가. 청구인은 1997.8.15. OOO 외 4필지합계 2,090㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에서 “OOO”라는 상호로 개업하여 자동차부품, 산업기계 제조업을 영위하다가, 2004.6.25. 쟁점토지 및 그 위 지상건물 367.43㎡(이하 “기존건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라고 한다)을 취득한 후, 2007.6.12. 기존건물을 멸실신고한 후 쟁점토지 위에 2007.9.6. 건물 1,468㎡(이하 “공장”이라고 한다)를 신축하였으며, 2012.10.11. 쟁점토지 및 공장을 양도하고, 2012.12.27. 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다.

나. OOO국세청장은 청구인이 취득 후 3년간 사업용 고정자산으로 사용한 기존건물의 취득가액(OOO원)을 쟁점토지의 필요경비에 산입하여 신고한 사실을 확인하여 해당가액을 필요경비에서 제외하여 양도소득세를 경정하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 2015.3.9. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2015.6.7. 이의신청을 거쳐, 2015.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 청구인이 기존건물을 3년간 사용하였다고 하여 기존건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비에서 부인하였으나, 토지에 대한 양도차익을 실지거래가액에 의해 산정하는 경우에는 멸실된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 멸실건물의 잔설처분가액을 차감한 잔액을 필요경비에 산입하는 것이며(서면 4팀-781, 2006.3.31.), 토지와 지상건물을 함께 취득하고 토지만을 이용하기 위함이 명백하다면 당초 지상건물의 취득가액과 철거비용도 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있는바(대법원 92누7399, 1992.9.8.),

청구인은 수주물량의 증가로 공장을 신축하기로 부지를 물색하던 중 비록 쟁점토지가 개발제한지역(자연녹지지역)으로 지정되어 있었으나 대지로 전환될 것으로 예상하여 쟁점부동산을 취득하였는바, 지자체의 행정절차 지연으로 인해 대지로의 용도변경이 늦어져 취득 이후 즉시 기존건물을 멸실하고 공장을 신축하지 못하였고, 수주물량을 제대로 납품하지 못해 회사가 막대한 손해까지 입게 되었을 뿐만 아니라 공부상 용도가 농업용창고 및 축사로 등재되어 있는 기존건물을 공장으로 사용함에 따라 매년 OOO원에 달하는 이행강제금을 납부 하여야 했다.

청구인은 2006.11.15. 쟁점토지가 개발제한지역에서 해제됨에 따라서 2007.6.12. 기존건물을 멸실하고 2007.9.6. 공장을 준공하였는바 청구인이 쟁점토지를 취득한 목적이 공장을 신축하여 사용하기 위한 것임이 명백하므로, 기존건물을 취득 후 즉시 멸실하지 아니하였다는 사유로 처분청이 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산이 예상과는 달리 개발제한구역에서 해제되지 아니하여 매출이 하락하는 등 큰 손실을 보았고, 기존건물을 용도를 전용하여 사용하여 이행강제금도 납부한 사실이 있으므로 이는 기존건물을 멸실하고 공장을 신축하기 위해서 쟁점부동산을 취득한 것을 입증하는 사실이라고 주장하나,

청구인은 개업이후 쟁점부동산에서 기존건물을 임차하여 사업장으로 사용하였던 점, 쟁점부동산을 취득 한 후에 즉시 기존건물을 멸실하지 아니하고, 약 3년간 사업장으로 사용하였던 점, 공장 신축 전보다 신축 후 매출액이 오히려 하락하여 공장을 신축하지 못하여 큰 손실을 보았다는 주장은 믿기 어려운 점 등을 감안하면 청구인이 처음부터 공장을 신축하기 위해 쟁점부동산을 취득하였다고 보기 어려우므로 처분청이 기존건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비에서 부인하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

멸실된 건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양

도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】 ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 이전부터 쟁점토지에서 “OOO”라는 상호로 1997.8.15. 개업후에 임차인으로 사업을 영위하다가 2004.6.25. 쟁점부동산을 취득하여 사업을 계속적으로 영위한 사실, 쟁점부동산은 2006.11.15. 개발제한구역이 해제된 사실, 청구인이 기존건물을 2007.6.12. 멸실신고하고, 2007.9.6. 공장을 준공하여 2012.10.11. 쟁점부동산을 양도한 사실이 심리자료 등에 나타난다.

(2) 청구인은 기존건물을 취득하여 멸실할 때까지 장부상 사업용 고정자산에 계상(2004년～2006과세연도)한 것으로 종합소득세 신고서에 나타나고, 기존건물은 1996.7.15. 소유권보존등기된 후 2007.6.12. 멸실등기가 되었으며, 농업용 창고 및 축사로 등재된 것으로 건축물 대장에 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점부동산을 취득하고 예상과는 달리 개발제한구역이 해제되지 아니하여 공장을 신축하지 못하고 기존건물을 전용하여 매년 OOO원에 달하는 이행강제금을 납부하였다며 증빙으로 이행강제금 수납내역서를 제출하였으며, 수납내역서를 보면 청구인이 OOO원의 이행강제금을 납부한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 기존건물을 취득한 이후 2004년 제2기부터 쟁점부동산을 양도하기 전인 2012년 제1기까지 청구인의 부가가치세 신고내용을 보면 아래 <표1>과 같고, 쟁점부동산을 취득한 이후에 매출에 큰 변동이 없는 것으로 나타난다.

OOO

(5) 쟁점토지와 관련하여 처분청 담당자가 행정절차의 지연으로 용도변경이 늦어졌는지에 대해 관할 지자체에 문의한 바, “용도변경 신청 후 적법한 행정절차에 의하여 용도변경을 허가하였고, 행정절차의 지연으로 용도변경이 늦어진 사실이 없다.”고 답변한 사실이 심리자료 등에 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 당초에 쟁점부동산을 취득한 것은 기존건물을 철거하여 토지만을 이용하려 한 것이므로 기존건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비로 보아야 한다고 주장하나, 청구인이 쟁점부동산 취득 당시 개발제한구역이 해제될 것을 예상할 수 있는 객관적이고 구체적인 입증자료가 없는 점, 청구인은 쟁점부동산을 취득하기 이전부터 쟁점부동산을 임차하여 사업을 영위하고 있었으며 쟁점부동산을 취득한 후에도 기존건물을 즉시 멸실하지 아니하고 3년간 사업장으로 계속하여 사용하였던 점 등에 비추어 청구인이 쟁점부동산을 당초부터 기존건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적에서 취득하였다는 점이 명백하다고 보기 어려우므로 처분청이 기존건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비에서 제외하여 청구인에게 한 이 건 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.