가. 청구인은 1996.12.28. 매매를 원인으로 취득한 OOOO OOO OOO OOO OOOOOO 답 1,674㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2010.2.3. 양도하고, 2010.4.30. 「조세특례제한법」제69조 규정에 의거 ‘자경농지에 대한 양도소득세의 감면’을 적용하여 2010년 귀속 양도소득세 20,309,485원을 감면하는 것으로 예정신고하였다.

나. 처분청은 쟁점농지를 청구인이 아닌 OOO이 경작하였다 하여 쟁점농지의 양도에 대하여자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 부인하고,비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여, 2010.12.7. 청구인에게 양도소득세 39,216,390원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.1.6.에 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁정농지 인근의 OOOO OOO OOO OOO에서 태어나 유년시절을 보내고 1975년경부터 현재까지 농업에 전업하고 있으며, 본인소유 농지외에도 다수의 농지(26,420㎡)를 자경하고 있으므로 1,674㎡에 불과한 쟁점농지를 대리경작할 이유가 없다.

청구인의 주소지와 쟁점농지는 약 11㎞의 거리로 농기계 이동이 원활하지 않아 부득이하게 평소 친분이 있던 OOO에게 농기계 작업만을 의뢰하였고, 그에 따른 농기계 사용료로 직불금을 OOO이 수령하게 되었으며, 이는 OOO이 2011.3.8. 작성한 확인서를 통해서도 알 수 있다.

나. 처분청 의견

청구인은 전업농민인 것은 사실이나, 2005년부터 2009년까지 쟁점농지의 ‘쌀 소득등 보전직불금’ 수령자가 청구인이 아닌 OOO이고, ‘쌀 소득등 보전직불금’ 수령자 OOO에게 확인한 결과, 청구인이 취득한 시점인 1996년부터 벼농사에 필요한 농기계 작업을 해주고, 농기계 이용료로 직불금을 수령하였고, 직불금 수령이전 기간인 2004년까지는 벼수확물의 6할을 받은 것으로 확인하고 있어 청구인이 쟁점농지를 직접경작하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ①농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2)조세특례제한법 시행령제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ①법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑬ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 단서생략

제104조 【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

8. 제104조의 3에 따른 비사업용 토지

제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료, 부동산등기부등본 및 청구인의 주민등록초본 등에 의하면 아래와 같이 나타난다.

(가) 청구인은 쟁점농지를 1996.12.28. 취득하여 보유하다가 2010.2.3. 양도하였다.

(나) 청구인은 1968.11.15. 이후 쟁점농지의 양도일 이후까지 OOOO OOO OOO OOO OOOO번지에 주민등록이 되어 있었다.

(다) OOOO OOO OOOO이 2010.10.19. 발급한 청구인의 농지원부상 ‘소유농지현황’은 아래 <표>와 같다.

<표> 청구인의 농지원부에 나타난 소유농지현황

(라) 2005년부터 2009년까지 쟁점농지의 ‘쌀소득보전직불금’ 수령자는 OOO이고, OOO은 2010.9.28. 처분청 담당공무원에게 ‘청구인이 쟁점농지를 취득한 시점부터 농기계 작업을 해 주었고, 농기계 이용료를 논농사직불금 수령 이전(2004년도)에는 벼 수확물의 6할을 받았으며, 쌀농사직불금 수령 이후부터는 직불금만 농기계이용료로 받았고, 벼 수확물을 OOO이 전부 가져갔습니다’라는 내용의 확인서를 작성하여 주었다.

(마) 처분청은 쟁점농지의 양도에 대하여 8년자경 농지에 대한 양도소득세 감면적용과 장기보유특별공제를 배제하고, 2010.12.7. 청구인에게 양도소득세 39,216,390원을 경정·고지하였다.

(2) 이에 대하여 청구인은 청구인의 주소지와 쟁점농지의 거리가 약 11㎞로 농기계 이동이 원활하지 않아 부득이하게 평소 친분이 있던 OOO에게 농기계 작업만을 의뢰하였고, 쟁점농지를 청구인이 직접자경하였다고 주장하며, 쟁점농지 인근주민이 작성한 경작확인서, 2011.3.8. OOO이 작성한 확인서 및 OOOO이 발행한 ‘전표별 거래자별 매출내역’ 등을 제출하고 있다.

(가) 쟁점농지 인근주민 OOO, OOO O OOO이 작성한 경작확인서에는 ‘청구인이 쟁점농지를 1996.12.23. 취득하여 2010년 1월 양도시까지 청구인이 경작하였다’라는 내용이 기재되어 있다.

(나) OOO의 확인서(2011.3.8.)에 의하면, ‘본인은 당초 OO세무서에 제출한 확인내용과 같이 OOO의 벼농사에 필요한 농기계 작업을 해 준 사실이 있으며, 농기계이용료로 직불금 시행이전 역시 6할이 아닌 4～5가마니 정도를 받은 사실을 확인하며 이는 당초 바쁜 농번기에 충분히 확인하지 못한 본인의 불찰이오니 본인의 착오로 OOO에게 피해가 없도록 선처를 바랍니다.’라는 내용이 기재되어 있다.

(나) OOOO이 발행한 ‘전표별 거래자별 매출내역’에는 청구인이 2006.1.1.부터 2009.12.31.까지 기간 중 비료 등 다수의 농자재 구입내역이 나타난다.

(3) 종합하건대, 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다고 주장하고 있으나, OOOO OOO OOOO이 2005.9.2. 기준으로 2010.10.19. 발급한 농지원부 상의 ‘소유농지현황’에는 쟁점농지가 ‘임대’로 기재되어 있는 점, 청구인이 자경하고 있는 농지는 청구인의 주소지인 OOOO OOO OOO OOO 소재인 점에 반해, 쟁점농지는 청구인의 주소지에서 약 11㎞ 떨어진 OOOO OOO OOO OOO 소재로 나타나고 있어, 청구인이 쟁점농지를 OOO에게 임대하였을 것으로 보여지는 점 및 2005년부터 2009년까지 쟁점농지의 ‘쌀소득보전직불금’ 수령자가 청구인이 아닌 OOO으로 나타나는 점 등에 비추어 보아, 처분청이 쟁점농지를 청구인이 자경하지 아니한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.