가. 청구법인은 OOO 소재에서 전기통신업을 영위하는 법인으로, 2008.9.1.을 합병기일로 하여 OOO 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였고, 쟁점합병과 관련하여 세무상 영업권 가액을 OOO(이하 “쟁점영업권”이라 한다)으로 보아 2008사업연도에 회계상 계상된 영업권 OOO과의 차액 OOO을 익금산입(유보) 세무조정하였고, 같은 금액을 손금산입(기타) 세무조정한 후, 쟁점영업권에 대한 2009사업연도 감가상각비 OOO(이하 “쟁점감가상각비”라 한다)을 손금에 산입하여 2009사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점영업권이 「법인세법 시행령」제24조 제4항에 의한 감가상각자산에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점감가상각비를 손금불산입하여 2015.3.12. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 점, 쟁점영업권은 피합병법인의 상호·거래관계, 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있는 점, 쟁점영업권을 취득하기 위하여 피합병법인의 주주에게 대가를 지급한 점, 쟁점영업권이 감가상각자산에 해당하는지 여부는 쟁점영업권이 청산소득이나 합병평가차익에 포함되어 법인세가 과세되었는지 여부와는 관련이 없는 점, 설령, 쟁점영업권의 감가상각자산 여부를 청산소득 또는 합병평가차익과 관련하여 판단한다 하더라도, 쟁점영업권은 합병평가차익으로 사실상 과세된 점 등에 비추어 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에 따른 감가상각자산에 해당하므로 처분청이 쟁점감가상각비를 손금불산입한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점영업권은 합병대가에 포함되지 아니하는 비포합주식(합병등기일전 2년 이전에 취득한 피합병법인의 주식)의 취득과 관련하여 계상한 영업권인 점, 피합병법인 등에게 합병신주 등의 합병대가를 지급하지 아니한 점, 쟁점합병 과정에서 쟁점영업권과 관련하여 청산소득이나 합병평가차익으로 법인세가 과세되지 아니한 점, 쟁점영업권은 피합병법인의 상호·거래관계, 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것이 아닌 점, 「상법」상 합병차익이 발생하지 아니하여 쟁점영업권이 합병평가차익으로 과세되지 아니한 것에 불과하다는 청구법인의 주장은 사실이 아닌 점, 쟁점영업권은 합병과 무관한 지분법적용주식 취득 시 발생하는 것으로 자산을 평가하여 승계한 것이 아닌 점 등에 비추어 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」 제24조 제4항에 따른 감가상각자산에 해당되지 아니하므로 처분청이 쟁점감가상각비를 손금에 산입하지 아니하여 2009사업연도 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점영업권이 감가상각자산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】① 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 “합병평가차익”이라 한다)을 제외한다.

(2) 법인세법 시행령 제12조【합병평가차익 등의 계산】① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 합병평가차익 등”이라 함은 「상법」제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 “합병차익”이라 한다)에 달할 때까지 다음 각 호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호·제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사 외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

제15조【주식발행액면초과액 등】② 법 제17조 제1항 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 합병평가차익”이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제24조【감가상각자산의 범위】제24조 (감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권

나. 특허권, 어업권, 「해저광물자원 개발법」에 의한 채취권, 유료도로관리권, 수리권, 전기가스공급시설이용권, 공업용수도시설이용권, 수도시설이용권, 열공급시설이용권

다.광업권, 전신전화전용시설이용권, 전용측선이용권, 하수종말처리장시설관리권, 수도시설관리권

라. 댐사용권

마. (삭 제)

바. 개발비 : 상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)

사. 사용수익기부자산가액 : 금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체, 「조세특례제한법」 제73조 제1항 각 호의 규정에 의한 법인 또는 이 영 제36조 제1항 제1호의 규정에 의한 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 당해 자산의 장부가액

아. 「전파법」 제14조의 규정에 의한 주파수이용권 및 「항공법」 제105조의2의 규정에 의한 공항시설관리권

④ 제1항 제2호 가목의 영업권 중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.

(3) 법인세법 시행규칙 제12조【감가상각자산의 범위】① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등과 관련하여 부담한 기금·입회금 등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금 등

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2005.11.16. 주식회사 OOO 주식회사, OOO 주식회사가 보유하고 있던 피합병법인 주식 총 OOO를 OOO에 취득하여 피합병법인의 지분율 80.99%를 확보하였고, 2005.11.16. 직전과 그 이후 피합병법인의 주주현황은 아래 ＜표1＞과 같으며, 이후 청구법인은 2006.4.6. 피합병법인의 나머지 주식 216,000주(지분율 19.01%)를 OOO에 취득하여 피합병법인의 100% 주주가 되었고, 청구법인은 2008.9.1.(합병등기일) 쟁점합병을 하였으며, 이 때 피합병법인의 주식에 대해 합병신주는 교부하지 아니하였다.

OOO

(가) 청구법인은 2005.11.16. 피합병법인 주식 80.99%를 취득함에 따라 피합병법인에 대한 지배권을 확보한 후 2008.9.1. 피합병법인을 흡수합병하였기 때문에 회계상 장부에 계상되는 영업권 가액과 세무상 영업권 가액이 아래 ＜표2＞와 같이 차이가 발생하였다고 주장한다.

OOO

(나) 청구법인이 2005.11.16. 피합병법인의 지분율 80.99%를 취득하여 지배권을 가지게 됨에 따라, 주식 취득가액과 피합병법인의 순장부가액 중 청구법인이 취득한 지분율 80.99%에 상당하는 가액과의 차액이 회계상 전체 영업권에 해당하고, 여기에서 취득 이후 합병일까지 기간에 대한 영업권 상각분(투자제거차액)을 차감하여 합병일 현재 회계상 영업권 가액을 OOO으로 산출하였으며, 청구법인은 아래와 같이 합병 회계처리를 하였다.

OOO

(다) 청구법인은 회계와는 달리 세무상으로는 피합병법인의 잔여지분 19.01%를 취득할 때 피합병법인의 순장부가액 중 지분율 19.01%에 상당하는 가액보다 추가로 더 지급한 주식 취득대가가 영업권에 해당한다고 보아, 회계상 영업권과 청구법인이 주장하는 세무상 영업권의 차액 OOO에 대하여 아래와 같이 세무조정하였고, 쟁점영업권에 대하여 아래 ＜표3＞과 같이 상각하였으며, 쟁점감가상각비 중 회계상 계상한 영업권에 대한 부분은 결산조정으로 상각하였고, 청구법인이 세무상 추가로 인식한 영업권은 세무조정으로 상각하였다.

OOO

＜표3＞ 쟁점영업권의 상각내역

OOO

(2) 처분청은 쟁점영업권이 「법인세법 시행령」제24조 제4항에 따른 감가상각자산에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2008사업연도의 감가상각비를 손금불산입하여 2014.3.31. 청구법인의 2008사업연도 과세표준을 OOO에서 OOO으로 OOO 감액·경정하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.19. 심판청구를 제기하였으나, 우리원은 기각결정OOO하였다.

(3) 쟁점영업권이 감가상각대상 영업권에 해당하지 아니하므로 쟁점감가상각비는 손금산입 대상이 아니라는 처분청의 주요 논거는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2005.11.16. 피합병법인의 발행주식 920,000주(지분율 80.99%)를 OOO에 취득하였고, 2006.4.6. 피합병법인의 발행주식 216,000주(지분율 19.01%)를 OOO에 취득하여 피합병법인의 발행주식 100%를 보유하게 되었고, 청구법인은 피합병법인의 발행주식을 취득한 후 2년 이후인 2008.9.1.을 합병등기일로 하여 피합병법인을 흡수합병하였으며, 「법인세법」제80조 제2항은 합병법인이 합병등기일 2년 이내에 취득한 피합병법인의 주식을 포합주식으로 규정하고 있으므로 청구법인이 취득한 피합병법인의 주식은 포합주식에 해당하지 않는다.

(나) 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」제24조 제4항에 따른 감가상각자산에 해당하지 아니한다.

1) 피합병법인은 2008.12.1. 청산소득에 대한 법인세 신고서를 제출하였고, 신고내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

OOO

2) 포합주식 취득 후 2년 이내에 합병이 이루어져 포합주식의 취득가액이 합병대가에 포함되어 청산소득으로 법인세가 과세되었다면 포합주식 취득시 지급된 금액도 「법인세법 시행령」제24조 제4항의 규정을 적용함에 있어 영업권 취득을 위하여 지급한 대가로 인정될 수 있는 것OOO이나, 청구법인은 피합병법인의 발행주식을 취득한 후 2년이 경과한 2008.9.1.을 합병등기일로 하여 100% 자회사인 피합병법인을 흡수합병하면서 청구법인과 피합병법인의 합병비율을 1:0으로 함으로써 피합병법인에게 합병대가를 지급한 바도 없고, 주식의 취득가액이 피합병법인의 청산소득으로 법인세가 과세되지도 아니하였으므로 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」제24조 제4항에 따른 감가상각자산에 해당하지 않는다.

3) 또한, 쟁점영업권은 피합병법인의 상호․거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 해당하지 아니함에도, 청구법인은 2006.11.6. 외부 평가기관으로부터 피합병법인이 보유하고 있는 무형자산의 가치평가를 받았으므로 쟁점영업권이 피합병법인의 상호․거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 피합병법인의 주식을 평가일 이전인 2005.11.16. (920,000주, 지분율 80.99%) 및 2006.4.6. (216,000주, 지분율 19.01%)에 취득하였고, 취득시 취득가액 산정과 관련한 주식평가서류 등을 제출한 바 없다.

4) 단순히 피합병법인의 순자산가액과 신주교부가액의 차액을 영업권으로 계상한 경우에는 이를 영업권으로 보지 아니하는 것이고, 합병회계처리준칙상 지배ㆍ종속회사 간의 합병으로 연결재무제표작성시의 장부가액으로 승계한 것은 내국법인이 합병 전 주식 취득 시 피합병법인에 대한 주식가치를 「법인세법 시행령」제24조 제4항에 따라 영업권에 대한 평가를 하지 아니한 것이므로 쟁점영업권은 감가상각자산인 영업권에 해당하지 않는다.

(다) 「상법」상 합병차익이 발생하지 않아서 쟁점영업권이 합병평가차익으로 과세되지 아니한 것에 불과하다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

1) 청구법인은 쟁점영업권이 합병시 발생한 합병평가차익에 해당함에도 「상법」상 합병차익이 없으므로 과세되지 않았다고 주장하나, 청구법인은 쟁점합병시 신주를 교주하지 아니한 것으로 실제로는 OOO의 「상법」상 합병차익이 계산된다.

OOO

2) 쟁점영업권은 합병과 무관하게 지분법적용주식 취득시 발생하는 초과지급액(투자차액)으로, 해당 금액은 합병과 무관한 금액이고 지분법적용주식의 취득원가를 구성하는 단순 차액일 뿐이다.

OOO

3) 지분법적용주식 취득과 관련된 투자차액은 피지배회사 자산의 과소평가, 손실예상, 초과수익력 등의 사유로 발생하는데, 청구법인은 이를 지분법적용주식가액에서 차감하는 방식으로 상각한 후 미상각잔액을 합병시점에 영업권으로 대체하였는데, 이는 쟁점영업권이 합병시 자산을 평가하여 승계할 때 발생하는 영업권이 아닌 주식 취득시점의 초과지급액을 의미할 뿐이다.

4) 청구법인은 투자차액 중 일부를 지분법평가이익을 감소시키는 방식으로 상각하였는데, 해당 투자차액이 합병시 발생한 영업권이라면 합병 이후부터 상각이 가능한데, 청구법인은 합병 이전부터 투자차액을 상각하고 있었으므로, 동 투자차액이 합병과 무관한 것이라는 반증으로 볼 수 있고 또한, 청구법인은 쟁점영업권에 기상각한 투자차액을 포함시키므로 감가상각비를 이중으로 계상하고 있다.

5) 청구법인은 연결재무제표상 장부가액으로 자산·부채를 승계하는 방식(지분통합법)으로 피합병법인을 합병하였는바, 이런 방식의 합병은 합병평가차익이 발생하지 아니하고, 합병시 계상되는 영업권은 합병 이전에 피합병법인의 주식가액이 취득한 순자산가액을 초과하여 합병 처리시 대차를 맞추기 위해 회계상 설정하는 것일뿐, 세무상 영업권은 아니다.

(4) 쟁점영업권은 「법인세법 시행령」제24조 제4항에 의한 감가상각 대상 자산에 해당한다고 주장하는 청구법인의 주요 논거는 다음과 같다.

(가) 합병과정에서 취득한 영업권이 감가상각자산에 해당하기 위해서는 (i) 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서, (ii) 영업권이 사업상 가치가 있어야 하고, (iii) 유상으로 취득한 것이어야 하는바, 쟁점영업권은 위 요건을 충족한다.

(나) 쟁점합병 당시 적용되던 “기업인수‧합병 등에 관한 회계처리준칙” 문단17에서 “지배‧종속회사간 합병은 연결재무제표상 장부가액을 승계하여 회계처리한다”라고 규정하고 있는 이유는 지배회사와 종속회사는 지배‧종속관계가 성립하는 시점에 하나의 경제적 실체가 되었기 때문에 지배‧종속관계 성립일 이후의 지배‧종속회사간 합병은 법률적 실체의 변경만을 가져올 뿐 경제적 실체의 변경은 없으므로 연결재무제표상 장부가액을 승계하여 회계처리하도록 한 것으로 청구법인은 2005.11.16. 피합병법인의 주식을 취득하여 지분율 80.99%의 최대주주가 되었으므로 연결회계처리 관점에서 지배‧종속관계가 성립한 후 쟁점합병 시 위 회계처리준칙에 따라 피합병법인 자산의 연결재무제표상 장부가액을 승계하였는바, 청구법인은 쟁점합병 시 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하였으므로 첫번째 요건을 충족하고 있다.

(다) 청구법인이 취득한 쟁점영업권은 피합병법인의 상호‧거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 해당하므로 두번째 요건을 충족한다.

1) 청구법인의 모회사인 OOO은 전 세계 기업들과 금융기관, 그리고 일반 소비자들에게 전자 지불결제 서비스를 제공하고 있는 동종 업종에서 세계 1위의 법인인바, OOO는 국내시장에 진출하기 위하여 청구법인을 2005.11.7. 설립한 다음 2005.11.16. 피합병법인의 지분 80.99%를 인수하였고, 인수 당시 피합병법인은 OOO 등을 주요 고객으로 보유하고 있었으며 꾸준히 매출액과 당기순이익이 증가하고 있는 법인이다.

2) 청구법인은 피합병법인이 가지고 있던 고객관계 등의 초과수익력을 고려하여 피합병법인의 당시 주주들과 상당한 기간의 협상을 통하여 매매가액을 결정하였고, 피합병법인의 구 주주들과 아무런 특수관계도 없었으므로, 사업상 가치가 없다면 피합병법인의 순자산가액을 초과한 금액으로 피합병법인의 주식을 취득할 아무런 이유나 필요가 없었는바, 청구법인이 피합병법인 순자산가액을 초과하여 지급한 주식대가는 “피합병법인의 상호‧거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것”에 해당하므로 이는 감가상각자산에 해당한다.

3) 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액은 합병평가차익에 해당( 「법인세법 시행령」제12조 제1항 제1호)하고, 쟁점합병은 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로 피합병법인의 쟁점영업권 장부가액은 “0”원이었기 때문에 쟁점영업권은 전액 합병평가차익에 해당하나, 「상법」상 합병차익의 범위 내에서 익금에 가산되므로 청구법인은 쟁점영업권을 익금에 가산되는 합병평가차익으로 인식할 수가 없었다.

4) 감가상각대상 영업권인지 여부는 「법인세법 시행령」제24조 제4항의 요건에 따라 판단하면 되는 것으로, 쟁점영업권이 합병평가차익에 포함되어 실제 합병평가차익에 대한 법인세가 과세되지 않았다는 점이 감가상각대상 영업권에 해당하는지에 영향을 주지 아니한다.

(라) 청구법인은 쟁점영업권을 취득하기 위하여 피합병법인의 주주에게 대가를 지급하였으므로 세번째 요건을 충족한다.

1) 청구법인은 피합병법인 주식을 2번에 걸쳐 피합병법인의 구주주로부터 취득하였고, 대가의 지급은 반드시 합병할 때 지급될 것을 요건으로 하지 않고, 청구법인이 피합병법인을 합병하기 위하여 피합병법인 주식을 먼저 취득하는 경우와 같이 선행되는 주식의 취득이 합병을 하기 위한 일련의 과정 중 하나라면 주식의 취득시 대가를 지급한 것도 감가상각대상인 합병영업권의 요건 중 하나인 대가의 지급에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

2) 대법원은 이 건과 동일하게 피합병법인의 주식을 합병 전에 인수하고 난 다음 합병한 사례에서 피합병법인의 주식을 취득한 것은 주식취득에 의한 회사의 지배가 아니라 회사합병이라 할 것이고, 합병법인이 피합병법인을 흡수합병함에 있어 장차 초과수익을 올릴 수 있는 무형의 재산적 가치를 인정하여 순자산가액을 초과하는 차액을 대가로 지급하고 유상으로 영업권을 취득한 것으로 보아야 한다고 판시한바 있다.

3) OOO는 당초부터 청구법인을 설립하여 피합병법인의 주식을 취득한 다음 합병하려는 계획을 가지고 있었는바, 2005.10.20. 관련 신문기사에 의하면, OOO가 피합병법인을 인수하여 합병한다는 계획을 가지고 있었음을 확인할 수 있다.

(마) 영업권이 감가상각자산에 해당하는지 여부는 영업권이 청산소득이나 합병평가차익에 포함되어 법인세가 과세되었는지 여부와는 관련이 없다.

1) 「법인세법 시행령」제24조 제1항 제2호 가목은 영업권을 감가상각대상 무형자산으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 “합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호‧거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다”고 분명히 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않듯이 상기 법 조문이나 다른 법 조문에서 규정하지도 않은 내용인 ‘쟁점영업권이 청산소득이나 합병평가차익에 포함되어 법인세가 과세되었는지 여부’는 쟁점영업권이 감가상각자산에 해당하는지 여부의 판단기준이 될 수는 없다.

2) 「법인세법」제80조 제2항은 합병법인이 합병등기일 이전 2년 이내 취득한 피합병법인의 포합주식이 있고 그 포합주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부하지 아니한 경우, 피합병법인의 청산소득 계산시 포합주식의 취득가액을 합병대가에 포함시키도록 규정하고 있었는바, 합병등기일 이전 2년 이내 취득한 포합주식의 취득가액만 합병대가에 포함되므로 2년이 지난 경우에는 합병대가에 포함되지 않고, 만약, 처분청 의견과 같이 영업권의 취득 대가가 청산소득에 포함되어 과세된 경우에 한하여 영업권이 감가상각자산에 해당한다면, 합병법인이 같은 피합병법인 주식을 취득하면서 2년 이내에 취득한 경우에는 감가상각이 가능한 영업권이 발생하고 2년 이후에 취득한 경우에는 감가상각이 불가능한 영업권에 해당한다는 불합리한 결과를 초래하게 되며, 또한, 세무상 영업권의 인정 여부를 나누는 2년의 기준 또한 근거가 없는 잣대로서, 영업권의 유무가 2년의 경과 여부에 따라 판단되어야 하는 것에 대해 아무런 법적인 그리고 논리적인 근거도 없다.

(바) 설령, 영업권의 감가상각자산 여부를 청산소득 또는 합병평가차익과 관련하여 판단하는 입장에 서더라도, 쟁점영업권은 합병평가차익으로 과세되었으므로 감가상각자산에 해당한다.

1) 처분청은 영업권 취득 대가가 청산소득에 포함되어 과세된 경우에 한하여 영업권이 감가상각자산에 해당하고 쟁점영업권은 청산소득에 포함되지 않았으므로 감가상각자산에 해당하지 아니한다는 의견이나, 처분청이 근거로 삼고 있는 조세심판원 선결정례OOO를 보면, 해당 사건의 청구법인은 2년 이내 취득한 포합주식 가액을 합병대가에 포함하여 청산소득을 계산하였으나 합병대가에서 차감되는 피합병법인의 합병등기일 현재 자기자본 총액이 더 커서 청산소득이 부수로 산출되어 결국 납부할 법인세가 없었다.

2) 조세심판원은 포합주식 취득 이후 2년 이내 합병이 이루어져, 포합주식 가액이 합병대가에 포함되어 청산소득으로 법인세가 과세되었다면 포합주식 취득가액에 포함된 영업권을 세무상 감가상각자산에 해당한다는 기획재정부 유권해석OOO이 타당하다고 본 다음, 해당 사건과 같이 실제로 납부한 법인세가 없더라도 포합주식가액을 합병대가에 포함하여 청산소득금액을 계산한 것을 법인세가 과세된 것으로 간주하여 영업권을 감가상각자산으로 인정하였다.

3) 「법인세법」제80조 제2항에서 합병법인이 합병등기일전 2년 이내 취득한 피합병법인 주식이 있고, 합병시 동 포합주식에 대하여 합병법인의 주식을 교부하지 않은 경우에는 포합주식의 취득가액을 합병대가에 가산하도록 규정하였고, 한편, 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에서는 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분의 가액을 「상법」상 합병차익 범위 내에서 익금에 해당하는 합병평가차익으로 규정하였다.

4) 합병 전 피합병법인 주식을 취득할 때 영업권 대가를 지급한 경우, 주식 취득일로부터 2년 이내 합병이 이루어지게 된다면, 영업권 대가는 청산소득 계산시 합병대가에 포함되므로 피합병법인에서 한번 과세가 되고, 영업권을 평가하여 승계한 경우에 해당하고 동 영업권의 당초 피합병법인의 장부가액은 “0”원이므로 영업권 금액이 다시 합병평가차익을 구성하게 되어 합병법인에서 한번 더 과세가 되는 이중과세 문제가 발생하므로, 국세청은 유권해석OOO을 통하여 청산소득으로 과세된 금액은 합병평가차익에서 차감하는 것으로 해석하고 있고, 또한, 「법인세법 시행령」제72조 제1항 제1호에서 합병으로 취득한 자산의 취득가액을 “장부에 계상한 승계가액”으로 규정하고 있으므로 피합병법인이 장부에 계상한 영업권은 감가상각자산에만 해당한다면, 장부에 계상한 금액 모두에 대하여 감가상각이 가능하다.

5) 이 건은 피합병법인 주식 취득 이후 2년이 지나서 합병이 이루어졌기 때문에 청산소득 계산시 영업권이 합병대가에 포함되지는 않았고 대신, 합병평가차익에는 영업권이 포함되었는데 「상법」상 합병차익이 “0”원으로 산출되었기 때문에 「상법」상 합병차익의 범위 내에서 익금에 가산할 수 있는 합병평가차익도 “0”원이 되어 비록 영업권이 합병평가차익에 포함되었으나 납부할 법인세가 없었으나, “청산소득으로 법인세가 과세되었다”는 의미가 청산소득이 발생하여 법인세를 납부하였다는 의미가 아니라 포합주식가액을 합병대가에 포함시켜 청산소득금액을 계산하면 족한 것으로 법인세가 실제로 과세되었는지 여부까지 의미하는 것은 아니므로, “합병평가차익으로 과세되었다”는 의미도 합병평가차익에 대하여 실제로 법인세를 납부하였다는 의미가 아니라 합병평가차익을 계산할 때, 영업권을 합병평가차익에 포함하면 된다는 의미로 해석되어야 하는바, 쟁점영업권을 합병평가차익에 포함하였으나, 「상법」상 합병차익의 범위 내에서만 익금에 가산이 되기 때문에 쟁점영업권 가액을 “0”원으로 하여 포함된 것으로 보아 “합병평가차익으로 과세되었다”고 보는 것이 타당하다.

6) 청구법인이 피합병법인 주식을 취득한 후 2년이 지나서 청구법인이 피합병법인을 합병하였기 때문에, 피합병법인의 청산소득에는 피합병법인 주식의 취득가액이 포함되어 있지 않았으나, 쟁점영업권은 청산소득 대신 합병평가차익으로 과세되었기 때문에 감가상각자산에 해당한다.

(5) 청구법인은 청구법인의 모회사가 의뢰하여 OOO가 2006.11.6. 피합병법인의 가치를 평가하였다고 주장하면서 영문으로 작성된 평가 보고서 등을 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」제24조 제4항의 감가상각자산에 해당하는 영업권은 상호·거래관계, 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치가 있는 것으로서 같은 조 제1항 제2호의 디자인권, 상표권, 특허권, 광업권 등과 같이 무형고정자산으로서 피합병법인의 전체 가치 중에서 별개의 자산으로서 상당한 정도로 식별가능할 뿐만 아니라, 「법인세법 시행규칙」제12조의 규정을 고려할 때 적절한 평가방법에 의해 그 가액이 구체적으로 확인되어야 하는 것으로 해석하여야 할 것인바, 쟁점영업권의 가액은 청구법인이 피합병법인을 합병한 때가 아니라 피합병법인의 주식을 취득한 때 피합병법인의 회계상 순자산가액과 지급한 주식가액의 차액에 해당하는 것이고, 해당 차액은 이론적으로 각 주식 취득시점에서의 피합병법인의 순자산의 장부가액과 시가의 차액, 경영권 프리미엄, 초과수익력, 장부에 계상되지 아니한 소송 등과 같은 우발 부채‧자산의 평가액, 기업인수에 따른 시너지 효과, 주식 거래의 각 당사자의 협상력, 감가상각자산에 해당하는 영업권 등으로 구성되어 있는 것이 일반적인데, 청구법인은 위 차익에 해당하는 쟁점영업권이 합병시점에 있어서 상호·거래관계, 기타 영업상의 비밀 등 사업상 가치가 있는 무형자산으로 구별하여 인식할 수 있는 구체적인 자산에 해당하는지 또는 쟁점영업권 중 감가상각자산에 해당하는 영업권을 별개로 구분하여 평가한 가액이 얼마인지를 입증할 객관적이고 구체적인 증빙 또는 근거를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점영업권이 합병시 평가하여 승계한 감가상각자산인 영업권에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.