가. 청구인은 1995.9.30. 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2001.8.23. 취득(사용승인일 2001.7.21.)하여 보유하다가 2008.6.30. 양도하고, 「조세특례제한법」제99조의3을 적용(100% 감면)하여 해당 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 종전주택 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면소득에서 차감하여 2012.10.10. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.12. 이의신청을 거쳐 2013.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 OOO 아파트 A동 201호에 거주하는 자로 2008.6.30. 신축주택을 양도하고 2008년 8월 처분청에 양도소득세 과세표준신고 및 자진납부계산서를 제출하였다.

(2) 청구인은 1995.9.30. 종전주택을 OOO원에 취득하여 소유하고 있던 중 재건축으로 인한 분담금 OOO원을 부담하는 조건으로 재건축아파트를 2001.8.13. 취득하였다.

(3) 청구인은 2001.8.23. 재건축으로 소유한 아파트를 2008.6.30. OOO원에 양도하고 「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을 감면하고 5년이 초과하여 양도하는 경우에는 5년이 초과한 이후 양도소득금액에 대하여만 과세특례를 배제하는 것으로 규정되어 있어 이에 따라 양도소득세 감면신고를 하였다.

(4) 처분청이 과세한 2008년 귀속 양도소득세는 「조세특례제한법」 제99조 제3항의 제1항의 규정 및 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 의한 10여 년간 유지하던 기존예규를 변경하여 과세한 것은 신의성실의 원칙에 위배되므로 처분청 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되지 않으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득금액에서 차감하여 계산하는 것이 타당하고, 「소득세법」제114조 제2항에서 납세지관할 세무서장은 예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있으므로 부과제척기간 내의 경우 언제든지 경정 가능한 것이므로 소급과세나 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 또한 납세의무자가 신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양도소득금액을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고 납부한 납세자들도 있어 이들과의 과세형평에 비추어 볼 때에도 처분청의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택 감면규정 적용에 있어 새로운 유권해석에 따라 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제한 것이 신의성실원칙에 위배된 것이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지] ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

⑤ 세법 이외의 법률중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정의 적용에 있어서 이를 세법으로 본다.

(2) 조세특례제한법(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정된 것) 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 ] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택 및 신축주택 거래일, 기준시가 내역은 다음과 같다.

(2) 청구인이 신고한 감면소득금액에서 종전주택 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액을 차감하여 경정한 내역은 다음과 같다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청의 과세가 10여 년간 유지하던 기존예규를 변경하여 과세함으로써 신의성실의 원칙을 위배하였다는 주장이나, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 그 감면대상 양도소득금액을 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 명문상 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 종전 국세청 유권해석(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.) 등에서 종전주택 보유기간에 해당하는 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 해석하지는 않았던 점, 기타 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되었다고 보기는 어렵다고 판단된다(조심 2013중1215, 2013.5.9. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.