가. 청구법인은 2009.9.30. 국토해양부장관으로부터 OOO 개발․조성사업 승인을 받고, 2012년부터 2018년까지의 기간 동안에 OOO 외 819필지 토지 1,413,776㎡(이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 순차적으로 취득한 후, 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여, 취득세(2014년까지는 면제, 2015년부터는 35%) 및 재산세(2014년까지는 면제, 2015년부터는 60%) 등을 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지들의 각 취득일부터 감면유예기간(3년) 이내에 정당한 사유없이 산업단지를 조성하지 않은 것으로 보아, 2018.12.24. 청구법인에게 쟁점토지들의 취득가액 OOO원 및 해당연도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지들의 개별공시지가 총액에 공정시장가액비율(70%)을 곱하여 산정한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원, 재산세 등 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 OOO를 조성하게 된 경위를 살펴보면, 청구법인은 OOO 일대의 토지 2,225천㎡(이하 “제①구간”이라 한다)와 OOO 일대의 토지 1,856천㎡(이하 “제②구간”이라 한다) 총 4,081,466㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 개발․조성하는 산업단지개발 사업의 시행자로서 제①․②구간 토지를 2012년부터 2018년까지 순차적으로 취득(2018년 현재 11필지 11,953㎡는 아직 취득하지 못함)한 후, 본격적인 산업단지 조성공사에 앞서 2013년 7월부터 2016년 6월까지는 문화재 발굴조사를, 2014년 9월부터 2017년 1월까지는 지장물 철거공사를 각각 진행하였다. 이후 청구법인은 토지소유자와의 보상 지연, 입주대상 기업군 선정 등과 관련한 처분청 및 OOO과의 협의지연으로 개발계획이 여러 차례 변경·조정되는 현실, 정부정책 지원(OOO형 일자리 창출 정책) 등을 고려하여, 제①․②구간 모두를 동시에 착공하여 완공하는 것은 어렵다고 보아 2014.9.1. 우선 제①구간부터 공사착공을 하고, 나머지 제②구간은 2020년부터 착공하는 것이 타당하다고 판단하여 이를 토대로 국토해양부장관으로부터 2019.3.6. 산업단지개발계획 변경승인을 받아 개발기한을 2019년(당초 2014년)까지로 연장하게 되었다.

처분청은 청구법인이 이 건 토지 중 제②구간의 토지를 취득하고도 감면유예기간 이내에 산업단지 조성공사를 착공하지 않았으므로 추징대상에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 보다 효율적인 방법으로 산업단지 조성공사를 진행하기 위해 청구법인 스스로의 결정으로 이 건 토지를 제①․②구간으로 구분하였을 뿐 OOO는 대외적으로 하나의 산업단지로서 이미 2014.9.1.부터 실제로 산업단지 조성공사를 착수하였고 2019년 현재 공정율이 95%에 이르고 있는 점, 청구법인이 제②구간에 대하여 본격적으로 조성공사를 시행하기에 앞서 2013년에 문화재발굴공사, 2014년에 지장물철거공사를 이미 시행한 점, 행정안전부 유권해석(지방세운영과-845, 2014.3.10.)에서 문화재발굴공사 및 지장물철거공사도 용지 조성사업을 한 것을 인정하고 있는 점, 정부 일자리창출정책 지원을 위해 제①구간부터 조성공사를 실시한 점 등을 고려하면, 청구법인은 이 건 토지를 순차적으로 각각 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 산업단지 조성공사에 직접 사용하고 있었고, 설령 처분청 주장대로 감면유예기간 이내에 조성공사(착공)를 하지 않았다 하더라도 정부정책 지원 등의 사유로 조성공사가 지연된 것이므로 이는 정당한 사유가 있다고 보아야 함에도 처분청은 이 건 토지 전체를 일단의 토지로 인정하지 않고 제②구간만을 따로 분리하여 조성공사가 이루어지지 않는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 2012.12.10.부터 2018년까지 820필지인 쟁점토지들을 순차적으로 취득하였고, 산업단지 등 대규모 단지 조성사업을 하는 경우 본격적인 조성공사를 착공하기에 앞서 토지 보상 등의 절차만 해도 3년 이상의 시간이 소요되는 현실을 고려하여야 하는바,

청구법인이 2012년과 2013년에 취득하였지만 토지보상 등을 완전히 마치려면 최소한 2015년 내지 2016년이 경과 되어야 공사착공이 가능한 상태이므로 위의 사정을 고려하지 않을 경우에는 처음에는 감면대상이었다가 감면유예 기간인 3년이 종료되는 즉시 추징대상이 되는 불합리한 문제가 발생하게 된다. 따라서, 처분청 주장대로 청구법인이 산업단지를 조성하였는지의 여부를 제①․②구간별로 각각 구분하여 판단하여야 한다면, 감면유예 기간의 기산일 산정방식을 청구법인이 쟁점토지들을 순차적으로 취득한 각 개별 토지의 취득일이 아니라 마지막으로 취득한 2018년(처분청은 2016.6.5. 취득분까지 추징)부터 기산하여야 하는 것이 타당함에도 처분청은 각 개별 토지의 취득일부터 기산을 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 제①구간에서 조성공사를 착공하였고, 제②구간에서 문화재 발굴조사, 지장물 철거공사를 하였으므로 이는 산업단지 조성공사를 한 것으로 보아야 하고, 설령 조성공사를 하지 않았다 하더라도 이는 정부정책(OOO형 일자리 정책) 지원을 위해 제①구간부터 우선적으로 조성공사함에 따라 제②구간 조성공사를 하지 못한 것이므로 이에 따른 정당한 사유가 있다고 주장하나,

청구법인은 2012년부터 2018년까지의 기간 동안에 쟁점토지들을 취득한 후, 2019년 4월 현재까지 처분청이 현지에 출장하여 확인한 바에 따르면 취득 당시의 임야 또는 농지 원형 그대로 있는 등 산업단지 조성공사와 관련하여 아무런 행위도 하지 않은 상태로 방치한 것이 확인이 되는 점, 청구법인은 2014년부터 2018년까지 쟁점토지들(1,172필지)에 대하여 제3자와 용지임대차계약을 체결하였고 위 기간 동안에 수익사업(임차료 OOO)을 한 것이 확인이 되는 점, 제②구간의 공사착공이 2020년 이후에나 추진할 예정으로 확인이 되는 점 등을 고려하면, 청구법인이 쟁점토지들에서 문화재 발굴조사와 지장물 철거공사를 하였다는 사실만으로 이 건 산업단지 조성공사를 착공하였다고 보기는 어렵고, 청구법인이 정부정책을 지원하기 위하여 우선적으로 제①구간의 조성공사를 착공하였더라도 이는 청구법인의 내부적인 사정으로서 관계법령 및 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유에 해당한다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 산업단지 개발사업을 진행하는 경우 현실적으로 착공에 앞서 보상 절차만 3년 이상 소요되므로 쟁점토지들의 감면유예기간의 기산일 산정은 마지막으로 취득한 토지의 취득일로 보아야 한다고 주장하나,

「지방세특례제한법」제78조 제1항 단서에서 산업단지 등을 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 등을 조성하지 아니하는 경우 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있는바, 산업단지를 조성하기 위하여 시차를 두고 수필지의 토지를 순차적으로 취득하였다고 하더라도 위 토지들의 각 감면유예기간의 기산일은 각 필지별 취득일을 기준으로 판단하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점토지들을 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 산업단지 조성사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 국토해양부장관은 2009.9.30., 2019.3.6. 및 2019.9.17. OOO 조성계획 승인(제2009-956호) 및 변경승인(제2019-100호, 제2019-489호) 고시를 하였고 그 주요 내용(발췌)은 다음과 같다.

(나) 청구법인은 이 건 토지상에서 OOO를 조성하기 위하여 2012년에 296필지 451,557㎡를, 2013년에 342필지 330,039㎡를, 2014년에 180필지 152,696㎡를, 2015년에 242필지 278,280㎡를, 2016년에 188필지 183,534㎡를, 2017년에 1필지 3,160㎡를, 2018년 3필지 2,557㎡를 합계 1,252필지 1,401,723㎡를 취득하였다.

(다) 청구법인이 2016.6.21. 작성한 내부문서를 보면, 이 건 토지상에서 재단법인 OOO을 조사기관으로 하여 2013.7.8.부터 2016.6.22.까지 계약금액 OOO원(준공금액 OOO원)에 문화재발굴(시굴) 조사용역을 시행한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인과 OOO이 체결한 용지임대차계약을 보면, 청구법인은 제②구간에 소재하는 쟁점토지들 중 2014년에 410필지, 2015년에 248필지, 2016년에 248필지, 2017년에 211필지, 2018년 211필지의 농지를 임대한 것으로 확인되며, 이 기간 동안에 OOO원의 임대료를 받은 것으로 나타난다.

(마) 주식회사 OOO가 2017.1.24. 청구법인에게 제출한 OOO 지장물 철거공사 준공검사원을 보면, 계약금액은 OOO원, 계약일자는 2014.8.8., 착공일자는 2014.9.1., 중공예정일은 2017.1.31., 공정률은 100%인 것으로 나타난다.

(바) 전라남도지사는 2018.11.14.부터 2018.11.16.까지 청구법인에 대해 세무조사를 실시하여, 청구법인이 쟁점토지들을 취득하고 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 않은 것으로 보아 2018.12.13. 청구법인에게 지방세 세무조사 결과를 통지하였고, 처분청은 2018.12.24. 청구법인에게 감면된 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 부과·고지하였다

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세법특례제한법」제78조 제1항에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세(2014년까지는 면제, 2015년부터는 35%) 및 재산세(2014년까지는 면제, 2015년부터는 60%) 등을 감면하되 다만, 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있다.

위 조항에 규정된 “정당한 사유”란 법령 등에 의한 금지·제한 등 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 사용할 수 없는 내부적인 사유도 포함되고 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 토지의 취득목적에 비추어 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 당해 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1998.11.27. 선고 97누5121 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 취득세 등 감면유예기간 중에 일단의 토지 중 제①구간의 토지에 대해 착공을 하였고, 제②구간내 쟁점토지들 상에서도 문화재 발굴조사 및 지장물 철거공사를 시행하였으므로 이는 산업단지를 조성한 것으로 보아야 하며, 설령 제②구간에서 산업단지를 조성하지 못하였다 하더라도 이에 따른 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이 건 OOO는 1·2단계로 구분되어 조성되고 있고 OOO 소재 OOO을 경계로 행정구역이 OOO 제①구간(처분청 일부구간 포함)의 토지와 처분청인 제②구간의 쟁점토지들의 경계가 명확하게 구분이 되고 있으며, 이 건 토지 전체에 대해 펜스가 설치되어 있지 않고 있는 것으로 보이는 점 등을 고려할 때 이 건 토지는 일단의 토지로 보아 시행하는 통상의 다른 산업단지 조성공사와는 차이가 있어 보이는 점, 처분청이 현지 출장하여 확인한 바에 따르면 쟁점토지들은 취득 당시의 임야 또는 농지 원형 그대로 방치되어 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점토지들에 대해 2014년부터 2018년까지 제3자와 용지임대차계약을 체결하고 산업단지 조성용이 아닌 다른 용도로 사용한 사실이 확인 되는 점, 청구법인이 쟁점토지들에서 문화재 발굴조사와 지장물 철거공사를 하였다는 사실만으로 산업단지 조성공사에 본격적으로 착공하였다고 보기 어려운 점, 이 건 제②구간의 개발기간이 당초 2000년 9월에서 2019년 12월로, 다시 2023년 6월로 변경 되어 청구법인은 쟁점토지들을 취득한 후 장기간 산업단지 조성공사를 착공하지 않은 것으로 보이는 점, 청구법인이 제①구간부터 우선적으로 조성공사에 착공함에 따라 제②구간인 쟁점토지들에 대해 공사착공을 하지 못하였다 하더라도 이는 청구법인의 내부사정으로서 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구법인은 제②구간에서 마지막으로 취득한 2018년(처분청은 2016.6.5. 취득분까지 추징)부터 감면유예기간을 기산하여야 한다고 주장하나, 청구주장은 지방세법령에 근거가 없고 제②구간의 토지 대부분이 감면유예기간인 3년이 경과된 점 등에 비추어, 청구법인은 산업단지를 조성하기 위하여 쟁점토지들을 취득한 후 감면유예기간 이내에 정당한 사유없이 산업단지를 조성하지 아니한 것으로 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2012.1.1., 법률 제11138호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2013.1.1., 법률 제11618호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(3) 지방세특례제한법(2015.1.1., 법률 제12955호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ⓛ「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지지원에 관한 특례법」제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.