조세심판원 조세심판 | 조심2012서4586 | 부가 | 2013-02-26
[사건번호]조심2012서4586 (2013.02.26)
[세목]부가[결정유형]기각
[결정요지]청구법인이 제공한 쟁점용역은 기존의 조사와 통계이론을 단순히 응용 또는 이용한 것으로서, 청구법인이 제출한 자료만으로는 새로운 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 것으로 보기는 어려워 보이는 바, 쟁점용역은 부가가치세 면제대상이 아닌 것으로 보임
[관련법령] 부가가치세법 제12조
[참조결정]조심2011서0689
심판청구를 기각한다.
1. 처분개요
가. 청구법인은 1998.10.1. 교육부장관의 허가를 받아 1998.10.24. (학술연구 등을 목적으로) 설립된 비영리사단법인으로서, 2005년 제1·2기 부가가치세 과세기간중 공급가액 OOO천원(2005년 제1기 OOO천원, 2005년 제2기OOO천원) 상당의 학교건물신축 기본계획연구용역(이하 ‘쟁점용역’이라 한다)을 각급 교육청에 공급하고 쟁점용역을 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치세를 무신고하였다.
나. 처분청은 쟁점용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 2012.5.29. 청구법인에게 2005년 제1기 부가가치세 OOO원(세금계산서 합계표 미제출 등 가산세 OOO원, 신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 등 가산세 OOO원 포함), 2005년 제2기 부가가치세 OOO원(세금계산서 합계표 미제출 등 가산세 OOO원, 신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 등 가산세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.21. 이의신청을 거쳐 2012.10.18. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점용역은 「부가가치세법」 제12조 제1항 제13호 및 동 시행령 제35조 제2호 라목, 「부가가치세법 시행규칙」 제11조의 3에 의한 ‘새로운 이론, 방법, 공법’에 해당하므로 부가가치세가 면제됨이 타당하다.
1997년 12월 교육부에 의해 고시된 7차 교육과정에 의하면 수준별 수업의 도입과 학생 선택권 확대, 재량활동시간의 도입이 그 골자로 되어 있으나, 기존의 각급 학교의 표준설계도에 의한 획일화된 학교시설에서는 이러한 교육과정을 수용할 수 없어 각급 학교별 시설연구가 필요하게되었는바, 청구법인은 이러한 사회적인 필요성을 기반으로 1998년도에설립된 이래 2005년까지 농어촌현대화 시범학교 연구(1999년), 미래교수-학습형태연구(2001년) 등을 포함하여 다수의 연구용역을 실비 또는 무상으로 수행하였고,청구법인이 제공하는 용역은 기존의 학교 건축방식과는 전혀 다른 것으로서 해당학교의 지질·지형·인문환경 등을 고려하고, 각 지역의 새로운 교과과정에 의거하여 학교신축에 대한 기본계획을 연구하는 데 그 의의가 있다.
각급 학교에 대한 연구용역은 7차 교육과정 개편에 대한 획일적인 학교 신축 기본계획연구가 아니고, 각급 학교의 지질·지형·인문환경 등을 고려한 독창적인 시설연구가 되는 것이므로각 단위별 연구용역 또한 신기술에 대한 연구용역이라 할 수 있다.
쟁점용역은 교육청으로부터 사전에 수의계약체결에 대한 요청이 들어오면, 당해 용역에 참여할 연구원의 수, 소요되는 연구재료 등을 고려하여 예산을 수립하고 이를 근거로 계약금액을 확정한 후 계약시에는 당해 산출내역서 등을 첨부하여 계약을 체결한다.이러한 계약금액 산출시에는 청구법인은 비영리법인임을 이유로 이윤이 제외됨을 명시하고 계약을 진행하게 된다.
한편, 수정신고한 2005년 귀속 표준손익계산서에 의하면 당기순손익은 OOO천원으로서, 쟁점용역과 관련없는 수입금액인 고유목적사업준비금 환입 OOO천원과 이자수익 OOO천원 및 잡이익 OOO천원을 제외하면, OOO천원으로서 쟁점용역으로 인한 영업손실이 발생한 것이다. 즉, 2005년 귀속연도에 쟁점 용역수행에 의한 영업이익은 OOO천원의 손실이 발생한 것으로서 쟁점 연구용역은 실비에 의해 계약이 되고 실제 정산시에도 실비로 용역이 수행되었다고 할 수 있다.
(3) 국세공무원의 소극적인 행정지도를 신뢰하였으므로 이에 반하는 과세처분은 신의성실의 원칙에 일정부분 위배된다.
과거 담당 세무공무원으로부터 수차례 소명을 요청받고 청구법인은 구두로 당해 사업은 비수익사업임을 주장하였으며 이에 대해 세무공무원은 어떠한 추가적인 별도의 조치가 없었는바, 청구법인은 쟁점용역에 대한 비수익사업 처리 및 계산서 발행이 잘못된바 없음을 세무공무원의 대응태도를 보고 확신하게 되었고 이러한 신뢰를 근거로 2005년 당시에도 부가가치세 및 법인세 신고를 하지 아니하였다.
2006년 청구법인은 적극적으로 쟁점 연구용역에 대한 부가가치세 면제여부를 서면질의 하였으며 회신은 사실 판단할 사항이라는 모호한 답변만 받았다.
세무공무원이 적극적인 경정 또는 과세를 하지 아니하였다는 것이 비록 공적인 견해가 아니므로 신의성실원칙에 위배됨이 없다고 하더라도, 부가가치세 면제여부에 대한 판단이 모호한 상황에서 이루어진 세무공무원의 소극적인 행정지도는 그 사실만으로 신뢰를 할 수밖에 없다 할 것이므로 쟁점용역에 대한 과세는 상당부분 신의성실원칙에 반하는 것이다.
(4) 가사 이 사건 연구용역이 부가가치세 과세대상이라 하더라도 대법원 판례는 납세자의 의무 해태에 있어서 정당한 사유가 있다고 인정되는 때에는 가산세를 부과할 수 없다고 판시하고 있으므로(대법원 1989.4.25. 선고, 1988누4218 판결 등) 이 건 처분 중 가산세 부과처분은 위법한 과세처분이다.
나. 처분청 의견
(1) 「 부가 가치세법」제12조 및 같은 법 시행규칙 제11조의 3을보면 부가가치세가 면제되는 ‘학술연구용역과 기술연구용역’이라 함은 ‘새로운 학술이나 기술을 개발하기위하여행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에관한 연구용역’이라고 규정하고 있는바,
청구법인은 연구용역이 학교의 지질, 지형, 인문환경 등을 고려한 독창적인 시설연구가 되는 것으로신기술에 대한연구용역이라 주장하나, 쟁점용역의 조사방법은 현지조사 및 탐문 또는 주변학교의 학생, 교사, 학부모를 대상으로 설문조사를통하여 수행하는 것으로 특별히 새로운 이론·방법·공법또는 공식 등이 필요하거나 창출되는 조사용역은 아니므로부가가치세 면세대상이 아니다.
(2)청구법인은 비영리법인으로 참여할 연구원의 수, 소요되는연구재료 등을 고려하여 실비로 공급한다고 주장하나,청구법인이 증빙으로 제출한 쟁점용역 원가계산서를 보면,쟁점용역비에 대한 구체적인 산정내역없이 인건비 (책임연구원·연구원·연구보조원·보조원), 경비(여비·유인물비·전산처리비·연구용역재료비·협의 및 자문비·교통통신비), 감가상각비(경비의 10%), 일반관리비(인건비+경비)의 5%, 이윤(제외),용역원가, 용역예정금액’으로 기재되어 있을 뿐, 업무영역별 업무량등에 대한 구체적인 산정내역이없어 쟁점용역을 실비로지급되었는지 여부를 확인할 수 없고,
청구법인이제출한 2005.2.11.에 OOOOOO교육청에서 OOO초등학교 신축 기본계획연구용역의공급금액이 OOO천원인 것으로 보아 청구법인이 실비로 공급하였는지 다른법인과 비교해 보면,조달청에서 운영하는 나라장터에서 2007.6.13.에 OOO교육청에서 OOO중학교 신축 기본계획연구용역의 용역 계약금액은 OOO천원으로, 청구법인이실비로 공급한 용역은 아니라고 판단되므로 부가가치세 면세대상이아니다.
청구법인은 설립일부터 2005년도까지 다른 용역을 제공함이없이 오직 쟁점용역에 대한 수입금액만발생하였음에도2005사업연도표준손익계산서상 영업외수익인 이자수익OO,OOO,OOO원이 발생한것으로 보아 상당한 규모의 내부적립금이 있는 것으로 보인다.
(3)청구법인은 국세공무원에게 구두로 비수익사업임을 주장하였으며, 이에 대하여 세무공무원은 어떠한추가적인별도의 조치가 없었으므로, 과세관청의 신의성실원칙에위배되었다고 주장하나,
일반적인 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바,처분청이 청구법인의 용역제공 형태에 대하여 과세하지 않겠다고 명시적 의사표시를 한 사실이없어 신의성실원칙에 위배하지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 쟁점용역이 부가가치세가 면제되는 기술연구용역에 해당하는지 여부
(2) 청구법인이 고유목적사업을 위하여 쟁점용역을 실비로 제공하였는지 여부
(3) 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
(4) (예비적 청구) 청구인에게 정당한 사유가 존재하므로 가산세 부과는 위법하다는 청구주장의 당부
나. 관련법령
(1) 부가가치세법 제12조【면 세】 ①다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를면제한다.
13.저술가ㆍ작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역
16.종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
(2) 부가가치세법 시행령 제35조【인적용역의 범위】 법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.
2. 개인ㆍ법인 또는 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역
(라)재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역
(3) 부가가치세법 시행령 제37조【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체등이 공급하는 재화 등의 범위】법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은다음 각호의 것을 말한다.
1.주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에규정하는 사업 또는재정경제부령이 정하는 사업을 하는단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역
(4) 부가가치세법 시행규칙 제11조의3【인적용역의 범위】 ③ 영 제35조 제2호 라목에서“재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이라 함은 새로운 학술 또는 기술을개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.
(5) 부가가치세법 시행규칙 제11조의5【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등의 범위】 ① 영 제37조 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.
(6) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
(7) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
다. 사실관계 및 판단
(1)청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라고 주장하면서, ‘80년도 학교 교사 표준설계도, 기술용역표준계약서, 학술연구용역 원가계산서, 청구법인의 2005년 표준손익계산서, 청구법인에 대한 법인설립허가증(1998.10.1.), 등기사항전부증명서(2010.9.17.) 등을 제출하였고,처분청이 제출한 청구법인에 대한 부가가치세 신고 적정여부 기획분석 자료 등에 의하면 쟁점용역은 기존의 조사와 통계이론을 단순히 응용한 것일 뿐 부가가치세가 면제되는 기술연구용역에 해당되지 않는다고 기재되어 있다.
(2)쟁점(1)에 대하여 본다.
(가) 「 부가 가치세법」제12조 제1항 제13호, 같은 법 시행령 제35조 제2호, 같은 법시행규칙 제11조의3를 보면, ‘부가가치세가 면제되는 학술연구 용역과 기술연구용역은새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다’고규정하고 있다.
(나) 위와 같이부가가치세가 면제되는 ‘기술연구용역’이라 함은 ‘새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역’인데 비해, 청구법인이 제공한 쟁점용역은 기존의 조사와 통계이론을 단순히 응용 또는 이용한 것으로서, 청구법인이 제출한 자료만으로는 새로운 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 것으로 보기는 어려워 보인다. 따라서 쟁점용역을 부가가치세 면제대상이 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011서689, 2011.6.1. 참조).
(3) 쟁점(2)에 대하여 본다.
(가) 「 부가 가치세법」제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호를 보면, ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역’은 부가가치세 면제대상이고, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에 ‘영 제37조제1호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다’고 규정하고 있다.
(나)청구법인의 등기사항전부증명서(2010.9.17.)에는 본 법인은 민법 32조 및 공익법인의 설립, 운영에 관한 법률의 규정에 따라 교육환경을 전문적, 체계적, 종합적으로 연구개발하고 선진교육 환경을 도입연구, 보급함으로써 교육환경의 향상발전에 기여함을 목적으로 한다고 되어 있다.
(다) 청구법인이 제출한 쟁점용역 원가계산서를 보면,인건비(책임연구원·연구원·연구보조원·보조원), 경비(여비·유인물비·전산처리비·연구용역재료비·회의 및 자문비·교통통신비), 감가상각비(경비의 10%),일반관리비(인건비+경비의 5%), 이윤(제외), 총 용역원가, 용역예정금액’으로 기재되어 있을 뿐, 업무영역별 업무량 등에 대한 구체적인산정내역이 미흡하여 쟁점용역을 실비로 지급되었는지 여부를 확인하기 어려워 보인다.
(라) 청구법인은 설립일부터 2005년도까지 다른 용역을 제공함이 없이 오직 쟁점용역에 대한 수입금액만이 발생하였음에도 2005사업 연도 표준손익계산서상영업외수익인 이자수익 OOO천원이 발생한 것으로 보아 상당한 규모의 내부적립금이 있는 것으로 보인다.
(마) 살피건대,쟁점용역 원가계산서상에실비산정내역에 대한 구체성이 미흡하고, 그동안 쟁점용역만을 제공하면서도 상당한 규모의 이익금이적립되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 고유목적사업을 위하여쟁점용역을 실비로 제공하였다고 보기는 어려워 보이므로, 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011서689, 2011.6.1. 참조).
(4) 쟁점(3)에 대하여 본다.
(가) 청구법인은 과거 담당 세무공무원으로부터 수차례 소명을 요청받고 구두로 당해 사업은 비수익사업임을 주장하였으며 이에 대해 세무공무원은 어떠한 추가적인 별도의 조치가 없어 청구법인은 쟁점용역에 대한 비수익사업 처리 및 계산서 발행이 잘못된바 없음을 세무공무원의 대응태도를 보고 확신하게 되었고 이러한 신뢰를 근거로 2005년 당시에도 부가가치세 및 법인세 신고를 하지 아니하였는바, 이에 반하는 과세처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장한다.
(나) 청구법인은 청구법인이 직접 서면질의한 것이라며 서면3팀-1674(2006.8.2.) 질의회신 내용을 제출하고 있는바, 당해 회신내용에 의하면 「부가가치세법 시행령」 제35조 제2호 라목의 독립된 사업으로 제공되는 학술 또는 기술연구용역은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지의 여부는 관련 내용을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항이라고 기재되어 있다.
(다) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(대법원 2008두1115, 2008.6.12. 같은 뜻임).
(라) 그러나, 이 건의 경우 처분청이 청구법인의 용역제공 형태에 대하여과세하지 않겠다고 명시적 의사표시를 한 사실은 없는 것으로 보인다.
(마) 따라서, 처분청이 쟁점용역의 공급을 용역의 공급으로 보아청구법인에게 이 건 부가가치세를 고지한 처분에는 잘못이 없는것으로 판단된다.
(5) 쟁점(4)에 대하여 본다.
청구법인은 이 사건 연구용역이 부가가치세 과세대상이라 하더라도 납세자의 의무 해태에 있어서 정당한 사유가 있다고 인정되는 때에는 가산세를 부과할 수 없는 것으로 이 건 처분 중 가산세 부과처분은 위법하다고 주장하고 있으나,
처분청이 청구법인의 용역제공형태에 대하여 과세하지 않겠다고 명시적 의사표시를 한 사실도 없는 가운데, 세법상의 가산세는 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 납부불성실가산세는 지연이자의 성격도 포함되어 있으며, 달리 청구법인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보이지 아니하는 등, 위 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.