가. 처분청은 청구법인이 2010년～2012년 종합부동산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 보유하고 있는 주택 등에 대한 종합부동산세산정시 「종합부동산세법」상 공정시장가액비율과 「지방세법」상 공정시장가액비율을 모두 적용하여 계산한 재산세액을 기준으로 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하여 2014.3.26. 청구법인에게 2010년～2012년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세 각OOO원 별도, 이하 같다),OOO원)을 결정·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

종합부동산세 산정시 공제할 재산세액은 공시가격에서 공제금액을차감한 것에 재산세공정시장가액비율과 재산세 표준세율을 곱하여 계산한 금액을 기준으로 하여야 함에도 처분청에서는 공시가격에서공제금액을 차감한 후 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고, 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱한 금액에 재산세 표준세율을 곱하여 계산한 금액을 기준으로 함에 따라 종합부동산세액에서 공제할 재산세가 과소하게 계산되었는바, 이는 이중과세금지의 원칙에 위배되는 처분이므로 정당한 금액을 초과하는 종합부동산세와 농어촌특별세는 감액경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하지 않은 과세표준을 적용하여 계산한 재산세 상당액을 기준으로 공제할 재산세액을계산하여 한다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에그 취지가 있다 할 것이고, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2와 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분(또는 종합‧별도합산과세대상인 토지분) 과세표준에 대하여 주택분(또는 종합·별도합산과세대상인 토지분) 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이란 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 재산세 공정시장가액비율과재산세 표준세율을 곱한 금액이라 할 것이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「종합부동산세법」 및 「지방세법」상 공정시장가액비율을모두 적용하여 공제할 재산세액을 산정하는 것은 이중과세금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조 [과세표준] ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. (단서 생략)

제9조 [세율 및 세액] ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제13조 [과세표준]①종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의범위에서대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조 [세율 및 세액]③종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의4 [공정시장가액비율] ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

제4조의2 [주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산] 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3 [토지분 종합부동산세의 재산세 공제]①법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법 제110조 [과세표준] ① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

(4) 지방세법 시행령 제109조 [공정시장가액비율] 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 각 연도별 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 종합부동산세 과세대상 부동산의 현황은 아래 <표>와 같다.

(2) 2012년 귀속 종합부동산세 결정결의서에 의하면, 처분청은 위 <표>상 종합부동산세 과세물건 중 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세를 계산하면서 “종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액(OOO원)”이 “종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액(OOO원)”에서 차지하는 비율을 “ 「지방세법」 제112조 제1항제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액(OOO원)”에 곱하여 계산한 OOO원을 공제할 재산세액( 「종합부동산세법 시행령」 제5조의3 제1항에 규정된 “법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액”)으로 계산하였고, “법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액OOO”은 종합합산과세대상인 토지의 감면후 공시가격OOO에서 OOO원을 공제한 금액에종합부동산세 공정시장가액비율(80%)과 재산세 공정시장가액비율(70%)을 차례로 곱하여 계산한 금액에 토지분 재산세 표준세율(0.5%)을곱하여 계산하였으며, 해당 과세기준일 현재 주택과 별도합산과세대상인 토지 및 2010년, 2011년 과세기준일 현재 주택과 종합합산과세대상인 토지 및 별도합산과세대상인 토지에 대하여도 위와 같은 방식으로 공제할 재산세액을 계산한 것으로 나타난다.

(3) 「종합부동산세법 시행규칙」 별지 제3호 서식 “종합부동산세신고서”의 부표(2) “종합부동산세 과세표준 계산명세서”의 작성방법 7번에 의하면 주택 또는 별도‧종합합산과세대상토지의 감면 후 공시가격에서 OOO원(1세대 1주택은 OOO원, 종합합산과세대상인 토지는 OOO원, 별도합산과세대상인 토지는 OOO원)을 공제한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율(80%)과 재산세 공정시장가액비율(주택 60%, 주택 외 70%) 및 재산세 표준세율 0.4%(종합합산과세대상인 토지는 0.5%)를 곱하여 과세표준 표준세율 재산세액(“각 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”)을 계산하도록 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2와 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분 또는 종합·별도합산과세대상인토지분 과세표준에 대하여 주택분 또는 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이란 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 봄이 타당하므로(조심 2013중2924, 2013.9.16., 조심 2012서3414, 2012.9.28. 등 다수, 같은 뜻임)처분청에서 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.