가. 원고는 2000. 12. 22. 설립되어 울산 북구 B에서 초내열기계부품 제조업을 영위하는 업체로, 거래처로부터 금속 제품에 관한 선주문이 들어오면, 원자재를 구입하여 직접 가공하거나 외주업체에 가공을 의뢰한 후, 가공된 제품을 거래처에 납품하는 방식으로 영업을 하였다.

나. 부산지방국세청장은 2013. 5. 16.부터 2013. 8. 7.까지 원고에 대하여 2010~2012 사업연도 법인사업자 통합조사 를 실시한 결과, ① 원고가 원자재에 대하여 외주업체에 가공을 의뢰하면서 원자재의 가공 과정에서 나오는 스크랩(금속 제품을 만들 때에 생기는 금속 부스러기, 이하 ‘이 사건 스크랩’이라고 한다)을 외주업체에게 그대로 제공하는 대신에 그 가액 상당을 외주가공비에서 상계하는 방식으로 이 사건 스크랩에 대한 매출(2010년 제2기: 67,724,300원, 2011년 제2기 131,392,100원, 2012년 제2기: 127,253,700원)을 올렸음에도 매출세액에서 위 부분을 누락하여 부가가치세를 신고하였고, ② 원고가 주식회사 C(이하 ‘C’이라고 한다)으로부터 원자재를 구입하면서 수취한 매입세금계산서(2012년 제1기: 2,258,059,341원, 2012년 제2기: 887,499,453원)는 사실 C의 명의만을 빌린 자료상인 D과 거래하여 발급받은 것으로서 ’공급자가 사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 판단하여 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

다. 피고는 위 과세자료에 따라 원고가 누락한 이 사건 스크랩 부분의 매출세액을 반영하고, C에 관한 매입세액을 불공제하기로 하여, 원고에 대하여 2010년 제2기 귀속 부가가치세 16,962,860원, 2011년 제2기 귀속 부가가치세 156,203,380원, 2012년 제1기 귀속 부가가치세 390,621,670원, 2012년 제2기 귀속 부가가치세 163,899,970원을 각 추가로 부과하는...