가. 청구법인은 2016.6.3. 농산물 유통‧가공‧판매, 종묘생산 및 종균배양사업을 주목적으로 설립된 농업회사법인으로, 2017.7.26. OOO 외 18필지 토지 24,140㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(경매)한 후, 「지방세특례제한법」 제11조 제1항에 따라 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다.

＜표1＞ 쟁점토지 목록

나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2019.7.1. 청구법인에게 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO(가산세 포함)을 부과․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.5. 이의신청을 거쳐 2019.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 버섯 생산을 위해 2017.7.26. 쟁점토지를 경락받아 성토한 후, 참나무 원목에 OOO 종균을 접종하여 매립하고 2018년 10월경 OOO 균사체를 생산하여 판매하였다. 처분청은 쟁점토지가 잡석과 잡풀이 무성하여 영농지로 보이지 않는다는 입장이나, 원목을 매립하는 방식으로 버섯을 재배할 경우 흙을 배수가 잘되고 건조하지 않도록 관리하여야 하므로 통상의 농법과 달리 땅의 돌과 잡풀을 제거하지 않고 둔 것임에도 처분청은 원목 매립형 버섯 재배방식에 대해 잘 모르면서 쟁점토지를 영농지가 아니라고 판단한 잘못이 있다.

(2) OOO이 2013.9.1.부터 2016.8.1.까지 근무하였던 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 경영난으로 2018년 1월경 운영이 중단되어 2018년 2월부터 OOO에게 그 농지와 버섯재배사를 사용하도록 해주었기에 OOO이 그 곳에서 버섯종균 접종, 배양, 건조, 포장을 할 수 있었고, 버섯생산에 필요한 건조기, 버섯재배병, 예비접종기, 오토클리버, 그린벤치, 종균보관용 냉장고, 살균대차, 종균배양용 인큐베이터, 포장기 등은 OOO 동산 경매OOO시 OOO이 OOO로부터 받지 못한 밀린 급여 등을 대신해 취득하여 사용하였다. 청구법인도 그에 대한 대가로 2018년 2월초 OOO에서 생산한 건잎새버섯 OOO 상당을 구매하였다.

(3) 청구법인의 대표이사 OOO은 종자산업법에 따라 2016.9.26. OOO의 버섯종자관리사로 등록된 자로, 2015.6.1.∼2016.5.23. ‘OOO’이라는 상호로 버섯, 곤충을 재배하다가 2016.6.7. 청구법인을 설립하여 법인전환한 것이며, 청구법인은 산림 관련 사업을 영위하여야 가입이 가능한 산림조합의 조합원으로 가입되어 있으며, 2017.5.10. OOO에 농업경영체등록을 하여 매년 영농여부에 대한 실사도 받고 있다. 비록 쟁점토지 중 일부(24,140㎡ 중 4,500㎡)에 대해 청구인의 형이 자동차해체재활용업 등록신청을 한 사실은 있으나, 쟁점토지에 인접해 있는 자원재활용업체로 인해 쟁점토지 중 오염이 심각한 부분에서는 도저히 농사를 지을 수 없어 이를 활용할 다른 방법을 모색하였던 것뿐인데 그런 이유만으로 영농 의사없이 쟁점토지를 취득하였다고 단정함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OOO 종균을 접종한 참나무를 쟁점토지에 매립하였다고 주장하나, 처분청이 2019.4.25. 현장확인할 당시 쟁점토지는 잡석이 깔려진 나대지 상태로 영농의 흔적을 찾을 수 없었으며, 2018년 2월경 OOO에서 제공하고 있는 쟁점토지의 로드뷰 사진도 그와 같았고, 2019.7.10. 현장확인할 당시에는 종전에는 없었던 통나무 매립 흔적이 일부 보이기는 했으나 여전히 대부분은 잡석이 깔려진 나대지 상태로 쟁점토지에서 청구법인의 OOO 재배가 실제로 이루어졌다고 보기에는 다소 무리가 있다.

(2) 청구법인은 실제로 OOO을 수확한 후 OOO 균사체를 판매하였다고 주장하나, ① 청구법인이 한방병원에 OOO 균사체를 판매하고 발행한 세금계산서에 기재된 품목 OOO은 건조된 OOO 균사체를 의미하는 것으로, 쟁점토지에는 OOO을 보관, 건조, 가공하기 위한 시설(물)이 존재하지 않으며, ② 청구법인의 대표 OOO이 이전에 운영하던 OOO에서 임차한 토지, 시설물 등을 사용하였고, 2018년 2월초 OOO에서 생산한 OOO 상당을 구매한 사실이 있다고 진술한 점 ③ 청구법인이 2019.4.16. 제출한 쟁점토지에 대한 농지원부 등재 신청서에는 재배작물을 ‘도라지’로 표기한 점 등에 비추어 청구법인이 한방병원에 판매한 OOO 균사체가 쟁점토지에서 재배한 것으로 보기 힘들다.

(3) 청구법인의 대표 OOO은 2018.8.13. 쟁점토지 중 OOO 총 4,500㎡에 ‘OOO’라는 상호로 자동차해체재활용업 등록을 신청하였다가 등록불가통보를 받고 행정심판(OOO, 자동차해체재활용업 등록불가통보 취소 청구)을 거쳐 2019.2.27. 행정소송(OOO)을 제기하는 등 쟁점토지에서 영농 외 다른 사업을 하려고 계속적으로 노력하고 있어 청구법인이 영농에 직접 사용하기 위해 쟁점토지를 취득하여 실제로 영농에 사용하였다는 청구주장을 믿기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

농업회사법인이 영농 목적으로 취득한 쟁점토지를 유예기간(1년) 내에 영농에 직접 사용하였는지 여부

나. 관련 법령

지방세특례제한법(2017.5.30. 법률 제14226호로 개정된 것)

제11조(농업법인에 대한 감면) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 대표이사 OOO이 쟁점토지에서 OOO 경작을 하기 위해 청구법인을 설립하였다고 주장하며 OOO의 OOO 종자관리사 등록증, 청구법인의 조합원 가입증명서, 청구법인의 농업경영체 등록확인서, 농업경영체 증명서, 청구법인의 농지원부 등을 제출하였고, 농지원부에 기재된 청구법인의 농지경작 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인 농지 경작현황

(나) 청구법인은 쟁점토지를 성토하여 종균을 접종한 원목을 식재하여 OOO을 경작하였다며 영농일지, 사진, 농사용 흙 매매계약서, 성토작업확인서, 종균접종 원목 계약서, 종균 접종 참나무 사진 등을 제출하였다.

(다) 청구법인은 쟁점토지에 원목을 매립한 것 외에는 OOO의 시설을 생산에 이용하였다며 농지임대차계약서, 버섯재배사 사진, OOO 대표 사실확인서·위성사진·작업사진, OOO에 대한 OOO 임금지급명령, OOO에 대한 OOO 동산경매목록 등을 제출하였다.

(라) 청구법인은 또한 쟁점토지에서 경작한 OOO을 판매하였다면서 부가가치세 과세표준 증명, 매입매출장, 재무제표 등을 제출하였고, 청구법인의 매입․매출내역은 아래 ＜표3＞․＜표4＞와 같다.

＜표3＞ 부가가치세 매출과세표준

＜표4＞ 버섯 관련 매입․매출 요약

(마) 처분청은 청구법인이 버섯을 생산 가공할 만한 생산시설을 전혀 갖추고 있지 아니하다며 청구법인의 2018.1.1.〜2018.12.31.사업연도재무제표, 유형자산감가상각명세 등을 제출하였는데, 청구법인의 유형자산으로 토지, 차량운반구, 비품 등이 기재되어 있다.

(바) 처분청은 쟁점토지에서 경작흔적이 보이지 않는다며 다음 포털의 로드뷰(2018년 2월 OOO) 등을 제출하였으며, 처분청이 2019.4.25.과 2019.7.10. 쟁점토지에 대해 출장을 한 후 작성한 현장확인출장보고서에는 쟁점토지는 부식토 등이 확인되지 아니하고, 일부 토지에 통나무 매립흔적은 보이기는 하나, 잡석이 깔려진 나대지 상태이고 잡풀이 무성하여 영농지로 보이지 아니한다고 기재 되어 있다.

(사) 청구법인의 대표이사 OOO은 OOO행정심판위원회에 행정심판(OOO)을 청구하였는데, 그 재결서에는 청구법인의 본점을 주소지로 하는 OOO가 쟁점토지(OOO외 3필지 4,735.30㎡)에 대하여 자동차해체재활용업 등록신청을 하였으나 OOO가 2018.9.28. 이를 거부하였다고 기재되어 있다.

(아) 한편, 사업자등록, 법인등기부 등을 보면, 청구법인의 대표이사 OOO은 2015.6.1.부터 2016.5.23.까지 OOO에서 ‘OOO’이라는 상호로 개인사업을, 2016.6.7.부터 현재까지 OOO에서 버섯류․조경수 재배 및 판매업을, 청구법인 OOO은 2017.10.24.부터 OOO에서 조경수 재배 및 판매업을 각 영위하였고, OOO은 OOO에서 농산물 유통, 가공, 판매, 종묘생산, 종균배양, 조경석 생산 등을 목적으로 하는 농업회사법인 OOO에서 2013.7.12.부터 2016.5.23.까지 대표이사로 재직한 것으로 되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에 OOO 종균을 접종한 참나무를 매립하여 OOO을 재배하는 방법으로 이를 영농에 사용하였다고 주장하나 쟁점토지의 사진을 보면, 쟁점토지는 영농지 인근에 위치하고 있으나, 성토 등의 방법으로 토지를 조성한 후 돌과 잡풀이 무성한 상태로 방치된 전형적인 나지의 형상이고, 외관상 경작의 흔적이 보이지 아니하는 점, 청구법인은 매립형 재배방식의 경우 일반적인 영농지와는 다른 형상이라고 주장하나 처분청은 현지 확인후 원목 매립 흔적을 찾아보기 어렵다고 보고한 점, 매립형 재배방식을 하더라도 버섯재배에 있어서는 습도 유지가 매우 중요하므로 직사광선을 피하고 적정한 수분을 유지할 수 있는 환경이어야 하는데 쟁점토지는 성토한 상태 그대로 별다른 관리 없이 방치되어 영농지로 보기에는 토질이 매우 척박하고 건조한 상태인 것으로 보이는 점, 청구법인이 건버섯을 매출한 내역은 있으나, OOO로부터 건버섯을 매입한 내역도 있고 청구법인은 쟁점토지 이외에도 다수의 농지를 보유하고 있어 청구법인이 건버섯을 매출하였다는 내역만으로 쟁점토지에서 버섯을 경작하였다고 연결짓기는 어려운 면이 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.