가. 청구인이 1995.8.29.부터 2004.3.24.까지 이사장으로 근무한 의료법인 OOO(OOO 이하 “쟁점법인”이라 한다)은 2003년 제1기부터 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO으로부터 공급가액 합계 233,826천원(2003년 제1기 567천원, 2003년 제2기 167,545천원, 2004년 제1기 65,714천원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2003～2004사업연도 법인세 신고시 쟁점금액을 손금에 산입하여 신고하였다.

나. OOO세무서장은 2007.8.6. 쟁점법인에 대한 현지확인조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하고 쟁점금액이 사외유출된 것으로 보아 257,208천원(2003년 귀속분 184,923천원, 2004년 귀속분 72,285천원)을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 과세자료로 통보하였고, 처분청은 이에 근거하여 2010.4.29. 및 2010.5.6. 청구인에게 종합소득세 2003년 귀속분 89,048,280원, 2004년 귀속분 25,892,510원을 각 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2010.6.21. 이의신청을 거쳐 2010.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점법인은 1995.8.29. 설립되어 운영되어 오던 중 계속된 재정악화로 2001.7.20. OOO의 화의개시 결정을 받았고, 2005.3.4. 파산선고OOO를 받았다. 쟁점세금계산서를 받았던 2003～2004년은 사실상 병원운영이 중단되다시피 하여 일부 산재환자들만 치료를 하였고, 청구법인의 산재진료비청구권은 2003.7.8. 의사들의 요구로 의사대표인 OOO에게 넘어가 OOO의 OOO은행계좌을 통하여 의사급여 등으로 사용되었으며, OOO의 계좌 인출내역을 보면, 쟁점세금계산서 수취에 따른 자금유출은 없었는데도 처분청이 이를 확인하지도 않고 쟁점금액을 사외유출로 보아 청구인에 대한 상여로 처분한 것은 부당하다.

(2) 처분청은 2003년, 2004년 귀속 종합소득세에 대하여 2010.4.9. 고지서를 발부하였는바, 인정상여에 대한 소득세 부과제척기간은 「국세기본법」제26조 제1항 제3호에 따라 5년이어서 2003년 귀속 소득세는 2009.6.1 그 부과제척기간이 도과되었으므로, 청구인에 대한 2003년 귀속 종합소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점금액이 의사 급여 등으로 사용되어 사외유출되지 아니하였다고 주장하고 있으나, 자금의 유출이 없었다면 그 사실을 주장하는 청구인이 증명해야 하고, 만일 사외유출되었다가 회수했다 하더라도 청구인이 그 사실을 입증할만한 객관적인 증빙을 제시하여야 하나, 현재까지 그 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 법인세를 부과함에 있어 사기 기타 부정한 행위로 법인세를 탈루함에 따라 10년의 부과제척기간이 적용된다면, 이와 관련하여 상여처분된 금액에 대한 종합소득세의 부과제척기간도 10년이 적용되므로(OOO 2004.11.9.) 처분청의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)쟁점금액이 사외유출되었는지 여부

(2) 사기·기타 부정한 행위로 법인세를 탈루함에 따라 인정상여 처분된 금액에 대한 종합소득세의 부과제척기간이 10년인지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(3) 국세기본법

제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세·증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다)

(4) 국세기본법 시행령

제12조의3【국세부과제척기간의 기산일】 ① 법 제26조의2 제4항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

2. 부당이득세 및 인지세에 있어서는 당해 국세의 납세의무가 성립한 날

② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세에 있어서는 당해 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정납부기한의 다음날

2. 과세표준신고기한 또는 제1호에 규정하는 법정납부기한이 연장되는 경우에는 그 연장된 기한의 다음날

3. 공제 또는 면제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액)을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 그 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장으로부터 쟁점세금계산서에 대하여 위장가공거래자료를 통보받은 OOO세무서장은 쟁점법인의 법인세를 경정하면서 2003사업연도에 가공매입금액 184,923,200원을 익금가산하고, 가공매입 관련 부가가치세 16,811,200원을 손금가산하였으며, 2004사업연도에는 가공매입금액 72,285,400원을 익금가산하고, 가공매입 관련 부가가치세 6,571,400원을 손금가산하였고 법인세를 경정하면서 익금가산된 금액은 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였는바, 쟁점법인은 2003사업연도 및 2004사업연도에 결손금이 발생하여 법인세의 경정에도 불구하고 쟁점세금계산서 관련 가산세 이외에 추가고지된 법인세는 없다.

(2)청구인에 대한 인정상여소득자료를 통보받은 처분청은 2010.4.29.및 2010.5.6. 청구인에게 종합소득세 2003년 귀속분 89,048,284원과 2004년 귀속분 25,892,511원을 각 경정·고지하였다.

(3) 쟁점법인의 관리팀장인 OOO의 확인서에 의하면, 쟁점법인이 자금사정이 어려워져 병원수입으로 의사급여 및 직원급여를 매일 지급하면서 회계적으로 문제가 되어 OOO에게 2003년 제2기에 공급가액 168,112,471원, 2004년 제1기에 65,714,183원의 가공자료를 요구하여 쟁점세금계산서를 받았음을 확인하고 있다.

(4) 청구인은쟁점세금계산서를 받았던 2003～2004년 당시 쟁점법인이자금사정이 악화되어 2003.7.8. 의사들의 요구로 쟁점법인의 채권을 의사대표인 OOO에게 넘겨주었고, 쟁점법인의 자금은OOO의 OOO은행 계좌를 통하여 의사급여 등으로 사용되었다고 주장하며, 쟁점법인과의사대표 OOO간에 체결한 채권양도양수변경계약서를 제출하는바, 동 채권양도양수변경계약서에 의하면, 2003.7.8. OOO지원 확정일자 제1645호 채권양도양수계약 중 선정인 OOO의 사직으로 선정인을 OOO OOO, OOO로 변경하고, 채권양도양수금액도 190,883,180원으로 변경하는 것으로 되어 있다.

(5)청구인은 OOO의 계좌에 입금된 금액이 의사급여 등으로 사용되고, 지급쟁점세금계산서 수취에 따른 자금유출은 없었다고 주장하며,2000.1.1.～2004.11.24. 기간동안 OOO의 OOO은행 계좌(559-xx-xxxxxxx)의 예금거래기록명세서(OOO 지점 발행)를 제출하고 있다.

(6) 이 건 부과처분과 관련하여 청구인이 2010.5.17. 처분청에 제출한 이의신청서에 의하면, 청구인은 의료진에게 지급한 금액은 세무서에 신고한 금액보다 많으나 부득이한 사유로 이를 결산서에 반영하지 못하였고, 세무서에 신고한 금액보다 초과하여 지급한 급여액은 2003년 128,000,000원, 2004년 16,000,000원이라고 주장한 것으로 나타난다.

(7) 쟁점①에 대하여 본다.

위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 청구인측에서 입증하여야 할 것인바(OOO 2010.10.28., 같은 뜻), 청구인이 처분청에 제출한 이의신청서에서 의사들에게 지급한 급여가 세무서에 신고한 금액보다 많으나 이를 결산서에 반영하지 못하였다고 주장한 점에 비추어 청구인이 제시한 채권양도양수변경계약서 및 OOO의 입출금거래명세서만으로는 가공세금계산서의 자금이 사외로 유출되지 아니하였다는 사실을 입증하기에는 충분하지 아니하므로, 쟁점세금계산서에 의한 매입금액인 쟁점금액을 사외유출된 것으로 보아 청구인에 대한 상여로 처분한 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(8) 쟁점②에 대하여 본다.

쟁점법인이 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상한 것은 사기·기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당된다 할 수 있으므로 쟁점법인에 대한 과세시 「국세기본법」제26조의2 제1항 제1호에 따라 부과제척기간 10년을 적용하는 것이고, 이와 관련한 쟁점법인의 대표자에 대해 상여처분된 금액의 종합소득세 부과제척기간도 10년을 적용하는 것이므로 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것(OOO 2009.1.22., 같은 뜻)으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.