처분청은 청구인이 2002.8.12.○○시○○구○○동○○번지○○빌○○호(토지 33.33㎡, 건물전용면적 71.86㎡, 이하 “이 사건 아파트”이라 한다)를 월드공영(주)으로부터 취득하고 그 취득가액(95,000,000원)을 과세표준으로 구 서울특별시세감면조례 제12조제2항제4호(25% 감면세율) 및 구 지방세법 112조제1항 및 같은 법 제130조제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고납부하였으나, 그 후 현지 세무조사시○○공영(주)의 법인장부에서 이 사건 아파트의 취득가액이 130,000,000원으로 기장된 사실을 확인하고 그 차인 취득가액(35,000,000원)을 과세표준으로 위 관련세율을 적용하여 산출한 취득세 1,695,000원(가산세 포함), 등록세 2,115,000원, 지방교육세 387,750원, 합계 4,197,750원을 2005.3.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 아파트가 포함된 1개동 15개호수 아파트(이하 “전체아파트”라고 한다)를 시공사인○○공영(주)은 각 호수별로 130,000,000원에 분양하려고 하였으나 분양이 잘 되지 않던 중 청구인의 남편이 전체 아파트 중 5채를 분양하므로○○공영(주)과 2002.3.25. 할인된 가격 95,000,000원에 분양매매계약을 체결하여 2002.5.25. 중도금을 지급하고, 2002.8.13. 잔금을 지급하여 취득 신고한 과정과○○공영(주) 대표이사 이○○으로부터 장부상 가격이 잘못되었다는 확인서를 받은 사실과 추후 월드공영의 경리과장으로부터 수정된 장부를 처분청에 제출하려고 하였으나 부도가 발생하여 제출하지 못한 정황, 위 법인장부인 현장별 원장에서 청구인이 2002.5.20.잔금을 지급한 것으로 되어 있는데 이를 취득일이라고 하면○○공영(주)이 2002.7월 재산세를 납부한 사실과 상치되는 사실, 그리고 2002.8.13. 청구인이 우리은행 의정부지점으로부터 여신거래내역조회서상 잔금이 대출된 사실을 제시하면서 월드공영의 장부는 이중장부이거나 허위이므로 청구인이 제시한 취득시점과 가격이 맞다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 매도인인 법인의 장부상 기장된 취득가격과 매매계약서상 취득가격이 상이할 경우 전자로 과세표준으로 삼는 것이적법한지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제111조제5항에서 그 제3호의 법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가액 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 하나, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다고 하고 있으며, 구 서울특별시세감면조례(2003.3.15. 조례 제4064호로 개정전의 것) 제13조제2항에서 분양(중간생략)할 목적으로 건축한 공동주택(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 최초로 분양받아 1가구1주택(중간생략)이 되는 경우에는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 취득세와 등록세를 감면한다고 하면서 그 제4호에서 2001년 5월 23일부터 2002년 12월 31일까지의 기간중에 최초로 분양계약을 체결하고 2004년 12월 31일까지 취득(중간생략)하는 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 25를 경감한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2002.4.24. 매도인인○○공영(주)은○○시○○구○○동○○번지 지상에 공동주택(전체 아파트) 15세대에 대하여 지하1층, 지상5층, 연면적 1,500.27㎡로 관할관청으로부터 사용승인받은 다음 2002.5.3. 이에 대한 소유권보존등기를 경료하였고, 2002.3.25. 및 2002.5.25. 월드공영(주)은 4,000,000원과 41,000,000원에 대한 영수증을 청구인에게 발급하였으며, 2002.7.10. 처분청은○○공영(주)에게 이 사건 아파트에 대한 재산세를 부과고지하였고, 2002.8.13. 청구인은○○은행○○지점에서 50,000,000원을 대출받아 (현재까지 그 이자를 지불하고 있음) 같은 날 이 사건 아파트에 대한 취득세를 매매금액 95,000,000원을 과세표준으로 하여 신고납부하였으며, 2002.8.19. 청구인은 서울시 조례에 의하여 최초분양자 25%를 감면받고자 지방세감면신고를 처분청에게 하였는데, 이때 제출된 자료에서 2002.3.25. 청구인은○○공영(주)과 매매계약을 체결한 일반계약서상 매매금액 95,000,000원에 계약금 4,000,000원 및 2002.5.25.에 중도금41,000,000원 및 2002.8월(추후 제출된 일반계약서에는 기재되어 있음)에 잔금 50,000,000원을 은행대출금으로 지급하는 내용이 확인되고 있고(추후 제출된 일반계약서와 청구인 날인사항과 핸드폰 번호기재사항, 잔금지급일자, 그리고 서류편철 천공위치가 상위함.), 한편, 청구인과○○공영(주)과 매매계약을 2002.7.12.에 체결한 검인계약서에서는 매매금액 95,000,000원에 계약금 10,000,000원 및 2002.7.29.에 중도금35,000,000원 및 2002.8.12.에 잔금 50,000,000원을 지급하는 내용이 확인되고 있으며, 이것은 월드공영의 전산자료로 추정되는 계정원장(2002.8.9. 출력)과 동일하게 날짜와 금액이 기재되었고, 2002.8.13. 청구인은 이 사건 아파트에 대한 소유권이전등기를 경료하였으며, 2004.6.16. 전체 아파트에 대한 취득세 등의 신고납부사실이 틀림없는 지를 확인하고자 처분청 담당공무원의 현지 조사시○○공영(주)의 법인장부 중 취득세 관련 계정별 세액집계표와 호수별 매출신고내역에서 총 분양수입이 1,651,500,000원이고, 신고납부한 금액은 1,394,000,000원으로 그 차액만큼 취득세 등을 부과한 사실 및 호수별로 총 분양금액 및 계약금·중도금·잔금 지급금액과 날짜가 기록된 사실 및 그 중 이 사건 아파트의 분양금액이 130,000,000원으로 2002.3.14. 계약금 4,000,000원과 2002.5.30. 중도금 76,000,000원, 그리고 잔금 50,000,000원을 각각 지급한 사실이 확인되고 있으며, 2004.12.20. 청구인은○○공영(주)으로부터 이 사건 아파트를 95,000,000원에 매매하였다는 확인서를 받았고, 2005.3.10. 처분청은 이 사건 아파트에 대한 취득세 등을 매매금액 130,000,000원을 과세표준으로 추가로 그 차액에 대하여 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 매도인인○○공영(주)의 장부는 이중장부이거나 허위이므로 청구인이 제시한 취득시점과 가격이 맞다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제111조제5항 및 지방세법시행령 제82조의3 제1항에서 법인장부 등에 의하여 사실상의 취득가액이 입증되는 취득에 있어서는 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있는 바, 청구인이 제시한 자료와 처분청에서 현지조사시 수집된 법인자료사이에 취득금액과 일자 등이 상이하므로 이를 살펴보면, 먼저, 청구인은 2002.3월 이 사건 아파트에 대하여 매매계약(이하 “당초 계약서”라고 한다)을 체결하고, 같은 해 8월에 잔금을 은행대출금으로 지불한 다음 관련 세액을 납부하여 소유권이전등기를 완료한 사실과 2002.7월 이 사건 아파트에 대한 정기분재산세를 매도인이 납부한 사실, 그리고 2002.8월 청구인은 우리은행 의정부지점에서 오천만원을 대출받은 사실 등을 제시하고 있으나, 당초 계약서(체결일자 : 2002.3.25.)는 2002.8월 취득신고시 작성제출된 검인계약서(체결일자 : 2002.7.12.)와 계약금액, 중도금 및 잔금지급 날짜와 금액, 그리고 매도인과 청구인의 인장 등이 다르고, 추후 당초계약서라고 제출된 계약서와는 청구인 날인누락사항과 매도인의 핸드폰 번호기재사항, 잔금지급일자 미기재사항, 그리고 서류편철 천공위치가 상이하며, 법인의 전산계정별 장부상 중도금 및 잔금 등 지급일자와 금액은 검인계약서와 동일하지만 잔금지급일(2002.8.12.)보다 장부를 전산출력한 날짜(2002.8.9.)가 앞서는 모순 등을 종합하여 볼 때 청구인의 주장에 대한 진위판단이 곤란하지만 2002.7월 이 사건 아파트에 대한 정기분재산세를 매도인이 납부한 사실에 미루어 청구인이 이 사건 아파트를 취득한 일자는 2002.7월 이후라고 보는 것이 상당하다 할 수 있겠고, 다음으로 처분청 담당공무원이 매도인인○○공영(주)이 전체 아파트를 신축취득시 취득세 신고납부한 내역이 틀림없는 지를 확인하기 위하여 세무조사시 수집된 자료를 보면, 매도인의 법인장부 중 취득세 관련 계정별 세액집계표와 호수별 매출신고내역에서 전체 아파트 분양수입이 1,651,500,000원인데 신고납부한 수입금액은 1,394,000,000원으로 확인되어 그 차액만큼 취득세 등을 계산한 사항을 볼 수 있고, 위 내역에서 호수별로 분양금액 및 계약금·중도금·잔금 지급금액과 날짜가 기록되어 있는 데, 이곳에서 이 사건 아파트의 분양금액이 130,000,000원이고, 2002.3.14. 계약금 4,000,000원을, 2002.5.30. 중도금 76,000,000원 및 잔금 50,000,000원을 각각 지급한 사실 및 전체 아파트 중 이 사건 아파트와 같은 면적의 아파트 분양가액이 129,500,000원에서 133,000,000원 사이에서 거래된 사실이 확인되고 있는 것 등을 종합하여 보면, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 지방세법 제111조제2항의 단서규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있는 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것(대법원 92누15895 판결 1993.4.27. 선고)이라고 하고 있고, 또한, 부동산 취득과 관련하여 세액을 납부할 경우 특별한 사정이 없는 한 되도록 과세표준을 낮게 신고하는 것이 통상적인데도 개인보다 회계처리가 정밀한 법인이 그 장부상 기장금액(과세표준)을 실제가격보다도 35,000,000원을 더 기재하였다고 보기는 무리가 있다고 할 수 있는 점에서 이 사건 아파트의 취득가액은, 청구인이 별다른 증거자료를 제시하지 못하고 있는 이상, 130,000,000원이 맞다고 보는 것이 합리적이라 할 수 있겠으나, 매도인인 법인이 그 취득일자를 2002.7월 재산세를 법인이 납부하였는데도 2002.5월에 취득한 것으로 장부상에 기장한 것은 착오인 것으로 추정되지만 이러한 사실로 이 사건 취득세 부과처분을 다투는 것은 실익이 없다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 10. 31.

행 정 자 치 부 장 관