가. 청구인은 2006.11.23. OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 취득한 OOO동 92 토지 932.2㎡상의 OOO 건물(지하 2층, 지상 12층의 5,358.27㎡로 이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 매매대금 OOO원(건물가액 OOO원 포함)에 양도하기로 하는 매매계약서를 작성하고 2008.1.24. 재개발사업 시행사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 양도하고 양도소득세를 신고하였으나 건물가액에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 OOO국세청장의 감사지적에 따라 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액이 불분명한 것으로 보아 건물의 과세표준을 기준시가로 안분계산(쟁점건물의 가액 OOO원)하여 2011.4.11. 청구인에게 2008년 제1기분 부가가치세 OOO원을 결정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2011.6.30.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「부가가치세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제48조의2 제4항에 의하면, 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급함에 있어 부가가치세 과세표준은 원칙적으로 그 토지 및 건물의 실지거래가액에 의하되, 그 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 한하여 안분계산을 하도록 규정하고 있는 바, 쟁점건물은 양도 당시 신축한지 34년이 경과한 건물로 사실상 재산적 가치가 없고, 양수인도 쟁점건물 일대의 부동산을 취득하여 건물을 철거한 후 재개발사업을 진행중인 것으로 볼 때, 매매계약서상의 쟁점건물 가액인 OOO을 실지거래가액으로 보아 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점건물의 양도 당시 기준시가는 OOO원(쟁점부동산 기준시가대비 8.54%)이고, 2개의 감정평가법인의 평가가액은 각각 OOO원(쟁점부동산 평가액 대비 8.67%), OOO원(쟁점부동산 평가액 대비 6.87%)인데 반하여, 매매계약서상 쟁점건물의 가액은 OOO원(매매대금 OOO원의 1.61%)에 불과하여 쟁점건물의 공급가액은 임의로 산정된 것으로 볼 수 있으므로 쟁점부동산의 토지와 건물가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 조사내용

가. 쟁점

쟁점부동산의 매매계약서에 기재된 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산한 쟁점건물의 공급가액으로 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)부가가치세법

제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

(2) 부가가치세법 시행령

제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만,실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는과세기간의 종료일까지「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다.이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.1.24. 쟁점부동산을 건물가액 OOO원에 재개발사업 시행사인 OOO에게 양도한 데 대하여, 처분청은 쟁점부동산의 매매계약서상 건물가액이 기준시가 등에 비하여 과도하게 낮아 임의로 산정된 것으로 보아 쟁점건물의 과세표준을 기준시가로 안분계산하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.

OOOOOOOOO OO OOOO OOOOOOOOOO

(OO : O, OO)

(2) 청구인은 양도 당시 쟁점건물은 재산적 가치가 거의 없었고, 매수인도 쟁점건물을 철거하고 대지만을 취득할 목적이었으므로 쟁점부동산의 매매계약서상 건물 및 토지의 구분가액이 정상적인 거래가액임을 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 쟁점부동산의 매매계약서 및 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 2006.11.23. OOO으로부터 매매대금 OOO원[건물가액 OOO원, 건물분에 대한 세금계산서(공급가액 OOO원) 수취]에 취득한 쟁점부동산을 2008.1.24. 매매가액 OOO원(쟁점건물가액 OOO원 포함)에 양도한 것으로 나타난다.

(나) 청구인의 쟁점부동산 양수 당시 쟁점건물의 임대보증금(OOO원) 및 임대료 현황과 양도인인 OOO이 양도하기 직전 사업연도말 현재 장부상에 계상되어 있는 쟁점건물의 잔존가액은 OOO원으로 청구인의 양수·양도 거래가액(OOO원)에도 미치지 아니한 것으로 나타나고, 구체적인 내역은 아래 <표>와 같다.

OOOOOOOO OOOOOOOO

(OO : O, OO)

(다) 건축물대장 등에 의하면, 쟁점건물의 사용승인일은 1974.5.17.로 양도 당시 34년이 경과하였고, 2010.10.28. 쟁점건물이 멸실등기(양수자 OOO의 쟁점건물 멸실 신고·수리일 : 2008.9.19.)된 것으로 나타난다.

(라) 쟁점부동산 양수자인 OOO은 청진구역 12～16지구 복합상업용 건물 신축·분양사업 시행사로 2007.5.28. 설립되었고, 도심재개발사업을 위하여 매입한 쟁점부동산 연접지역의 건물 및 토지를 아래 <표>와 같고, 토지 비율이 98.53%로써 쟁점부동산의 토지비율 98.38%와 유사한 수준으로 나타난다.

OOOOOOOOO OOOO OOOOOOOO

(OO : O, OO)

(3) 살피건대, 「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항의 취지는, 일반적으로 부동산 매매계약서상의 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물의 가액을 구분하여 표시되어 있으며, 그 가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도 및 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등과 사회통념 또는 상거래의 관행에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상 건물가액을 공급가액으로 본다는 것인 바(국심 2005서4383, 2007.2.15. 참조),

이 건의 경우 청구인은 도심재개발 사업지구내에 소재한 쟁점부동산을 취득 및 양도한 점, 쟁점부동산의 매매계약서상 매매금액 OOO원에 쟁점건물가액 OOO원이 포함되어 있고, 취득 당시 양도자의 장부상 잔존가액에도 미치지 아니한 점, 쟁점건물은 1974년에 신축된 건물로 양도 당시 34년이 경과되었고 인접 부동산의 토지 취득 비율과 유사한 수준으로 쟁점건물을 양수·양도한 점, 재개발사업자인 양수자가 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점건물을 단기간에 철거한 뒤에 새로운 건물(상가 및 오피스텔)을 신축중인 점 등을 감안할 때, 매매계약을 체결할 당시 쟁점건물의 철거가 사실상 예정되어 있었으므로 당사자의 합의에 의하여 매매계약서상에 기재한 쟁점건물의 가액인 OOO원을 실지거래가액으로 인정하는 것이 합리적이라고 보이므로, 처분청이 쟁점건물의 가액을 기준시가에 의하여 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.