청구법인은 제조업과 도매업을 겸영하는 법인으로서 1999사업년도에 대한 법인세과세표준과 세액신고시 조세특례제한법상의 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면대상 소득금액을 계산하면서 영업외 수익인 수입이자 97,524,207원과 유형자산처분이익 69,363,372원을 감면대상사업(제조업)과 기타 사업(도매업)의 공통익금으로 하여 매출액비례에 따라 안분계산하고, 영업외 비용인 유형자산처분손실 592,696원과 기부금 1000,000원(이하 “수입이자 등”이라고 한다)은 공통손금으로 하여 같은 방법으로 안분계산한 대하여 처분청은 상기 수입이자 등을 감면대상사업소득이 아닌 기타 사업의 개별익금 또는 개별손금으로 하여 감면대상소득금액을 재계산하여 2000. 6. 14. 청구법인에게 1999사업연도분 법인세 7,918,250원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.7.6. 본 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 수입이자 등은 사업영위과정에서 발생된 것으로 감면대상분과 기타분으로 구분하기가 불가능하고 법령에도 명확한 규정이 없으므로 이를 매출액에 비례하여 안분계산하였다고 하면서

(1) 소득구분의 기준을 기본통칙에서 규정한 것은 조세법률주의에 위배될 뿐만 아니라 소득구분에 관한 사항을 시행령에서 시행규칙과 기본통칙에 위임한 것은 포괄위임이고,

(2) 수입이자를 감면분이 아닌 기타분으로 구분한다면 지급이자도 기타분으로 구분하는 것이 맞다고 주장하며,

(3) 또 다른 관점에서 본면 감면사업과 기타사업에 대한 소득구분에 관한 사항이 법령에 규정이 없으므로 오히려 “감면분 소득”은 감면사업의 수입금액에서 대응되는 원가를 차감한 영업이익을 기준으로 구분하는 것이 합당하다.

나. 처분청 의견

수입이자 등을 감면대상사업이 아닌 기타 사업의 개별익금 또는 개별손금으로 구분한 것은 조세특례제한법 제143조, 같은법시행령 제136조 제1항의 규정 및 법인세법 제113조, 같은법 시행령 제156조, 같은법시행규칙 제75조, 제76조의 규정과 법인세법기본통칙 2-1-14…8[개별손익·공통손익 등의 계산]의 규정에 따라 한 것으로써 당초처분 정당하다고 한다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

제조업과 기타 사업을 겸영하는 법인의 수입이자와 유형자산처분손익등은 중소제조업등에 대한 특별세액 감면대상소득에 해당되는지의 여부에 다툼이 있다.

나. 관련법령

조세특례제한법 제7조[중소제조업등에 대한 특별세액감면] 제1항 규정에서 “제조업, … 중략 … 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 … 중략 … 당해사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하고 있고, 같은법 제143조[구분경리] 제1항 규정에서 “내국인은 제6조, 제7조, … 중략 … 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 구분경리하여야 한다.”고 규정하면서 같은법시행령 제136조[구분경리] 제1항 규정에서는 “법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조의 규정을 준용한다.”고 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제113조[구분경리] 제1항의 규정에서는

“비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분경리 하여야 한다.”고 규정하고 있고 같은조 제4항은 “ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제156조[구분경리]의 규정에서는 “법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 자산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.” 고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제75조 제1항에서는 “영 제156조의 규정에 의항 구분경리를 할 때에는 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.”고 하면서 그 제2항에서 “법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. (이하 생략)”고 규정하고 있고, 같은 시행규칙 제76조 제6항에서는 “비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. … 중략 …

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 생략

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산” 토록하고 있고 같은조 제7항은 “제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응되는 것에 한한다.” 고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(가) 먼저 소득구분경리에 관한 관련법령과 법인세법 기본통칙 등이 조세법률주의 위배나 포괄위임된 것인지를 보건대, 조세특례제한법 제7조 규정의 감면대상사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우의 소득금액을 계산하기 위한 구분경리에 관하여는 앞서 본 관련법령의 규정에서와 같이 적절히 위임된 것이며, 일반적으로 기본통칙은 법령에서 위임된 법규가 아니고 과세관청의 내부에서만 효력을 갖는 행정규칙인 법규해석기준에 해당하는 것이라 할 것이므로 법인세법 기본통칙 2-1-13…8[구분경리의 범위]의 규정내용도 위 법령에서 위임받은 것이 아니고 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업을 겸영하는 법인의 경우 위 조세특례제한법 제7조 규정의 “당해 사업에서 발생하는 소득”의 범위에 대하여 합목적적으로 해석한 것이라 할 것이므로 조세법률주의 위배라던가 포괄위임이라고 볼 수 없으며,

(2) 다음으로 수입이자가 감면사업분이 아닌 기타분으로 구분한다면 지급이자도 기타분으로 구분하는 것이 형평에 맞다고 주장하는 점에 대하여 보건대, 법인세 등을 감면하는 위 조세특례제한법 제7조 규정의 취지가 기술인력개발이나 설비 제조업을 영위하는 중소기업에 대한 투자가 원활히 이루어 질 수 있도록 하기 위한 점임을 감안 할 때 감면대상이 되는 소득의 범위는 “당해 사업에서 발생한 소득”으로 한정하여야 할 것인 바, 당해 영업활동과 어느 정도 부수적 연관을 갖는 다른 영업외 수익과는 달리 수입이자는 영업활동과는 독립된 별도의 요소소득으로 보아야 할 것이므로 제조업만 영위하는 경우라도 근본적으로 이자소득은 과세사업이든 감면사업이든 어떠한 사업부문에서 발생한 것인지를 따지지 아니하고 과세대상소득이 된다고 보아야 할 것이고, 한편, 지급이자는 수입이자가 과세대상소득에 해당한다 하여 바로 감면사업분이 아닌 기타분으로 구분할 수 없고 차입한 자금의 실제 사용용도를 기준으로 사실판단하여 개별 또는 공통손금으로 구분하는 것(국심 98중 1890, 1998.12.28. 같은뜻) 이므로 청구법인의 결산서에 계상되어 있는 이자비용 119,538,645원에 대하여 청구법인이 그러한 지급이자가 발생한 차입자금의 실제 사용용도를 밝히지 않는 것으로 보아 이는 청구법인의 감면사업부분인 제조업에 사용된 차입금에 대한 이자라 할 것이므로 이점에 대한 주장도 이유없으며,

(3) 그리고, 감면사업과 기타 사업에 대한 소득구분에 관한 사항이 법령에 규정이 없으므로 “감면분 소득”은 감면사업의 수입금액에서 대응되는 원가를 차감한 영업이익을 기준으로 구분하는 것이 합당하다는 주장에 대하여 보건대, 위의 관련법령에서 본 바와 같이 적정하게 위임받은 법인세법시행규칙 제75조와 제76조 제6항 규정에서 “개별익금”, “개별손금” 또는 “공통익금”, “공통손금”이라는 포괄적인 소득개념으로 소득구분을 하고 있으므로 “영업이익”으로만 한정하여 해석을 할 수 없다 하겠다.

(4) 끝으로 고정자산처분손익과 기부금이 위 법조의 감면대상소득인지를 보건대, 이들 고정자산처분이익 등 역시 위 법조의 감면대상 소득의 범위인 제조업 활동에서 발생한 소득이 아니라 할 것(법인세법 기본통칙 2-1-14…8. 같은뜻)이므로 처분청의 이사건 부과처분은 아무런 잘못이 없다고 판단된다.

(5) 따라서 청구법인 주장은 모두 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 같은법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.