청구법인은 1979.6.1 개업하여 ‘동굴관람업’을 영위하고 있는 법인으로 청구법인 소유의 OO OOO OOO OOO OOO번지 임야 767㎡등 8건의 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 채무보증에 의한 담보로 제공하였다가, 2000.7.27 쟁점부동산이 부동산 임의경매에 의한 낙찰을 원인으로 타인에게 소유권 이전이 되었으나, 이에 따른 부가가치세와 법인세(특별부가세) 신고를 누락하였다가, 처분청의 권고를 받고 2005.6.27 쟁점부동산의 양도가액 107,000,000원에 대하여 취득가액 42,991,047원을 차감한 금액 64,008,953원을 특별부가세 과세표준으로 하고, 쟁점부동산의 양도가액 중 건물에 해당하는 44,538,700원을 부가가치세 과세표준에 가산하여 부가가치세와 법인세 수정신고를 하였다가, 2005.7.7 처분청이 위 수정신고후 무납부한 2000년 2기분 부가가치세 9,843,140원과 2000사업연도 법인세 34,642,010원(과소신고가산세 7,090,979원, 미납부가산세 10,050,651원 포함)을 고지하자, 2005.7.29 법인세법의 특별부가세 관련 조항의 폐지 등을 이유로 청구인이 당초 수정신고하였던 특별부가세 중 18,953,048원의 감액을 요청하는 내용의 경정청구서를 처분청에 접수하였으나, 처분청은 2005.8.22 청구법인에게 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2005.9.8 이의신청을 거쳐, 2005.11.22 심판청구를 제기하였다.

2. 본안 심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다.

가. 관련법령

(1) 국세기본법(2005.1.5 법률 제7329호로 개정된 것)

제55조 【불복】 ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

제22조 【납세의무의 확정】 ① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

제45조의 2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 2년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

(2) 국세기본법시행령(2004.5.10 대통령령 제18385호로 개정된 것)

제10조의 2 【납세의무의 확정】 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각호와 같다.

1. 소득세·법인세·부가가치세·특별소비세·주세·증권거래세·교육세 또는 교통세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우에는 그 결정하는 때

3. 제1호 이외의 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때

나. 사실관계 및 판단

(1) 위 관련법령의 규정에 의하면, 부가가치세와 법인세(특별부가세 포함)는 납세자의 신고에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 신고납세제도를 채택하고 있는 바, 청구법인은 2005.6.27 부가가치세와 법인세 수정신고를 하였으므로 그 과세표준과 세액은 청구법인의 신고에 의하여 확정되었다 할 것이고, 그 납부할 세액을 무납부하였다 하더라도 이미 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액의 효력에는 영향을 미치지 아니한다 할 것이다.

(2) 또한, 청구법인이 2005.7.29 제출한 경정청구서는 2000년 2기분 부가가치세와 2000사업연도 법인세의 법정신고기한(부가가치세 2001.1.25 및 법인세 2001.3.31) 경과후 2년 이내에 제출된 것이 아니므로 위 국세기본법 제45조의 2의 규정에 의한 경정청구로서의 효력이 없는 것으로 판단된다.

(3) 위 사실관계 등을 종합해 볼 때, 처분청이 2005.7.7 청구법인에게 한 이 건 부가가치세와 법인세 무납부 고지는 청구법인의 신고에 의하여 이미 확정된 세액을 징수하기 위한 징수절차일 뿐, 불복청구의 대상이 되는 부과처분에 해당되지 아니하므로 불복청구의 대상이 있음을 전제로 한 이 건 심판청구는 부적법한 청구로 판단되므로(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO O) 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.