2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2011. 9. 1. 원고에 대하여 한 2010년 1기분 부가가치세 364,086,390원 및 2010년 2기분 부가가치세 357,839,170원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고가 한 청구를 기각한다.

이 법원의 판결 이유는 다음 항에서 추가로 판단하는 부분을 제외하고는 제1심 판결 해당 부분과 같다. 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용하다.

2. 이 법원의 추가 판단 부분

가. 우선 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 본다. 이와 관련하여 앞서 든 사실관계와 증거, 갑 제33내지 45호증의 각 기재, 이 법원 증인 김AA, 전BB의 각 증언에 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ①OOOO센터는 AAA진흥공단이 100% 출자하여 설립한 공공기관이고, AA3사는 2005년 경부터 OOOO센터로부터 포괄적으로 매입・매출업무 전체를 위탁받은 회사인 점, ②원고는 이 사건 거래 이전부터 AA3사 중 CCCC와 거래관계를 유지하여 오다가 그 직원인 이 AA로부터 OOOO센터의 매출처 다변화 필요에 따라 구매대행 거래가 필요하다는 설명을 듣고 이 사건 거래를 시작하게 된점, ③한편 OOOO센터에서는 AA3사 직원들에게 자신의 본사 옆에 별도로 AA3사의 표시가 되어 있지 않은 사무실을 제공하고 AA3사에 전화가 걸려올 경우 OOOO센터 소속 부서에 전화를 돌려주는 것처럼 전화를 연결해 주었으며 AA3사 직원들이 카드사 포인트몰 관리화면에 로그인 할 수 있도록 인증서 등록을 해 준 점, ④ 원고는 OOOO센터 명의의 전자세금계산서를 발급받고 그 직원으로 알았던 구DD, 윤EE으로부터 유선 또는 이메일로 납품, 세금계산서 등을 확인하였으며, 이러한 과정을 통하여 OOOO센터가 보낸 거래명세표를 확인하고 애DDDDDD등에 인수 여부를 확인하는 등으로 구매대항 거래를 한 점, ⑤이러한 방식으로 대금지급과 물품공급 등이 정상적으로 이루어진 상황에서 원고로서는 이 사건 거래가 가공순환거래라는 의심을 하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, ⑥ 한편, 원고는 이 사건 거래에서 별도의 계약서를 작성하지 않은 채 거래의 위험성을 고려하여 0.5% 정도의 낮은 수수료율을 정하였는데, 이러한 계약 체결 및 수수료 산정방식 등은 그 이전부터 원고가 해 왔던 구매대생 거래(OO주식회사와 주식회사FFTKDML 거래와 GG주식회사와 YY주식회사 사의의 거래등)와 마찬가지 방식으로 이루어진 것으로 보이는 점, ⑦ 그 밖에 제1심에서 든 여러 사정등을 종합하여 보면, 피고가 내세우는 여러 사엊을 고려하더라도, 이 사건 거래가 가공 순환거래라는 등의 사정을 원고가 알았거나 알 수 있었음에도 이를 확인하지 않은 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

따라서 이 사건 거래에서 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 이와 달리 본 피고 주장은 받아들일 수 없다.

나. 나아가 피고는, 이 사건 거래의 실질은 위탁매매 또는 대리에 의한 재화의 공급에 해당하므로 원고는 취득한 중개수수료 부분에 관하여만 세금계산서를 발행하였어야 하는 점, 그럼에도 원고는 거래의 실질과 다르게 거래대금 총액을 기준으로 하여 각 매입 및 매출세금 계산서를 수수한 점 등에 비추어, 이 사건거래의 실질은 사실과 다른 세금계산서를 수수한 경우에 해당한다고 주장한다[과세처분취소소송의 소송들은 정다한 세액의 객관적 존부이므로 관세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운자료를 제출하거나 처분의 동일성이유지되는 범위내에서 그 사유를 교환・변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법여부를 판단하여야 하거나 당초의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니므로(대법원1997.10.24. 선고 97누2429판결등 참조) 위와같은 예비적 처분사유의 추가가 부적법하다고 볼 수는 없다]

그러나, 위에서 본 여러 사정, 여기에다가 OOOO센터는 이 사건 거래 중 2010년 10월 분 대금을 지급받지 못하게 되자 2010.12.5경 그 매출처인 원고에게 '거래사실 확인 및 2010년 10월 거래대금 청구 요청'이라는 공문을 발송하기도 한 점, 원고가 이 사건 거래로 얻은 총 수수료는 84,293,305원 정도로서 원고의 2010사업연도 전체 매출이익 약 351억 원의 약0.2% 불과한데, 그 회계처리 과정에서 수수료 부분만 매출액으로 인식하여 회계처리를 한 것으로 보이는 점, 그러나 거래의 특성에 따라 법률적인 거래의 실체와 달리 회계처리가 이루어질 수도 있고, 원고는 이 사건 거래와 유사한 다른B2B거래에서 이러한 회계처리를 적용하기도 한 점 등을 보태어 보면, 이 사건 거래는 원고의 책임과 계산하에 OOOO센터로부터 물품을 납품받고 대금을 지급하며, 애DDDD 등에 물품을 공급하고 대금을 지급받았던 것으로 좀이 옳다. 단순히 매입처와 매출처가 미리 정해져 있었다거나 수수료만은 매출이익으로 회계처리하였다는 등 피고가 내세우는 사정만으로 이와 달리 보기는 어렵다(피고가 내세우는 위 사정들은 원고가 기존에 취급한 다른 구매대행 거래에서도 마찬가지 였던 것으로 보인다).

따라서 이 사건 거래가 원고의 책임과 계산하에 이루어진 것이 아니라 위탁매매또는 대리인에 의한 매매에 해당한다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거도 없다. 이와 다른 전제에 선 피고 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

제1심 판결은 정당하다. 피고가 한 항소를 기각한다.