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기각
청구법인의 대표이사에게 지급한 쟁점직무발명보상금이 손금산입 대상에 해당하는지 여부 등

조세심판원 조세심판 | 조심2019광3553 | 법인 | 2020-03-27

[청구번호]

조심 2019광3553 (2020.03.27)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

[결정요지]

이 건의 경우 청구법인의 자체 제정한 직무발명보상 제도 관련규정 등은 쟁점특허권 설정등록 및 적정 로열티 산정용역을 체결한 소급하여 작성된 것이라고 보이고,이사회 결의내용과 지급한 내역이 서로 일치하지 아니하여 쟁점직무발명보상금을 지급근거 규정이 없이 지급하였다고 보는 것이 타당하다고 보이는 점, ◎◎지방국세청장의 처분청에 대한 정기업무감사 시 청구법인에게 한 소명요구 및 자료 제출은 서면으로 진행된 것으로 단순히 납세자의 사실관계 등을 확인한 것에 불과하므로, 이 건 법인세 부분조사는 중복세무조사에 해당하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 쟁점직무발명보상금을 부당행위계산의 부인대상으로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세하고 동 보상금 상당액을 대표자에게 상여로 하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.6.4. 설립되어 OOO에서 하수처리오니 및 소각제 등의 재활용처리를 주업으로 영위하고 있고, 오니 처리 등 관련 특허권을 취득한 그 대표이사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)에 대한 전용실시권 설정 및 기술이전에 대한 계약[실시(사용)료율은 2012.3.2.부터 3%, 2015.6.30.이후는 4.3%로 변경]을 체결한 후, 각 사업연도에 대한 법인세 신고 시「발명진흥법」에 따라 자체 제정한 직무발명보상규정 등을 근거로 OOO에게 수수료 명목으로 지급한 합계 OOO(2015사업연도분 OOO 및 2016사업연도분 OOO의 합계액이고, 이하 “쟁점①보상금”이라 한다)을 손금에 각 산입하고, 소급분(2012〜2014사업연도분) 합계 OOO(이하 “쟁점②보상금”이라 하고, 쟁점①보상금과 합하여 “쟁점직무발명보상금”이라 한다)은 2015사업연도 잉여금처분계산서 상의 전기오류수정손실로 계상하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.3.20.〜2019.4.22. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 부분조사[쟁점특허권에 대한 전용실시권 설정 및 기술이전 계약과 관련한 지급수수료의 적정여부 등]를 실시한 결과, 쟁점직무발명보상금을 부당행위계산의 부인대상으로 보아 이를 손금불산입하여 각 사업연도에 대한 법인세를 경정하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.6.11. 청구법인에게 2015〜2016사업연도 법인세 합계 OOO(2015사업연도분 OOO, 2016사업연도분 OOO)을 경정ㆍ고지하고 쟁점직무발명보상금 OOO(2015년 귀속분 OOO, 2016년 귀속분 OOO)을 대표이사 OOO에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2012년경「발명진흥법」에 따라 자체 제정한 직무발명보상 관련 규정 및 OOO와 약정한 실시료율(2012년∼2014년까지는 매출액의 3%, 2015년 이후는 4.3%)에 따라 쟁점직무발명보상금을 적정하게 지급하였고, 이는 2013년 12월경 특허청이 산출한 ‘산업별 적정 실시료율’ 상의 환경ㆍ에너지산업의 평균 실시료율(5∼10%)에도 훨씬 미치지 못할 뿐더러, 처분청은 이를 부당하게 지급하였다고 볼 만한 객관적인 증빙을 제시하지 아니하였는바, 그 전액을 부당행위계산의 부인대상으로 보아 손금불산입하여 각 사업연도에 대한 법인세를 경정ㆍ고지하고 대표자에게 상여로 소득처분한 이 건은 위법ㆍ부당하다.

(가) 법원은 이 건 관련한 부당행위계산의 부인규정을 적용하려면, 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 당해 거래에 대한 대가가 시가보다 높을 것이라는 요건이 충족되어야 하고, 이를 입증할 책임은 과세관청에 있다(OOO 등 다수, 참조)는 취지로 판시하고 있다.

(나) 국세청 사전답변(사전-2016-법령해석법인-113, 2006.5.24.)에 의하면, 과세관청은 법인이 직무발명보상금 제도를 도입하기 전 종업원등에게서 승계받은 직무발명에 대하여 출원보상금, 등록보상금, 실시보상금 등을 소급하여 지급하는 경우 해당 직무발명보상금도 그 지급결의일이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것이라는 취지로 해석하고 있다.

(다) 처분청은 쟁점특허권의 전용실시권 사용(실시) 등에 따라 지급하여야 할 적정한 금액 등을 제시하여야 함에도 어떠한 입증을 하지 아니하고서 쟁점직무발명보상금의 전액을 부당행위계산의 부인대상으로 보아 손금에 불산입하였다.

1) 청구법인은 지방자치단체장 등이 매년 초 폐수처리오니 등 폐기물 처리를 위한 사업을 발주ㆍ공고하면 공개경쟁입찰을 통하여 연간 처리량 및 톤당 단가 계약을 협의․체결한 후, 매월 청구법인에 입고된 수량에 계약단가를 적용하여 청구법인의 처리시설에서 탈취 및 건조 등을 거쳐 폐기물 처리(수입금액 발생)하고 발생된 고화토를 매립시설을 운영하는 업체의 매립장에 반출(비용 발생) 및 매립비용을 지급하였으며, 이와 관련한 매출ㆍ입 세금계산서를 정상적으로 수수하였다.

2) 청구법인의 처리시설에서 폐기물을 처리한 후 발생하는 고화토는 시간이 경과함에 따라 자연적으로 굳어져 빗물 등 수분이 침투하여도 흘러내리지 않고 단단한 상태를 유지하도록 처리되어 폐석산 적지복구용 흙 외에 매립장 복토재, 저지대 매립재, 토목공사의 뒷채움재 및 폐광 복구용 흙 등으로 사용할 수 있는 것으로 OOO의 특허권에 대한 전용실시 등을 바탕으로 한 폐수처리오니 등의 처리를 통해 수입금액 및 매립비용이 발생하였고, 매립시설 운영업자들의 담합으로 매립단가가 매년 상승하여 청구법인의 수익률이 감소하는 추세이었다.

3) 청구법인은 수익률의 제고방안으로 고화토를 매립단가가 상대적으로 낮은 폐석산 적지복구용으로 반출하기 위해서는 환경부장관의 고시가 수반되어야 하므로 환경부장관에게 이를 신청하였으나 매립시설 운영업자들의 조직적인 반대(OOO의 민원발생)로 계속 미루어지다가 환경부 소속 담당공무원의 폐석산 적지복구 시범사업을 할 수 있도록 해주겠다는 확약이 있어 시범사업을 준비하였으나 관련 고시가 이루어지지 않자 국가를 상대로 시범사업 준비비용에 대한 손해배상 청구소송(OOO)을 제기(청구법인의 수입금액과는 무관함)하게 되었는데, 처분청은 사실관계를 오인하여 폐석산에 적지복구용으로 매립한 사실이 없으므로 쟁점특허권이 청구법인의 매출과 관련이 없는 무수익자산이라는 의견이다.

4) 법원은 회사 내에 직무발명보상 규정이 마련되어 있지 아니하거나 보상규정에 실시료율이 마련되어 있더라도 발명자에게 너무나 불리해 정당성을 상실한 경우에는 실시료율을 재산정하여 적용하여야 하고, 직무발명보상금의 산정기준으로 ① 발명을 적용한 제품을 판매하여 얻을 이익액, ② 발명을 독점적으로 이용함으로써 얻는 이익률, ③ 발명에 대한 실시료율, ④ 원고의 기여율 등 네 가지 요소를 제시한다는 취지로 판시(OOO 판결)하고 있는바, 설령 쟁점직무발명보상금 관련 규정을 소급작성하였다 하더라도 산업별 평균 실시(사용)료율을 고려한 직무발명보상금 상당액은 인정하여야 함에도 처분청은 그 전액을 부인하였다.

(2) 청구법인은 2017년 10월경 OOO의 처분청에 대한 정기업무감사 시 쟁점직무발명보상금과 관련한 소명요구(OOO)에 대하여 관련 자료의 제시와 함께 충분한 소명을 한 후 추가요구 등의 어떠한 통지가 없어 종결되었다고 인식하였으나, 2018. 6.4. 조사청이 OOO에게 ‘쟁점특허권의 전용실시권 관련 해명요구서’를 송부해 옴에 따라 이전의 소명자료를 제시하였고 조사청은 ‘소명내용이 불충분하다’는 이유로 OOO에 대한 개인통합조사 및 청구법인에 대한 법인세 부분조사를 각 실시하였는바, 이는 조사 사유가 불명확하고 중복된 조사에 해당한다(OOO, 참조).

(가) ‘세무조사’라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류ㆍ장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고, 「국세기본법」제81조의3, 같은 법 시행령 제63조의2 및「국세청 조사사무처리규정」제13조에 규정하고 있는 중복세무조사 금지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용할 경우 납세자의 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험이 있으므로 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지하는 데에 있다.

(나) 관련 법령 상 중복세무조사가 제한적으로 허용되는 예외적인 사유로 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실확인만으로 처리할 수 있는 업무, 세무조사과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 사실여부 확인, 민원처리 등을 위한 현지출장ㆍ확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 1회성 확인업무 등의 현지확인 등을 열거하고 있는바, OOO의 정기업무감사 시 소명요구 이후에 조사청이 실시한 이 건 법인세 부분조사는 엄연한 중복세무조사에 해당하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 OOO에게 쟁점직무발명보상금을 지급한 근거인 자체 직무발명보상금 규정 및 세칙 등은 소급작성된 것으로 그 정당성이 없다 할 것이므로, 이를 손금불산입하고 대표이사에게 상여로 소득처분한 이 건은 정당하다.

(가) 청구법인의 직무발명보상금 제도의 도입과정을 확인한 결과, 청구법인이 2012.1.2. 제정한 직무발명보상금 규정 및 산정기준세칙은 2013년 12월경 특허청이 발간한「개정 직무발명보상제도 해설 및 편람」부록(직무발명보상에 관한 모델규정)에 수록된 모델과 일치하여 2012년경이 아닌 2013년 12월경 이후에 소급하여 작성한 것으로 보이고, 관련 법령인 「발명진흥법」제15조의 취지에 따라 적법하게 도입한 제도로 보기에도 어렵다.

(나) 2012∼2014사업연도 각 다음연도 1월 중에 실시한 이사회결의사항을 해당연도 결산내용에 반영하지 아니하고 2015사업연도 중 전기오류수정손실로 계상한 것은 대표이사 가지급금을 부당하게 상계하기 위한 행위로 볼 수밖에 없다.

(다) 「발명진흥법」제15조 제6항의 ‘사용자등이 얻을 이익’을 고려하지 아니하고 청구법인의 순매출액과 지급률(실시료율)만을 적용하여 산정한 쟁점직무발명보상금은 임의로 계상한 것에 불과하고, 쟁점특허권의 전용실시권 실시(사용)에 따른 사용자의 이익이 전혀 발생하지 아니하였는바, 쟁점직무발명보상금은 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제2호의 무수익자산과 관련한 비용에 해당한다.

(2) 이 건 법인세 부분조사는「국세기본법」상 중복조사에 해당하지 아니한다.

(가) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부ㆍ서류 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위로서, 재조사가 금지되는 세무조사는 ① 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로, ② 납세자 등의 사무실ㆍ사업장ㆍ공장 또는 주소지 등에서, ③ 납세자 등을 직접 접촉하여, ④ 상당한 시일에 걸쳐, ⑤ 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우이며, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 행위까지 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는 것은 아니다(OOO 참조).

(나) OOO의 처분청에 대한 정기업무감사 시 소명요구는 서면으로 진행하였고 청구법인의 사업장이나 공장 등을 방문하거나 임직원과 직접 접촉한 사실이 없으며, 청구법인이 소명자료로 제출한 것은 보관하고 있던 자료의 사본을 제출한 것에 불과하여 청구법인의 영업의 자유를 침해한 사실도 없는바, 위 자료제출 요구는 단순히 납세자의 사실관계 등을 확인하는 수준으로 이를 세무조사로 보기 어려우므로 이 건 법인세 부분조사는 중복조사에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인의 대표이사에게 지급한 쟁점직무발명보상금이 손금산입 대상에 해당하는지 여부

② 이 건의 법인세 부분조사가 중복된 세무조사에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금

제12조(비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

라. 「발명진흥법」제2조 제2호에 따른 직무발명으로 받는 다음의 보상금

1) 종업원이 「발명진흥법」제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대 상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관해 발명한 것이 성질상 사용자, 법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다.

④ 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알려야 한다.

⑤ 사용자등이 제3항에 따라 협의하여야 하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위, 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 공무원의 직무발명에 대하여 제10조 제2항에 따라 국가나 지방자치단체가 그 권리를 승계한 경우에는 정당한 보상을 하여야 한다. 이 경우 보상금의 지급에 필요한 사항은 대통령령이나 조례로 정한다.

제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니된다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인의 등기사항전부증명서 상 대표이사는 OOO로, 2008.1.24. 취임한 이후 심리일 현재까지 유지되고 있고, 목적사업에는 폐기물처리업, 폐기물재활용신고업, 폐기물수집운반업, 건설폐기물중간처리업, 폐기물최종처리업 등으로 등재되어 있다.

(나) 특허등록원부 상 OOO는 2008.3.14. 외 쟁점특허권을 직접 발명ㆍ출원(등록)한 것으로 확인되고, 주요 등재내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점특허권 내역

(다) 청구법인은 2012.3.2. OOO와 쟁점특허권의 전용실시권 설정및 기술이전에 대한 계약을 체결하면서 실시(사용)료율을 매출액의 3%로 약정하였다가, 2015.6.30. 4.3%로 변경하였고(아래 <표2> 참조), 2013년 12월경 특허청장이 산출한 ‘산업별 적정 실시료율’ 상의 환경ㆍ에너지산업 평균 실시료율은 5∼10%인 것으로 확인된다.

<표2> 특허전용실시권 및 기술이전계약서(2012.3.2.) 상 주요내용

<표2-1> 특허전용실시권 및 기술이전계약서(2015.6.30.) 상 주요내용

(라) 청구법인은 2012.1.2. 이후 직무발명보상금 제도 도입의 건, 직무발명보상 관련 규정[제7장(제29조), 부칙 및 <별표1>의 발명평가기준] 및 산정기준세칙 승인의 건, 쟁점특허권의 전용실시권 설정 및 기술이전계약의 건, 쟁점직무발명보상금 지급(2012〜2014사업연도 미지급분 OOO 합의)의 건 등에 대한 의결을 위하여「발명진흥법」상 절차에 따라 <표3>과 같이 이사회 및 직무발명심의위원회를 각 개최하였던 것으로 확인된다.

<표3> 직무발명보상금 제도 도입의 건 등을 위한 회의개최 내역

<표3-1> 이사회의사록 상 주요내용

<표3-2> 쟁점직무발명보상금 산정 및 지급내역

(마) 청구법인은 OOO과 쟁점특허권 등 8건에 대하여 OOO에게 지급하여야 할 적정 로열티율을 산정하기 위한 용역계약을 체결하였고, 그 용역보고서OOO 상 로열티율 산정결과는 아래 <표4>와 같다.

<표4> 로열티율 산정결과

(2) 조사청의 청구법인에 대한 법인세 부분조사 종결보고서 상 주요내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구법인에 대한 법인세 부분조사 종결보고서 상 주요내용

(3) 조사청은 2019.4.16. 이 건 법인세 부분조사 과정에서 청구법인의 OOO 이사가 임의출석하여 문답을 실시하였는바, 그 주요내용은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 청구법인 OOO 이사의 문답 주요내용

(4) 처분청은 청구법인의 2015∼2016사업연도 쟁점직무발명보상금에 대한 회계처리 등을 아래 <표7>과 같이 제시하면서 2017사업연도(세법개정으로 2017년부터는 비과세소득에서 근로소득으로 과세전환) 이후에는 직무발명보상금과 관련한 지급수수료 명목을 계상하지 아니하였고, 청구법인이 자체 제정한 보상관련 규정 및 산정기준세칙은 한국발명진흥회 및 특허청장이 2013년 12월경 발간한 ‘개정 직무발명

제도 해설 및 편람’과 일치하는 것 등을 볼 때, 소급작성된 것이며, 쟁점특허권의 전용실시(사용)에 따른 청구법인의 창출이익이 전혀 없으므로 특수관계인(OOO)으로부터 무수익자산을 취득한 것이고 동 보상금은 대표이사 가지급금과의 상계를 위한 수단으로 악용된 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다는 취지로 추가답변을 하였다.

<표7> 쟁점직무발명보상금에 대한 회계처리 내용

(5) 청구법인은 2020.1.20. 청구법인의 매출액 자료 및 하수처리오니 관련 폐기물처리수입에 대한 2012∼2016사업연도 월별 계정별원장 등을 제시(아래 <표8> 참조)하면서 쟁점특허권 실시(사용)와 관련한 청구법인의 매출액은 없고 사용자의 이익도 발생하지 아니하였다는 처분청 의견에 대하여 항변을 하였다.

<표8> 청구법인의 2007∼2016사업연도 매출액 내역

(가) 폐기물 종합재활용업 허가증 상 재활용처리 공정도는 ① 수집ㆍ운반, ② 저장, ③ 입고(폐기물처리 관련 수입금액 발생, 위 <표8> 매출액 참조), ④ 산화교반, ⑤ 1차혼합시설, ⑥ 2차혼합시설, ⑦ 고화 및 산화ㆍ교반, ⑧ 제품, ⑨ 반출(매립장 반출 시 매립비용 발생) 등의 순서로 이루어진다.

(나) 청구법인은 쟁점특허권을 기초하여 2008.1.24. OOO으로부터 OOO 등 3필지에 폐기물재활용허가(폐기물재활용 신고증명서)를 받아 시험생산을 시작(자체 매립장 매립)하였고, 2011.3.9. OOO 지상의 폐기물 처리시설을 준공하여 폐기물종합재활용업 허가를 받았으며, 2011.5.27. 아래 <표9>와 같이 동 허가내용을 변경한 후, 2012년부터 폐기물처리 관련 수입 및 고화토 매립시설 반출 시 매립시설 운영업자에게 매립비용이 정상적으로 발생하면서 관련 매출ㆍ입 세금계산서를 수수하고 법인세 및 부가가치세 신고를 하였다.

<표9> 폐기물 종합재활용 허가 변경내용

(6) 청구법인은 OOO의 폐석산 적지복구 시범사업을 할 수 있도록 해주겠다는 확약에 따라 시범사업을 준비하였음에도 관련 사업고시가 이루어지지 않자, 대한민국(법률상 대표자 OOO)을 상대로 OOO에 동 사업 준비비용 등 손해배상 청구의 소를 제기하였고, 1심에서 원고패소(OOO)한 후, 2019.8.6. OOO에 상소 제기를 하여 현재 재판이 진행중에 있으며, 소장 상 주요내용은 아래 <표10>과 같다.

<표10> 소장OOO의 주요내용

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 폐기물처리 등 사업을 계속하여 영위하고 있고 2012사업연도를 시작으로 매출액이 728.3% 급상승하였으며, 쟁점특허권을 취득하게 된 경위 등을 감안할 때, 쟁점특허권 및 쟁점직무발명보상금이 청구법인의 업무와 관련없는 것이라 단정하기 어렵고, 설령 쟁점직무발명보상금이 과다하게 지급되어 부당행위계산의 부인대상이라 한다면, 이를 입증할 책임이 있는 처분청이 쟁점특허권 전용실시(사용)에 대한 적정한 실시료율 등을 제시하지 아니하고서 그 전액을 부인하는 것은 위법ㆍ부당하다고 주장한다.

1) 「발명진흥법」제2조 제2호는 “‘직무발명’이란 종원원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ”종업원등“이라 한다)이 그 직무에 관해 발명한 것이 성질상 사용자, 법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ”사용자등“이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제15조 제1항은 “종업원등은 직무발명에 대해 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다”고 규정하고 있다.

2) 법원은 직무발명보상금의 구체적인 액수 산정에 관하여 원칙적으로 해당 직무발명으로 사용자가 얻을 이익의 액(사용자의 이익액), 발명에 대한 사용자 및 종업원의 공헌도(발명자 보상률), 공동발명자가 있을 경우 그 중 발명자 개인의 기여도(발명자 기여율) 등의 요소를 종합적으로 고려하여야 한다는 취지로, ‘사용자가 얻을 이익’이라 함은 직무발명 자체에 의해 얻을 이익을 의미하는 것이지 수익ㆍ비용의 정산 이후에 남는 영업이익 등의 회계상 이익을 의미하는 것이 아니므로 수익ㆍ비용의 정산 결과와 관계없이 직무발명 자체에 의한 이익이 있다면 사용자가 얻을 이익이 있는 것이라는 취지(OOO 참조)로 판시하고 있다.

3) 이 건의 경우 청구법인의 자체 제정한 직무발명보상 제도 관련규정 등은 2012년이 아닌 쟁점특허권 설정등록 및 적정 로열티율 산정용역을 체결한 2015년경에 소급하여 작성된 것이라고 보이고, 이사회 결의내용과 지급한 내역이 서로 일치하지 아니하여 쟁점직무발명보상금을 지급근거 규정이 없이 지급하였다고 보는 것이 타당하다고 보이는 점, 쟁점특허권 실시(사용)에 따른 청구법인의 직접적인 매출액 및 영업이익의 창출이 있었다고 입증할 만한 객관적이고 구체적인 자료의 제시를 못하는 것으로 볼 때 청구법인이 그와 특수관계에 있는 대표이사로부터 무수익자산인 쟁점특허권을 취득하고 사업과 무관한 쟁점직무발명보상금을 지급하였다는 처분청 의견을 배제하기는 현실적으로 어려운 점, 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 「소득세법」제20조에 따라 직무발명보상금이 비과세에서 과세로 전환된 2017사업연도 이후 대표이사인 OOO에게 직무발명보상금이 지급되지 아니한 것으로 확인된 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 쟁점직무발명보상금을 부당행위계산의 부인대상으로 보아 손금불산입하여 2015~2016사업연도 법인세를 경정․고지하고 동 보상금 상당액을 대표자에게 상여로 처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 관련 법인세 부분조사가 중복된 세무조사로 중복세무조사금지의 원칙에 위배된다고 주장한다.

1) 법원은 “과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다”고 판시(OOO 참조)하고 있다.

2) 이 건에 있어 2017년경 OOO의 처분청에 대한 정기업무감사 시 청구법인에게 한 소명요구 및 자료 제출은 서면으로 진행되었고 청구법인의 사업장이나 공장 등을 방문 또는 임직원 등과 직접 접촉하거나 영업의 자유를 침해한 사실이 없어 단순히 납세자의 사실관계 등을 확인한 것에 불과하므로, 이 건 법인세 부분조사는 「국세기본법」제81조의4의 재조사(중복세무조사)에 해당하지 아니한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.