가.청구법인은 2006.10.30. OOO의 문화예술 진흥을 위한 각종 사업을 추진하기 위해 2007.1.1. OOO가 출연하여 설립된 비영리법인으로, 2009년 제2기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 신고시 공통매입세액 중 불공제되는 매입세액을 계산함에 있어, OOO로부터 지급받은 보조금 2009년 OOO원(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 총공급가액과 면세공급가액에 산입하지 아니하였다.

나. 처분청은 2013.3.5.∼2013.3.18. 기간 중 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지 확인 과정에서, 쟁점보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되는 것으로 보아 공통매입세액 중 불공제되는 매입세액을 재계산하여 2015.1.9. 청구법인에게 2009년 제2기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

처분청은 쟁점보조금이 부가가치세 비과세 사업의 대가에 해당하므로 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 면세사업 및 총공급가액에 포함하여 안분계산하는 것이 타당하다는 의견이나, 쟁점보조금은 청구법인이 비과세 사업을 수행하여 취득한 대가가 아니고, 설사 비과세 사업에 대한 대가라고 하더라도 이는 무상으로 이루어졌거나 또는 저렴한 가액으로 이루어져 비과세 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 쟁점보조금은 공통매입세액 안분시 고려할 필요가 없다. 또한 공통매입세액은 전기료, 경비료, 청소비 등으로서 쟁점보조금과는 직·간접적으로 관계가 없는 것이다. 한편, 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항은 2013.2.25. 개정을 통하여 공통매입세액 안분시 비과세 사업을 면세사업에 포함한다고 규정한바, 이를 청구법인에 적용하는 것은 법규의 소급 적용에 해당하므로 이 건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로, 부가가치세 과세사업(대관 및 임대사업)과 관련이 없는 사업부분에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것인바, 청구법인은 부가가치세가 과세되지 아니하는 비영리 문화행사를 주업으로 하면서 부수적으로 과세사업의 수입이 발생하는 공익법인으로서, 청구법인이 주 목적사업 수행을 위하여 OOO로부터 지급받는 쟁점보조금은 청구법인이 시행하는 비과세 사업의 대가에 해당하므로 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 이를 면세공급가액과 총공급가액에 포함하는 것이 타당하다. 그리고, 「부가가치세법 시행령」 제61조는 과세사업과 과세사업 외의 사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대한 합리적인 안분계산 방법을 규정한 것이므로, 청구법인이 전체 사업에 공통으로 사용하여 그 귀속이 불분명한 공통매입세액에 대하여 이를 적용한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점

공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 면세공급가액 및 총공급가액에 쟁점보조금을 포함하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO장을 대표이사로 하여 「OOO문화재단 설립 및 조례」가 정하는 바에 의하여 지역문화예술 진흥을 위한 각종 사업을 추진하기 위해 2007.1.1 OOO가 설립한 비영리 공익법인으로, 정관상 목적사업인 OOO 지역문화예술의 진흥과 시민의 문화수요 충족을 위한 각종 문화예술사업을 운영하며 구체적인 사업내용은 다음과 같다.

(2) 청구법인의 부가가치세 등 신고내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 2009～2011년 수입금액은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인의 2009～2011년 수입금액 구성

(나) 청구법인의 감사보고서상 2009～2011년 사업비 내역은 다음 <표2>과 같다.

<표2> 청구법인의 2009～2011년 사업비 내역

(다)청구법인은 2009～2011년까지의 부가가치세 신고시, 청구법인의 전체 사업에서 사용된 공통매입가액 OOO원중 과세사업에 해당하는 공통매입가액을 OOO원으로 하여 전체 공통매입의 OOO%에 해당하는 것으로 신고하였는바, 이는 과세사업 수입금액보다 많은 OOO%에 해당하는 금액으로서 다음과 같이 청구법인이 OOO로부터 지급받은 쟁점보조금을 총공급가액과 면세공급가액에 산입하지 아니하고 면세비율을 산정하였기 때문으로 나타난다.

(다)청구법인의 공통매입가액 안분계산 신고내역은 다음 <표3>과 같다.

<표3> 공통매입가액 안분계산 신고내역

(3) 처분청의 조사내용과 공통매입세액을 안분한 방법은 다음과 같다.

(가) 위 <표1>에 따르면, 청구법인이 수행하는 본래 업무(목적사업)의 주 수입원은 OOO로부터 지원받는 보조금 수입 OOO원과 영리를 목적으로 하지 않는 문화행사 등에서 발생하는 수입 OOO원이고 이는 2009～2011년 전체수입의 OOO%에 해당하며, 과세사업인 대관료 사업의 수입금액은 OOO원이고 전체사업수입의 OOO%에 불과한 것으로 나타난다.

(나) 위 <표2>에 따르면, 청구법인은 2009～2011년 동안 사업운영자금으로 OOO원을 사용하고 있고, 과세사업은 OOO원, 전체사업 운영자금의 OOO%에 불과한데도 매입세액으로 공제한 금액은OOO원, 전체사업 공통경비의 OOO%에 이르므로, 이는 과세사업과 관련없는 매입금액을 포함하여 공제하였다.

(다) 따라서, 처분청은 공통매입세액 중 면세사업관련 매입세액을 계산함에 있어 쟁점보조금은 2009년 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되는 것으로 보아 다음과 같은 계산방법으로 안분하여 매출세액에서 불공제되는 공통매입가액을 증가시켰다.

(라) 처분청은 청구법인의 2013.2.15. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제61조의 소급적용이라는 주장에 대해, 부가가치세가 과세되지 않는 비과세사업과 관련된 매입세액은 부가가치세 납부세액에서 공제할 수 없는 것이고, 공통매입세액의 안분계산방식에 대하여 과세사업과 면세사업 외에 비과세사업을 겸영하는 경우에도 「부가가치세법 시행령」 제61조의 유추적용에 대하여 판례는 일관되게 긍정(대법원 2006.10.27 선고 2004두13288, 대법원 2011.9.8 선고 2009두16268 외)하고 있다는 의견이다.

(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 지역문화예술 진흥을 위한 각종 사업을 추진하기 위하여 설립된 비영리 공익법인으로 부가가치세 과세사업 또는 면세사업 이외에 다양한 공익목적의 사업을 영위하고 있고, 그러한 사정이 감안되어 OOO로부터 사업에 필요한 재원을 보조금으로 출연받아 충당하고 있는 것으로 보이는바, 청구법인의 공익적 활동 중에는 부가가치세가 비과세되는 영역이 없다고 보기 어려우며, 그 중 비과세 사업의 규모를 공급가액으로 환산하기 어려운 점을 감안하면 청구법인의 고유 목적사업에 사용되도록 지급된 보조금을 비과세 영역의 공급가액으로 하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 합리적인 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)

제13조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2.～5. (생략)

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1.～3. (생략)

4. 국고보조금과 공공보조금(이하 생략)

제17조(납부세액) ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.～5. (생략)

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액(이하 생략)

(2) 부가가치세법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것)

제48조(과세표준의 계산) ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.

⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 것) 제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

(4) 부가가치세법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제269호로 개정되기 전의 것) 제18조의2(매입세액의 안분계산) ① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.