청구법인은 OOO에서 OOO(주)라는 상호로 건설업을 영위하는 법인으로, 청구법인이 출자한 주택사업공제조합(이하 “공제조합”이라 한다)이 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로 전환되는 과정에서 공제조합에 대한 출자금액(1,000,000,000원)과 OOO의 주식배정금액(245,925,000원)의 차액 754,075,000원(이하 “쟁점차액”이라 한다)을 투자자산감액손실로 손금계상하여 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

처분청은 쟁점차액을 투자자산의 평가차손으로 보아 청구법인의 소득금액 계산시 손금불산입하여, 2001.8.24 청구법인에게 2000사업연도분 법인세 253,890,990원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.11.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

공제조합이 주택건설촉진법에 의거 1999.6.1자로 해산되고 새로이 OOO이 발족되면서 공제조합에 대한 자산을 실사한 결과 자본금의 74%가 잠식되었으므로 이를 제외한 나머지 26% 상당액을 출자자인 청구법인에 OOO의 주식으로 배정하였는 바, 청구법인의 공제조합에 대한 출자금중 회수불능으로 판정된 74% 상당액인 쟁점차액은 투자자산의 처분손실로 청구법인의 소득금액 계산시 손금에 산입되어야 한다.

나. 처분청 의견

공제조합이 OOO으로 조직이 변경됨에 따라 출자지분을 주식으로 배정받은 이 건의 경우, 당초 출자금액과 주식 배정금액간의 차액은 각사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하지 아니하는 것OOO이므로, 쟁점차액을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점차액을 청구법인의 소득금액 계산시 손금불산입한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

같은 법 시행령 제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

같은 법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

같은 법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

같은 법 제22조【자산의 평가차손의 손금불산입】 내국법인이 보유 하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다(단서규정 생략).

같은 법 제42조【자산·부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 평가 라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다(후단규정 생략)

(2) 주택건설촉진법(1999.2.8 법률제5908호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전법”이라 한다) 제47조의6【주택사업공제조합의 설립】① 등록업자는 상호 협동조직을 통한 신용도를 높이고 자율적인 경제활동을 도모하기 위하여 주택사업에 관한 의무이행에 필요한 각종 보증 및 자금의 융자등을 행하는 주택 사업공제조합(이하 “조합”이라 한다)을 설립할 수 있다.

같은 법 제47조의7【사업】① 조합은 다음 각호의 사업을 행한다.

1. 하자보수보증 손해배상보증 지급보증 분양보증 및 기타 보증

2. 조합원이 시행할 주택사업운영자금, 기타 주택사업에 필요한 자금의 융자

3. 조합원이 주택사업으로 수령한 어음의 할인

4. 조합원의 주택사업용 자재의 구매

5. 조합원의 주택사업에 관련한 기술의 개선, 교육에 관한 사항

5의2. 조합원의 주택사업에 필요한 택지의 구입 개발 공급에 관한 사업

6. 조합원의 공동이용시설의 설치 운영 및 관리

7. 조합의 목적달성에 필요한 관련 사업에의 투자

7의 2. 시설물의안정관리에관한특별법에 의한 시설안전기술공단에의 출원

8. 국가 지방자치단체 또는 대통령령이 정하는 공공단체가 위탁하는 사업

9. 제1호내지 제7호의 사업에 부대되는 사업으로서 정관이 정하는 사업

같은 법 제47조의9【민법규정의 준용】각 협회와 조합에 관하여는 이 법에 규정한 것을 제외하고는 민법중 사단법인에 관한 규정을 준용한다.

(3) 주택건설촉진법 (1999.2.8 법률 제5908호로 개정된 것, 이하 “개정법”이라 한다) 제47조의6【OOO(주)주식회사의 설립】① 주택건설에 대한 각종 보증을 행함으로써 주택분양계약자를 보호하고, 주택건설을 촉진하여 국민의 주거복지향상과 균형있는 국민경제의 발전에 기여하기 위하여 OOO주식회사(이하 회사 라 한다)를 둔다.

②회사는 정관이 정하는 바에 따라 본점의 소재지에서 등기함으로써 성립한다.

③회사는 정관을 제정하거나 변경하고자 할 경우 건설교통부장관의 인가를 받아야 한다.

같은 법 제47조의7【업무】① 회사는 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 업무를 수행한다.

1. 사업주체가 건설·공급하는 주택에 대한 분양보증, 하자보수보증 및 기타 대통령령으로 정하는 보증

2. 제1호의 규정에 의한 보증이행을 위한 주택의 건설 및 하자보수 등

3. 국가·지방자치단체·공공단체 등이 위탁하는 업무

4. 기타 대통령령이 정하는 업무

같은 법 제47조의8【자본금 및 출자】① 회사의 자본금은 3,000억원 이상으로 하며, 다음 각호의 1에 해당하는 자가 출자할 수 있다.

1. 국가

2. 금융기관

3. 제6조의 규정에 의한 등록업자

4. 기타 대통령령이 정하는 자

② 제1항 제1호의 규정에 의한 주식의 주주권은 건설교통부장관이 행사한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 회사가 발행할 주식의 종류, 1주의 금액 등 기타 필요한 사항은 정관으로 정한다.

같은 법 제47조의10【민법규정 등의 준용】이 법에 규정한 것을 제외하고는 협회에 관하여는 민법 중 사단법인에 관한 규정을, 회사에 관하여는 상법 중 주식회사에 관한 규정을 각각 준용한다.

같은 법 부칙 제5조【주택사업공제조합의 해산】① 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 주택사업공제조합(이하 조합 이라 한다)은 이 법의 개정에 불구하고 회사가 설립되는 날까지 존속한다.

② 이 법 시행당시 조합이 회사의 정관 및 기타 필요한 사항을 정하여 총회의 결의로써 회사로의 전환을 결의한 후 건설교통부장관의 인가를 받은 경우 조합은 회사의 설립과 동시에 회사로 전환된 것으로 본다.

③ 제2항의 규정에 의하여 조합이 회사로 전환되는 경우 조합은 민법 중 사단법인에 관한 규정에 의한 해산 및 청산의 절차를 거치지 아니하고 회사로의 전환과 동시에 해산되며, 회사는 회사의 설립등기와 동시에 조합의 해산등기를 하여야 한다.

동 부칙 제6조【재산과 권리·의무의 승계】① 회사 설립당시의 조합에 속하는 모든 재산과 권리·의무는 회사가 이를 포괄승계하며, 재산에 대한 등기부 및 기타 공부상의 조합의 명의는 회사의 명의로 본다.

② 회사의 설립전 조합에 대하여 행하여지거나 행하여진 것으로 간주되는 인가, 승인, 명령, 처분 및 기타의 행위는 회사에 대하여 행하여진 것으로 보며, 조합이 법령의 규정에 의하여 행한 법률행위를 포함하여 조합으로서 행한 일체의 행위는 회사가 행한 것으로 본다.

동 부칙 제7조【출자 등에 관한 경과조치】부칙 제5조의 규정에 의하여 조합이 회사로 전환되는 경우 조합의 순재산액 및 출자자는 회사의 자본금 및 주주로 보며, 조합의 출자증권을 목적으로 하는 질권 등 제권리는 당해 출자증권과 상환으로 교부되는 회사의 주식위에 존속하는 것으로 본다. 다만, 이 경우 상법 제342조의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

동 부칙 제8조【순재산액의 산출】부칙 제7조의 규정에 의한 조합의 순재산액은 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인이 이 법 시행일 이전 6월 이내에 행한 조합의 재산상태에 대한 실사결과에 의하여 산출하여야 한다.

동 부칙 제9조【임직원에 관한 경과조치】① 회사 설립당시의 조합의 임원은 회사의 임원으로 본다. 이 경우 그 임기는 조합임원으로서의 잔여임기에 한한다.

② 회사 설립당시의 조합의 직원은 회사의 직원으로 임명된 것으로 본다.

동 부칙 제10조【다른 법령과의 관계】이 법 시행당시 다른 법령에서 조합을 인용한 경우에는 회사를 인용한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, OOO의 설립경위와 주식배정 내역 등에 관한 사실관계에 대하여 살펴본다.

(가) 공제조합은 구 주택건설촉진법(1992.12.8. 법률 제4530호로 개정, 1993.3.1부터 시행되다가 1999.2.8 법률 제5908호로 개정되기 전의 것, 이하 개정된 주택건설촉진법이라 한다) 제47조의6의 규정에 의하여 주택사업에 관한 의무이행에 필요한 보증업무 등을 수행하기 위하여 1993.4.24 설립된 법인이다.

(나) 공제조합은 1997.11. IMF 외환위기 이후 조합원의 부도증가로 인한 대위변제 급증으로 심각한 유동성 부족에 직면하게 되자 정부에 지원을 요청하였는 바, 이에 대하여 정부는 1998.12.경 공제조합을 정상화하기 위하여 주택건설촉진법을 개정하여 공제조합을 주식회사로 전환하는 방안을 마련하였고, 이에 따라 1999.2.9. 법률 제5908호로 주택건설촉진법을 개정하여 OOO의 설립에 관한 입법적 근거를 마련하였다.

(다) 공제조합은 1999.6.1 조합원총회에서 OOO으로 전환할 것을 결의하고 같은 해 6.2 건설교통부장관의 인가를 받아, 같은해 6.3 OOO 설립등기를 마침과 아울러 공제조합 해산등기를 마쳤다.

(라) 한편, 정부, 채권금융기관, 주택업계, 공제조합의 각 대표들로 구성된 합동실사지원팀은 1998.12.말 현재 공제조합의 순자산가액을 실사하였는데, 그 결과 공제조합의 장부가액으로 3조3,242억원이었던 자산이 장부가액보다 약 74.5% 낮은 8,480억원으로 평가되자, OOO은 공제조합의 순자산가액 8,480억원을 OOO의 자본금으로 하고, 이에 해당하는 주식 169,602,800주를 OOO 설립등기 직전일 현재 각 출자자의 출자증권 보유비율에 따라 배정하였다.

(마) 그 과정에서 공제조합의 출자좌수 1,000주를 보유하고 있던 청구법인은 OOO 주식 52,185주를 배정받았다.

(바) OOO은 1999사업연도 결산시 공제조합의 사업기간을 포함하여 그 사업연도를 1999.1.1.부터 같은 해 12.31까지로 하여 결산을 하고, 2000.3.경 법인세를 신고하였다.

(사) 한편, 행정자치부장관은 1999.4.19. 위와 같이 개정된 주택건설촉진법에 의하여 설립된 OOO이 공제조합의 모든 재산과 권리, 의무를 포괄적으로 승계하는 경우 승계받은 재산 등이 취득세 과세대상인지 여부에 대한 건설교통부장관의 질의에 대하여 소유권의 이전으로 볼 수 없어 취득세 과세대상이 아니라고 회신하였다.

(2) 법인세법 제22조는 「내국법인이 보유하는 자산의 평가차손은 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다」고 규정하고 있는 바, 공제조합의 조합원인 청구법인이 종전 출자좌수에 비례하여 OOO의 주식을 배정받음으로써 발생한 이 건 쟁점차액이 법인세법 제22조 소정의 자산의 평가차손에 불과한 것인지, 아니면 청구법인이 주장하는 대로 현물출자를 통하여 OOO 주식을 교환하여 취득하는 과정에서 발생한 투자자산 처분손실에 해당하는지 여부는 공제조합에 대한 출자증권과 OOO의 주식이 동일한 자산으로 평가할 수 있는지 여부, 즉 공제조합과 OOO이 상법상의 조직변경에 해당하는지 여부에 관계없이 상호간에 동일성이 인정되는지 여부에 따라 결정된다고 할 것이므로 이에 대하여 살펴보기로 한다.

(가) 먼저, 공제조합과 OOO 사이에 동일성이 있는지 여부에 대하여 보면, 첫째 법인세법 제78조는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니하는 경우로서, 상법의 규정에 의하여 조직변경하는 경우와 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 상법상의 회사로 조직변경하는 경우의 2가지를 들고 있는 바, 위와 같이 청산소득에 대하여 법인세를 과세하지 않는다는 입법취지는 위 두 경우 모두 조직변경 전후의 법인에 대하여 동일성을 그대로 인정하였기 때문이라고 할 것인데, 이 건의 경우에도 위 사실과 같이 특별법인 개정전 주택건설촉진법에 의하여 설립된 공제조합이 위 법의 개정으로 인하여 상법상의 회사인 OOO으로 조직변경된 경우에 해당하므로 공제조합과 OOO 사이에 동일성을 인정할 수 있는 점, 둘째 개정된 주택건설촉진법에서도 OOO 설립과 동시에 공제조합은 OOO으로 전환된 것으로 보고, 그 경우 해산 및 청산절차를 거치지 아니하며(부칙 제5조), OOO이 공제조합의 모든 재산과 권리·의무를 포괄승계하고(부칙 제6조), 공제조합의 순재산액 및 출자자는 OOO의 자본금 및 주주로 보며(부칙 제7조), 공제조합의 임직원을 OOO의 임직원으로 보는(부칙 제9조) 등 공제조합과 OOO의 동일성을 인정하는 취지의 규정을 다수 두고 있는 점, 셋째 실제에 있어서도 OOO은 1999사업연도 결산시 공제조합의 사업기간을 포함하여 법인세 신고를 한 점, 넷째 OOO이 공제조합으로부터 포괄적으로 승계받은 공제조합의 재산 등은 소유권의 이전에 해당하지 아니하여 취득세의 과세대상으로 보고 있지 아니한 점 등 제반 사정에 비추어 보면, 법인세법상 공제조합과 OOO은 상호간에 동일성이 인정된다고 봄이 상당하다 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점차액의 성격에 대하여 보면, 위와 같이 공제조합과 OOO은 상호간에 동일성이 인정되므로, 공제조합의 조합원인 청구법인이 그 조직변경에 따라 종전 출자좌수에 비례하여 OOO의 주식을 배정받음으로써 발생한 이 건 쟁점차액은 법인세법 제22조 소정의 자산의 평가차손에 불과한 것이지 이를 청구법인이 주장하는 대로 공제조합 출자증권의 현물출자를 통하여 주식을 교환하여 취득하는 과정에서 발생한 투자자산 처분손실에 해당한다고볼 수 없고 결국 이 건 쟁점차액은 손금에 산입할 수 없다 할 것이다.

따라서 이 건 쟁점차익을 자산의 평가차손에 불과하다고 보아 이를 손금에 산입하지 아니하고 과세한 이 건 처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.