1. 본 건은 국세청장에게 질의한데 대한 1999. 8. 24자 소득 46011-3350호 회신과 관련된 것임.

2. 토지매매 쌍방이 그 매매목적물을 정당한 시가 감정평가(감정평가법인 2개사)에 의거 매매가격을 결정, 계약을 체결하고 그 매매계약내용에 따라 매매대금을 수수한 후, 양도자(개인)는 세법에 따라 아래표(설례)와 같이 양도소득세 등(소득할 주민세 포함)을 개별공시지가에 의해 정당하게 신고납부한 바 있음.

〈설 례〉

┌­­­­개별공시지가(경정) 100 ­­­­­┐

│ │

양도세신고납부 ├─────────────────┼──┼­­­┤

(공시지가에 의함) └­­­(양도소득세로 과세된 금액) ­­­­┘

┌­­­­­­­실지 거래가액 115 ­­­­­­­­┐

│ 90 10 15

국세청장의 ├─────────────────┼──┼───┤

유권해석내용 └­­­­­­┘

부당행위부인

※ 부당행위계산부인 25는 기타소득에 해당되어 종합소득세로

과세된다고 유권해석함.

3. 그 후 과세관청이 양수자(법인)에 대한 법인세조사를 하면서 매매당사자 사이가 세법상 특수관계에 있기 때문에 그 매매대금에 대한 일정금액을 부당행위계산으로 부인(설례 : 부당행위계산부인분 25)하여 익금가산 법인세를 과세하고 기타소득으로 소득처분한 후, 이를 그대로 양도자(개인)에게 기타소득으로서의 종합소득세 과세자료로 파생통보하였음. 이는 매매계약당시, 2개의 감정평가법인에 의뢰하여 각각 정당한 시가감정평가한 금액을 평균하여 매매가액을 결정하였기 때문에 특수관계에 있지 아니한다면 이에 대한 세무문제는 제기조차 되지 아니할 사항임.

4. 위와 같은 경우에 양도자(개인)는 토지매매대금에 대하여 성실하게 양도세를 신고납부하였고, 그밖에 양수자로부터 이와 관련된 어떠한 수입금액이나 별도의 소득금액이 전혀 없는데도 불구하고, 이에 대한 국세청의 유권해석에 의하면 당해 양도가액을 기준시가에 의하여 양도소득세를 신고하거나 결정된 경우에는 기타소득에 해당하는 것이므로 종합소득세가 과세된다고 보고 있음.

5. 소득세법상(제96조) 양도가액은 양도당시의 기준시가로 결정하는 것이 원칙이고 일정한 요건에 해당하는 경우에 한하여 예외적으로 실지거래가액에 의하도록 되어 있음. 따라서 양도자는 이에 대하여 양도소득으로서 세법상 납세의무를 종결하였다고 보고 있는데 반하여 과세관청은 조사대상법인에게 부당행위계산부인분(25)을 과세한 후, 이를 또다시 그 거래상대방인 양도자에게 있지도 아니한 기타소득이 있다고 보아 양도소득세가 아닌 종합소득세로 과세하려는 것은 동일소득에 대한 이중과세로서 이는 국가가 부당이득을 취한다고 볼 수 밖에 없는 것임.

6. 설령 국세청의 유권해석을 백보양보해서 수용한다고 해도 이미 신고납부된 양도소득세 상당액중 중복과세가 명백한 소득금액(부당행위계산부인분 중 10상당액)부분은 기타소득으로 처분할 수 없는 것이며, 그렇지 아니하다면 이미 신고납부한 양도소득금액이 그 만큼 감액되어야 한다고 생각되는 바, 귀부의 유권해석을 바람.