가. 청구법인은「산업기술혁신촉진법」에 따라 전자 및 관련 부품산업의 기술혁신에 필요한 연구개발을 주된 목적으로 설립된 정부출연 연구기관으로, 2010～2014사업연도 청구법인이 보유한 특허권 등에 대하여 기업체 등에게 실시를 허여하는 대가로 기술료를 징수하고, 기술료 중 일부를 특허권 등 발명 기여 직원에게 보상금 명목으로 지급하고 과세대상 근로소득으로 보아 소득세를 원천징수하였으나, 2015.5.29. 위 보상금을 「소득세법」제12조 제5호 라목의 비과세 기타소득으로 보아 처분청에 2010～2014년 귀속 근로소득세 합계 OOO을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2017.4.19. 경정청구세액 중 2010년 귀속 OOO원은 경정청구기간이 도과하여 각하하고, 특허등록된 발명에 대한 직무발명 보상금 해당분 2011∼2014년 귀속 OOO원은 환급·결정하였으나, 특허출원 중이거나 특허등록되지 않은 기술료 성과금 OOO원(이하 “쟁점보상금”이라 한다) 해당분 2011∼2014년 귀속 OOO원은 경정거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 특허가 등록되지 아니한 발명에 관하여 지급한 쟁점보상금은 직무발명 보상금에 해당하지 아니한다는 이유로 경정거부 처분 하였으나,「발명진흥법」은 특허의 등록 여부에 따라 보상금의 지급의무를 달리 정하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 대법원도 기술료 수입금이 발생한 경우 특허출원 여부와 상관없이 비과세소득에 해당되는 것으로 판시하고 있으므로, 최종적인 특허등록이 이루어지지 아니하였다고 하여「발명진흥법」상의 직무발명 보상금에서 제외되는 것으로 볼 수 없다.

따라서 청구법인이 특허등록이 완료되지 아니한 직무발명에 대하여 지급한 쟁점보상금은 「발명진흥법」제15조에 따라 지급된 것으로서 「소득세법」제12조 제5호 라목의 비과세소득에 해당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하고, 적어도 비과세소득인 「발명진흥법」제15조의 직무발명 보상금에는 등록된 특허권뿐만 아니라 “특허 등을 받을 수 있는 권리”에 지급하는 경우도 포함되는 것이며, 대법원은 “특허출원 중에 있는 종업원에게 지급한 보상금”도 비과세소득으로 판시하고 있으므로 쟁점보상금 중 특허출원 중에 있는 직무발명에 관하여 지급한 보상금으로서 보상금을 지급한 이후에 최종적으로 특허등록이 완료된 부분은 비과세소득으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

특허출원 중이거나 출원심사결과 특허등록이 되지 않은 경우 비과세 기타소득에 해당하지 않고(기획재정부 소득세제과 46073-181, 2002.12.30.),「발명진흥법」상의 발명이란「특허법」·「실용신안법」또는「디자인보호법」에 따라 보호대상이 되는 발명으로 이는 등록된 특허권, 실용신안권, 디자인권 등 권리를 취득하는 것으로, 특허 등으로 등록되지 아니한 경우 특허 등을 받을 수 있는 발명 해당 여부가 불확실하므로 특허 등을 받을 수 있는 권리를 사용자 등에게 승계하였다고 볼 수 없다.

따라서, 특허제도의 취지에 부합하고 직무발명을 촉진하기 위하여 직무발명으로 등록된 특허에서 발생하는 수익 관련 발명자인 종업원에게 지급한 직무발명 보상금에 대하여 비과세하는 것이 타당하며, 직무발명이라도 대중에 공개할 의도가 없는 노하우 및 특허출원 중이거나 출원심사 결과 등록되지 않은 경우 특허제도의 취지상 보호하고 장려할 이유가 없으므로 이를 통해 발생하는 수익과 관련하여 지급한 쟁점보상금은 비과세 대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점보상금이「소득세법」상 비과세 기타소득에 해당하는 직무발명 보상금인지 여부

나. 관련 법률

(1) 소득세법(2015.7.24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것)

제12조【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

라.「 발명진흥법」제2조 제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금

1) 종업원이 「발명진흥법」제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금

(2) 발명진흥법

제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

제16조【출원 유보시의 보상】사용자 등은 직무발명에 대한 권리를 승계한 후 출원(出願)하지 아니하거나 출원을 포기 또는 취하하는 경우에도 제15조에 따라 정당한 보상을 하여야 한다. 이 경우 그 발명에 대한 보상액을 결정할 때에는 그 발명이 산업재산권으로 보호되었더라면 종업원등이 받을 수 있었던 경제적 이익을 고려하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은「발명진흥법」상 직무발명 보상금은 기술료 수입금액이 발생한 경우 특허등록 여부와 관계 없이「소득세법」상 비과세 기타소득에 해당한다는 대법원 판례(대법원 2014두15542, 2015.4.9.)를 근거로 아래 <표1>과 같이 경정청구를 제기하였다.

OOO

(2) 처분청은 비영리연구기관이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발 결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관에 귀속되는 것으로 보고, 청구법인이 특허취득 여부와 직접적인 관련성 없이 기술료가 발생하면 지급한 점, 매년 계속적·반복적으로 지급한 점 등을 감안하여 청구법인이 기술료를 재원으로 소속 직원에게 지급한 쟁점보상금은 그 명칭이 무엇이든 실질은 성과급으로 근로소득에 해당하는 것으로 보아 경정거부 처분하였다.

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보상금이 「소득세법」제12조 제5호 라목에 해당되는 비과세대상 기타소득에 해당한다고 주장하나, 비영리연구기관이 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관에 귀속되는 것이고, 연구개발 결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것으로 그 지급대상이 연구개발 결과물의 특허 등과 직접적인 관련성이 없이 지급되고 있는 점, 매년 계속적·반복적으로 지급하고 있어 일시적·우발적 성격의 기타소득 이라기보다는 근로소득으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 기술료를 재원으로 소속 직원에게 지급한 쟁점보상금은 그 명칭이 무엇이든 그 실질은 성과급으로서 근로소득에 해당되는 것으로 판단되므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.