가. 청구법인은 2008.4.9. 부동산택지 개발 및 공급업을 사업 목적으로 하여 설립된 법인으로 2008.9.5. OOO에 따라 “OOO”에 대한 일반산업단지(이하 “OOO”라 한다)의 사업시행자로 지정된 후 산업단지 조성공사를 실시하여 2015.5.29. OOO 대지 외 61필지에 대한 준공인가를 받았다.

나. OOO은 청구법인이 보유하고 있는 산업단지 조성공사가 완료된 토지 중 132,783.45㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 “재산세 종합합산과세대상”으로 분류한 후, 쟁점토지에 대해 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 재산세 감면을 적용하여 청구법인에게 2019년 귀속 재산세를 부과하였다.

다. 처분청은 OOO으로부터 통보받은 재산세 부과자료에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하였고, 쟁점토지의 공시가격에 감면비율(100분의 60)을 곱한 금액을 공제한 후의 금액을 공시가격으로 하여 2019.11.21. 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세 OOO, 농어촌특별세 OOO을 결정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지 중 60%는 「지방세법」에서 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 분류한 토지에 해당하지 아니하므로 해당 부분은 재산세 분리과세대상으로 보아 종합부동산세 과세대상 토지에서도 제외하는 것이 타당하다.

(가) 종합부동산세는 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따른 재산세 종합합산과세대상과 같은 항 제2호에 따른 재산세 별도합산과세대상으로 구분된 토지 중 과세대상별로 토지의 공시가격을 합한 금액이 일정금액을 초과하는 경우에만 부과된다.

따라서, 종합부동산세 과세대상인 토지에 해당하기 위해서는 우선 재산세 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상에 해당하여야 하는데, 쟁점토지 중 60%는 「지방세법」제106조에서 열거한 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상에 해당하지 않는다.

1) 처분청은 쟁점토지 전체를 종합합산과세대상으로 보았으나, 「지방세법」제106조 제1항 제1호 단서에 따라 “재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지” 등은 종합합산과세대상에 해당하지 아니하므로 재산세 감면이 적용되는 쟁점토지 중 60%는 종합합산과세대상이 아니다.

2) 또한, 「지방세법」제106조 제1항 제2호 단서에서는 같은 조 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상에 해당하지 않는다고 규정하고 있으므로 재산세가 감면되는 쟁점토지 중 60%는 별도합산과세대상에서도 제외된다.

(나) 대법원도 「지방세법」제106조 제1항은 재산세 과세대상인 토지를 분리과세대상·별도합산과세대상·종합합산과세대상으로 분류하고 있으므로 재산세가 경감되는 부분에 해당하는 토지도 역시 이 중 어느 하나에 반드시 포함되어야 하는 점, 재산세가 경감되는 50/100에 해당하는 부분은 「지방세법」에서 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상 토지에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있는 점을 근거로 “이 건 토지 중 재산세의 50/100이 경감되는 부분은 재산세 분리과세대상 토지”에 해당한다고 판결(대법원 2018.11.29. 선고, 2018두45725 판결)한바 있다.

(다) 「지방세법」제106조는 2019.12.3. 개정되어 “재산세가 감면되는 토지 중 경감비율에 해당하는 토지”를 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상의 제외 범위에서 삭제하였으나, 부칙에서 개정 법률의 시행일을 2019.12.3. 이후 납세의무가 성립하는 분부터라고 명시하였는바 재산세가 감면되는 토지 중 경감비율에 해당하는 부분은 분리과세대상으로 보는 것이 조세법률주의에 부합한다.

(2) 쟁점토지 중 60%는 앞에서 살펴본 바와 같이 재산세 분리과세대상이므로 종합부동산세 과세대상에서 우선 제외되며, 나머지 쟁점토지 중 40%는 「종합부동산세법」제6조에 따라 재산세 감면비율을 곱한 금액을 공제한 후의 ‘감면 후 공시가격’을 기준으로 종합부동산세를 산정해야 한다.

(가) 처분청은 쟁점토지에서 감면되는 토지의 면적(쟁점토지의 60%)을 제외한 토지의 공시가격에서 추가로 재산세 감면율을 곱한 금액을 공제하게 된다면 쟁점토지에 대한 종합부동산세 부과시 중복하여 감면을 적용하는 결과가 초래된다는 의견이나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는한 법문대로 해석하여야 하는바(대법원 2017.9.7. 선고 2016두35083 판결) 종합합산과세대상 토지에 대해서는 「종합부동산세법」제6조에 따라 종합부동산세를 부과해야 한다.

(나) 「종합부동산세법」제6조에서는 과세대상 토지의 공시가격에 「지방세특례제한법」또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세 감면비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 보도록 규정하고 있으므로 쟁점토지 중 종합합산과세대상 토지(쟁점토지의 40%)의 공시가격에 「지방세특례제한법」제78조에 따른 재산세 감면비율 60%을 곱한 금액을 공제하고 남은 금액(구체적인 계산방법은 아래 ＜표1＞참고)만이 종합부동산세 과세표준*에 포함되어야 한다.

＜표1＞ 쟁점토지 중 일부인 OOO의 계산방법 비교

나. 처분청 의견

처분청은 OOO으로부터 통보받은 내용에 따라 쟁점토지의 공시가격에서 재산세 감면비율을 곱한 금액을 차감한 후 나머지 금액만을 종합합산과세대상 공시가격으로 하여 종합부동산세를 부과하였다.

만일 이 건 청구주장을 받아들일 경우, 재산세 감면대상인 쟁점토지 중 60%는 재산세 분리과세대상 토지로 보아 종합부동산세 과세대상에서 제외되고, 나머지 40%의 쟁점토지에 대하여는 그 부분에 대한 종합부동산세를 60% 만큼 감면받게 되어 중복하여 감면을 적용받게 되는 결과가 초래되므로 조세형평성에 어긋나는 결과가 초래된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지 중 재산세 감면비율에 상당하는 부분은 재산세 분리과세 대상에 해당하여 종합부동산세 과세대상이 아니고, 그 외 부분에 대한 종합부동산세는 재산세 감면비율 상당액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「종합부동산세법」 제6조에 따라 쟁점토지의 공시가격에 「지방세특례제한법」 제78조에 따른 감면비율(100분의 60)을 곱한 금액을 공제한 후의 그 금액을 공시가격으로 하여 이 건 종합부동산세를 결정․고지하였으나, 청구법인은 감면대상 토지 중 경감비율 100분의 60에 해당하는 토지를 분리과세대상으로 보아 종합합산과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하는바, 처분청 결정내역 및 청구주장을 비교하면 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 처분청 결정내역 및 청구주장의 비교

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2015.5.29. OOO 조성이 일부 완료되어 OOO로부터 아래 OOO과 같이 준공인가를 받았고, 이로 인하여 청구법인이 분양하기 위하여 보유하고 있는 OOO 1·2공구 토지(쟁점토지)는 준공인가 전까지 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지로서 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제5호에 따라 분리과세대상 토지에 해당하였으나, 준공인가 이후부터는 종합합산과세대상 토지에 해당하게 되었다.

(나) 청구법인은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자에 해당하여 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」 제78조에 따라 산업단지 등에 대한 재산세 감면(100분의 60)을 적용받고 있으며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(3) 2019년 귀속 재산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 지방세법령에 따른 재산세 과세대상 구분은 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 분리과세대상 토지를 각각 열거하고 있고, 위 별도합산과세대상 및 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있는데, 「지방세법」상 쟁점토지와 같이 산업단지개발사업의 시행자가 조성공사가 끝났으나 분양 또는 임대할 목적으로 보유하고 있는 토지는 분리과세대상으로 열거되어 있지 아니하다.

(4) 「종합부동산세법」제6조 제1항은 「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제1항에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다고 규정하고 있으며, 「종합부동산세법」 제11조는 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상 및 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다고 규정하고 있다.

(5) 개정된 「지방세법」(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것)의 입법이유, 국회 회의록(행정안전위원회 검토보고서 등) 등을 살펴보면, 토지분 재산세를 경감할 때 그 비율에 해당하는 부분의 토지가 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 기재되어 있는바, 국회 행정안전위원회의 검토보고서, 회의록 및 입법이유서 등의 주요 내용은 다음과 같다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 재산세 경감비율에 상당하는 부분은 재산세 분리과세대상에 해당하여 종합부동산세의 과세대상이 될 수 없고, 그 외 부분에 대한 종합부동산세는 재산세 경감비율 상당액을 감면하여야 한다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제11조에서 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하도록 규정되어 있고, 「종합부동산세법」제6조 제1항에서 「지방세특례제한법」 또는「 조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용하도록 규정하고 있는 점, 「지방세법」 제106조는 재산세 과세대상인 토지를 종합합산, 별도합산 및 분리과세대상으로 구분하고, 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외하고는 모두 종합합산과세대상으로 구분하도록 규정하고 있으며, 분리과세대상은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로서 그 대상은 「지방세법」 제106조 및 같은 법 시행령 제102조에 한정적으로 규정되어 있는 점(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임), 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하여 감면하기 위한 것으로서 이를 분리과세대상으로 분류하도록 한 규정으로 보기 어려운 점, 2019.12.3.「지방세법」개정 당시 입법이유서 등에서 재산세가 경감되는 토지의 과세대상구분을 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 하기 위한 것이라고 개정이유를 밝히고 있는 점, 처분청은 쟁점토지의 공시가격에 경감비율을 곱한 금액을 공제한 후의 금액을 종합합산과세대상토지분 공시가격으로 산정하여 종합부동산세 과세표준에 포함하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2020부1028 2020.8.25., 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것)

제6조(비과세 등) ①「지방세특례제한법」 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다

② 「지방세특례제한법」 제4조에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

④ 제1항 및 제2항의 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과함에 있어서 제1항 및 제2항 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

(2) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지·자원의 공급 및 방송·통신·교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(3) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것)

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

가. 삭제 ＜2019.12.3＞

나. 삭제 ＜2019.12.3.＞

부칙 ＜제16663호, 2019.12.3＞

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

(4) 지방세법 시행령(2019.12.31. 대통령령 제30318호로 개정되기 전의 것)

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지: 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지(건축 중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다)로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지

2. 전·답·과수원 (각 목 생략)

3. 목장용지: 개인이나 법인이 축산용으로 사용하는 도시지역 안의 개발제한구역·녹지지역과 도시지역 밖의 목장용지로서 과세기준일이 속하는 해의 직전 연도를 기준으로 다음 표에서 정하는 축산용 토지 및 건축물의 기준을 적용하여 계산한 토지면적의 범위에서 소유하는 토지

(5) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

2. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 토지의 취득일(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제19조의2에 따른 실시계획의 승인 고시 이전에 취득한 경우에는 실시계획 승인 고시일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.

② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

2. 제1항에 따른 사업시행자가 2022년 12월 31일까지 취득하여 보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 경감한다. 다만, 조성공사가 끝난 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 분양 또는 임대하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다. (이하 생략)