청구인은 서울특별시 중랑구 OOO동 OOOOOO 대지 123㎡, 단독주택 79.11㎡(지층11.21㎡, 1층 67.90㎡)(이하 “구주택”이라 한다)를 85.12.17 취득하여 85.11.28부터 거주하던 중 90.9.28 구주택을 멸실하고 90.10.8 멸실된 구주택 지상에 다가구주택 191.54㎡(지층 73.48㎡, 1층 59.03㎡, 2층 59.03㎡)(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 재건축하여 거주하다가 93.5.17 쟁점주택 및 그 부속토지 123㎡를 양도한 사실이 있다.

처분청은 청구인이 쟁점주택중 2층 부분은 3년이상 거주·보유한 것으로 보아 비과세하였으나, 지층 및 1층 부분은 청구인이 거주하지 아니하고 임대한 사실을 확인하고 쟁점주택의 비거주부분은 과세대상에 해당한다고 보아 94.9.15 청구인에게 93년귀속분 양도소득세 13,470,750원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 94.11.4 이의신청과 95.1.28 심사청구를 거쳐 95.5.10 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 85.12.17 구주택을 취득하여 거주하던 중 구주택을 철거하고 90.4.4 쟁점주택의 재건축허가를 받아 90.10.8 재건축한 후 93.5.17 쟁점주택을 청구외 OOO에게 양도하였는 바, 청구인은 양도시까지 쟁점주택의 2층에서 거주하여 구주택 취득 이후 쟁점주택의 양도시까지 7년 4개월 이상 거주하였으므로 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택의 비과세 요건에 해당된다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점주택중 청구인이 거주한 2층 부분을 제외한 지층 및 1층 부분에 대하여 청구인의 비거주 및 임대 사실을 확인하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장의견

소유하고 있는 토지에 대하여 다가구용 단독주택을 신축하여 판매하는 사업은 주택신축판매업에 해당하여 건설업으로 보아 종합소득세를 과세하는 것이고 당초부터 주택의 일부분을 임대에 공할 목적으로 신축한 다가구주택을 양도한 경우로서 주택의 소유자가 3년이상 거주하지 아니한 주택 부분(임대부분)에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것이므로(같은 취지 재일 01253-2267, 91.7.30, 재일 01254-2327, 90.11.24) 청구인도 다가구주택의 임대부분을 인정하고 있는 이 건의 경우 처분청이 양도한 쟁점주택 중 청구인이 거주용으로 사용한 부분은 1세대1주택으로 인정하고 임대한 부분(3세대)은 별개의 주택으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 청구인이 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 구주택을 멸실하고 다가구주택을 신축하여 2층에서 거주한 경우 지층 및 1층 부분과 쟁점주택의 부속토지 중 지층 및 1층면적에 해당하는 부분에 양도소득세를 과세한 처분이 타당한 지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령

소득세법 제5조 제6호 자목에 의하면 『대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 비과세하도록 』규정하고 있다. 또한 같은법 시행령 제15조 제1항에 의하면 『법 제5조 제6호 자목에서 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년 이상 거주하는 것으로 한다』라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서 『주택의 일부에 점포 등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 그 전체를 주택으로 본다. 다만 주택의 면적이 주택이외의 면적보다 작거나 같을 때에는 주택부분 이외의 건물은 주택으로 보지 아니한다』고 규정하고 있고, 같은조 제11항에 의하면 『제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택에 대한 기간을 통산한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 구주택인 서울특별시 중랑구 OOO동 OOOOOO 대지 123㎡, 단독주택 79.11㎡(지층 11.21㎡, 1층 67.90㎡)를 85.12.17 취득하고 85.11.28부터 거주하던 중 구주택을 멸실하고 지상에 90.10.8 쟁점주택인 다가구주택 191.54㎡(지층 73.48㎡, 1층 59.03㎡, 2층 59.03㎡)를 재건축하여 거주하다가 93.5.17 쟁점주택을 양도하였는 바, 처분청은 쟁점주택 중 청구인이 거주한 2층 건물 59.03㎡과 전체토지 123㎡ 중 청구인 거주부분을 쟁점주택 전체면적으로 안분한 토지 37.90㎡는 1세대1주택의 비과세 요건을 갖춘 것으로 보아 비과세하였으나 쟁점주택 중 지층 및 1층의 건물 132.51㎡ 및 비거주 부분으로 안분한 토지 85.10㎡에 대하여는 양도소득세를 과세하였음이 확인되고 있다.

(2) 한편 “1세대1주택”의 양도에 대한 그 간의 재무부·국세청 예규와 대법원판례, 당심의 선결정례 등의 취지를 보면 주택 신·증축시 증가된 건물부분면적은 과세 대상이 되나(증가된 부분에 대하여 비과세요건을 충족한 경우에는 물론 비과세 됨) 구주택 및 그 부속토지가 기왕에 이미 비과세 요건이 충족된 경우에는 신주택 및 그 부속토지 중 비과세요건이 충족된 구주택면적 및 그 부속토지해당면적에 대하여는 이를 비과세하는 것으로 보고 있다.(국심 91서 14, 91.5.7 같은 취지)

(3) 그렇다면 구주택에 대하여 비과세되는 1세대1주택의 요건을 갖추었던 청구인의 이 건 다가구주택 신축·양도의 경우에도 건물부분의 증가분 112.43㎡(191.54㎡-79.11㎡)에 대하여는 비과세요건을 갖추지 못하였으므로 과세해야 할 것이고, 토지부분 123㎡는 구주택에 따른 비과세 한도(67.90㎡ × 5 = 339.50㎡)이내 이므로 과세대상이 아니라 할 것이다(국심 94서 4618, 95.2.28, 국심 95중 0853, 95.6.14 같은 취지)