가. 청구인은 1988.12.12. 조부로부터 증여받은 OOO OOO OOO OOO OO 전 2,552㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.6.9. OOOOOO에 양도하고 쟁점토지를 「조세특례제한법」 제69조 제1항에 의한 8년 자경농지로 보아 1억원의 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 8년 자경농지에 해당하지 아니한다고 보아 세액 감면을 배제하고, 2008.7.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 111,910,000원을 경정 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.29. 이의신청을 거쳐 2009.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 17년간 부(父)를 주경작자로 하여 공휴일과 방학에 직접 경작하였고, 2006.5.25. OOOOOO에 수용되어 2006.6.9. 토지대금을 받았으나 쟁점토지는 이미 2005.5.7. 국민주택건설 예정용지로 건설교통부의 사업인가가 있었으므로 실질적으로 2005년에 매각이 확정되었다. 2006.2.9. 신설된 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제12항은 ‘직접경작’을 1/2이상 자기 노동력에 의하여 경작하는 것으로 규정하였으나 부칙 제23조에 의하여 시행령이 시행되기 전에 상속받은 농지를 2008.12.31.까지 양도하는 경우에는 종전 규정에 따르도록 하였으므로, 실질적으로 2005년에 매각이 확정된 쟁점토지를 17년 이상 직접 경작하였으므로 8년 자경 농지로 보아 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지의 양도일은 소유권이전 등기접수일인 2006.5.25.이므로 2006.2.9. 신설된 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제12항이 적용되고, 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 학생 신분으로서 상시종사 및 2분의 1 이상 직접 경작하기 어렵다고 판단되며, OOOOOO는 쟁점토지의 실경작자와 소유자가 다르다고 확인하였고, 청구인도 부(父)가 경작한 사실을 확인하였으므로 8년 자경에 의한 감면을 부인하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

8년 이상 보유기간 중 부(父)가 주경작자로, 청구인은 부(父)를 도와 경작한 경우 8년 자경농지로 보아 감면할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

⑴ 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것)

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

⑵조세특례제한법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것)

제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

부 칙 (2006. 2. 9. 대통령령 제19329호)

제23조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치】

제66조 제11항 및 제12항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 영 시행 전에 상속받은 농지로서 2008년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 제66조 제11항 및 제12항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

⑶ 소득세법 시행령(2008.2.29, 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것)

제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

⑴ 청구인은 쟁점토지를 1988.12.12. 조부로부터 증여받았으며 2006.5.23. OOOOOO와 보상금을 1,576,028,430원으로 하는 공공용지의 협의매매계약을 체결하여 2006.5.25. 소유권이전 등기를 접수한 사실이 부동산등기부등본에 의하여 확인된다.

⑵ 청구인은 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지로서 양도소득세 감면대상에 해당한다고 주장하므로 이를 살펴본다.

㈎ 쟁점토지의 매매대금은 2006.6.9. 청산되었고 소유권이전 등기 접수일은 2006.5.25.이므로 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제2호의 규정에 의하여 쟁점토지의 양도시기는 2006.5.25.이다. 쟁점토지가 포함된 OO범박 국민주택 건설사업이 2005.5.7. 국민임대주택단지 예정지구로 지정(OOOOO OO OOOOOOOOOO)되었고, 2005.12.30. 실시계획이 승인(OOOOO OO OOOOOOOOOO)되었다고 하여 쟁점토지의 양도시기가 2005년이 되지는 아니한다.

㈏ 청구인은 쟁점토지를 보유한 기간(4세～22세)에 학생 등의 신분으로서 쟁점토지를 직접 경작하기 어려운 것으로 보이며 청구인도 부(父)가 경작한 사실을 인정하고 있다. 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제12항은 ‘직접 경작’을 거주자가 그 소유농지에서 농작물 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것이라고 규정하였으므로 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 보이지 아니한다.

㈐ 2006.2.9. 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제12항에 ‘직접 경작’의 정의 규정을 신설하면서 부칙 제23조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치)에서 “이 영 시행 전에 상속받은 농지로서 2008.12.31.까지 양도하는 경우 제66조 제12항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.”라고 하여 ‘상속받은 농지’에 대한 경과규정을 두었을 뿐, ‘증여받은 농지’에 대하여는 별도의 경과규정이 없으므로 증여받은 농지인 쟁점토지는 종전 규정의 적용대상에 해당하지 아니한다.

⑶ 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 8년 자경농지의 감면을 배제하고 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.