가.청구인은 「조세특례제한법」제99조의 3 규정에 의한 신축주택인 OOO(이하 신축주택 이라 한다)를 2001.4.16. 취득하고 OOO(이하 쟁점주택 이라 한다)를 취득한 후 쟁점주택을 2011.10.21. 양도하고, 1세대1주택으로 보아 장기보유특별공제율 48%를 적용하여 처분청에 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점주택을 1세대2주택의 양도로 보아 장기보유특별공제율 18%를 적용하고 2012.4.8. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.29. 이의신청을 거쳐 2012.8.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 일반주택인 쟁점주택을 양도하고 세법을 잘 몰라 과세되는 1세대 1주택으로 장기보유특별공제율 48%를 적용하여 신고·납부하였으나 처분청은「조세특례제한법」상 신축주택외 일반주택을2007.12.31.이후 양도하였다 하여 과세되는 1세대2주택으로 보아 장기보유특별공제율 18%를 적용하여 과세하였는바, 처분청은 2006.12.30.자 법률 제8146호로 개정된「조세특례제한법」제99조의3 제2항의 규정을 적용하여 2007.12.31.까지 일반주택을 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것으로 보아 1세대2주택으로 판단하였으나, 쟁점주택의 양도는 동 규정을 적용하는 것이 아니라 법률 제6297호로 2000.12.29. 신설된「조세특례제한법」제99조의3의「수도권외 지역 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면」규정에 해당하는 신축주택이므로 법률 제8146호로 개정된「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)의 적용을 받지 않으며,

2002.12.11. 법률 제6762호의 부칙 제29조 제1항과 제2항을 제정하면서 감면주택에 대하여는 종전 규정을 적용한다라고만 규정하였을 뿐, 특례규정이 없어 신축주택외 일반주택을 양도할 경우 1세대1주택 비과세 규정에 대한 특례는 적용받을 수 없었으나, 2010.1.1.자로「조세특례제한법」관련규정인 법률 제6762호 부칙 제29조 제3항을 신설하여 당초부터 정부정책을 믿고 신축주택을 취득한 납세자에 대한 신뢰가 확보되어 불이익을 받지 않게 되었고, 「조세특례제한법」제99조의 3 부칙 제67조에서 법률 제6762호로「조세특례제한법」일부 개정법률 부칙 제29조의 개정규정은 2010.1.1.부터 시행토록 하고 있으므로 청구인의 쟁점주택 양도는「조세특례제한법」제99조의3 개정부칙에 근거하여 1세대1주택에 해당되므로 비과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점주택이「조세특례제한법」제99조의3에 해당되는 신축주택이며,같은 법 제99조의3 부칙 제6762호 제29조 제3항에는 이 법 시행전에종전의 요건을 충족한 신축주택에 대해서는 동법 제99조의3 제2항을 적용한다고규정하였으므로, 쟁점주택은 그 외의 주택 양도시 주택수에 포함되지 않으며쟁점주택은 1세대1주택으로 보아 비과세 적용을 해야 한다고 주장하나,

「조세특례제한법」제99조의3 제2항에는 “ 「소득세법」제89조 제1항 제3호를적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을거주자의 소유주택으로 보지 아니한다”고 규정하고 있으며, 청구인의 쟁점아파트는2011.10.21. 양도되었으므로, 1세대1주택 비과세 규정의 적용 대상에 해당되지 않고,따라서쟁점아파트를 1세대1주택이 아닌 것으로 보아 장기보유특별공제율 18%를 적용하여,청구인에게양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.청구인은 쟁점주택이「조세특례제한법」제99조의3에 해당되는 신축주택이며,「조세특례제한법」제99조의3 부칙 제6762호 제29조제3항에는 이 법 시행전에종전의 요건을 충족한 신축주택에 대해서는 동법 제99조의3 제2항을 적용한다고규정하였으므로, 쟁점주택은 그 외의 주택 양도시 주택수에 포함되지 않으며쟁점아파트는 1세대1주택으로 보아 비과세 적용을 해야 한다고 주장하나,

「조세특례제한법」제99조의3 제2항에는 “ 「소득세법」제89조 제1항 제3호를적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을거주자의 소유주택으로 보지 아니한다”고 규정하고 있으며, 청구인의 쟁점아파트는2011.10.21. 양도되었으므로, 1세대1주택 비과세 규정 적용 대상에 해당되지 않고,따라서쟁점아파트를 1세대1주택이 아닌 것으로 보아 장기보유특별공제율 18%를 적용하여, 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 의한 신축주택 취득자가 2007.12.31.이 지난 후에 일반주택을 양도한 경우 1세대1주택 비과세 특례 적용대상에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 토대로 이 건 사실관계를 살펴본다.

(가)청구인은「조세특례제한법」제99조의3이 최초로 신설되어 적용된 시점인 2001.4.16. 수도권 외의 지역에서 신축주택을 취득하고 일반주택인 쟁점주택을 2004.11.11. 취득하여 보유하다가 2006.12.30.「조세특례제한법」제99조의3 제2항이 개정되어 일몰규정(일반주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우에 한하여 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다는 내용)이 들어간 후 1세대1주택 특례를 적용받을 수 있는 일반주택의 양도시한인 2007.12.31.이 경과한 2011.12.1.에 쟁점주택을 양도하였다.

(나) 이에 대하여 청구주장은청구인이 신축주택을 취득한 시점은 2001.4.16.이고 당시「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 규정은 신축주택의 취득기간이 “2000.11.1.부터 2001.12.31.까지”였으며, 일반주택을 먼저 양도하는 경우에 있어서 제2항에서는 일몰규정이 없이 1세대1주택 특례를 적용하도록 규정하고 있었으므로 “2001.5.23부터 2003.6.30.까지”의 기간을 신축주택 취득시기로 하여 과세특례를 규정한「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 대한 일몰규정을 적용하는 제2항을 청구인에게 적용하는 것은 부당하므로 청구인의 신축주택 취득당시 적용되는 규정을 그대로 적용하여야 한다는 것이고,처분청은 법률 제9921호로 2010.1.1. 개정되어 시행된「조세특례제한법」부칙 제67조 제3항의 신설규정인 부칙 제29조(2002. 12. 11 법률 제6762호)는 개정전에 사용승인·계약체결한 신축주택을 보유한 자가 일반주택 양도시 신축주택을 주택수에서 제외하는 규정에 대한 부칙규정이 없어 신축주택이 고가주택에 해당하거나 서울, 과천, 5대신도시에 소재하는 신축주택을 보유한자가 일반주택 양도시 비과세를 적용받지 못하므로 정부정책의 신뢰성 제고를 위하여 개정된 것이고, 일반주택을 양도하는 경우 신축주택을 주택수 계산시 제외한다는 규정은 종전규정을 적용하여야 하므로 1세대1주택 규정을 적용할 수 없다는 입장이다.

(2) 이 건 관련법령과 개정이유 등을 토대로 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 특례를 적용받을 수 있는지에 대하여 살펴본다.

2006.12.30.「조세특례제한법」제99조의3 제2항(“ 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”)이 개정(“ 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.”는 내용으로서 이하 일몰규정 이라 한다)된 취지를 살펴보면,기존의 1세대1주택 비과세 특례규정 적용시양도소득세 과세특례의 감면혜택이 과도하고 다주택자를 중과하는 부동산 정책과도 상치되어 신축주택 취득자가 일반주택의 양도시 1세대1주택 특례를 적용받기 위해서는 일반주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우에 한하도록 하였고,

「조세특례제한법」제99조의3(제99조 포함) 개정법률의 부칙에서 일반적인 적용례를 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하면서,「조세특례제한법」제99조의3 제2항에 대한 별도의 경과규정을 두고 있지 않은 점과,법률 제9921호로 2010.1.1. 개정되어 시행된「조세특례제한법」부칙 제67조 제3항의 신설규정인 부칙 제29조(2002. 12. 11 법률 제6762호) 제3항의 규정은 수도권 신축주택 취득자에 대한 경과규정을 추가한 것으로서 청구인의 경우에 이를 적용하기 어려우며, 동 규정 적용시에도 일몰규정을 적용하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점주택의 양도시 1세대1주택 특례를 적용받기 위해서는 일몰기간인 2007.12.31.까지 이를 양도하여야 가능한 것으로 보여지므로2007.12.31.이 경과한 후에 쟁점주택을 양도한 이 건의 경우는 1세대1주택 특례적용 대상에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지목록 : 관련법령>

(1) 소득세법

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

(2) 조세특례제한법(2000.12.31. 법률 제6297호로 신설된 규정)

제99조의 3 【수도권외 지역 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 대통령령이 정하는 수도권외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(국민주택에 한하며 이에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2000년 11월 1일부터 2001년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2000.12.29. 신설)

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

<부칙> (2000.12.29. 법률 제6297호)

제1조 【시행일】

이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】

② 이 법 중 양도소득세 및 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다

(3) 조세특례제한법 (2001.8.14. 법률 제6501호로 개정된 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

<부칙> (2001.8.14. 법률 제6501호)

제1조 【시행일】

이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제5조 【양도소득세 또는 특별부가세의 감면에 관한 적용례】

① 제55조 제4항, 제55조의 2 제3항, 제55조의 2 제4항 개정규정 중 소득세법 제94조 제1항 제3호에 관한 부분, 제56조, 제78조 제1항 제11호ㆍ제14호 및제99조의 3 제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제13조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면에 관한 경과조치】

2001년 5월 23일전에 종전의 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득하여 이 법 시행후 동주택을 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

(4) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)

제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

<부칙> (2002. 12. 11 법률 제6762호)

제1조 【시행일】

이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다

제2조 【일반적 적용례】

① 이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

③이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항에 따라 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택에 대해서는 이를 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항을 적용받는 신축주택으로 보아 제99조 제2항 또는 제99조의 3 제2항을 적용한다. (2010.1.1. 신설)

(5) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)

제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2001.8.14. 제목개정) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005.12.31. 개정)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003.5.29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003.5.29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.(2006.12.30. 개정)

부칙 (2006.12.30. 법률 제8146호)

제1조 【시행일】

이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】

③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(6) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률제9921호로 개정된 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

부칙 (2010.1.1. 법률 제9921호)

제1조 【시행일】

이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】

③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제67조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치에 관한 적용례】

법률 제6762호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제29조의 개정규정은 이 법 시행 후 신고ㆍ결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.