가.청구인과 청구외 엄인웅은 경기도 부천시 원미구약대동 192부천테크노파크 201-702호에서 한국조직은행(의료업/조직은행, 이하 부천사업장 이라 한다)이라는 상호로인체조직을 기증받아 제조가공된조직이식재를 전국의 병·의원에 공급하는 공동사업자로서 2001년 2기에 100,105,447원, 2002년 1기에 29,107,000원을 과세표준으로 부가가치세를신고납부하였다.

나.부천세무서장은2002.12.24.청구인 및 엄인웅을 수입금액 누락 및 가공원가 계상 등 조세포탈혐의로 관할검찰청에 고발하였고, 2003년 9월 부천사업장의 2001년 1기～2002년 1기 과세기간에 대한 세무조사를 실시하여 매출누락합계382,890,142원(2001.1기 61,995,264원,2001.2기 78,136,547원, 2002.1기242,758,331원으로 이하 “쟁점매출누락액”이라 한다) 및 휴먼텍주식회사(이하 휴먼텍 이라 한다)로부터 수취한 세금계산서 24매의 공급가액 합계 178,130,000원(2001년 1기151,280,000원,2001년 2기 26,850,000원으로 이하“쟁점매입세금계산서”라한다)을 가공매입으로 보아 청구인의 지분 1/2에 해당하는 금액을 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 2003.11.7.청구인에게 종합소득세 2001년 귀속분 3,277,100원 및 2002년 귀속분 39,137,370원을경정고지하였다.

다.청구인들은 이에 불복하여 2004.1.31. 이의신청을 거쳐2004.10.4. 심판청구를제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인의 장부기장 상태 및 금융계좌 입금내역 등에대한 사실 확인조사를 하지 아니하고 구체적인 과세근거없이 인천지방검찰청의 공소자료인 분배명세서에 근거하여 매출누락을 산정하였는 바, 조직이식재 판매는 시용조건부 방식으로 병의원에게 인도된후 이를 검수 시험사용하여 본 후 구입의사를 표시하는 시점에 재화의공급가액이 확정되는것이어서 반품된 금액 15,854,179원, 하나의 공급거래에 대하여검찰분배명세서 복사과정에서 이중으로 복사되거나이중으로 집계된 이중계산 및착오계산분 54,026,908원, 무상으로 제공한 견본품 1,560,000원, 분배명세서상 분배 근거가 없이 착오계산된 40,986,607원합계 112,427,694원은 실질적인 매출누락이 아니므로 이를 쟁점매출누락액에서 제외하여야 한다.

(2)청구인의 매출재화인 조직이식재를 제조가공하는 과정에서가공처리용역과 원재료의 냉장보관용역은 필수적으로투입되어야만하는 바,청구인이 휴먼텍으로부터Processing 가공용역(시신에서조직을 채취하고 처리하는 작업)과 휴먼텍이 소유한 공기청정실 시설제공용역(조직이식재원료의 제조과정에서 저장 및 보관시설 이용)을 제공받고 쟁점매입세금계산서 24매(2001.1기 151,280,000원, 2001.2기 26,850,000원으로 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받았으므로 쟁점매입세금계산서는 가공매입에 의한 것이 아니라실제로 용역을 제공받고 교부받은 세금계산서이므로 청구인들의매입세액으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 매출방식이 시용조건부 판매방식이므로 제품의분배명세서만을근거한 매출누락 산정은 부당하며, 검찰에서 인정받지못한 반품·이중계산·견본품·착오계산한 금액을 매출누락에서 차감하여 줄 것을 주장하나, 이중에서 일부(반품 3,508천원, 이중계산 2,380천원)만 인정될 뿐이며, 나머지 금액에 대해서는 인천지방검찰청이 작성한 분배명세서 리스트는 근거있는 과세자료로서 착오계산분의 분배명세서발행번호가전체적인발행번호 구조 등과 거의 일치한 점 등으로보아 청구주장은 이유가 없다.

(2)청구인은 조직이식재를 제조가공·보관하기 위하여는 휴먼텍으로부터 제조가공 및 보관용역을제공받을 수 밖에없으므로 쟁점매입세금계산서는 정상적인 매입세금계산서라고 주장하나, 공소장·검찰수사기록에 의하면 휴먼텍은엄인웅이 설립운영한 법인으로서 한국조직은행과거의 동체인 사업체이며 직원 박동신 등을통하여 가공 및 보관용역료를 휴먼텍에게 지급한 사실이 없음이확인되었고, 2001년 2기분 매입세금계산서와 용역계약서상의 가공용역의단가가 상이한 점, 공기청정실 사용료가 세금계산서상의 금액과계약서상의 금액이 다른 점, 2002년중 분배명세상 매출은 있으나 휴먼텍으로부터 제조가공용역을 제공받지 아니한 것으로 나타나는 점, 이의신청에 결과에 따라 김명욱에대하여재조사한 결과 엄인웅은의료및 의학관련 총 책임자로,청구인이은영은 시신해체 및 조직이식재생산 실무자로 업무분담하였다고 진술함으로써휴먼텍에 외주가공하였다는 청구주장과 달리 청구인들이 직접적으로 시신해체 및 조직이식재 생산에 참여한 점 등으로 보아 휴먼텍으로부터 용역을 제공받고 쟁점매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 인정하기는 어려우므로 당초 처분은 정당하다

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

(1) 처분청이 분배명세서에 의하여 매출누락으로 집계한 금액중 반품·이중계산분·견본품·착오계산이 포함되어 있으므로 이에 해당하는 금액은 매출누락에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

(2) 쟁점매입세금계산서가 실물거래없이 수취한 가공의 세금계산서인지의 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지제4호의규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의전부 또는일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.

(2) 소득세법 제80조 【결정과 경정】② 납세지 관할세무서장 또는지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 엄인웅은 인체조직에서 추출한 조직이식재를 처리 및 가공하는 용역을 휴먼텍에 의뢰하여 이에 따라 완성된 조직이식체를 전국 병의원에 공급하는 사업자로서 부천사업장과 휴먼텍의 사업자 등록사항은 다음과 같다.

(2) 휴먼텍은 골형성 단백질 추출 및 합성기술개발 및뼈이식 대체물질개발업 등을 영위하기 위하여2000.8.9. 설립되었으며, 청구인들은 휴먼텍의 임원 및 주주로 등재된 사실이 없는 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 전산자료에 의하면 부천사업장과 휴먼텍 쌍방은 쟁점매입세금계산서 24매(2001년 1기세금계산서20매151,280천원, 2001년 2기 세금계산서 4매26,850천원)에 대하여 상호 매입과 매출로 신고한 것으로 확인된다.

(4) 부천세무서장은 부천사업장이 조직이식체를 각 병의원에 분배한기록(분배명세서)를 근거로 부천사업장의 기 신고금액 및 반품금액 등을 차감한 금액382,890,142원(2001년 1기 61,995,264원,2001년 2기 78,136,547원, 2002년1기242,758,331원)을 매출누락액으로 보았고, 휴먼텍으로부터수취한 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 가공의 세금계산서로 조사하여 청구인들을조세범처벌법 위반으로 인천지방검찰청장에게 고발하였으며, 인천지방검찰청장은 청구인 및 엄인웅을 조세범처벌법 위반 등으로 기소하였다.

(5)한편, 인천지방검찰청장이 조세범처벌법 위반 등으로기소한 소송결과에 의하면, 인천지방법원 제2형사부(2005노547,2006.11.24.) 2심 판결에서는 아래와 같은 사유로 청구인들에게 무죄를 선고하였고,대법원에서는 사실심 심리대상이라하여 상고(2006도9317, 2009.1.15.)를 기각하였음이 판결문으로 확인된다.

(가)매출액 중 상당한 분량이 반품된 것으로 보이는 점〔청구인은2000년1기～2002년 1기 중 52,729,085원 상당이 반품되었다고 주장하였는데 수사과정에 참여한 세무서기 김현석은 2000년 1기～2002년 1기 중 36,450,363원 상당만 반품으로 인정하였는 바, 김현석은 실제로 반품이 되었는지여부를 조사하지는 않았고 반품여부 인정의 기준이 명확하지도 않으며 김현석이 반품으로 인정하지 않은 부분에 대해 실제로 반품된 사실을 인정할 수 있는 자료(수사기록, 검토명세서상에도 반품이 있는것으로 볼 여지가 있음)가 많다〕,부천사업장에서 종합병원에 이식재를 판매하는 경우에는 우선병원에 물건을 인도하되 병원측에서 직접 이를구입하는 방식이 아니라 환자가 이식재 구입을 원하는 경우에환자 개인이 이를 확정적으로 구입하는 방식(시용품 판매방식)을 취하였던 것으로 보이고 이 경우비록 물건이 반출되었다 하더라도 환자가 구입을 결정하지 않아 매출이 확정되지않은 수량이 상당액에 이르는 것으로 보이는 점 등에 비춰보면 청구인이 세무신고를 할 때 매출을 누락하였다는 사실을 인정하기 어려우며,총 매출액중 일부 금액을 줄여서 신고하였다는 것 외에 다른 어떠한 적극적인 행위를 하였다는 내용이 포함되어있지 않고 사건기록을 보아도 청구인이 달리 부정한 적극적인 행위를하였다는 자료를 찾아볼 수 없는 점 등에 비춰보면 일부 매출을 누락하여 신고한 사실이 인정된다하더라도 그것만으로는 피고인들이 사기 기타 부정한 행위로서 부가가치세를 포탈하였다고 인정하기에는 부족하다.

(나)휴먼텍 발행의 세금계산서 24장이 실제 거래없이 이루어진허위의 세금계산서인지 여부에 관하여 보건대, 검찰은 엄인웅이 부천사업장 및 휴먼텍을 실질적으로운영한 것으로 보아 엄인웅이 박동신에게 지시하여 휴먼텍 명의의 허위 매출세금계산서를 작성하도록하였다고 주장하나,엄인웅이 휴먼텍의 설립 및 운영과정에 일정부분 역할을한 것은인정되지만 그렇다고 휴먼텍을 실질적으로 운영하였다고볼 근거가 없는 점(휴먼텍은 엄인웅과 친분관계가 있는 김영조 등 4인이 각 1억원 이상의 자금으로 설립하였을 뿐 엄인웅은 전혀 투자하지 않았고 이사 등 회사의 운영에 관여할 지위에 있지도 않았으며, 부천사업장이 2002년 8월 경 휴먼텍을 배제하고 주식회사 아이티덴탈과 판매대리점 계약을 체결하자 휴먼텍의 대표이사 조성용은 검찰에 엄인웅이 허위의 매출세금계산서를 발행하게 하였다는 진정서를 제출하고 청구인들에게 컴퓨터·실험기구 등 집기의 반환을 요청하는 내용증명을 발송도 하였는 바 이런사정으로보아 엄인웅이 휴먼텍을 실질적으로 운영하였다고보기 어렵다),부천사업장은 휴먼텍의 작업장·설비·인력 등을 이용하여인체조직을 가공처리하기로 하고 그 비용(임대표, 사용료, 시약대금등을 포괄하여 processing fee로 지칭)을 휴먼텍에 지급하기로 하였던 것으로보이고, 실제로 청구인 이은영이 휴먼텍에 적지않은 돈을 송금한 점,휴먼텍은 공소사실에서 허위라고 적시된 매출세금계산서를 근거로 결산보고서 등 세무관련자료를 작성하였을 뿐 아니라 실제로 그와 같은 매출액을 세무서에 신고하여 부가가치세를 납부한 것으로 보이는 점에 비춰보면휴먼텍 명의의 매출세금계산서가 허위의 세금계산서라고 단정하기 어렵다.

(6) 한편, 청구인은 부천세무서장의 조사시 반품분·이중착오계산등 오류계산을 하였을 뿐 아니라 종로사업장에 대한 조사시 종로사업장이 2002년 1기 확정신고시 포함시킨 예정신고누락분도 오류계산하였다며 아래와 같은 금액을 매출누락에서 차감하여야 한다고 주장한다.

(7) 위 내용들을 종합하여 살펴보건대, 쟁점매출누락액에 대해서는 처분청도 일부의 금액이나마 매출누락에서 차감하여야 함을 인정하고있을 뿐 아니라 법원의 판결에서도 쟁점매출누락액 전부를 누락하였다고 볼 수 없는 다수의 증거자료가 있음을 판시하고 있으므로 실제로 매출누락한 금액을 재조사하여야 할 필요성이 있다고 판단되며, 쟁점가공매입세금계산서에 대해서도 법원은 가공의 세금계산서로 볼 수 없는 것으로 판시하였고 거래세인 부가가치세에 대해 상호간 매입세액 및 매출세액으로 신고납부한 이 건에 대해 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 보기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2009. 3. 24.

주심조세심판관

이 효 연

배석조세심판관

박 동 식

허 병 우

장 인 태