가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 양도한 후 쟁점토지의 취득시기를 1996.7.11.(등기접수일)로 하고 쟁점토지가 전부 비사업용토지라고 보아 2020.4.29. 「소득세법」제55조 제1항의 세율(이하 “기본세율”이라 한다)에 10%p를 가산한 세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다가, 쟁점토지의 실제 취득시기가 1991.3.22.이라는 전제 하에 쟁점토지 중 341.07㎡(이하 “쟁점토지일부”라 한다)가 1993.3.17. 도시계획시설로 지정되어 그 사용이 제한되어 있었으므로 비사업용토지에 해당하지 않는다고 보아 2020.7.31. 쟁점토지일부에 대하여 기본세율을 적용하는 등 하여 기 납부한 2020년 귀속 양도소득세 중 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 1991.3.22. 취득하였다는 객관적 증빙이 없다는 이유로 2020.8.24. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 제출한 증빙 등을 보면 청구인이 OOO으로부터 쟁점토지를 취득하였다는 사실이 입증되므로 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(1) 쟁점토지는 당초 OOO이 1986.10.29. 취득하였다가 OOO에게 양도하였으나 이에 대한 소유권이전등기를 못하고 있다가 1991.3.22. 청구인에게 소유권이 이전된 후 1996.7.11.에야 비로소 등기부상 소유자인 OOO으로부터 청구인에게로 소유권이전등기가 된 것인데, 이에 따라 청구인과 OOO 및 OOO은 실제 보유기간에 따른 양도소득세 및 재산세를 정산하기 위하여 1996년 경 소유권이전비용 정산서(이하 “이 사건 정산서”라 한다)를 작성한 사실이 있다.

(2) 청구인은 OOO과 쟁점토지의 매매계약서(이하 “쟁점토지계약서”라 한다)를 작성하였고, OOO으로부터 1991.3.8. 중도금 영수증을, 1991.3.22. 잔금영수증(이하 “이 사건 잔금영수증”이라 한다)을 수취하였다.

(3) 청구인은 OOO지방국세청 첨단탈세방지팀 출신 문서감정사에게 쟁점토지계약서와 이 사건 정산서 및 이 사건 잔금영수증의 작성시기에 대한 감정을 의뢰하여 그 작성시기가 문서에 기재된 일자와 일치한다는 내용의 감정결과를 받았으므로 비록 금융증빙이 없더라도 위 문서의 효력이 인정(조심 2014중4785, 2015.7.21.)되는바, 청구인이 쟁점토지계약서 및 이 사건 잔금영수증의 내용대로 OOO으로부터 쟁점토지를 매수하였음이 입증된다.

(4) 2005.12.31. 신설된 「소득세법」제104조의3 제2항 등에 따르면 법령에 따라 사용이 제한된 토지의 경우 사용이 제한된 기간동안은 비사업용토지로 보지 않고 있는데, 청구인이 29년 전에 위 규정이 신설될 것을 예측하여 쟁점토지계약서를 작성하고 이 사건 잔금영수증을 발급받았다고 볼 수 없다는 점에서도 청구주장은 사실에 부합한다고 볼 수 있다.

나. 처분청 의견

OOO을 미등기 전매자로 판단할만한 사실관계가 확인되지 않고 잔금청산일이 불분명하므로 청구인이 쟁점토지의 등기접수일인 1996.7.11. 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(1) 청구인은 OOO으로부터 쟁점토지를 취득하였다고 주장하면서 1991.1.26.자로 작성된 것으로 되어 있는 쟁점토지계약서, OOO으로부터 수취한 것으로 되어 있는 이 사건 잔금영수증 등을 제출하였으나, OOO이 OOO으로부터 쟁점토지를 취득하였다고 볼만한 객관적 증빙이 없어(OOO 명의로 소유권이전등기가 되지 못한 것은 OOO이 중도금 및 잔금을 지급하지 못하여 계약이 취소되었기 때문일 수 있다) OOO이 정당한 계약당사자로 볼 수 없고, 쟁점토지계약서 및 이 사건 잔금영수증에 기재된 내용대로 계약이 이루어졌다는 사실 또한 확인되지 않으므로(쟁점토지계약서 및 이 사건 잔금영수증의 작성시기가 문서 상에 기재된대로 1991년 및 1996년이라고 하여 실제 거래사실이 입증되는 것은 아니다) 청구인의 주장을 신뢰하기 어렵다.

(2) 이 사건 정산서 역시 청구주장을 입증한다기 보다는 오히려 당사자들이 공동투자자로서 공동비용을 정산한 것으로 보는 것이 합리적이다.

(3) 결국 청구인이 제출한 자료만으로는 알 수 없는 사유로 청구인과 OOO 및 OOO 간에 OOO이 청구인에게 쟁점토지를 양도하고 당사자들 간에 비용을 정산하기로 합의한 사실만 확인될 뿐 구체적인 소유권변동내역이 입증되지 않는 반면, 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 쟁점토지가 OOO으로부터 청구인에게 소유권이전등기된 사실, OOO이 청구인에게 쟁점토지를 양도한 후 자신의 명의로 양도소득세를 신고ㆍ납부한 사실 등에 비추어 청구인이 OOO으로부터 쟁점토지를 취득하였다고 볼 수밖에 없다.

(4) 끝으로 청구인은 쟁점토지의 전소유자와 합의하여 미등기전매를 통하여 쟁점토지를 취득하였다는 주장하고 있는 것인데, 미등기전매는 법질서에 반하는 행위로 탈세를 조장하는 것이므로 명확한 근거가 없다면 이를 인정할 수 없다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

등기사항전부증명서에 기재된 내용과 달리 쟁점토지를 OOO으로부터 취득하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것)

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것)

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기사항전부증명서, 쟁점토지계약서, 이 사건 정산서, 이 사건 잔금영수증 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에는 OOO이 1986.10.29. 쟁점토지를 매매로 취득하여 1996.7.11. 청구인에게 양도한 것으로 되어있으나, 청구인은 OOO이 OOO에게 쟁점토지를 양도하였고 자신이 OOO으로부터 이를 매수하였다고 주장(아래 ＜표1＞ 참조)하고 있다.

＜표1＞ 쟁점토지의 소유권변동에 관한 청구인 주장

OOO

(나) 청구인은 2020.2.14. 쟁점토지를 양도한 후 등기사항전부증명서상 기재내용에 따라 쟁점토지의 취득일을 1996.7.11.로 하고 쟁점토지가 전부 비사업용토지에 해당한다고 보아 양도소득세를 신고․납부하였다가, 쟁점토지를 1991.3.22. 취득하였고 쟁점토지일부가 OOO에 의하여 도시계획시설로 지정되었다가 2018.3.15. 그 지정이 해제되기까지 사용이 제한되었으므로 「소득세법」제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에 따라 위 기간동안은 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 보아 2020년 귀속 양도소득세 중 OOO원의 환급을 구하는 이 사건 경정청구(아래 ＜표2＞ 참조)를 하였다.

＜표2＞ 청구인의 당초신고 및 경정청구 내역

OOO

(다) 청구인은 청구주장과 관련하여 제출한 증빙은 다음과 같다.

1) 청구인은 청구인과 OOO이 작성한 것으로 되어 있는 1991.1.26.자 쟁점토지계약서, 같은 날 OOO이 작성한 것으로 되어 있는 위임장, OOO이 청구인으로부터 중도금 OOO원 및 잔금 OOO원을 각 수령하였다고 되어 있는 1991.3.8.자 중도금 영수증 및 1991.3.22.자 잔금영수증을 제출하였다.

2) 청구인은 쟁점토지에 대한 소유권을 확보하기 위하여 잔금청산일(1991.3.22.) 직전인 1991.3.13. 등기상 소유자인 OOO을 채무자로 하여 쟁점토지에 대한 근저당권을 설정하였다고 주장하는데, 쟁점토지의 등기사항전부증명서상 이와 관련한 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 근저당권설정 관련 쟁점토지의 등기부등본의 내용

OOO

3) 청구인은 OOO으로부터 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 받으면서 OOO과 OOO 사이에 각자 부담할 양도소득세를 계산․정산하였다고 주장하면서 이 사건 정산서를 제출하였다.

4) 청구인은 ‘OOO’으로부터 쟁점토지계약서와 이 사건 잔금영수증 및 이 사건 정산서의 작성시기를 감정받았는데, 위 문서감정연구원은 위 서류들이 1991년 및 1996년 경에 작성된 것이라고 추정하였다.

5) 청구인은 1991.3.22. 쟁점토지를 취득한 후 재산세를 부담하기 위하여 1993.10.29.부터 1995.11.29.까지 OOO에서 청구인 명의로 개별토지가격확인원을 발급받은 사실이 있는데, 이를 보면 1991.3.22. 청구인이 쟁점토지를 소유ㆍ관리하고 있었음을 알 수 있다고 주장하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보건대, 청구인은 등기사항전부증명서에 기재된 내용과 달리 실제로는 1991.3.22. OOO으로부터 쟁점토지를 취득한 것이라고 주장하나, 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호에 따르면 당해 부동산의 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기접수일을 취득시기로 본다고 규정하고 있고, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정(대법원 1999.6.22. 선고 99두165 판결, 대법원 2002.4.12. 선고 2000두6282 판결 등 참조)이라고 할 것이므로 실제 취득시기가 공부상 취득시기와 다르다는 점에 대한 입증책임은 청구인이 부담한다고 할 것인바, 청구인의 주장대로라면 OOO이 OOO으로부터 쟁점토지에 관한 소유권을 정당하게 이전받았어야 하는데 이 사건 정산서 등 청구인이 제출한 증빙만으로 이를 확인할 수 없어 보이고, 구체적인 금융증빙 없이 단지 이 사건 잔금영수증만으로 청구인이 OOO으로부터 쟁점토지를 취득하였다고 단정하기 어려우며, 미등기전매에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 고율의 양도소득세를 과세하고 있는 사정을 감안할 때 사실상 OOO의 미등기 전매행위를 방조하고 OOO으로부터 쟁점토지를 취득한 것으로 등기하였다가 양도 후 세제상 혜택을 얻기 위하여 등기일 이전에 OOO으로부터 취득하였다고 주장하는 청구주장을 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 등기사항전부증명서를 근거로 청구인의 쟁점토지 취득시기를 1996.7.11.로 보아 청구인의 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.