가. 청구인은 OOO에서 제조업(기성복)을 영위하는 법인으로서, OOO은 청구인이 보유하던 OOO 외 19필지 토지 25,771㎡를 OOO 건립을 위하여 수용하면서 1999.10.4. 위 토지 수용보상금 1,888,157,580원을 OOO에 공탁하였고, 청구인은 위 토지의 양도에 대해서는 법인세를 신고하지 아니하였다.

처분청은 OOO가 보상금을 공탁한 1999.10.4. 청구인이 위 토지를 양도하였다 하여 2002.6.1. 청구인에게 1999사업연도(1999.7.1.～2000.6.30.) 법인세 340,833,860원(특별부가세 304,633,967원 포함) 및 농어촌특별세 14,909,520원을 경정고지하고, 1999사업연도 법인세를 경정하면서 이월결손금 공제액도 경정(1999사업연도 이월결손금 공제 관련 신고액 2,265,829,080원, 경정액 4,013,166,567원)함에 따라2000사업연도(2000.7.1.～2001.6.30.) 이월결손금 공제 신고액(1,747,337,487원)을 부인하여 청구인에게 2000사업연도 법인세 648,396,930원을 경정고지하였다.

나. 2001년 7월 OOO가 아시아 경기대회 경기장 건립 관련 도시계획시설(운동장) 변경결정(면적 축소)을 고시한 후, 청구인은 위의 수용된 토지 중 OOO 외 11필지 토지 21,334㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 청구인이 2008.3.26. 환매권을 행사하여 쟁점토지 소유권이 청구인에게 회복됨으로써 최초 토지수용의 효력은 상실되었으므로 당초 처분청이 과세한 1999사업연도 법인세(특별부가세 포함), 농어촌특별세, 2000사업연도 법인세 등에 대하여 재경정해야 한다는 취지의 ( 국세기본법 제45조의 2 제2항에 따른 후발적 사유에 의한) 경정청구를 하였다.

처분청은 2008.7.7. 당초 수용후 환매대상이 된 쟁점토지의 경우 당초 수용이 원인무효로서 양도에 해당되지 아니하는 것으로 볼 수 없다 하여 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

당초 수용시 자발적인 청구인 의사에 따라 소유권이 상실된 것이 아니고 당초 토지 수용에 대한 공탁금을 수령하지 아니하였으며 청구인의 최초수용 대상토지 중 환매대상토지(쟁점토지)에 대하여 2008.3.26. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제91조(환매권)에 따라 청구인이 환매권을 행사하여 토지의 소유권이 청구인에게 회복됨으로써 최초 토지 수용의 효력은 상실되었으므로 당초 수용은 양도의 경우에 해당되지 아니함에도 청구인의 경정청구를 거부한 통지는 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO가 OOO 부지확보를 위하여 청구인 소유토지를 수용하고, 수용재결보상금 1,888,157,580원을 1999.10.4. 부산지방법원동부지원에 공탁한 것에 대해, 처분청이 수용토지의 양도시기를 잔금청산일(공탁일)로 보아 2002.6.1. 청구인이 법인세 신고시 누락한 최초수용 토지분 양도차익에 대하여 과세한 당초 법인세 등 부과처분은 정당하고, 이후 2007년 11월 청구인이 환매대상토지(쟁점토지)에 대해 OOO와 환매협약을 하고 2008.3.26. 환매대상토지에 대하여 환매계약을 체결하는 등, 환매권 행사로 취득하는 토지의 취득시기는 환매대금을 청산한 날이 되는 것으로서 새로운 계약에 따른 신규취득의 경우에 해당하고 그에 따라 당초 수용된 토지가 원인무효로서 양도에 해당되지 않는 것으로 볼 수는 없다 할 것이므로 청구인에 대한 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

수용된 토지 중 쟁점토지에 대한 환매권 행사로 쟁점토지가 청구인에게 회복됨으로써 최초 토지 수용의 효력은 상실되었으므로 당초 쟁점토지의 수용은 양도에 해당하지 아니하여 경정청구 거부통지는 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제99조【과세표준】 ① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환，법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.

⑥ 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제140조 【특별부가세의 과세표준계산】 ① 법인이 각 사업연도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제99조 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제99조 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제99조 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다.

⑤ 소득세법시행령 제162조의 규정은 법 제99조 제6항의 취득시기 및 양도시기에 관하여 이를 준용한다.

(3) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제91조 (환매권) ①토지의 협의취득일 또는 수용의 개시일(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)부터 10년 이내에 당해 사업의 폐지·변경 그 밖의 사유로 인하여 취득한 토지의 전부 또는 일부가 필요없게 된 경우 취득일 당시의 토지소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)은 당해 토지의 전부 또는 일부가 필요없게 된 때부터 1년 또는 그 취득일부터 10년 이내에 당해 토지에 대하여 지급받은 보상금에 상당한 금액을 사업시행자에게 지급하고 그 토지를 환매할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구인에 대한 법인세 등 경정청구 환급 불가통지서OOO에 의하면, 청구인이 처분청에 제출한 1999·2000사업연도 법인세(특별부가가치세 포함) 및 농어촌특별세 경정청구서 내용을 검토한 바, 「토지수용법」 기타 법률의 규정에 의하여 사업시행자에게 양도되는 토지의 양도시기는 보상금수령일 또는 공탁일이 되는 것이고, 환매권 행사로 취득한 토지의 취득시기는 환매대금을 청산한 날이 되는 것으로 당초 수용 후 환매대상이 된 쟁점토지(21,334㎡)는 원인무효로서 양도에 해당되지 아니하는 토지로 볼 수 없다 할 것이므로, 토지분 양도차익에 관하여 당초 법인세(특별부가가치세 포함) 및 농어촌특별세 경정처분은 정당하여 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지하는 것으로 되어 있다.

(2) 청구인은 OOO과 청구인(환매권자) 대표이사 OOO 간의 환매협약서(2007년 11월), OOO과 청구인 대표이사 OOO간의 환매계약서(2008.3.26.)를 제출하고 있는 바, 환매계약서에 의하면 환매대상토지가 OOO외 11필지 토지 총 21,334㎡(쟁점토지)로 되어 있고 환매금액은 1,715,772,700원으로 기재되어 있다.

(3) 이 외에 청구인은 OOO의 도시계획사업 (운동장) 시행 공람공고(부산일보 1998.11.14.), 공탁자가 OOO이고 피공탁자가 청구인인 OOO의 청구인에 대한 공탁통지서(공탁금액 1,888,157,580원), 도시계획시설(운동장) 변경결정 및 지형도면의 고시로서 2002년 OOO 건립계획의 변경으로 인한 면적 축소(125,955㎡→59,763㎡) 등이 기재된 OOO 등을 제출하였다.

(4) 청구인은 수용된 토지 중 쟁점토지에 대한 환매권 행사로 쟁점토지가 청구인에게 회복됨으로써 최초 토지 수용의 효력은 상실되었으므로 당초 쟁점토지의 수용은 양도에 해당하지 아니하여 이 건 경정청구 거부통지는 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

당초 OOO가 수용을 통해 보상금을 공탁하고 청구인으로부터 쟁점토지를 양도받았고, 이에 대해 추후 청구인은 환매권을 행사하였으나, 공법상 환매에 있어 이를 통해 환매권자가 종전에 수용된 토지의 소유권을 회복하는 측면이 있다 할지라도 이는 어디까지나 환매권자와 사업시행자 사이의 새로운 매매이지 이를 종전의 수용의 취소 또는 해제로 볼 수는 없어 보이는 바, 청구인의 환매권 행사를 통해 종전 수용된 토지의 소유권이 청구인에게 이전된다고 하더라도 이에 따라 당초 수용이 무효로 되는 것은 아니라고 할 것이다.

따라서, 수용된 후 환매대상이 된 쟁점토지에 있어 당초 수용이 원인무효로서 양도에 해당되지 아니하는 것으로 볼 수 없다고 하면서 처분청이 한 이 건 경정청구 거부통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.