청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 청구법인의 OO지점, OOO지점, OO지점, OOO지점, OOOOOO 지점, OO지점, OO지점, OOO지점(이하 “해외지점”이라 한다)에서 내국법인이 발행한 외화표시채권을 인수하여 수취한 이자소득(이하 “외화표시채권이자소득”이라 한다)에 대한 법인세 상당액을 구 조세감면규제법 제69조에 의해 감면 받고, 청구법인의 해외지점이 소재지국에 납부한 조세(이하 “외국납부세액”이라 한다)를 손금산입하여 1993～1996사업년도 법인세를 신고·납부하였다.

처분청은 외화표시채권이자소득은 조세감면규제법 규정에 의해 감면된 소득으로 법인세의 납부할 세액계산에 있어서 이미 공제되었기에 외국에서 과세된 법인세와의 이중과세문제가 발생할 여지가 없기 때문에 외국납부세액공제대상이 아니라고 보아 외화표시채권이자소득에 상당하는 1,006,093,237원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 외국납부세액을 손금불산입하여 1999.3.18 청구법인이 1993사업년도분 법인세 64,217,560원, 1994사업년도분 법인세 138,667,460원 및 동 농어촌특별세 5,934,350원, 1995사업년도분 법인세 199,249,850원 및 동 농어촌특별세 9,751,640원, 1996사업년도분 법인세 71,050,270원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.6.11. 심사청구를 거쳐 1999.10.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

외국납부세액의 손금산입 제도는 법인세가 면제되어 납세의무가 없는 외화표시채권이자에 대하여 국외에서 납부한 법인세액을 산출세액에서 공제할 수 없어 이를 각 사업연도의 소득금액계산상 손금산입토록하여 외국납부세액 공제제도에 내재한 과세형평의 모순성을 시정하기 위한 제도이며, 실정법상 국내면제소득에 대한 외국납부세액에 대해서는 손금불산입한다는 명문규정이 없으므로 이를 손금불산입함은 조세법률주의에 위배된 처분이다.

나. 국세청장 의견

외화표시채권이자소득은 조세감면규제법 규정에 의하여 감면된 소득으로서 법인세의 납부할 세액계산에 있어서 이미 공제되어 외국에서 과세된 법인세와의 이중과세문제가 발생할 여지가 없기 때문에 이에 대한 외국납부세액을 외국납부세액공제대상이 아니라고 보아 손금불산입하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

외화표시채권이자소득의 법인세 감면세액 상당액에 해당하는 외국납부세액을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

구 조세감면규제법 제28조의2【외국납부세액의 손금산입의 특례】에서 “내국인은 소득세법 제48조 제1호 또는 법인세법 제16조 제3항 규정에 불구하고 소득세법 제76조 제1항의 규정에 의한 외국납부세액금액 또는 법인세법 제24조의 3 제1항의 규정에 의한 외국법인세액 전액을 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입할 수 있다”라고 규정하고 있고,

같은 법 제69조【이자소득에 대한 법인세 등 면제】 제2항 제1호에서 “국가·지방자치단체 또는 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 이자 및 수수료의 소득을 지급 받는 자에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제한다”고 규정하고 있으며,

구 법인세법 제24조의 3【외국납부세액에 대한 세액공제】 제1항에서 “내국법인의 각 사업년도의 과세표준금액에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우에 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업년도의 법인세액에서 국외원천소득이 당해 사업년도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 당해 사업년도의 법인세액에서 공제한다”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

조세감면규제법 제69조와 법인세법 제24조의 3의 규정을 비교해 살펴보면, 조세감면규제법의 법인세 감면은 외화조달의 원활화를 위한 조세지원을 목적으로 산출세액 × 감면소득/과세표준으로 산정된 금액을 공제하는 제도이며, 법인세법의 외국납부세액 공제제도는 국제간의 이중과세조정을 목적으로 산출세액 × 국외원천소득/과세표준으로 상정된 금액을 세액공제하거나, 외국납부세액 전액을 손금산입하는 방법으로 공제하는 제도이다.

외화표시채권이자소득은 조세감면규제법에서 법인세를 감면하도록 되어 있어 외국(원천지국)에서만 과세되고 우리나라(거주지국)에서는 과세되지 아니하여 이중과세 현상은 없다 할 것이므로 내국법인이 발행한 외화표시채권을 내국은행의 해외지점이 인수하여 수취하는 이자소득에 대하여 외국에서 과세된 세액은 법인세법 제24조의 3에서 규정하는 외국납부세액공제대상이 되지 아니하는 것으로 판단된다【재경원 국조46017-134, 1997.7.31, 국심98서2086, 1999.2.5, 같은 뜻】.

그러므로, 조세감면규제법에 의한 법인세 면제와 법인세법에 의한 외국납부세액공제를 각각 적용하게 되면 하나의 소득에 대하여 이중공제를 하게되는 불합리한 결과가 나타난다 할 것이므로, 법인세법에 의한 외국납부세액공제를 배제하고 쟁점금액을 손금불산입하여 과세한 당초 처분은 정당하다 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.