가.청구인들은 OOOO OOO OOO OOO OOOOOOO(주민 19명으로 구성되었고, 이하 “이주대책위원회”라 한다)의구성원으로이주대책위원회 소유의 OOOO OOO OOO OOO OOOOO O OOOO OO,OOOO(이하 “쟁점토지”라 한다) 중 청구인들의 지분(19분의 5)인 5,013㎡(이하 “청구인들 지분의 토지”라 한다)을 2007.2.12. OOOOOOO(주)에 공공용지로 협의이전하고 2007년 귀속 양도소득세를무신고하였다.

나. 처분청은 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인들 지분의 토지의 실지취득가액은 18,664,200원, 실지양도가액은1,955,440,500원으로 확인하고 동 실지거래가액에 의하여 2009.1.2.청구인들에게 2007년 귀속 양도소득세 466,620,570원을 결정·고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2009.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

청구인들이 거주하던 OOOO OOO OOO OOOO OOO OOOOOOO OOOOOOOO 부지로 수용·고시되어 청구인들을 포함한 동 마을 주민 19명이 이주대책위원회를 구성하여 1996.12.12. 집단이주지로서 현 거주지인 OOOO OOO OOO OOO OOOO(OOOOO OOOO O O OOOO OO) 일대의 쟁점토지를 취득하였다가, 2006.1.2. 쟁점토지가 방사성폐기물 처분시설 부지로 다시 수용·고시됨에 따라 2006.12.27. 사업시행자인 OOOOOOO(주)가 쟁점토지 중청구인들 지분의 토지를 제외한 나머지 토지(쟁점토지 중 지분 19분의14)에 대하여 이주대책위원회(OOO OOO)와 매매계약을 체결하였으나, 청구인들 지분의 토지에 대하여는 청구인들 명의로 ‘소유권일부이전청구권가등기’가 되어 있어 매매계약상 제한이 있음을 이유로매매계약을 체결하지 아니하던 중 2007.1.22. 청구인들 지분의 토지에 대하여 위 가등기가 말소되자 2007.1.30. 용지매매계약을 체결하고 2007.2.12. 소유권이전등기를 하였는 바, 2005.12.31. 개정된「소득세법」제96조에 의하여 2007.1.1. 이후 양도분에 대하여는 실지거래가액에의하여 양도소득세가 과세되는 것으로 변경되었다 하더라도 처분청이쟁점토지 중 2006.12.27. 매매계약을 체결(2006.12.29. 소유권이전)한토지(지분 19분의 14)의 양도에 대하여는 기준시가를, 청구인들 지분의토지의 양도에 대하여는 실지거래가액을 적용하여 과세함은 같은토지의 지분소유자들에 대하여 그 일부의 지분 소유자들에게만 기준을달리하여 과세하는 것으로서 형평성에 어긋나며, 청구인들이 쟁점토지에 대하여 가등기를 설정한 것은 쟁점토지 중 청구인들의 지분에 대하여 공부상 지분을 확인함에 불과한 것으로 이로 인하여 과중한피해를 보고 있는 점 등을 감안하여 청구인들 지분의 토지에 대하여도기준시가를 적용하여 양도소득세를 과세함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인들은 쟁점토지가 이주대책위원회의 구성원이 그 지분에 따라공유하던 재산으로 공공용지로 협의이전시 청구인들 지분의 토지는등기상 흠결 등의 이유로 불가피 보상금 수령이 지연되었으므로 청구인들지분의 토지에 대하여도 기준시가를 적용하여 양도소득세를과세하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지 중 청구인들 지분의 토지는2007.1.30.자, 나머지 지분(19분의 14)의 토지는 2006.12.27.자 각각매매계약이 체결되었고 보상금(대금청산) 또한 각각 이루어져 별도의지분매각으로 보아야 하고, 청구인들 지분의 토지의 양도시기는 공부상소유권이전등기 접수일인 2007.2.12.이며, 2005.12.31. 개정된「소득세법」제96조에 의하여 2007.1.1. 이후 양도자산에 대하여는 실지거래가액에의하여 양도차익을 산정하므로 청구인들 지분의 토지에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

여러명이 공유하는 쟁점토지를 공공용지로 협의이전시 일부 지분은 2006.12.29. 양도(기준시가 과세원칙)하고, 나머지 지분인 청구인들 지분의 토지는 2007.2.12. 양도(실지거래가액 과세원칙)한 경우, 청구인들 지분의 토지에 대하여 기준시가를 적용하여 양도소득세를 부과할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것)

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(괄호 생략) 또는 건물(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

1. 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2.제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는권리인 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6.양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우

9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수(數)ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로한다.

1. 취득가액

가.제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액.다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제100조【양도차익의 산정】①양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을실지거래가액(괄호 생략)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(괄호 생략)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

(2) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호) 부칙

제1조【시행일】이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제156조의4의 개정규정은 2006년 7월 1일 시행하고, 제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의5 내지 제2호의8에 관한 부분에 한한다), 제101조 제2항 및 제104조 제1항(제2호의4를 제외한다)의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제3조【양도소득세에 관한 일반적 적용례】이 법 중 양도소득세에 관한개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

(3) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(괄호 생략)을 청산한 날로 한다.

1.대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2.대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제45조【권리의 취득·소멸 및 제한】① 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다.

② 사업시행자는 사용의 개시일에 토지나 물건의 사용권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 사용의 기간중에는 이를 행사하지 못한다.

③ 토지수용위원회의 재결로 인정된 권리는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 소멸되거나 그 행사가 정지되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건에 대한 그 간의 경위를 살펴보면, 1992.6.27. 청구인들이거주하던 OOOO OOO OOO OOOO OOO OOOOOOOO부지로의 수용계획이 승인·고시됨에 따라, 1994년 청구인들을 포함한마을주민 19인이 이주대책위원회를 구성하여 1996.12.12. 집단이주지인위 같은 면 OOO OOOO(2005.3.21.토지분할로 인하여 65-1 등 현 지번으로 변경) 일대 쟁점토지를 취득하였고, 2002.8.27. 집단이주단지 조성공사가 사용승인되어 2006년 마을주민들이 이주를 완료하였으나,2006.1.2.OOOO OOO OOO OOOOO O(O OOOO) 쟁점토지 일대가또다시방사성폐기물 처분시설 부지로 수용·고시된 것으로 확인된다.

(2)이후 청구인들이 본인들의 토지 지분(19분의 5)에 대하여2006.7.27.(청구인들 중 정OO은 2006.8.7.) 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권가등기를 설정함에 따라, 방사성폐기물 처분시설 부지조성공사의사업시행자인 OOOOOOO(주)가 청구인들 지분의 토지에 대하여 부동산등기부등본상 흠결이 있음을 사유로 매매계약을 체결하지 아니하였고, 쟁점토지 중 지분 19분의 14(14인의 지분)에 대하여만 2006.12.27.매매계약 체결하여 2006.12.29. OOOOOOO(주) 명의로 소유권이전등기를 하였으며, 2007.1.22.청구인들 지분의 토지에 설정된 가등기가말소되자 2007.1.30. 청구인들지분의 토지에 대하여 매매계약이 체결되었고, 이후 2007.2.12. 청구인들지분의 토지에 대한 소유권이전등기 및 2007.2.14. 청구인들 지분의 토지에 대한 보상금 지급(잔금청산)이완료된 것으로 쟁점토지의 부동산등기부등본 등 이 건 심리자료에의하여 나타난다.

(3)청구인들 지분의 토지 매매와 관련하여 2007.1.27. OOOOOOO(주)와 이주대책위원회 대표자 최OO간 작성한 매매계약서에 의하면, 총 매매대금은 1,955,440,500원이고, 동 매매대금 중 부지조성주민부담금 88,518,705원을 공제한 1,866,921,795원을 이주대책위원회의대표자 최OO의 약정계좌로 입금한다는 내용이 기재되어 있다.

(4)이 건에 대한 처분청의 양도소득세 조사종결 보고서(2008년11월)에 의하면, 청구인들 지분의 토지(5,013㎡)에 대한 토지보상가액이1,955,440천원으로 확인되고, 이주대책위원회에서 각 지분(19분의 1)소유자들에게 391,088천원씩 분배하였음이 확인되어 청구인들 5인에 대한 개별 양도가액은 각각 391,088천원이며, 청구인들 지분의 토지의취득가액과 관련하여는 이주대책위원회가 쟁점토지를 101백만원에취득한 것으로 확인되어 청구인들 지분의 토지 취득가액은 18,664천원으로, 청구인들 개인별 취득가액은 3,732천원〔(5,013㎡ / 27,223㎡) ×101백만원 / 5인〕인 것으로 조사한 것으로 나타난다.

(5) 청구인들에 대한 처분청의 양도소득세 결정결의서에 의하면,청구인들 지분 토지의 양도가액은 1,955,440천원, 취득가액은 18,664천원으로 하여 그 과세표준인 1,021,252천원에 대하여 양도소득세 466,620천원을 결정한 것으로 나타나며, 그 세부내역은 아래 <표>와 같다.

OOOOOOOOO OOOOO OO OOOOO OOOO OO

(OO O O)

(6)이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대,2005.12.31.「소득세법」이 개정되어 종전 기준시가과세원칙에서 실가과세원칙으로 전환하면서, 그 시행시기를 2007.1.1.부터로 하였으므로2007.1.1. 이후 양도분은 실지거래가액 과세원칙을 적용하여야 하는 바,쟁점토지 중 청구인들 지분(19분의 5)의 토지는 2007.1.30., 나머지 지분(19분의 14)의 토지는 2006.12.27. 각각 매매계약을 체결하였고, 보상금지급(대금청산)도 각각 이루어져 별개의 매매거래가 성립된 것으로 나타나며, 쟁점토지의 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점토지 중 지분(19분의 14)은 2006.12.29. 소유권이전등기가 설정되고, 청구인들 지분의토지는 2007.2.12. 소유권이전등기가 설정되어 청구인들 지분의 토지의양도시기가 공부상 2007.2.12.(잔금청산일은 2007.2.14.)로 확인되며,청구인들 지분의 토지의 매매계약서(2007.1.30.)에 의하면, 매도인(이주대책위원회 대표자 최OO)의 보상금 1,955,440,500원 중 부지조성부담금 88,518,705원을 공제한 1,866,921,795원을 이주대책위원회의대표자 최OO의 약정계좌로 입금하는 것으로 함에 따라 매매계약일(2007.1.30.) 이후 2007.2.14. 보상금(매매대금)이 청산된 것으로 확인되므로 처분청이 청구인들 지분의 토지의 양도에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이결정한다.

OOOO

OOOO OO