가. 청구인은 2010.10.21. OOO(이하 “쟁점부동산”이라 하고, 쟁점외부동산과 합하여 이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 취득하여, 2010.10.15. 쟁점사업장에 대하여 임대사업자등록을 한 후, 쟁점외부동산은 임대사업장으로 사용하다 2015.9.3.(112호), 2015.9.8.(110호) 각 양도하였고, 쟁점부동산은 공실로 두었다가 2011.10.10. 의료법인 OOO이라 한다)에 출연(증여)하였다.

나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점부동산 출연 당시 쟁점부동산을 담보로 차입한 금융기관 채무 OOO원이 승계된 사실을 확인하고, 부담부증여에 대한 양도소득세 및 부가가치세를 신고하지 아니하였다는 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구인이 임대사업자의 지위에서 쟁점부동산을 부담부증여한 것으로 보아 2016.11.14. 청구인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.24. 이의신청을 거쳐 2017.3.21.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산은 OOO(이하 “전소유자”라 한다)가 취득하였던 것으로, 청구인은 2010.10.21. 쟁점부동산을 의료재단에 출연할 목적으로 전소유자로부터 OOO원 포함)에 취득한 후, 의료재단 설립허가 신청을 위해 10개월 동안의 준비(병원 리모델링 및 시설자금, 이사진 모집 등)를 거쳐 2011.8.9. 설립허가 신청을 하였고, 2011.9.9. 허가를 받아 2011.9.23. 의료재단을 설립하였다.

당초 쟁점외부동산은 OOO으로 임대하기 위해 취득하였고, 쟁점부동산은 의료재단에 출연하기 위해 취득하였으므로 임대할 의사가 있는 쟁점외부동산만 임대사업장으로 하여 사업자등록을 하려고 하였으나, 당시 쟁점부동산의 근저당권자인 OOO에서 쟁점부동산 전소유자의 담보대출금을 승계받기 위해서는 쟁점부동산의 사업자등록증이 필요하다고 요구하여 사업자등록증상 사업장소재지에 쟁점부동산을 형식적으로 등재한 것일 뿐, 부동산임대업을 위해 쟁점부동산에 대한 부가가치세 매입세액공제를 받은 사실이 없고, 쟁점부동산 취득일부터 의료재단에 출연시까지 실제 임대를 준 사실이 없으므로 청구인은 쟁점부동산에 대하여 부동산임대사업자에 해당하지 아니한다.

(2) 처분청은 쟁점부동산 매매계약서를 통해 쟁점부동산을 포괄양수도하는 것이 확인되고, 청구인이 쟁점부동산을 양수한 후 전소유자와 동일한 업종으로 사업자등록을 한 점에서 전소유자가 운영중인 사업자체를 운영주체만 달리하여 그대로 인수받았다는 의견이나, 전소유자는 쟁점부동산을 경락받은 지 3일 만에 공실상태로 청구인에게 양도하였고, 청구인은 당초부터 쟁점부동산을 의료재단에 출연할 목적으로 구입하였기에 때문에 계속하여 공실상태로 두면서 의료재단 설립준비를 하다 바로 의료재단에 출연하였으므로, 설령, 전소유자와의 부동산 매매계약서에 쟁점부동산을 포괄양수도한다고 기재되었다고 하더라도 청구인을 쟁점부동산에 대한 임대사업자로 볼 수 없는바, 실질적으로 청구인이 전소유자로부터 쟁점부동산을 취득한 것을 사업을 포괄양수도 한 것으로 볼 수 없다.

또한, 위 매매계약서상 부가가치세가 별도로 표시되어 있지 아니하는 한 매매대금에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 보아야 하는바, 청구인이 전소유자에게 별도로 부가가치세를 가산하여 지급할 의무가 없으며, 전소유자가 쟁점부동산을 양도하고 세금계산서를 발행하지 아니한 사실과 청구인이 포괄양수도로 쟁점부동산을 취득한 것이 아닌 경우 관련 부가가치세를 가산하여 전소유자에게 지급하여야 한다는 처분청의 의견은 청구인이 쟁점부동산을 임대사업자의 지위에서 양도한 것인지를 판단하는 것과 아무런 관련이 없다.

(3) 「부가가치세법」 제2조 제1항에서 “사업상 독립하여 재화 또는 용역을 공급하는 자”라 함은 부가가치를 창출해 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속·반복의 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말하는 것이므로 비록 임대사업 목적으로 건물을 취득하였으나 실제로 임대하지 않고 양도하는 경우에는 「부가가치세법」상 사업자로 볼 수 없다 할 것이며(국심 2002전1434, 2002.10.25.), 사업의 양수자가 사업자등록을 하지 않았더라도 양도자의 사업을 계속하여 영위한 경우에는 사업의 양도에 해당하는 것이라는 예규(부가46015-430, 1998.3.7., 부가-324, 2010.3.18.)처럼 사업자등록 여부는 사업의 양도 여부를 판단하는데 영향을 주지 아니한다.

또한, 조세심판원에서도 의료법인에 출연하면서 금융부채를 승계하였다 하여 부가가치세를 부과한 사례(조심 2013부805, 2013.8.13.)에서, 부동산임대업을 위해 쟁점부동산에 대해 부가가치세 매입세액을 공제받은 사실이 없는 점과 실제로 임대한 사실이 없다는 점을 들어 「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하지 않는다고 판단하였는바, 청구인 또한 쟁점부동산을 임대할 의사 또는 임대한 사실이 없다는 것이 명백하므로 청구인이 임대사업자의 지위에서 쟁점부동산을 부담부증여한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초 쟁점부동산을 임대할 목적이 아닌 의료재단에 출연할 목적으로 취득하였다고 주장하고 있으나, 쟁점부동산의 취득일(2010.10.21.)부터 의료재단 설립허가일(2011.9.9.) 및 의료재단 사업자등록 개시일(2012.5.30.)까지 상당한 기간이 경과하였고, 쟁점부동산(201호∼205호, 211호)과 같은 일자에 취득한 쟁점외부동산(110호, 112호)에 대해서는 실제로 임대사업을 영위한 것으로 보아 청구인이 당초부터 임대사업을 영위할 의도가 없었다고 보기 어려우며, 쟁점부동산에 대하여 임대를 개시하지 아니하였다는 이유로 쟁점사업장의 사업용자산 중 일부인 쟁점부동산만을 구분지어 청구인이 부동산임대업을 영위하지 아니한 것으로 보기도 어렵다.

(2) 쟁점부동산을 전소유자로부터 포괄양수도한 내역이 쟁점부동산 매매계약서를 통해서 확인되고, 이에 따라 전소유자가 쟁점부동산의 양도에 대하여 세금계산서를 발행하지 아니하였으며, 청구인이 쟁점부동산을 양수한 후 전소유자와 동일한 업종인 부동산임대업을 업종으로 하는 사업자등록을 하였는바, 청구인이 전소유자가 운영중인 사업자체를 운영주체만 달리해서 그대로 인수받은 것으로 보는 것이 합리적이고, 사업의 포괄양수도로 인하여 사업자등록 후 매입세액공제를 받지 않은 것이며, 이에 따라 지급하지 않은 부가가치세는 실질적으로 매입세액을 공제받은 결과와 동일하다.

(3) 감사원에서는 임대사업자등록을 하였다가 사업개시 전에 그 사업용 자산을 매각한 사례(감심 2003-118, 2003.9.28.)에 대하여 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 사업자등록을 할 수 있고, 사업자등록을 한 이상 사실상 사업을 개시하지 아니하였다 하더라도 「부가가치세법⌟상 납세의무자에 해당한다고 하면서, 자산의 양도를 재화의 공급으로 보아 부가가치세 과세대상으로 결정한 바 있으므로 부담부증여한 건물 해당분에 대하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 부동산 임대사업자의 지위에서 쟁점부동산을 부담부증여하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)

제2조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자

2. 재화를 수입하는 자

제5조【등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 등록사항이 변경된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

⑥ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서에 따라 등록한 후 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에는 사업장 관할 세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다.

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 법률에 따라 조세를 물납(物納)하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 부가가치세법 시행령(2012.1.26. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것)

제4조【사업장의 범위】① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지.

제17조【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】① 법 제6조 제6항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 질권·저당권 또는 양도담보의 목적으로 동산·부동산 및 부동산상의 권리를 제공하는 것을 말한다.

② 법 제6조 제6항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할 또는 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점사업장이 소재한 건물의 건축물대장 등에 의하면, 해당 건물은 2008.1.24. 사용승인된 지하 2층∼지상 6층으로 된 집합건물이며, 쟁점사업장의 상세내역은 <표1>과 같다.

(2) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서(<표2>)에 의하면, 청구인은 2010.9.14. 전소유자가 경매로 취득한 쟁점부동산을 2010.10.21. 전소유자로부터 OOO원에 취득하여 소유권이전등기를 하였고, 취득시 전소유자의 담보대출금 OOO원을 승계하였으며, 2011.10.10.쟁점부동산을 의료재단에 출연(증여)한 것으로 나타난다.

한편, 청구인은 2010.9.14. OOO이 경매로 취득한 쟁점외부동산을 2010.10.21. OOO원에 취득하여 각 소유권이전등기를 하였고, 취득시 110호와 112호를 공동담보로 한 전소유자의 담보대출금 OOO원을 승계하였으며, 2015.9.3. 112호를, 2015.9.8. 110호를 양도한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점사업장의 사업자등록 현황은 다음과 같다.

(가) 이의신청결정서 등 처분청 심리자료에 의하면, 2010.10.15. 청구인과 OOO는 쟁점사업장에 대하여 2010.10.20.을 개업일로 하여 부동산 임대사업자등록을 하였고, 2010년 제2기∼2011년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점사업장의 부가가치세를 <표3>과 같이 신고한 것으로 나타난다.

(나) 청구인이 제출한 사업자등록증(2010.10.15.)에 의하면, 개업일은 2010.10.20., 사업장소재지는 경기도 OOO로 기재되어 있고, 사업장소재지에 110호와 112호가 누락된 사유에 대해서는 확인되지 아니하나, 쟁점부동산을 사업장소재지에 포함하여 사업자등록 신청을 하였다는 사실과 청구인이 쟁점부동산을 취득한 후 의료재단에 출연하기까지의 기간(2010.10.21.∼2011.10.10.) 동안 쟁점부동산에 대한 임대차 내역이 없는 사실에 대해서는 청구인과 처분청 간의 다툼이 없다.

(4) 쟁점부동산 및 쟁점외부동산의 매매계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점부동산의 매매계약서 주요 내용

(나) 같은 날 OOO으로부터 취득한 쟁점외부동산 110호 및 112호의 각 매매계약서에 의하면, 매매대금과 대출금 승계가액만 차이가 있고, 특약사항을 포함한 나머지 내용은 모두 위 매매계약서와 동일한 것으로 나타난다.

(5) 국세통합전산망 등에 의하면, 쟁점부동산의 전소유자는 2010.9.14.쟁점부동산을 경매로 일괄 취득한 후, 취득일을 개업일자로 하여 사업자등록(부동산임대)을 하였고, 2010.9.17. 청구인에게 쟁점부동산을 양도하는 매매계약서를 작성하고 2010.10.21. 청구인에게 소유권이전등기를 한 뒤, 2010.10.27. 위 사업장을 폐업하였으며, 임대소득으로 신고한 내역은 없는 것으로 조회된다.

한편, 청구인은 2005년(2005년 이후 조회함) 이후 사업을 영위한 이력은 없으며, 2005년 이후 현재까지 OOO에서 근무한 이력만 조회되며, 청구인은 OOO으로 근무하고 있다고 구두설명하였다.

(6) 청구인이 제출한 증빙자료는 다음과 같다.

(가) 청구인은 다음과 같이 의료법인 설립을 위해 10개월 정도 소요되었다며, 의료재단을 설립을 위한 자문계약서 및 자문업체에 지급한 수수료에 대한 금융증빙을 제출하였다.

(나) OOO이 의료법인설립을 허가한 문서(2011.9.9.)의 주요 내용은 다음과 같다.

(다) OOO을 주사무소로, 청구인을 포함하여 5인을 이사, 1인을 감사로 하여 설립등기를 한 것으로 나타난다.

(라)청구인은 청구인 및 전소유자가 쟁점부동산을 취득하기 이전 쟁점부동산에서 OOO이 영업을 하다 폐업을 하였고, 2009.12.16. OOO 내에 있는 모든 의료장비, 전자제품, 비품 및 시설일체를 양수하는 계약을 체결하였다며, 양수도 계약서 및 인증서를 제출하였고, 양수도 계약서의 내용은 다음과 같다.

(7)이 건 심리과정에서 우리 원은 청구인이 OOO으로부터 쟁점부동산의 담보대출금을 승계받기 위해서 사업자등록이 필요하다는 안내를 받았다는 주장에 대한 사실관계 확인을 위해 쟁점부동산 취득 당시 근저당권자인 OOO에 관련 근거자료를 요청하였고, OOO 담당자는 이와 관련하여 하기의 업무지침이 존재하며, 기업자금대출로 대출한 경우 개인이 이를 인수할 수 없다는 내용을 안내하였다.

(8)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점사업장에 사업자등록을 하였고, 쟁점외부동산을 실제 임대하여 임대사업을 영위할 의도가 없었다고 보기 어려우며, 전소유자로부터 쟁점부동산을 포괄양수하여 실질적으로 쟁점부동산에 대한 부가가치세 매입세액을 공제 받은 것과 동일하다는 의견이나,

「부가가치세법⌟상 사업의 개시 및 폐지 등은 법상의 등록 및 신고여부와 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정되는 것이고, 쟁점부동산과 쟁점외부동산은 별개의 사업장으로 동일주소지 건물 내 사업장을 편의상 하나의 사업자번호로 사업자등록을 하였다 하더라도 사업을 영위할 의도 및 실제 영위 여부 등은 각 사업장별로 구분하여 판단함이 타당해 보이는 점, 의료법인 설립허가 문서, 의료법인 설립 Project 계약서 등에 의하면, 설립허가 전에 설립발기인, 의료시설 및 운영자금 등이 일부 준비된 사실이 확인되고, 이를 준비하는 과정에 일정 시간이 소요되었던 것으로 보이며, 청구인의 근로이력, 쟁점부동산이 당초 병원으로 사용된 현황, 폐업한 병원으로부터 집기비품 등을 매수한 사실 등의 정황을 통해 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시부터 의료재단에 출연할 목적이었던 것으로 보이는 점, 관련 금융기관의 업무지침 등을 통해 전소유자가 쟁점부동산을 담보로 기업자금대출을 받은 경우 청구인이 이를 인수하기 위해서는 쟁점부동산을 사업장으로 하는 사업자등록이 필요하였을 것으로 보이는 점, 쟁점부동산은 사업자등록을 한 것 이외에 사실상 임대사업을 개시하였던 사실도 없는바, 쟁점부동산을 부동산 임대업에 공하여진 사업용자산으로 보기도 어려워 보이는 점, 한편, 쟁점부동산의 매매계약서는 일반적인 부동산 매매계약서로 “상가에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 양수도한다”라고 기재되어 있을 뿐 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계하였다고 볼 만한 사항이 확인되지 않으며, 전소유자는 쟁점부동산을 2010.9.14. 경매로 취득한 후, 공실인 상태로 2010.9.17. 청구인에게 양도하는 계약서를 작성하고 한 달 뒤 소유권이전등기를 한 사실 등을 감안하면 청구인이 전소유자의 임대사업을 포괄양수하였다고 보기 어려운 점, 청구인은 쟁점부동산을 취득한 후 의료재단 설립을 위해 준비과정에서 발생한 매입세액을 공제받은 사실도 없는 점 등에 비추어 청구인이 부동산 임대사업자의 지위에서 쟁점부동산을 양도한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이를 전제하여 부담부증여한 건물분에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.