청구법인은 1998.9.26 한우 축산업 및 유기질비료제조업을 개업하여 현재

까지 운영하고 있는 부가가치세 과세·면세 겸업사업자로서,2003.1기부터 2005.2기 과세기간에 걸쳐 부가가치세 과세사업자인 OOOOO(OOO OOOOOO, OOOOO OOOOOOOOOOOO) 등으로부터 과세재화인톱밥 583,065천원(공급가액)을 구입하고 매입세금계산서를 교부받은 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

처분청은 청구법인이 구입한 톱밥을 면세재화인 한우를 사육하는

축사바닥에 깔짚으로 사용하였다가, 톱밥이 한우의 분뇨와 섞이면 이를 수거하여 위 사업장 내의 과세재화인 유기질비료의 제조 원료로 재투입하고 있는 사실을 확인하고 톱밥구입 관련 매입비용을 부가가치세 면세사업에 관련된 매입비용으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2006.7.10. 청구법인에게부가가치세 89,599,440원(2003년 1기분 2,537,770원, 2003년 2기분 5,691,790원, 2004년 1기분 8,870,850원, 2004년 2기분 22,263,730원, 2005년 1기분14,779,720원, 2005년 2기분 35,455,580원)을 부과처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.8.25 이의신청을 거쳐, 2006.12.28.

이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 구입한 톱밥이 1차적으로 한우 축사바닥에 깔짚의 용도로

제공된 단면만을 보고 부가가치세 면세사업에 사용된 것으로 보아 관련매입세액을 불공제하였으나, 통상적으로 톱밥을 축사의 깔짚 용도로 사용하는 이유는 분뇨의 수계유입방지 및 취급의 용이성, 악취 저감요인 등이 있을 뿐이며,청구인이 과세재화인 톱밥을 구입한 주목적이 공정과정상 축산분뇨와 혼합하여 부가가치가 높은 유기질비료를 생산하기 위한 것이므로, 톱밥을 과세재화인 유기질 비료의 원료로 사용된 직접재화로 보아 부가가치세 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 매입한 톱밥을 한우 축사의 바닥에 깔짚으로 이용

한 후, 그 부산물을 이용하여 과세재화인 유기질비료의 제조원료로 사용하고 있으므로 부가가치세 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 청구법인은 축산물 사육활동과 유기질비료 제조활동이 명백하게 분리·파악되는 사업장을 운영하고 있는 바, 매입세액 공제의 정당 여부는 그 재료나 용역이 투입되는 시점을 기준으로 판단하여야 하고, 과세재화인 유기질비료의 원료용으로 톱밥을 구입한 것도 아니므로톱밥을 면세재화인 한우 사육과 관련된 매입비용으로 보아 관련매입세액을 불공제함은 정당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

과세재화인 톱밥을 면세재화인 한우의 축사바닥에 깔짚으로 사용

하였다가 축산분뇨와 섞이면 이를 수거하여과세재화인 유기질비료의 원료로 재사용한 경우,「톱밥구입과 관련된 매입세액」을 부가가치세 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】② 사업자가 자기의

사업을위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

(2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세

액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(3) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】① 사업장 관할세무

서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(4) 부가가치세법시행령 제15조 【자가공급의 범위】① 법 제6조

제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여

사용 또는 소비되는 재화

(5) 부가가치세법시행령 제19조 【용역의 자가공급】① 법 제7조 제

2항의 규정에 의하여 자가공급으로 과세되는 용역은 당해 용역이 무상으로 자가공급되어 다른 동업자와의 과세형평이 침해되는 경우의 재정경제부령이 정하는 용역에 한한다.

② 제1항의 규정에 의하여 자가공급으로 과세되는 용역에 관하여 필

요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

(가) 청구법인은 축사 10여동을 신축하여 한우 1,800여두를 사육하고 있고, 자가사용 및 축산농가에 사료를 공급하기 위하여 사료 제조공장을 운영하고 있으며, 한우 축사에서 배출되는 축산 부산물을 이용하여 유기질비료를 생산·판매하고 있는 법인이다.

(나) 청구법인은 유기질비료 생산과정에 투입된 톱밥에 대한 매입세액을 과세재화인 유기질 비료 생산에 사용된 것으로 보아 관련매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 톱밥이 투입된 시점에서 이미 면세재화인 한우 사육에 사용되었다 하여 이를 부가가치세 면세 관련 비용으로 보아 관련매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였음이 처분청의 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(다) 청구법인이 2003년부터 2005년까지 매입한 톱밥의 공급가액은 아래와 같다.

(OO)

(라) 위 처분청의 과세에 대하여 청구법인은 한우가 톱밥을 사료로 먹을 수 있는 것도 아니며, 단지 고부가가치의 유기질비료를 생산하기 위하여 공정과정상 축산분뇨와 혼합하기 위한 용도로 한우 축사의 깔짚으로 사용하게 한 것일 뿐이고, 투입된 톱밥이 과세재화에사용된 것이 명백하므로 관련매입세액을 공제하여야 한다고 주장한다.

(마) 청구법인과 유사업종을 영위하면서 매입세액을 공제받고 있는 OOOOOOOO을 비교하면 다음과 같다.

(2) 판 단

(가) 처분청은 청구법인이 유기질비료를 생산하기 위하여 매입한

톱밥에 대해 깔짚으로서의 톱밥이 축산분뇨의 수분흡수 및 악취해소 등 축사환경개선에 좋아 1차적으로 축사의 깔짚 용도로 사용하기 위한 매입으로 보고 있으나, 청구법인이 통상적으로 축산농가에서 축사바닥에 깔짚으로 사용하는 값싼 왕겨 등을 마다하고 값이 3배～4배나 비싼 톱밥을 통상 생축장 깔짚의 교체주기가 1달～2달임에도 7일～10일에 교체한 주된 이유가 당초부터 부가가치가 높은 유기질비료를 생산하기 위한 것이었다는 청구법인의 주장은 설득력이 있어 보인다.

(나) 살피건대, 이 건 과세기간 이후 이기는 하지만 유기질비료를

생산하기위한 공정과정상 축분과 혼합하기 위한 의도로 생축장에 사용하게 하는 단순한 장소의 이용에 의한 것은 매입세액 공제가 가능하다는 예규(OOOOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)가 생산되었으며, 농·축산, 임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정〔별표5〕가 2006.2.9 개정되어 축산업용 톱밥을 부가가치세 환급이 적용되는 농업용 기자재로 분류하고 있다.

(다) 위 사실관계를 종합해 볼 때, 청구법인이 과세재화인 톱밥

을 구입한 주목적이 과세재화인 유기질 비료를 생산하기 위한 것으로 보이므로, 톱밥구입과 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의해 주문과 같이 결정한다.