청구법인은 금융·소매업을 영위하는 OO협동조합으로서 ’94.7.1 소매업 부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 후 94년도 제2기분 부가가치세 신고시 아래와 같이 재고품 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급신청하였다.

처분청은 위와 같이 ’95.1.25 청구법인의 위 신고내용중 일반재화의 매입세액에 해당되는 부가가치세는 환급하여 주고 나머지 재고품 매입세액에 해당되는 부가가치세는 소매업을 과세사업으로 전환한 후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과한다는 이유로 환급하지 아니하였다.

청구법인은 이에 불복하여 ’95.10.6 심사청구를 거쳐 ’95.11.23 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

부가가치세법 제17조 제1항 제1호에서 매입세액공제의 대상으로 이미 사용된 재화, 용역뿐 아니라 사용될 재화, 용역의 공급에 대한 세액도 포함하고 있는데, 이는 일반과세사업자가 매입시 부담하는 부가가치세액을 조기에 환급하여 줌으로써 사업자의 불필요한 자금압박을 방지하려는 일종의 세제지원제도라 할 것인 바, 청구법인의 경우 부가가치세법의 개정으로 과세사업자로 전환된 ’94.7.1 현재 시점에서는 일반과세사업자가 신규로 사업을 개시하는 경우와 다름이 없다 할 것이므로, ’94.7.1 현재 보유하고 있는 재고자산은 일반과세사업자가 신규로 매입하는 재고자산과 동등하게 매입세액의 공제(환급)를 받아야 하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

재정경제원 소비 46015-35(’95.2.7)에 의하면, ’94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품매입세액은 ’94.7.1 이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것으로 해석하고 있으므로 처분청이 재고품매입세액의 환급신청을 부당한 것으로 보아 환급하지 아니한 당초처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고품매입세액을 환급할 수 있는지를 가리는 데 그 다툼이 있다.

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제17조 제1항 본문에서 『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하면서 그 단서에서 『매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다』고 규정하고 있으며,

(2) 같은법 제12조 제1항 제17호 및 같은법 시행령 제38조(’93.12.31 개정된 것) 제1항 제5호 및 제2항을 모두어 보면 『국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 OO협동조합법에 의한 조합과 중앙회 등 정부업무를 대행하는 단체가 그 고유목적사업으로서 재무부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세를 면제한다』고 규정하고 있으며,

(3) 같은법 시행규칙 제11조의 5(’93.12.31 개정내용) 및 별표 5의 제5호에서 정부대행업체의 면세사업의 범위를 『OO협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 영위하는 OO 협동조합법 제58조, 제125조 및 제153조에 규정된 사업으로 한정하면서 그 단서에서 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다』고 규정하고 있으며, 한편 같은법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, ’93.12.31) 제1조 단서에서 『동 규칙 제11조의 5 개정규정은 ’94년 7월 1일부터 시행한다』고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 『동 규칙 제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호 등의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에게 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 ’94년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 『제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다』고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

(1) 청구법인의 ’94년 제2기분 부가가치세 신고내용은 앞의 1항 처분개요에서 본 바와 같다.

(2) 위에서 본 관련법령에 의하면, 지금까지 부가가치세를 면제하여 온 농·임·수·축협 및 공무원관리공단의 소매사업에 대하여 사경제부분과의 경합 등으로 ’94.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 함에 있어, 과세사업 전환일 현재 보유하고 있는 당해사업과 관련된 재고재화에 대한 재고품매입세액은 현행 부가가치세법 체계상 당연히 공제되는 매입세액은 아니지만 경과규정을 두어 기 부담한 부가가치세 상당액을 공제하여 주겠다는 것인 바, 과세사업 전환후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다는 위 법령의 취지는 6개월간의 납부할 세액의 범위내에서 공제하되 이를 초과하는 재고품매입세액은 환급하지 않겠다는 것으로 해석된다. (재정경제원 소비 46015-35, ’95.2.7 같은 뜻임)

따라서, 재고품 매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수 없으나, 위 관련법령 규정 등에 따라 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것이 타당하므로 청구법인의 경우 재고품 매입세액은 납부할 세액 범위내에서만 공제되어야 할 것이고 나머지 금액은 공제대상이 아니라고 판단된다.

그런데, 이 건의 경우 앞에서 본 부가가치세 신고내용과 같이 재고품 매입세액을 포함하여 납부하여야 할 세액을 계산하였을 때 환급하여야 할 세액은 297,800원임에도 불구하고 처분청은 예정신고분 순환급세액 1,360,740원을 환급통지하였는 바, 이와 같이 결정하는 경우 청구법인에게 불이익한 처분이 되므로 국세기본법 제79조 제2항 규정의 불이익 변경금지의 원칙을 적용함이 타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.