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감면세액을 추징하는 경우 당초 신청하지 아니한 감면세액에 대한 부과제척기간 적용

조세심판원 질의회신 | 국세청 | 징세과-287 | 국기 | 2010-03-19

문서번호

징세과-287 (2010. 3. 19)

세목

국기

요 지

법인세 조세감면을 받은 후 의무불이행 등의 사유로 공제세액 등이 추징된 후 해당 사업연도 법인세에 있어서 감면을 적용받는 경우의 부과제척기간은 해당 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한의 다음날부터 기산하는 것임

회 신

법인이 「조세특례제한법」제63조의 수도권과밀억제권외 지역이전 중소기업세액감면 규정에 따라 법인세 조세감면을 받은 후 의무불이행 등의 사유로 공제세액 등이 추징된 후 해당 사업연도 법인세에 있어서 「조세특례제한법」제7조의 중소기업 특별세액감면을 적용받는 경우의 부과제척기간은 「국세기본법」제26조의2「국세기본법 시행령」제12조의3의 규정에 의하여 해당 사업연도의 법인세 과세표준 신고기한의 다음날부터 기산하는 것입니다.기획재정부 해석 참조(기획재정부 조세정책과-292, 2010.3.16)

관련법령

국세기본법제26조의2【국세부과의제척기간】

본문

1. 질의내용 요약

감면받은 세액을 의무불이행등의 사유로 인하여 징수하는 경우, 당초적용받지 못하였던 중소기업특별세액감면의 국세부과 제척기간의 기산일을 당초 법정신고기한 다음날로 볼 것인지, 감면받은 국세를 징수할 수 있는 사유가 발생한 날로 볼 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)

국세기본법 제26조의2【국세부과의 제척기간 <개정 2007.12.31>】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. <개정 1994.12.22, 1996.12.30, 2006.12.30, 2007.12.31>

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4.상속세·증여세는 제1호부터 제3호까지의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

가.납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제67조제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제67조제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다)

② ~④ 생략

⑤제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. <신설 1990.12.31, 2007.12.31>

국세기본법 시행령 제12조의 3 【국세부과 제척기간의 기산일】 (2007.02.28. 대통령령 제19893호로 개정된 것)

① 법 제26조의 2 제4항의 규정에 의한국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다. (2007. 2. 28. 개정)

1.과세표준과 세액을신고하는 국세( 「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 신고하는종합부동산세를 제외한다)에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다. (2007.2.28.개정)

2.부당이득세·종합부동산세 및 인지세에 있어서는 당해 국세의 납세의무가 성립한 날

②다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고국세를 부과할 수 있는 날로 한다. (1990. 12. 31. 개정)

1.원천징수의무자또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세에 있어서는당해 원천징수세액또는 납세조합징수세액의법정납부기한의 다음날

2.과세표준신고기한 또는 제1호에 규정하는 법정납부기한이 연장되는 경우에는 그 연장된 기한의 다음날

3. 공제ㆍ면제ㆍ비과세또는 낮은 세율의적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 “공제세액 등”이라 한다)을의무불이행 등의사유로 인하여징수하는 경우에는당해 공제세액 등을징수할 수 있는사유가 발생한 날(2003. 12. 30. 개정)

○ 부 칙 (2003. 12. 30. 대통령령 제18172호)

① 【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

② 【납부기한 연장의 취소에 관한 적용례】 제4조의 2의 개정규정은 이 영 시행후 법 제6조의 규정에 의한 납부기한의 연장을 받는 분부터 적용한다.

③ 【일반우편 송달의 범위에 관한 적용례】 제5조의 2의 개정규정은 이 영 시행후 송달하는 분부터 적용한다.

④ 【국세부과제척기간의 기산일에 관한 적용례】제12조의 3 제2항 제3호의 개정규정은 이 영 시행후 의무불이행 등의 사유가 발생하는 분부터 적용한다.

⑤ 【고지금액의 최저한에 관한 적용례】 제65조의 3의 개정규정은 이 영 시행 후 고지하는 분부터 적용한다.

조세특례제한법 제63조 【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 <개정 2002.12.11>】

① 수도권 과밀억제권역안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세년도와 그 다음 과세년도개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 1999.8.31, 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30, 2005.12.31>

② 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <신설 2001.12.29, 2002.12.11>

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 때

3.제1항의 규정에 의하여 감면을 받는 기간중에 수도권 과밀억제권역안에 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 때

③ 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조제2항중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다. <신설 2001.12.29>

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면 <개정 2000.12.29>】

① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다. <개정 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.7.13, 2005.12.31, 2007.4.11, 2007.5.17, 2007.12.31>

1. 감면업종

(생략)

2. 감면비율

가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10

나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 20

다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30

라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장 : 100분의 5

마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 : 100분의 10

바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

① 삭제 <2006.12.30>

② ~ ③ 생략

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조,제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9제2항 및 제121조의17제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제63조의3제2항, 제94조, 제104조의14 및 제104조의15에 따라소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.<개정 1999.12.28, 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.4.20, 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.7.26, 2004.12.31, 2005.12.31, 2006.12.30, 2007.12.31>

⑤내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세년도에제6조,제7조,제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2,제63조,제63조의2제2항, 제64조, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9제2항과 제121조의2 또는 제121조의4의 규정에 의한소득세 또는 법인세의 감면규정중 둘이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는그중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.<개정 1999.5.24, 1999.12.28, 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.4.20, 2004.7.26, 2004.12.31, 2006.12.30, 2007.12.31>

(이하 생략)

나. 유사사례(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○대법원 2003. 9. 26. 선고, 2002두516

구 조세감면규제법(1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되기 전의 것) 제75조 제2항, 제71조 제1항, 제2항에 의하면, 농업협동조합 등이 5년 이상 계속하여 사용한 농어민지원시설을 새로운 시설로 이전하기 위하여 양도하는 경우 그 양도에 대한 특별부가세를 감면하도록 하는 한편, 양도 후 농어민지원시설을 이전하여 사업을 개시하지 아니하거나, 신시설에서 사업을 개시한 후 3년 이내에 당해 사업을 폐지한 때 또는 사업을 개시한 후 3년 이내에 당해 시설을 처분한 때에는 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있으므로, 농어민지원시설을 양도한 후 대체자산을 취득하여 사업을 개시하였는지 여부는 특별부가세의 감면요건이 아니라 사후적 추징요건에 해당하는 것이고,추징은 일단 면제 요건에 해당하면 그 세액을 면제한 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것이므로, 면제요건이 있는 데도 과세한 것은 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분이라 할 것이고, 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되어 적법한 것으로 되는 것은 아니다.

○ 대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163

조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다.

○서면2팀-6, 2006.01.03

【제목】

관할세무서장으로부터 과세자료 소명 안내문을 송달 받은 후 과소신고소득금액을 수정신고하는 경우에는 조세특례제한법 제128조 제3항 규정의 감면배제사유에 해당하지 아니함

【질의】

조세특례제한법 제128조(추계과세시 등의 감면배정) 제3항의 규정 중 “ 국세기본법 제81조의 6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고하는 경우에는 …중략… 규정을 적용하지 아니한다”의 규정에 대해 당초 2004년 개정세법 주요내용(2005.2월 재정경제부 간행)의 개정이유를 세무조사 사전통지를 받은 후에 수정신고하는 경우에는 세액감면을 배제함으로써 감면제도 실효성을 제고함에 있다고 해설하고 있는데, 이 경우 과세자료 소명안내문의 통지를 받은 후 수정신고는 세무조사 사전통지를 받은 것으로 보아 부당과소신고금액에 대해 조세특례제한법 제128조 제3항의 세액감면을 적용할 수 없는 것이 맞는지

【회신】

법인이 관할세무서장으로부터 과세자료 소명 안내문을 송달받은 후 과소신고 소득금액을 「국세기본법」 제45조의 규정에 의하여 수정신고하는 경우에는 「조세특례제한법」 제128조 제3항 규정의 감면 배제 사유에 해당하지 아니하는 것임

○ OOOOOOOOOO, 2005.02.24

【제목】

가공매입세금계산서의 부과 제척기간은 10년이며, 가공매입으로 인한 소득의 증액과 투자유가증권평가손실을 손금불산입하여 증액된 소득은 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 추가로 적용함

(중략)

(쟁점3)

(마) 처분청은 쟁점세금계산서 금액을 손금부인하여 증액 결정된 소득에 대하여 중소제조업등에 대한 특별세액감면 대상임과 가산세 계산이 잘못되었음 인정하고 있고, 청구법인이 법인세를 신고하면서 제조업 소득계산시 제외된 소득은 이자수익과 잡이익 뿐이어서 투자자산손실을 당초 손금으로 처리한 신고 내용을 부인하여 법인 소득이 증액결정되면 결국 청구법인의 제조업 소득이 증가되어 이 또한 중소제조업등에 대한 특별세액감면 적용 대상이므로 쟁점세금계산서 금액(39,569천원) 및 투자유가증권 평가손실 금액(295,000천원)을 손금불산입하여 증액 결정된 소득에 대하여 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 추가로 적용하고, 가산세 과다결정에 대하여는 위 감면 등을 추가로 적용한 후 재계산하는 것으로 경정되어야 할 것으로 판단된다

○ 국심2006부1208,2006.12.13

【제목】

부외경비를 필요경비로 인정하지 않을 경우 다른 년도보다 소득률이 높고 부외경비에 대한 증빙서류 등으로 보아 실제 지출한 경비로 봄이 타당하여 필요경비로 인정함

○ 재조세-340, 2005.03.23

【제목】

당초 5년의 기간내에 부과처분을 하였다면 추후 사기 기타 부정한 행위가 인정된다고 하더라도 직권에 의한 감액경정을 하기 위하여 10년의 제척기간을 적용할 수 없음

【질의】

〈사실관계〉

○S세무서는 토목공사업을 영위하는 K법인에 대하여 1996년부터 1998년까지 가공 세금계산서를 수취한 것으로 보아 법인세 등을 추징하였음.

○K법인은 1996년부터 1998년 사이에 작성한 어음기입장과 위장자료임을 주장하는 A씨(중기사업자를 관장)의 확인서를 첨부하여 2001년부터 2002년까지 일부는 심사청구를 하고, 일부는 심판청구를 제기하였으나, 쟁점세금계산서에 상응하는 중기건설용역을 제공받았다고 인정할 만한 원시 증빙자료를 제시하지 못하여 기각되었음(2002.3.14.).

○ K법인의 전대표이사 甲은 행정소송을 포기하고, 2004년3월 그동안 제출하지 못했던 “현장별 작업일지”, “어음장 사본” 등 새로운 증빙을 첨부하여 S세무서에 고충민원을 제기하였고

○S세무서는 이미 심사청구와 심판청구에서 받아들여지지 않은 사안이지만새로운 증빙을 제출함에 따라 납세자보호사무처리규정 제30조에 의거 납세자의 권익보호차원에서 사실확인을 통해 부과제척기간이 남아있는 1998년 귀속분 중 실지거래임이 확인되는 부분을 인정하여 일부 환급조치 하였으나

- 1996∼1997사업연도는 부과제척기간(5년)이 경과하여 심의대상에서 제외하였음.

○K법인의 전 대표이사 甲은 과세관청에서 자료상으로부터 허위의 세금계산서를 받아 비용을 과대계상하는 방법으로 세금을 탈루한 것으로 간주하고 추징한 것이기 때문에 사기기타부정한 행위로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 1996∼1997사업연도분도 환급함이 타당하다고 주장함.

〈질의내용〉

(질의 1)1996∼1997 사업연도분 중 실지거래임이 확인되는 부분에 대해 부과제척기간이 경과하였더라도 과세관청이 환급결정할 수 있는지 여부

〈제1안〉 : 환급할 수 없음.

〈제2안〉 : 환급할 수 있음.

(질의 2)질의 1에서 〈제1안〉이 채택될 경우로서 위 사례가 사기 기타 부정한행위에 해당된다면 부과제척기간 10년을 적용하여 환급할 수 있는지 여부

〈제1안〉 : 환급할 수 있음.

〈제2안〉 : 환급할 수 없음.

(질의 3) 부과 당시에는 당해 사안이 사기 기타 부정한 행위에 해당되는지를 적시하지 않고 탈루한 세액을 추징만 하였으나, 5년 부과제척기간이 경과한 이 시점에서 사기기타부정한 행위로 인정되면 부과제척기간10년을 적용할 수 있는지 여부

〈제1안> :부과 당시 사기 기타 부정한 행위로 보지 않았더라도 현재 사기 기타 부정한 행위로 인정된다면 10년의 국세 부과제척기간을 적용할 수 있음.

〈제2안〉:부과당시 사기 기타 부정한 행위로 보아 경정하지 않았다면현재 사기기타 부정한 행위로 인정되더라도 10년의 국세부과제척기간을 적용할 수 없음.

【회신】

〈질의1〉 국세기본법 제26조의 2 제1항의 국세부과의 제척기간은 증액경정이나 직권 감액경정시 모두 적용하는 것으로 국세 부과제척기간이 만료된 후에는 어떠한 처분(새로운 결정ㆍ증액경정ㆍ감액경정)도 할 수 없는 것임.

〈질의2〉국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하고 10년의 기간내에 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 사유로 부과처분 한 경우에는 이에 대한 직권 감액경정도 10년의 기간내에 할 수 있는 것임.

〈질의3〉당초 5년의 기간내에 부과처분을 하였다면 추후 사기 기타 부정한 행위가 인정된다고 하더라도 직권에 의한 감액경정을 하기 위하여 10년의 제척기간을 적용할 수 없는 것임.