청구법인은 금융, 어업(종목 : 해태선어, 제빙, 해태화일가공 등)을 영위하는 법인으로, 1996년부터 어민의 소득증가 및 수익사업의 일환으로 원초생산 어민 등으로부터 “건톳”을 수매하고 제조시설이 있는 다른 제조업체에 위탁가공하여 완성한 재화의 90%이상을 일본에 수출하고 있다.

청구법인은 원초생산 어민으로부터 구입한 건톳에 대하여는 의제매입세액이 공제 가능한 것으로 보아 1997.12.31자로 1996년 제2기분과 1997년 제1기분은 경정청구하고 1997년 제2기분은 부가가치세 신고시 환급세액으로 신고하였으나 처분청은 청구법인이 제조장을 설치하지 아니하고 위탁가공하고 있어 제조업으로 볼 수 있는 요건에 충족되지 않는다 하여 이를 부인하고 1998.4.3 다음과 같이 1996년 제2분은 145,105,064원, 1997년 제1기분은 69,839,197원을 각각의 환급세액으로 하고 1997년 제2기분은 부가가치세 168,154,423원을 결정고지 하였다.

<다 음 >

<단위: 원>

註) 97년1기분의 경우 청구법인은 의제매입세액을 157,647,058원으로 신고하였으나 처분청 조사결과 청구제시 의제매입세액중 일부에 공통매입세액이 있다하여 의제매입세액을 129,811,679원으로 결정하고 환급세액을 69,839,197원으로 결정하였음

청구법인은 이에 불복하여 1998.6.1 심사청구를 거쳐 1998.8.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 영리법인이 아니며 영세한 어민들의 권익을 보호하기 위하여 조직된 자생단체로 1996년과 1997년 “건톳”이 과잉생산으로 가격이 하락하여 청구법인이 이를 수매하여 위탁 제조가공한 다음 일본에 90%이상을 수출하고 있는 바, 처분청은 청구법인이 제조업을 영위하는 사업자가 아니기 때문에 “의제매입세액 공제신고서와 관계증빙서류(수매대장)”의 제시만으로는 의제매입세액을 공제받을 수 없고 부가가치세법시행령 제62조 제3항에서 규정하고 있는 영수증이 있어야만 의제매입세액을 공제받을 수 있다고 하고 있으나

(2) 의제매입세액 공제는 1993.12.31 제조업뿐만 아니라 전 사업자로 확대되었고 어민들은 사업자가 아닌 관계로 어민들로부터 영수증을 받을 수가 없는 상황으로서 모법인 부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의하면 “면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류”를 정부에 제출하는 경우에 한하여 의제매입세액을 매입세액으로서 공제받을 수 있다고 규정하고 있으므로 이의 위임을 받은 시행령 제62조 제3항에서 규정하고 있는 “영수증”은 예시적인 규정으로 반드시 구입사실의 증명으로 영수증을 첨부하여야만 한다는 규정은 아니라고 사료되고

(3) 의제매입세액을 공제함에 있어 제조업자인 경우에는 수매대장만으로 공제받을 수 있고 제조업자가 아닌 경우에는 꼭 농어민들로부터 받은 매입처별계산서합계표 또는 영수증이 있어야만 의제매입세액공제를 받을 수 있다는 것은 세법적용의 형평성에 문제가 있으며

(4) 영세율제도의 입법취지는 사업자가 부가가치세의 부담이 전혀 없도록 하여 수출가격의 경쟁력을 강화하는 한편 조기환급을 시켜 수출품제조업자의 자금부담을 해소토록 하는 제도로서 의제매입세액공제도 같은 취지로 입법된 제도이므로

(5) 처분청과 같이 의제매입세액공제 제도를 제조업자와 비제조업자로 구분하고 쟁점“톳”을 중간매매상으로부터 구입한 것과 어민으로부터 구입한 것을 구분하여, 어민으로부터 받을 수도 없는 영수증이 없다 하여 의제매입세액을 부인하여 법 적용을 하는 것은 오히려 영세어민들의 권익보호에 배치될 뿐만 아니라 부가가치세법상 영세율제도나 의제매입세액공제 제도의 근본취지 및 국세기본법의 실질과세원칙에 반하므로 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 사업자로부터 구입한 톳은 의제매입세액 공제를 받을 수 있고, 어민으로부터 직접 구입한 톳은 의제매입세액 공제를 받을 수 없다는 것은 동일한 거래에 대하여 동일한 과세를 하여야 한다는 국세기본법상 실질과세원칙의 취지에 위배되고, 수출업자의 수출품에 대한 가격경쟁력의 강화 및 조기환급에 의한 자금의 지원이라는 영세율제도의 취지에도 위배된다고 주장하고 있으나,

(2) 청구법인은 원재료로 구입한 톳을 인근 제조업체에 위탁제조·가공하고 이를 수탁제조업자의 명의와 상표를 부착하여 일본등에 수출하고 있는 바, 제품을 위탁가공하여 판매하는 사업자가 그 제품에 자기의 상표를 부착하지 아니하고 거래처나 주문자의 상표를 부착하여 판매하는 경우에는 제조업이 아니라 판매업에 해당하며(부가가치세법 기본통칙 1-1-12…1),

(3) 제조업을 영위하지 아니하는 사업자가 어민으로부터 부가가치세가 면제되는 수산물을 직접 구입, 위탁가공하여 수출하는 경우에 어민으로부터 직접 구입한 수산물에 대하여는 의제매입세액을 공제받을 수 없는 것이므로(부가46015-817, 1998.4.24), 청구법인이 경정청구 및 환급신고한 의제매입세액중 어민으로부터 직접 구입한 톳의 금액에 대하여 처분청이 의제매입세액 공제를 부인한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 보여진다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

의제매입세액 공제는 제조업을 영위하는 사업자만 공제되는지의 여부와 1995.12.29 법률 제5023호로 개정된 부가가치세법 제17조 제4항에서 규정하고 있는 “한한다”의 규정이 예시적 규정인지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법(1993.12.31 법률 제4663호로 개정된 것) 제17조(납부세액) 제3항의 규정에 의하면, 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물등”이라 함)을 원재료로 하여 제조, 가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액을 공제할 수 있다(1993.12.31개정)고 규정하고 있고, 같은 제4항에서는 위 제3항의 규정은 사업자가 제18조(예정신고와 납부) 및 제19조(확정신고와 납부)의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에 한한다(1995.12.29 개정)고 규정하고 있으며, 동 시행령 제62조(의제매입세액의 계산) 제3항의 규정에서는 법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받고자하는 사업자는 법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별 세금계산서합계표 또는 소득세법 제163조(계산서의 작성, 교부등) 또는 법인세법 제66조(계산서의 교부등)의 규정에 의하여 교부받은 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농, 어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 총리령이 정하는 의제매입신고서와 관계증빙서류)를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다(1996.12.31 개정)고 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 청구법인은 어민 및 사업자로부터 건톳을 수매하고 있으나 청구법인은 제조시설이 없어 제조시설이 있는 다른 업체에 위탁 가공하고 이를 일본에 수출시에는 가공제품에 대한 수탁제조업자의 높은 신뢰도와 크레임 발생시 수탁제조업체와의 책임한계를 명확히 구분하기 위하여 수탁제조업자의 명의와 상표를 부착하여 일부는 청구법인의 명의로 일부는 수출대행업체의 명의로 수출하고 있고 이에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 정부업무를 대행하는 단체로 청구법인이 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제하나, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하므로 청구법인은 의제매입세액을 공제받기 위하여 1994.12.31 부가가치세법 제12조 제4항 및 같은법 시행령 제47조의 규정에 의하여 면세포기를 처분청에 신고한바 있다.

라. 판단

(1) 먼저 의제매입세액공제는 제조업을 영위하는 사업자에게만 공제되는지의 여부를 살펴보면, 부가가치세의 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 것으로 하는데 부가가치세가 면제되는 농·수산물 등을 공급받아 이를 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 매입세금계산서로 교부받아 정부에 제출한 경우가 아니라고 하더라도 공급받는 농·수산물 등의 가액의 일부를 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하는 제도가 의제매입세액공제제도 임을 알 수 있는 바, 이러한 의제매입세액을 공제받을 수 있는 요건은 부가가치세법 제17조 제3항에서 규정하고 있는데 위 규정의 1993.12.31 개정이전과 이후의 규정내용은 다음과 같다.

<다 음>

(2) 처분청은 청구법인과 같이 제조장을 설치하지 아니하고 위탁·가공하는 경우도 위에서 규정하고 있는 제조·가공한 재화의 공급이 되기 위하여는 첫째, 청구법인이 생산할 제품을 직접 기획하고(고안 및 디자인 견본 제작 등), 둘째, 자기소유의 원재료를 계약업체에 제공하여 셋째, 그 제품을 자기 명의로 제조하게 하고(거래처 상표를 부착하거나 OEM방식은 포함 안됨) 넷째, 이를 인수하여 자기책임하에 직접 판매하는 경우에만 해당되는데 청구법인은 위 요건 중 둘째 요건에만 해당된다 하여 의제매입세액을 공제부인하고 이 건 처분을 하였고 이에 대하여 청구법인은 1993.12.31자로 의제매입세액 공제대상이 전 사업자로 확대규정 되었으므로 이건 처분은 부당하다고 서로 다투고 있다.

(3) 살피건대, 1993.12.31 법률 제4663호로 개정된 위 규정에 의하면, 부가가치세가 면세되는 면세농산물등을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 용역에 대하여 과세하는 경우에 1993.12.31 개정전에는 제조업에 한하여 의제매입세액 공제를 인정하던 것을 1994.1.1부터는 모든 업종으로 확대하였음을 알 수 있는 바, 이는 그동안 의제매입세액 공제대상 사업자의 범위를 제조업으로 한정함으로써 업종간 과세형평에 어긋나고 과세표준 현실화에 장애요인으로 작용하는 문제점을 해소하기 위하여 면세농산물등을 원재료로 하여 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 업종에 불구하고 의제매입세액 공제를 받기 위한 입법취지로, 위와같이 부가가치세법 제17조 제3항을 개정하였을 뿐만 아니라 이 건 의제매입세액을 공제부인한 처분청의 위 요건은 부가가치세법 기본통칙 1-1-12…1에서 규정하고 있는 내용으로 이는 위탁·가공 판매하는 사업자의 업태를 규정한 내용으로서 “제조업의 범위”를 실시하는 규정이므로 이를 이유로 이 건 의제 매입세액을 공제·부인함은 잘못이라고 판단된다.

(4) 다음으로 청구법인이 의제매입세액을 공제받기 위해서 청구법인이 농·어민들로부터 면세농산물등을 공급받은 계산서등을 제출한 경우에만 되는지의 여부를 살피건대, 부가가치세법(1995.12.29 법률 제5032호로 개정된것) 제17조 제4항의 규정에 의하면 사업자가 의제매입세액을 공제받기 위해서는 부가가치세법 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한한다고 규정하고 있고 이의 위임을 받은 부가가치세법 시행령 제62조 제3항의 개정추이를 보면 다음과 같다

<다 음 >

(5) 위 관계법령의 개정추이를 살피건대, 1991.12.31 부가가치세법 시행령 제62조 제3항 개정이전의 규정에 의하면, 의제매입세액공제는 부가가치세신고와 함께 사업자의 인적사항·원재료의 매입명세·기타 참고사항을 기재한 의제매입세액 공제신고서를 제출하는 경우에 한한다고 규정하였었는데 대법원에서 위 시행령 제62조 제3항의 규정은 법 그 자체의 규정이 아닐 뿐만 아니라 법의 직접적인 위임규정에 의하여 규정된 것도 아닌 이상 의제매입신고서의 제출을 의제매입세액 공제를 위한 필요적 요건으로 볼 수는 없고 단지 예시적 절차규정이라고 해석함이 상당하다고 판결함에 따라 정부는 1991.12.31 위와같이 부가가치세법 시행령 제62조 제3항을 개정하였다가 국회가 의제매입세액 공제 대상자를 1993.12.31 전 사업자로 확대하면서 1993.12.31 법률 제4663호로 모법인 부가가치세법 제17조 제4항에 의제매입세액 공제를 규정하고 있는 부가가치세법 제17조 제3항의 규정은 제18조(예정신고와 납부) 및 제19조(확정신고와 납부)의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 정부에 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 모법에 신설하는 한편, 위 시행령 제62조 제3항의 괄호규정이 제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 총리령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류를 관할 세무서장에게 제출하면 의제매입세액을 공제 받는 것으로 개정되어 제조업을 영위하는 사업자가 아닌 경우에는 농·어민 등으로부터 면세농산물 등을 구입할 경우에도 소득세법 163조의 규정에 의한 계산서나 영수증 등을 관할세무서장에게 제출하여야만 의제매입세액이 공제되도록 규정하고 있음을 알 수 있다. (1993.12.31 개정전에는 제조업을 영위하는 사업자만 의제매입세액 공제대상자이므로 이때는 농어민으로부터 직접 공급받는 경우에는 간편하게 재무부령이 정하는 의제매입공제신고서와 관계증빙서류만 소관세무서장에게 제출하면 공제하였음)

(6) 이건의 경우, 청구법인이 어민들로부터 건톳을 수매하는 과정을 살펴보면, 청구법인은 어민들로부터 톳을 자체수매한 후 “톳 원초수매내역서”를 작성하여 어민들의 인적사항, 수매등급, 수량, 단가 등을 기재하고 대금을 지불한 후 대금수령인을 받고있고 대금을 어민들에게 직접 지급하지 못하는 경우에는 그 대금을 통장으로 이체시켜주고 있으나, 청구법인은 어민으로부터 구입한 건톳에 대하여 1996년 제2기분과 1997년 제1기분은 1997.12.31에 이르러 이 건 의제매입세액이 공제가능한 것으로 경정청구 하고 1997년 제2기분은 부가가치세 신고시에 공제되는 매입세액으로 신고하면서 그 첨부물로 1996, 1997년도 건톳 구입내역, 가공톳수출 및 국내 판매내역, 의제매입세액 공제신청액과 의제매입세액공제신고서(의제매입신고서에는 매입수량, 매입가격, 공제율, 의제매입세액이 기재되어있고 공급자인 어민들은 「어민ㅇㅇㅇ외」로 기재하고 대표자 1인의 주민등록번호와 주소를 기재하고 있음)를 첨부하여 경정청구 및 신고만 하였을 뿐 위에서 규정하고 있는 각 어민들로부터 계산서나 영수증들은 처분청에 제출하지 아니하였음을 알 수 있고 이에는 다툼이 없는바, 사실이 이러 하다면 이건 의제매입세액이 공제되어야 한다는 청구주장은 전시규정에 의하여 받아들이기 어렵다고 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인은 사업자로서 의제매입세액 공제대상 이라고 할것이나 청구법인이 어민들로부터 구입한 건톳에 대하여 계산서나 영수증을 처분청에 제출한바 없어 이건 의제매입세액을 공제받을 수 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.