기타 판매관리비 소명내역을 정리하면 아래 [표5], [표6]과 같다.

(라) 이에 대하여 처분청은 판매비와 관리비도 증빙이 갖추어지진 않았으나 최대한 납세자의 입장을 반영한 손금 부인액이라는 의견이며, 청구법인 대표자의 확인서(2013.8.14. 작성, 주요내용 : 2009～2011사업연도에 복리후생비 등 사업용 경비를 실제로 지출하였으나, 그 지출내역에 대한 증빙을 보관함에 있어 대부분의 업무가 현장중심으로 이루어지는 사업의 특수성으로 인하여 세법상 적격증빙이 아닌 증빙을 보관하고 있거나 일부는 지출사실에 대한 증빙을 보관하고 있지 못함)를 제시하였다.

(마) 청구법인과 조사청은 2014.11.12. 조세심판관회의에 출석하여 청구법인은 현장관리비 지급방식의 경우 ①계좌를 통하여 현장전도금을 선지급한 후 사후정산하는 방식, ②본사에서 직접 통장으로 지급하는 방식, ③현금지급 후 정산하는 방식 등으로서 조사청은 ①방식 이외에는 전부 가공혐의금액으로 보고 소명요구 하였으며 ②, ③지급방식 중 지급금액과 통장출금액이 정확히 일치하는 경우에만 한정하여 비용으로 인정하고, 나머지 부분은 관련 증빙자료에 대한 확인절차도 거치지 아니하고 전부 가공원가로 간주하였다고 하면서 관련 지출증빙(영수증, 전표 등)을 제시하였고, 반면 조사청은 청구법인이 현장관리비나 판매관리비 집행이 매우 체계적이지 못하였고 관련 지출증빙을 요구하여도 제대로 제시하지 못하였으므로 이를 가공원가로 본 것이라고 진술하였다.

(바) 이상의 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 추가로 제시한 현장관리비 및 판매관리비 지출관련 증빙자료, 금융기관 대체출금내역 등을 토대로 2009～2011사업연도의 현장관리비 OOO중 OOO및 판매관리비 OOO이 가공경비인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 2009～2011사업연도 법인세의 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점③, ④에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인의 등기임원에게 2009～2011사업연도 중 지급한 급여내역은 아래 [표8]과 같이 나타난다.

(나) 청구법인은 등기임원 OOO실제 이사회 등에 참여하였다는 청구주장에 대한 증빙으로 2011.2.28.자 이사회 의사록(2011.3.7. 공증), 2011.3.29.자 정기주주총회 의사록, 2012.7.20.자 이사회 의사록 등을 제시하였으며, 청구법인의 등기사항전부증명서(2014.10.15. 발행, 임원에 관한 사항)에 의하면 OOO2011.2.28. 취임하여 현재까지 사내이사로 등재되어 있는 것으로 나타난다.

(다) 이상의 사실관계를 종합하여 살피건대, 2009～2011사업연도 중 OOO에게 지급한 급여 OOO중 청구법인의 등기사항전부증명서에 OOO이 임원(사내이사)으로 등재된 2011.2.28. 이후 지급된 급여액에 대하여는 업무관련 비용에 해당하는 것으로 보이므로 이를 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.