가. 사실관계

○ 한국토지주택공사가 보유, 운영하는 임대아파트의 부대복리시설인 공동주택 어린이집 임대용역에 대하여 2011년까지는 과세로 처리하여 왔으나, 2012.1.1. 면세규정( 부가세법 제12조제1항제12호의2)이 신설됨(2012.1.1. 이후 결정ㆍ경정하는 분부터 적용)

- 위 신설된 면세규정과 관련하여 법정신고기한으로부터 3년이내인 2009년2기 예정신고분부터 현재까지의 부가가치세 신고분에 대해 경정청구함

나. 질의요지

○ 부가가치세 과세대상으로 신고·납부한 이후 면세대상으로 법률이 개정되어 경정청구를 통하여 환급받고자 하는 경우 예정신고분에대한 경정청구기간의 기산점이 언제인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

○ 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각호의 국세는 제1항의 규정에 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차없이 그 세액이 확정된다.

2. 인지세

3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

4. 납세조합이 징수하는 소득세

5. 중간예납하는 법인세(세법에 의하여 정부가 조사 결정하는 경우를 제외한다

○국세기본법시행령제10조의2 【납세의무의 확정】

법 제22조제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다. <개정 2007.12.31>

1.소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우에는 그 결정하는 때

○국세기본법기본통칙 22-0…1 【 납세의무의 확정 】

납세의무의 확정이라 함은 조세의 납부 또는 징수를 위하여 세법이 정하는 바에 따라 납부할 세액을 납세의무자 또는 세무관청의 일정한 행위나 절차를 거쳐서 구체적으로 확정하는 것을 말하며, 납세의무의 성립과 동시에 법률상 당연히 확정되는 것(예:인지세)과 납세의무 성립 후 특별한 절차가 요구되는 것으로서 납세자의 신고에 의하여 확정되는 것(예: 소득세·부가가치세·법인세)과 정부의 결정에 의하여 확정되는 것(예: 상속세·증여세)이 있다.

○국세기본법제35조 【국세의 우선】

① 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비는 다른 공과금이나 그 밖의 채권에 우선하여 징수한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공과금이나 그 밖의 채권에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기일(이하 "법정기일"이라 한다) 전에 전세권, 질권 또는 저당권 설정을 등기하거나 등록한 사실이대통령령으로 정하는 바에 따라 증명되는 재산을 매각할 때 그 매각금액 중에서 국세 또는 가산금(그 재산에 대하여 부과된 국세와 가산금은 제외한다)을 징수하는 경우의 그 전세권, 질권 또는 저당권에 의하여 담보된 채권

가.과세표준과 세액의 신고에 따라 납세의무가 확정되는 국세(중간예납하는 법인세와예정신고납부하는 부가가치세를 포함한다)의 경우 신고한 해당 세액에 대해서는 그 신고일

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다

12의2. 「주택법」 제44조제2항에 따른 관리규약에 따라 같은 법 제2조제14호에 따른 관리주체 또는 같은 법 제43조제3항에 따른 입주자대표회의가 제공하는 같은 법 제2조제9호에 따른 복리시설인 공동주택 어린이집의 임대용역

○ 부가가치세법 부칙 <제11129호, 2011.12.31> 제3조(공동주택 어린이집의 임대용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례)

제12조제1항제12호의2의 개정규정은 이 법 시행 후 결정ㆍ경정하는 분 부터 적용한다.

○ 부가가치세제18조 【예정신고와 납부】

① 사업자는 각 과세기간 중 다음에 규정하는 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을시작하거나 시작하려는 자에 대한 최초의 예정신고기간은사업개시일 또는 제5조제1항 단서에 따라 등록한 날부터 그 날이속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다. <개정 2011.12.31>

제1기분 예정신고기간 : 1월 1일부터 3월 31일까지

제2기분 예정신고기간 : 7월 1일부터 9월 30일까지

○ 부가가치세제19조 【확정신고와 납부】

①사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급 세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(제3조제3항에 따라 폐업하는경우에는 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "확정신고"라 한다)와 함께 그과세기간에 대한납부세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장관할 세무서장에게 납부하여야 한다.

나. 유사사례

○서면인터넷방문상담1팀-260, 2005.02.25

귀 질의의 경우, 부가가치세 확정신고시 신고하지 아니한 예정신고 누락분은 해당 과세기간의 과세표준 및 납부세액으로서 확정신고 대상이 되므로 국세기본법 제45조의2의 규정에 의하여 확정신고에대한 경정 등의 청구기한 내에 청구할 수 있는 것임을 알려드립니다.

○ 제도46015-11740, 2001.06.27

예정신고 누락분도 확정신고대상이 되므로 확정신고에 대한 수정신고또는 경정 등의 청구기한 내에 수정신고 또는 경정 등의 청구를 할수 있음(서삼46019-10436, 2001.10.11)

○ 부가46015-2720, 1996.12.20

예정신고 누락분을 국세기본법 제45조 및 제45조의2에 규정하는 예정신고에 대한 수정신고 또는 경정 등의 청구를 하지 아니하고확정신고도 하지 아니한 경우 예정신고 누락분도 각 과세기간에 대해과세표준과 납부세액에 해당되어 확정신고대상이 되므로 국세기본법제45조 및 제45조의2의 규정에 의한 확정신고에 대한 수정신고 또는경정 등의 청구기한 내에 수정신고 또는 경정 등의 청구를 할 수 있는 것임

○서울고법2008누9142, 2008.09.09

예정신고의 내용에 탈루가 있는 경우에는 확정신고를할 때 함께 신고할 수 있고,확정신고에 의하여 예정신고에서 신고한과세표준과 납부세액이 확정적으로 정산된다 할 것이므로 예정신고한부가가치세의 과세표준 및 세액에 대한 경정청구기간도 확정신고 기한일을 기준으로 정하여야 할 것이다

○부산고법2007누2814, 2008.05.23

예정신고의 내용에 오류·탈루가 있는 경우에는납세자로서는 확정신고를할 때 그 내용을 함께 신고할 수 있고, 예정신고 자체에과세표준과 세액을 확정하는 효력은 없으며, 확정신고에의하여 예정신고에서 신고한 과세표준과 납부세액이 확정적으로 정산되는바, 부가가치세의 납세의무는당해 과세기간이 종료하는 때에 성립하고 그에 대한 과세표준과 세액의 확정신고시에 확정되는 것이므로, 예정신고로써 신고한 과세표준 등에 대한 원고의 경정청구는확정신고에 의하여 비로소 확정된 예정신고 내용에 대한 경정청구로봄이 상당하고, 그 청구기간도 확정신고 기한일을 기준으로 정하여야할 것이다

○ 대법원2010두3428, 2011.12.08

구 국세기본법 제22조, 구 국세기본법 시행령 제10조의2 제1호 본문이부가가치세 납세의무의 확정시기를 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때로 규정하면서 그 신고의 범위에서 예정신고를 제외하고 있지 않은 점, 납세의무의 확정이란 추상적으로 성립된 납세의무의 내용이 징수절차로 나아갈 수 있을 정도로 구체화된 상태를 의미하는데, 예정신고를 한 과세표준과 세액은 구 부가가치세법 시행령 제65조 제1항 단서에 의하여 확정신고의 대상에서 제외되므로 그 단계에서 구체화되었다고할 수 있을 뿐만 아니라 구 부가가치세법 제23조 제1항에의하여 그에 대한 징수절차로 나아갈 수 있는 점 등을 고려하여 볼때,부가가치세과세표준과 세액의 예정신고를 한 때에 그 세액에 대한납세의무가 확정되었다고 할 것이므로 구 국세기본법 제41조 제1항에서 말하는 ‘사업양도일 이전에 양도인의 납세의무가 확정된 당해 사업에 관한 국세’에는사업 양도일 이전에 당해 사업에 관하여 예정신고가 이루어진 부가가치세도 포함된다고 해석함이 상당하다.