가.청구인은 OOO주식회사(이하 “OOO”라고 한다)가 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 발주하여 건조중이던 4,500마력 예인선 2척(OOO호, 이하 “쟁점선박”이라 한다)을 OOO 각각 인수하는 계약(이하 “쟁점계약”라고 한다)을 체결하고, OOO로부터 공급가액 기준으로 2010년 제2기OOO원, 2011년 제1기 OOO원의 매입세금계산서를 교부받아 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 2010년 제2기 및 2011년 제1기 부가가치세 신고를 하였다.

나.처분청은 당초 OOO가 쟁점선박에 장착할 주기관 및 추진기(이하 “엔진”이라 한다)를 일본의 OOO.(이하 “OOO”라 한다)에서 직접 수입하여 OOO에 인도하기로 하는 조건으로 OOO과 선박건조계약을 체결하고, 선박 및 엔진의 공정진행에 따라 OOO 및 OOO에 계약금과 중도금을 지급하였다가 자금사정이 악화되어 청구인에게 건조중인 쟁점선박과 엔진을 OOO 및 OOO에 지급한 계약금과 중도금에 일정이익을 더한 금액으로 매각한 것에 대하여 OOO가 당초 엔진의 계약금 및 중도금으로 OOO에 지급한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 공급시기가 도래하지 않았고, 추후 세관장이 발행할 수입세금계산서에 쟁점금액이 포함되는 것이어서 세금계산서가 이중으로 발행되는 금액으로보아 관련 매입세액(2010년 제2기 OOO원, 2011년 제1기OOO원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제하여2011.12.6. 청구인에게 부가가치세OOO원을 경정고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.1.26. 이의신청을 거쳐 2012.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 건조중인 쟁점선박 자체를 유체물로 매수하여 다시 자신의 명의로 건조계약을 체결한 것이 아니라, 이미 체결되어 있는 선박건조계약 및 엔진구매계약상의 발주자 및 매수인로서의 완성된 선박 및 엔진을 인수할 권리를 양수한 것으로, 이는 청구인이 조선소와 별도의 추가건조계약을 체결하지 아니한 사실, 조선소가 기존 건조계약에 따라 선박건조를 계속한 사실 및 청구인, OOO, OOO이 쟁점계약과 동시에 작성하여 공증까지 받은 합의서에 잘 나타나고, 엔진에 대해서도 OOO가 OOO에게 엔진 수입자가 변경되었음을 통지하면서 계약을 양도(assign this contract)한다고 표현하여 매수인의 지위가 양도되었음을 분명히 하였다.

처분청은 분리할 수 없는 한 개의 거래를 임의로 선박매매거래와 엔진매매거래로 구분하여 엔진매매거래에 대해서만 채권의 승계이고, 그 매각이익만 과세대상이라는 것으로, 선박매각대금은 엔진을 포함하여 완성된 선박을 인수할 권리전체에 대한 공급가액인데도 이를 임의로 배분하여 OOO에게 기지급한 금액만 채권의 승계에 해당한다는 의견이다. 이는 선박과 엔진을 통합하여 거래한 쟁점계약의 실질과는 전혀 다르고 청구인은 계약인수시점까지 선박건조대금과 엔진수입대금의 전체 금액은 물론이고, 기지급액도 모르는 상태였고 알 필요도 없었다. 처분청은 청구인이 인수대금 중 선박부분과 엔진부분을 구분하고, 엔진부분에서 OOO가 기지급한 계약금과 중도금 및 기타비용 중 엔진부분에 배부될 금액을 제외한 이익부분만 세금계산서를 수령했어야 한다는 것인데, 청구인 입장에서 이를 구분하는 것도 불가능하고, 이익부분에 대해서만 세금계산서를 발행하는 것은 「부가가치세법」의 본래 취지와도 맞지 않는 것이다.

쟁점계약은 자금거래가 아닌 재화의 거래로, 엔진매매계약을 살펴보면, 계약의 해약에 관한 사항은 특별히 정한 바가 없고, 분쟁발생시에는 일본법에 준거하도록 되어 있는바, 상거래상 당연한 관행이기도 하지만 계약상 해약에 관한 특약이 없다면, 이미 지급한 계약금 등을 금전으로 돌려받을 수 있는 근거는 없는 것이고, 일본법에 따르더라도 한국법과 같이 이미 지급한 계약금은 금전으로 돌려받을 수 없는 것이어서 OOO가 청구인에게 양도한 것은 금전채권이 아닌 재화(엔진)를 양도한 것 또는 계약금등을 지급하고 재화를 취득할 권리인 매수인의 지위를 양도한 것이다. 따라서 OOO에게 통지한 문서에서도 기지급한 금액의 언급없이 이 계약을 양도한다(assign this contract)고 표현한 것이다.

처분청은 엔진의 경우 전단계의 공급시기가 도래하지 않아 엔진부분은 과세대상이 아니고, 이를 과세대상으로 인정하면 매입세금계산서가 중복되므로 인정할 수 없다는 의견이나, 「부가가치세법」상 전단계의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서의 발행이 인정되는 경우도 있고(선세금계산서 발행), B/L양도거래와 같이 경우에 따라서는 매입세금계산서와 수입세금계산서가 중복될 수 있다는 사실을 간과한 것이다.

따라서 청구인은 재산적 가치가 있는 권리를 양수하였고, 쟁점계약은 「부가가치세법」제1조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제1조 제2항에 따라 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당할 뿐만 아니라, 처분청의 처분이 확정된다면 청구인은 2011.6.2. 회생절차에 들어간 OOO로부터 부가가치세를 돌려받을 수 없어 의도치 않게 가산세뿐만 아니라 본세도 손실을 감수하여야 하는 억울한 상황에 있는 점을 감안하여 처분청의 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

OOO가 OOO에 쟁점금액을 지급하였으나, 공급시기가 도래하지 않아 세금계산서를 교부받지 못한 상황에서, 청구인이 쟁점금액에 일정이윤을 붙인 금액에 선박엔진 수입계약을 승계하고 수입절차를 이행하여 세관장으로부터 쟁점금액을 포함한 금액에 대해 수입세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제한 경우로서, 쟁점금액은 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하여 세금계산서를 교부받을 수 없을 뿐만 아니라, 수입세금계산서의 공급가액에도 포함되어 있어 이중으로 세금계산서가 교부되어 매입세액을 공제할 수 없는 것이고, 선박매매에 대한 합의서에는 쟁점금액이 금액 및 비율로 표시되어 있어 선박엔진대금의 전체금액과 쟁점금액을 충분히 알고, 구분할 수 있었는데도 매입세금계산서를 교부받아 쟁점매입세액을 다시 공제한 것은 부당하며, 선하증권 발급시점(2010.12.28. 및 2011.3.18.) 이전에 이미 쟁점계약(2010.12.16. 및 2011.2.24)을 체결하고 OOO에 통보(2010.12.16. 및 2011.3.3.)하였으며, 선박엔진 구매대금에 대한 잔금을 지급(2010.12.10. 및 2011.3.11.)하여 청구인을 구매자로 보는 것이 타당하므로 쟁점금액을 선하증권의 양도와 같은 성격의 거래로 보아 수입세금계산서와 중복으로 세금계산서를 수취할 수 있다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

외국에서 제조 중인 선박엔진을 국내 발주자로부터 중도에 매입하는 경우, 엔진 매입금액과 관련된 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 쟁점선박 매매계약서에 의하면, 청구인(매수인)은OOO(매도인)에게 쟁점선박의 매매금액OOO을 지급하고, OOO에게는 매매대금 이외에 지급할 선가 잔금 및 추가공사 정산합의 금액으로 OOO을 지급하며, OOO에게는 엔진대금의 잔금OOO 및 관련 부대비용을 지급하는 것으로 하여 다음과 같이 계약하였다.

OOO

(2) 청구인, OOO, OOO은 2010.12.16., 2011.3.2. 위 매매계약상의 OOO의 권리와 의무를 청구인이 승계하는데 대하여 OOO은 동의하고, 청구인은 쟁점선박대금의 잔액OOO과 쟁점선박에 장착될 엔진대금의 잔액 및 창고료를 OOO과 OOO에 각각 지불하며, 청구인과 OOO은 당초 OOO와 OOO이 체결한 건조계약서에 의하여 쟁점선박을 계속 건조하기로 합의하고, 청구인은 엔진을청구인의 책임으로 통관운송하여 OOO의 조선소에 도착하게 할 것을 합의한 사실이 나타난다. 위 합의서는 각각 변호사의 공증을 받았다.

(3) 2010.12.16. OOO가 OOO에 보낸 통지문에는 OOO가 쟁점선박 건조계약을 청구인에게 양도하였고, OOO와 OOO가 당초 체결한 계약상의 모든 기일 및 조건들이 청구인에게 이전됨을 OOO에게 통보한 사실이 나타난다.

(4)처분청이 제출한 과세전적부심사결정서에 의하면, 청구인은 OOO로부터 2010년 제2기에 OOO원, 2011년 제1기에 OOO원의 매입세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제를 하였고, OOO에게 쟁점선박 잔금등을 지급하고 2010년 제2기에 OOO원, 2011년 제1기 OOO원의 매입세금계산서, OOO로부터 수입한 엔진에 대하여 부산세관장으로부터 OOO원의 수입세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 공제받은 사실이 나타난다.

(5)위 사실관계 등을 종합하여 보면, 처분청은 쟁점계약시 쟁점금액의 공급시기가 도래하지 않아 세금계산서를 교부할 수 있는 거래가 아니고, 실제 엔진을 수입할 때도 쟁점금액이 포함된 수입세금계산서가 발급되어 관련 매입세액이 공제되었으므로 쟁점매입세액을 불공제되어야 한다는 의견이나, 쟁점계약은 청구인이 쟁점선박과 엔진을 인수할 수 있는 매수인으로서의 권리를 일괄하여 양수한 거래로 쟁점금액만 부가가치세 과세대상이 아니라고 할 수 없고, 엔진이 실제 수입될 때 적용되는 「부가가치세법」제8조 ‘재화의 수입’과는 별개의 거래로 보는 것이 타당하다 할 것인바, 쟁점매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.