가. 청구법인은 OOO OOO OOO OOO OOOOOOOOO에서 양약을 제조하는 주식회사 OOOO의 지점법인이다.

나. 처분청은 2001년 제2기부터 2004년 제1기까지 거래상대방이 제출한 세금계산서와 청구법인이 제출한 세금계산서를 대사하여 청구법인이 공급가액 합계금액 277,660천원(이하 쟁점금액 이라 한다)을 부가가치세 과세표준을 신고누락한 것으로 보아 2005.12.10. 청구법인에게 2001년 제2기～2004년 제1기 부가가치세 47,801,470원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 206.3.8. 이의신청을 거쳐 2006.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

① 청구법인은 2000년 12월 매출한 OOOOOO 주식회사에 매출한 장비(공급가액 18,181천원)를 2001년 2기에 환입(실제 18,181천원을 매출감하여야 하나 실수로 20,000천원을 매출감하였다)처리하면서 2001년 제2기 청구법인의 매출신고액은 43,637천원이나 OOOOOO은 62,921천원을 매입한 것으로 신고하여 19,284천원의 불부합이 발생하였다.

② 청구법인은 2003년 제1기에 주식회사 OOOOOO 모르게 61,818천원을 매출로 신고하였다가 2003년 제2기에 동 금액을 매출감하여 2003년 제2기 주식회사 OOOOOO에 대한 청구법인의 매출신고액은 △34,116천원이나 주식회사 OOOOOO는 25,854천원을 매입한 것으로 신고하여 59,970천원의 불부합이 발생하였다.

③ 청구법인은 2001년 중 79,522천원을 주식회사 OOOO 모르게 매출로 신고한 것을 2004년 제1기에 청구법인의 착오로 주식회사 OOOO가 폐업(2004.3.31.) 한 이후에 매출감(△79,522천원을 매출감하여야 하나 실수로 △99,108천원을 매출감)한 것이다.

④ OOOO은 당초 OO사업장과 거래하지 아니하고 OO사업장과 거래하였으나 어찌된 이유인지는 확인되지 아니하나, 청구법인의 OO사업장 세금계산서 1매(13,006천원)를 수취하여 이를 부가가치세 신고금액에 반영하여 매입세액을 공제받았다.

⑤ OOOOO과의 거래는 2003년 제2기 거래시 영업사원의 착오에 의하여 세금계산서 교부를 잘못한 것으로 청구법인은 OOOOO에 대하여 120,657천원을 매출한 것으로 신고하였으나, OOOOO은 청구법인으로부터 206,949천원을 매입한 것으로 각기 신고하여 불부합금액(86,292천원)이 발생하였으나, OOOOO이 거래사실확인서를 통하여 청구법인의 주장을 시인하고 있다.

나. 처분청 의견

OOOOOO 주식회사, 주식회사 OOOOOO, 주식회사 OOOO(쟁점 ①,②,③)에 대하여 살펴보면, 청구법인은 매출을 반품처리 하면서 반품세금계산서를 교부하였다 하나, 거래처는 반품세금계산서를 받은 바 없다고 확인하고 있는 바, 세금계산서가 공급받는 자에게 도달되지 아니하면 정당하게 교부된 세금계산서로 볼 수 없고, 청구법인도 영업사원의 잘못으로 세금계산서 전달이 잘못되었음을 인정하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

OOOO, OOOOO(쟁점 ④, ⑤)에 대하여 살펴보면, 청구법인은 거래처로부터 청구법인의 거래내역을 인정한 거래사실확인서를 제시하고 있으나, 이는 당초 세금계산서 불부합자료 소명요구시 거래처들이 자신들의 신고내용이 정당하다고 매입세금계산서 등 소명자료를 제시하였던 건으로 거래처의 과다매입에 따른 수정신고 등이 수반되지 아니한 상태에서 거래처가 당초 소명자료를 번복하고 청구법인의 신고내용이 정당하다는 거래확인서를 제시한다고 해서 청구법인의 주장을 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 세금계산서불부합자료상 세금계산서의 공급가액을 신고누락한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

부가가치세법 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 공급가액 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1. 에누리액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손 훼손 또는 멸실된 재화의 가액

4. 국고보조금과 공공보조금

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 세금계산서 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

부가가치세법 제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

같은 법시행령 제59조【수정세금계산서】법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 세금계산서 불부합자료가 발생한 거래처 중 OOOOOO 주식회사·주식회사 OOOOOO·주식회사 OOOO는 청구법인이 매출한 것을 환입하여 반품세금계산서를 교부하였다고 주장하고 있고, OOOO·OOOOO은 청구법인이 신고한 거래내역을 인정하고 있다고 주장하면서 처분청의 처분이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 처분청이 제시하는 과세자료에 의하면 처분청은 아래 표와 같이 세금계산서 불부합금액(쟁점금액)을 청구법인이 부가가치세과세표준으로 신고누락한 것으로 보아 이 건 과세한 사실이 확인된다.

OOOOOOOOO O OOOOOO OOOO OOOOOO

(OO O OO)

(가) OOOOOO 주식회사에 대하여 보면

청구법인은 2000년 제2기에 영업사원이 실적을 위하여 OOOO 모르게 18,181천원을 매출로 잡은 후 그로부터 1년 후인 2001년 2기에 영업사원이 20,000천원(원래 공급가액 18,181천원을 환입하여야 하나 영업사원의 착오로 공급대가인 20,000천원을 환입하였다고 주장)을 환입하였다고 주장하고 있으나

OOOOOO 주식회사는 청구법인이 2001.9.30.까지의 잔액에 이상이 없음을 확인하였고 이후에도 세금계산서를 중심으로 결제를 하였으므로 OOOO측의 거래내역과 잔액이 맞음을 확인하는 통보서를 2005.1.20. 청구법인에게 발송한 사실이 확인되며, 청구법인이 반품세금계산서를 발행였다는 청구법인의 주장을 부인하고 있다.

(나) 주식회사 OOOOOO에 대하여 보면

청구법인은 2003년 제1기에 영업사원이 실적을 올리기 위하여 61,818천원을 거래처인 주식회사 OOOOOO 모르게 매출로 잡은 후 2003년 제2기에 동 금액을 환입하여 △34,116천원을 신고함에 따라 OOOOOO의 신고액 25,854천원과는 59,970천원의 불부합이 발생하였다고 주장하고 있으나

주식회사 OOOOOO는 2005.6.2. “위 불부합발생액 59,970천원은 청구법인이 주식회사 OOOOOO와 상관없이 신고한 것으로 판단”되며 “주식회사 OOOOOO가 신고한 내역이 맞다”는 내용의 OOOO의 확인서를 첨부하여 관할 세무서인 용산세무서장에게 불부합자료 해명내역서를 제출하고 있다.

(다) 주식회사 OOOO에 대하여 보면

청구법인은 2001년 제1기 및 제2기에 영업사원이 실적을 위해 79,522천원을 주식회사 OOOO 모르게 매출을 잡은 후 2004년 1기에 환입하였다는 주장하고 있으나

주식회사 OOOO 대표이사는 2003.11.부터 폐업절차를 밟기 위하여 일체의 영업활동을 하지 않았고 2004년 3월 폐업신고하였으며 청구법인과는 위와 같은 거래사실이 전혀 없었음을 확인하고 있다.

(라) OOOO에 대하여 보면

청구법인은 2001년 제2기 자료 중 OOOO과의 거래 13,006천원(세금계산서 1매)이 과소신고되었으나 OOOO은 청구법인의 OO공장에서만 거래하였을 뿐 OO공장과는 거래가 없었음에도 어떤 이유인지 모르나, OOOO이 위 세금계산서(OO공장 발행분)를 수취하여 제시하였다는 주장하면서 OOOO이 청구법인의 OO공장과는 거래사실이 없음을 확인하는 확인서를 제출하고 있다.

그러나, OOOO은 심판심리일 현재까지 과세관청에 기신고된 OO공장발행분에 대하여 수정신고 등을 하지 아니하였으므로 OO약품이 제출한 확인서만으로는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(마) OOOOO에 대하여 보면

청구법인은 OOOOO과의 거래는 영업사원이 세금계산서를 교부하는 과정에서 발생한 오류이며 매출을 누락한 것이 아니라고 주장하면서 2006.2.17. 2003년 제2기 중 청구법인과 거래한 120,657천원이 사실임을 확인하는 OOOOO의 확인서를 제출하고 있다.

그러나, OOOOO은 당초 관할 세무서인 OOO세무서장에게 불부합 내용을 소명하면서 OOOOO이 당초 신고한 내역(206,949천원)이 정당하다고 주장(OOO세무서장은 2005.3. OOOOO의 매입자료가 정당함을 확인)하였고, 심판청구일 현재까지 과세관청에 기신고된 OO공장발행분에 대하여 수정신고 등을 하지 아니하였으므로 OOOO이 제출한 확인서만으로는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 따라서, 처분청이 청구법인과 거래처와 발생한 세금계산서 불부합금액인 쟁점금액을 청구법인이 매출누락한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.