2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 주식회사 ○○종합건설(변경 전 상호 : 주식회사 ◇◇종합건설, 이하 '소 외 회사'라고 한다)로부터 2005. 12. 26. 공급가액 합계 2,825,100,000원의 세금계산서 3장(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 교부받은 다음, 피고에게 2005년 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 282,510,000원의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

나. 피고는 2009. 3. 5. 원고에 대하여, 원고가 소외 회사로부터 수취한 세금계산서 중 1,419,844,091원(= 이 사건 세금계산서 상 공급가액 합계 2,825,100,000원 - 원고가 소외 회사에게 실제로 지급한 공급가액 1,405,255,909원) 부분은 실제로 공급받지 아니한 허위 세금계산서에 해당한다는 이유로 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제l호, 제21조 제1항 제3호에 의하여 위 허위 세금계산서 금액에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 2005년 2기(7월 1일부터 12월 31일까지)분 부가가치세 28,396,880원 및 2006년 1기(1월 1일부터 6월 30일까지)분 부가가치세 182,620,340원을 각 부과하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 6. 16. 익산세무서에 이의신청을 하였으나 그 청구가 기각되었고, 2009. 10. 21. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 2010. 3 30. 그 청구 역시 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 갑 제5호증의 18, 19, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 2005. 5.경 소외 회사와 사이에 원고의 미곡종합처리장 신축공사와 관련하여 전체 공사금액을 3,307,700,000원으로 정하여 일괄도급계약(시공업자가 건설공사에 대한 재원조달, 토지구매, 설계와 시공 등의 모든 서비스를 발주자를 위하여 제공하는 방식)을 체결하였고, 소외 회사가 2005. 12.경 부도 위기에 놓임에 따라 2005. 12. 25. 소외 회사와 사이에 공사정산을 마친 다음 이 사건 세금계산서를 교부받았으며, 소외 회사에게 공사대금 중 1,545,781,500원을 지급하였고, 소외 회사의 자금 사정이 어려워져 소외 회사의 하수급인인 주식회사 ■■시스템(이하 '■■시스템'이라 한다)에게 991,500,000원을, 삼화전업사에게 90,000,000원을 각 지급하였으며, 장비사용료 및 흙 대금 346,931,700원을 원고가 직접 지급하는 등 합계 2,974,213,200원을 실제로 지급하였으므로, 원고가 가공으로 허위의 세금계산서를 수취한 사실이 없음에도, 이와 다른 전제에 서 있는 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 도급계약의 체결 빛 이 사건 세금계산서의 교부

(가) 원고는 김제시 용지면 부교리 194-20 지상에 원고의 미곡종합처리장을 신축하는 공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)에 관하여 소외 회사와 사이에 도급계약을 체결하였는데, 이 사건 공사와 관련하여 원고와 소외 회사 사이에는 아래 [표]와 같이 여러 개의 계약서가 작성되었다.

(나) 원고는 이 사건 공사와 관련하여 2005. 6. 16.부터 2006. 5. 25.까지 20차례에 걸쳐 소외 회사에게 합계 1,545,781,500원의 공사대금을, 2005. 6. 15.부터 2006. 7. 25.까지 15차례에 걸쳐 ■■시스템에게 합계 991,500,000원의 공사대금을, 2005. 8. 8.부터 2006. 3. 21.까지 5차례에 걸쳐 삼화전업사에게 합계 90,000,000원의 공사대금을 각 지급하였다[피고는 원고가 소외 회사에게 지급한 1,545,781,500원 중 1,405,25 5,909원(= 1,545,781,500원 x 10/11)을 실제 공급가액으로 보고 이를 이 사건 세금계산서 상의 공급가액 합계 2,825,100,000원에서 공제한 나머지 1,419,844,091원(= 2,825, 100,000원 - 1,405,255,909원)을 사실과 다른 허위의 공급가액으로 산정하였다].

(다) 을 제5호증의 4(정산서)에 의하면, 이 사건 공사의 계약내용과 관련하여, 당초 계약년월일이 2005. 6. 14., 당초 계약금액이 1,013,500,000원(= 건축동 415,500,000 원 + 저온창고 285,000,000원 + 냉동창고 38,000,000원 + 공장동 275,000,000원), 토목공사의 계약년월일이 2005. 8. 4., 계약금액이 310,000,000원, 1차 추가 계약금액이 33,000,000원, 부지보강 계약금액이 5,000,000원, 이 사건 공사의 총 계약금액이 합계액이 1,269,363,638원, 기성금액은 총 1,225,814,500원, 매출계산서 발행금액은 합계 3, 107,610,000원으로 각 기재되어 있다.

(라) 을 제6호증의 2(아이다알 공사계약 입금내역)에 의하면, 원고는 ■■시스템과 사이에 이 사건 공사 중 도정라인공사와 관련하여, 2005. 6. 11. 5톤 도정설비를 800,000,000원 에 , 2005. 11. 1. 크리스털 정미기를 55,000,000원에 , 2005. 6. 17. 완전미 생산설비를 91,000,000원에, 2005. 10. 10. 풍력선별기를 25,500,000원에, 2005. 12. 6. 쇄미선별설비 등을 20,000,000원에 각 계약한 것으로 나타난다(계약금액 합계 991,500, 000원).

(마) 한편, 원고는 2006. 3. 31. ■■시스템으로부터 500,000,000원(부가가치세 포함)의 매입세금계산서를 교부받았다.

(바) 소외 회사는 2005. 12. 26. 아래 [표]와 같은 내용의 세금계산서 3장(이 사건 세금계산서)을 발행하여 원고에게 교부하였다.

(사) 원고는 2006. 2. 24. 소외 회사에게, '이 사건 공사가 준공되었으므로 공사완료 기성청구서와 세금계산서가 필요하니, 세금계산서(공급가액 1,414,990,905원, 부가가 치세 141,499,090원)를 발행하여 보내 달라'고 요청하였다.

(아) 소외 회사는 2007. 2. 28.경 부도로 인하여 폐업하였다.

(2) 이 사건 세금계산서와 관련한 익산세무서의 조사

(가) 원고 이사 송AA은 2009. 1. 18. 익산세무서에서 조사를 받으면서 자신이 원고의 실질적인 대표이사라고 진술하는 한편, '이 사건 공사와 관련하여 소외 회사와 사이에 위 (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 6 내지 8 계약서에 각 기재된 바와 같은 내용의 도급계약을 체결하였고, 소외 회사에게 2005. 6. 16.부터 2006. 5. 25.까지 총 20회에 걸쳐 1,545,781,500원을 지급한 다음 실제 공급받은 건설용역에 비해 많은 금액의 세금계산서를 교부받았는바, 이는 ■■시스템 및 삼화전업사에서 시공한 부분에 대하여 소외 회사로부터 대신 교부받은 것이다'라고 진술하였다.

(나) 원고 이사 배BB(2003. 9. 5. 원고의 이사로 취임하였고, 2009. 1. 30. 원고의 대표이사로 취임하였다)는 익산세무소에서 조사를 받으면서, ① 2009. 1. 9 '소외 회사에게 지급한 1,545,781,500원, ■■시스템에게 지급한 991,500,000원 및 삼화 전업사에게 지급한 90,000,000원의 합계 2,627,281,500원의 공사비를 지출하였으므로, 실제 공급받은 건설용역에 비해 980,328,500원[= (소외 회사로부터 교부받은 세금계산서 3,107,610,000원 + ■■시스템으로부터 교부받은 세금계산서 500,000,000원) - 실제 공사비 지출액 2,627,281,500원] 더 많은 세금계산서를 교부받은 것인바, 대출을 더 많이 받을 목적에서 이 사건 세금계산서를 교부해줄 것을 요청하였고, 위 (1)의 (가) 항 기재 [표] 순번 4, 5 계약서도 대출을 많이 받을 목적에서 작성한 것이다'라고 진술 하였고, ② 2009. 1. 17. '이 사건 공사와 관련하여 소외 회사와 사이에 위 (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 6 내지 8 계약서에 각 기재된 것과 같은 내용의 도급계약을 체결하였고, 소외 회사에게 2005. 6. 16.부터 2006. 5. 25.까지 총 20회에 걸쳐 1,545,781,500원 을 지급하였으며, 당초 소외 회사에게 모든 시공사항을 위탁하였으므로 소외 회사가 세금계산서 상 금액을 모두 시공할 것이라고 믿고 이 건 세금계산서를 수취하였으나, 소외 회사의 부도로 인하여 그렇게 되지 않았다'고 진술하였다.

(다) 소외 회사의 대표이사 이CC은 2009. 1. 19. 익산세무소에서 조사를 받으면서 '소외 회사는 원고와 사이에 위 (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 6 내지 8 계약서에 각 기재된 바와 같은 내용의 공사계약을 체결하였다. 원고가 요구하여 사실과 다르게 금액을 많이 하여 세금계산서를 교부하게 되었다'고 진술하였다.

(3) 조세법처벌법위반죄와 관련한 수사 과정 및 결과

(가) 원고의 대표이사 배BB는 조세범처벌법 위반 혐의로 검찰에서 조사를 받으면서 위 (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 1 내지 3 계약서, 이CC의 사실확인서(갑 제5호 증의 16) 및 소외 회사와 ■■시스템과 사이의 공사도급계약서(갑 제5호증의 26, 27)를 제출하였다.

(나) 이CC의 사실확인서(갑 제5호증의 16 ; 작성일자는 2009. 3.로 기재되어 있다)의 내용은, 소외 회사와 원고가 공사대금을 28억 5,000만 원으로 정하여 이 사건 공사계약을 체결하였고, 이는 소외 회사의 공사대금 14억여 원, ■■시스템의 공사대금 10억여 원, 삼화전업사의 공사대금 1억여 원, 토목공사 대금 3억 5,000만 원의 일괄 도급(턴키베이스)계약이며, 소외 회사의 부도로 인하여 원고가 소외 회사의 하도급업체 에 직접 공사비를 지급하였다는 것이다.

(다) 소외 회사와 ■■시스템과 사이의 공사도급계약서(갑 제5호증의 26, 27)에 의하면, 소외 회사와 주식회사 ■■시스템은 ① 2005. 11. 16. 원고의 5톤 도정부 기계설비 공사(1차 현미부)와 관련하여 공사기간을 2005. 11. 17.부터 2005. 12. 29. 까지, 도급금액을 300,000,000원으로 정하여 도급계약을 체결하고, ② 2005. 9. 15. 은 우영농 5톤 도정부 기계설비 공사(2차 정미부)와 관련하여 공사기간을 2006. 1. 2.부터 2006. 2. 28.까지, 도급금액을 582,500,000원으로 정하되, 위 대금은 원고가 ■■시스템에게 지급하기로 하는 내용의 도급계약을 체결한 것으로 되어 있다.

(라) 원고 및 배BB는 전주지방검찰청에서 '이 사건 공사와 관련하여 실제 공급 받은 건설 용역에 해당하는 금액(1,545,781,500원)이 아닌 허위 기재된 매입세금계산서 3,107,610,000원을 수취하여 2006년도 1기분 부가가치세 134,035,824원 상당을 공제받는 등 합계 137,165,864원을 포탈하였다'는 범죄사실에 대하여 2009. 9. 28. 증거불충분을 이유로 혐의 없음 처분을 받았다(2009형제22077호).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 5호증, 을 제2 내지 11호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있으므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것인데, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당 한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참 조).

(2) 이 사건에서 보건대, 원고는 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제1 내지 3 계약 서(위 각 계약서에 기재된 공급가액 합계액은 3,307,700,000원이다)가 원고와 소외 회 사 사이에 이 사건 공사에 관하여 작성된 계약 내용을 반영하고 있는 계약서로서, 소 외 회사와 사이에 일괄도급계약을 체결하였고, 소외 회사 및 소외 회사의 하도급업체 에게 공사대금을 모두 지불한 다음(소외 회사가 부도 위기로 자금사정이 악화되어 원고가 소외 회사를 대신하여 소외 회사의 하도급업체에게 하도급 공사대금을 직불한 다 음) 소외 회사로부터 이 사건 세금계산서를 교부받은 것이므로 이 사건 세금계산서는 사실에 부합하는 것이라고 주장한다.

(가) 그러나 ① 을 제5호증의 4(정산서)에는 '당초 계약년월일이 2005. 6. 14., 당초 계약금액이 1,013,500,000원, 토목공사의 계약년월일이 2005. 8. 4., 계약금액이 310,000,000원, 1차 추가 계약금액이 33,000,000원, 부지보강 계약금액이 5,000,000원, 이 사건 공사의 총 계약금액이 합계액이 1,269,363,638원'으로 각 기재가 되어 있는바, 위 정산서의 내용이 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제1 내지 3 계약서의 내용과 일치하지 아니하는 점(위 정산서의 내용은 오히려 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제6 내지 8 계약서의 내용과 부합한다), ② 원고가 소외 회사에게 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제1 내지 3 계약서상의 최초 계약일자인 2005. 5. 20.이 아닌 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제6 내지 8 계약서상의 최초 계약얼자인 2005. 6. 16.부터 비로소 계약금 등의 돈을 지급하기 시작한 점,③ 송AA과 배BB 및 이CC이 익산 세무서에서 조사를 받을 당시에는 '위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제6 내지 8 계약서에 기재된 바와 같이 이 사건 공사 도급계약을 체결하였다'고 진술하다가, 배BB가 이 사건 세금계산서와 관련하여 조세범처벌법위반죄로 수사기관에서 조사를 받으면서 비로소 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제1 내지 3 계약서를 제출한 점 등의 사정을 종합하여 보면, 원고와 소외 회사와 사이에 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제1 내지 3 계약서에 기재된 바와 같이 공급가액 합계액 3,307,700,000원으로 하는 일괄도급계약이 체결되었던 것으로 보이지 아니하고, 오히려 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 제6 내지 8 계약서에 기재된 바와 같이 공급가액 합계 1,351,000,000원의 도급계약이 체결되었던 것으로 보인다.

(나) 또한,① 원고는 소외 회사와 사이에 이 사건 공사에 관한 도급계약을 체결한 것으로 보이는 2005. 6. 14.(원고의 주장에 의하는 경우에는 2005. 5. 20.) 직후인 2005. 6. 15.부터 2006. 7. 25.까지 15차례에 걸쳐 ■■시스템에게 돈을 지급한 점,② 원고는 이 사건 공사에 관하여 처음부터 끝까지 소외 회사, ■■시스템, 삼화전업사 등으로 명확하게 구분하여 공사대금을 지급 ・ 관리하였던 점,③ 을 제6호증의 2(■■ 공사계약 입금내역)에 의하면 원고는 ■■시스템과 사이에 이 사건 공사 중 도정라인공사와 관련하여, 2005. 6. 11. 5톤 도정설비를 800,000,000원에, 2005. 11. 1. 크리스털 정미기를 55,000,000원에, 2005. 6. 17. 완전미 생산설비를 91,000,000원에, 2005. 10. 10. 풍력선별기를 25,500,000원에, 2005. 12. 6. 쇄마선별설비 등을 20,000,0 00원에 각 계약한 것으로 나타나며 위와 같은 각 계약 내용은 원고가 ■■시스템에게 돈을 지급한 시기 및 내역과도 일치하는 점,④ 배BB가 이 사건 세금계산서와 관련하여 조세범처벌법위반죄로 수사기관에서 조사를 받으면서 비로소 소외 회사와 ■■시스템과 사이에 작성된 공사도급계약서(갑 제5호증의 26, 27)를 제출하면서 '소외 회사의 자금사정이 어려워 원고가 소외 회사의 하도급업체인 ■■시스템에게 대금을 직불한 것에 불과하다'고 주장하였으나, 위 공사도급계약서에 의하면 소외 회사와 ■■시스템이 이 사건 공사와 관련하여 2005. 9. 15. 및 2005. 11. 16.에 하도급계약을 각 체결하였다는 것인데, 원고가 그보다 훨씬 이전인 2005. 6. 15.부터 ■■시스템에게 공사대금을 지급하였던 사실은 앞서 본 바와 같고, 소외 회사는 이 사건 공사가 준공된 후 한참이 지난 2007. 2. 28.에야 비로소 부도를 원인으로 폐업신고를 하였는바, 이에 비추어 보면 위 공사도급계약서의 내용은 이를 그대로 믿을 수 없는 점,⑤ 이CC은 '소외 회사와 원고가 공사대금을 28억 5,000만 원으로 정하여 일괄 도급계약을 체결하였고, 소외 회사의 부도로 인하여 원고가 소외 회사의 하도급업체에 직접 공사비를 지급하였다'는 사실확인서(갑 제5호증의 16)를 제출하였으나, 앞서 본 바와 같이 이CC이 익산세무소에서 조사를 받을 당시 '원고와 소외 회사 사이에 위 다. (1)의 (가)항 기재 [표] 순번 6 내지 8 계약서의 내용과 같은 내용의 공사계약을 체결하였고, 원고가 요구하여 사실과 다르게 금액을 많이 하여 세금계산서를 교부하게 되었다'고 진술하였으며, 소외 회사가 부도로 인하여 폐업신고를 한 시점이 2007. 2. 28.인바, 이에 비추어 보면 위 사실확인서의 기재 내용 역시 이를 그대로 믿기 어려운 점,⑥ 원고는 2006. 6. 24. 소외 회사에게 공급가액 1,414,990,905원, 부가가치세 141,499,090원으로 된 세금계산서의 발행을 요청하기도 한 점,⑦ 원고는 2006. 3. 31. ■■시스템으로부터 500,000,000원의 세금계산서를 교부받은 점 등의 사정을 종합 하여 보면, 원고와 소외 회사 사이에 이 사건 공사 전부에 대하여 일괄도급계약을 체 결한 후 원고가 소외 회사의 하도급업체인 ■■시스템 등에게 공사대금을 직불한 것에 불과하다는 원고의 주장은 이를 받아들이기 어렵다.

(3) 따라서 이 사건 세금계산서는 원고가 소외 회사에게 실제로 지급한 금액보다 과다하게 발행된 것으로서 원고의 실제 지급액을 초과하는 공급가액 부분은 사실과 다른 것이라 할 것이고, 원고가 제출한 증거 및 원고와 배BB가 수사기관에서 조세포탈 혐의에 대하여 불기소(혐의 없음)처분을 받았다는 사정만으로는 위와 같은 사실 인정을 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다.

결국 이와 같은 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.