2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 OOO의원(이하 “쟁점병원”이라 한다)을 운영하는 청구인에 대하여 2009년부터 2011년까지 귀속분 종합소득세에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 청구인이 비급여 총수입금액(이하 “비급여액”이라 한다) 2009년분 OOO2010년분 OOO및 2011년분 OOO각 신고를 누락하고 가공경비 2009년분 OOO2010년분 OOO및 2011년 OOO각 계상하였다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.

나. 청구인은 지출증빙에 의하여 확인되는 OOO필요경비로 인정하여 달라며 2013.7.18. 과세전적부심사청구를 제기하였고, 처분청은 이에 따라 재조사를 실시하여 위 금액 중 OOO추가로 필요경비로 인정한 후 2013.11.5. 청구인에게 종합소득세 2009년 귀속분 OOO2010년 귀속분 OOO및 2011년 귀속분 OOO각 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조사청은 세무조사 당시 청구인의 연간경영보고서에 기재된 외래내역 중 비급여액과 청구인의 당초 신고액과의 차액을 총수입금액 누락액으로 보았으나, 청구인은 OOO의뢰한 무료진료활동을 할 뿐만 아니라 일반진료 시에도 실제 진료비 수납액이 본인부담금과 비급여액의 합계액보다 적은 경우가 수시로 발생하는바, 연간경영보고서에 반영되지 아니하였으나 감액환자통계 파일에서 확인되는 OOO(2009년 OOO2010년 OOO및 2011년 OOO)(이하 “쟁점감액환자진료비”라 한다)을 총수입금액에서 차감하지 아니하고 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 처분청이 아래 <표1>의 금액을 필요경비로 인정하지 아니하고 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(가) 부식비

청구인은 쟁점병원을 운영하면서 자체식당을 운영하고 있는데, 식당에 근무하는 직원들이 음식 원재료를 구입하면서 카드를 사용하는 경우도 있으나 인근 노점상 등으로부터 수시로 구입하는 부분에 대해서는 별도로 메모장에 기록하고 있는바, OOO병원가계부 및 송금영수증 등에 의하여 입증되는 부식비 OOO필요경비로 인정되어야 한다.

(나) 잡급

청구인은 쟁점병원을 운영하면서 OOO에게 단체건강검진 중계수수료 및 기사료 명목으로 2009년부터 2010년까지는 매월 OOO2011년에는 매월 OOO지급하였고, OOO에게 2009년부터 2011년까지 수선료 등 명목으로 매월 OOO에게 2011년에 병원 내부 인테리어 대가로 약 OOO각각 현금으로 지급하였는바, 위 금액은 필요경비로 인정되어야 한다.

(다) 지급임차료

쟁점병원이 있는 건물의 임대인인 OOO부가가치세 신고 시 월 임차료가 OOO으로 신고되었으나, 청구인이 실제로 지급한 임차료는 월 OOO이었고, 이러한 사실은 청구인 통장의 현금출금내역서와 OOO확인서에 의해 입증이 되므로 3년간 지급임차료 OOO추가 필요경비로 인정되어야 한다.

(라) 접대비

청구인이 결산에 반영하지 못한 접대비 중 간이영수증과 병원가계부에 의하여 지출이 확인되는 접대비 OOO필요경비로 인정되어야 한다.

(마) 소모품비

청구인이 결산에 반영하지 못한 소모품비 중 카드명세서과 병원가계부 등에 의하여 지출이 확인되는 소모품비 OOO필요경비로 인정되어야 한다.

(바) 여비교통비

청구인이 결산에 반영하지 못한 여비교통비 중 5년 이상 근무직원에 대한 해외여행비, 청구인의 해외학술연수 등 참가비용 확인되는 여비교통비 OOO필요경비로 인정되어야 한다.

(사) 지급수수료

청구인이 결산에 반영하지 못한 지급수수료 중 병원가계부에 의하여 지출이 확인되는 지급수수료 OOO필요경비로 인정되어야 한다.

(아) 차량유지비

청구인이 결산에 반영하지 못한 차량유지비 중 카드명세서에 의하여 지출이 확인되는 차량유지비 OOO필요경비로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점감액환자진료비 OOO총수입금액에서 차감하여야 한다고 주장하나, 조사청은 세무조사 당시 감액환자통계 파일을 확보한 사실이 없고, 처분청이 총수입금액 누락액으로 판단한 금액에는 비급여액만이 포함되어 있는바, 청구인이 심판청구를 하면서 제출한 위 쟁점감액환자진료비 파일에는 비급여액뿐만 아니라 보험급여액도 포함되어 있으므로 신고 당시에 반영되었는지조차 검증이 되지 아니한 보험급여액을 총수입금액에서 차감하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(2) 청구인이 주장하는 위 각 금액은 다음과 같은 이유에서 필요경비로 인정하는 것이 타당하지 아니하다.

(가) 부식비

조사청의 세무조사 당시 거래처 등의 관련 증빙 없이 청구인이 제출한 메모장 형식의 노트만으로 부식비를 필요경비로 인정하였는바, 청구인이 추가로 인정하여 달라고 주장하는 부식비 OOO은 이 금액에 포함된 것으로 보이므로 부식비 OOO추가 필요경비로 인정하여야 한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(나) 잡급

OOO및 OOO실제로 용역을 제공하였다는 점과 관련하여 당사자들의 확인서 외에는 아무런 실물 및 금융증빙이 제출되지 아니하였는바, 위 확인서만으로 청구인이 관련 비용을 실제로 지급하였다고 인정하기 어려우므로 잡급 OOO추가 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(다) 지급임차료

청구인이 임대인에게 지급하였다고 주장하는 월 OOO임차료는 같은 건물의 다른 임차인들이 지급한 임차료에 비하여 과도하게 높은 금액인 점, 청구인이 제출한 현금출금내역서상 매월 초 출금액이 일정하지 아니하고 그 출금액이 임차료로 지급되었는지 불분명한 점 등에 비추어 임차료 OOO추가 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(라) 접대비

간이영수증과 병원가계부에 기재된 내용만으로 접대비 지출이 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점, 청구인이 주장하는 금액 중 OOO지출한 금액은 이미 필요경비로 인정된 금액으로 보이는 점 등에 비추어 접대비 OOO추가 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(마) 소모품비

청구인이 제출한 카드명세서 등에 가맹점으로 기재된 거래처 중에는 청구인의 주소지 인근 식당, 낚시도구 판매점 및 면세점 등이 포함되어 있어 이러한 비용을 사업 관련 필요경비로 인정하기 어려운 점, 병원 휴진일인 일요일에 청구인의 주소지 인근 마트에서 사용한 경비도 포함되어 있는 점 등에 비추어 소모품비 OOO추가 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(바) 여비교통비

카드명세서상 사용처가 주로 청구인의 주소지 인근의 고급음식점(OOO등), OOO등이므로 사업 관련 경비로 보이지 아니하는 점, 청구인이 주장하는 직원들의 해외연수비용 등 또한 실제 사용자가 직원인지 청구인인지 불분명하고, 병원 직원들이 청구인의 개인 신용카드를 해외에서 사용하였다는 주장은 설득력이 부족한 점 등에 비추어 여비교통비 OOO추가 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(사) 지급수수료

처분청은 과세전적부심사 재조사 당시 판독비 지급수수료 중 통장이체 내역이 객관적으로 확인되는 금액은 필요경비로 산입하였으나, 그 밖에 청구인이 주장하는 금액은 병원가계부만으로 지출이 객관적으로 확인되었다고 보기 어려우므로 지급수수료 OOO추가 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

(아) 차량유지비

처분청의 과세전적부심사 재조사 당시 계좌이체한 병원 주차료 등 객관적으로 확인된 항목은 이미 필요경비에 반영되었으나, 청구인이 추가로 필요경비 공제를 주장하며 제출한 차량유지비 내역은 매출전표 등 객관적으로 확인가능한 증빙이 제출되지 아니하였고, 업무관련 경비인지에 대한 입증이 되지 아니하였으므로 차량유지비 OOO추가 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점감액환자진료비를 쟁점병원의 총수입금액에서 차감하여야 하는지 여부

② 부식비, 잡급 등을 쟁점병원의 필요경비로 인정하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제33조【필요경비 불산입】① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

5. 대통령령으로 정하는 가사(家事)의 경비와 이에 관련되는 경비

13. 각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액

(2) 소득세법 시행령

제55조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(괄호 생략)과 그 부대비용(후단 생략)

1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(괄호 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 조사청의 세무조사 이후 작성한 확인서(2013년 5월)에는 “본인은 조사청 조사2국 조사2과에서 발송한 「결산서에 누락된 경비에 대한 증빙자료 제출요구 - 문서번호 : 조사2과-1020호, 2013.5.30. 시행」과 관련하여, 확인일 현재 추가로 제출가능한 증빙자료가 없음을 확인합니다”라고 기재되어 있다.

(2) 쟁점①과 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다.

(가) 처분청의 총수입금액 누락 관련 경정·고지 내역은 아래 <표2>와 같고, 처분청이 제출한 2009년부터 2011년까지 쟁점병원의 연간경영보고서에도 아래 <표2>와 같은 금액의 보험료가 각각 기재되어 있다.

(나) 청구인이 총수입금액에서 차감하여야 한다고 주장하는 연도별 감액환자 진료비 내역은 아래 <표3>과 같고, 청구인은 이 금액이 감액환자통계 내역상 가장 오른쪽의 ‘감액’ 란에 기재된 금액의 합계액과 같다고 소명하였다. 청구인은 총 16쪽 분량의 감액환자통계 내역을 제출하였는데, 이 중 일부를 발췌하면 아래 <표4>와 같다.

(다) 청구인은 2015.6.30. 개최된 조세심판관회의에서, 예를 들어 위 차트번호 OOO수진자의 경우 아래와 같이 분개가 이루어졌어야 하나, 실제로 장부에는 ‘매출할인’ 항목을 별도로 계상하지 아니하고 그 금액을 ‘현금’ 항목에 포함하여 계상하였고, 이와 같이 매출할인을 현금으로 계상한 금액은 위 감액환자통계상 감액 항목에 해당하는바, 장부에 계상되지 아니하였더라도 세법상 매출할인은 총수입금액에서 차감되어야 하므로 쟁점감액환자진료비 OOO총수입금액에서 차감하여야 한다는 의견이다. 청구인은 세무조사 당시까지는 세무대리인을 고용하지 아니하고 직원들이 월별로 장부를 작성하여 매출할인을 현금으로 계상한 것이라고 소명하였고, 매출할인이 장부에 반영되지 아니하였다는 근거로 2009년 및 2010년 각 표준합계잔액시산표를 제출하였으며, 동 시산표에는 매출할인 항목이 기재되어 있지 아니하다.

(라) 청구인이 조사청의 세무조사 이후 작성한 확인서(2013년 5월)에는 “본인은 2013.5.6.부터 2013.6.5.까지 조사청 조사2국 조사2과 개인사업자통합조사에 임하여 위 <표2>와 같이 비보험진료 총수입금액을 종합소득세 신고시 누락한 사실이 있음을 확인합니다.”라고 기재되어 있다.

(3) 쟁점②와 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구인이 부식비와 관련하여 추인을 요구한 금액은 아래 <표5>와 같고, 청구인은 추인요구액을 실제로 제출하였다는 근거로 OOO병원가계부 및 송금영수증을 제출하였으나, 처분청은 이 추인요구액이 이미 신고된 금액에 포함되어 있다는 의견이고, 설령 포함되어 있지 아니하다 하더라도 그러한 사실은 청구인이 입증해야 함에도 청구인은 그와 관련된 아무런 증빙을 제출하고 있지 못하고 있다는 의견이다.

(나) 청구인이 잡급과 관련하여 추인을 요구한 금액은 아래 <표6>과 같고, 청구인은 OOO작성한 확인서를 제출하였으며, 이 확인서에는 청구인으로부터 임금 등을 받았음을 확인한다고 기재되어 있다.

(다) 지급임차료와 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다.

1) 청구인이 추인을 요구한 금액은 아래 <표7>과 같다.

2) 처분청은 아래 <표8>과 같은 임대인 OOO임대사업장 부가가치세 신고내역을 제출하였고, 청구인의 주장과 같이 쟁점병원의 임차료가 월 OOO이라면, 이는 같은 건물 내 다른 사업장과 비교하여 지나치게 높은 금액이므로 청구인 주장의 신빙성이 부족하다는 의견이다.

3) 청구인은 이에 대해 임차료로 지급하였다며 아래 <표9>와 같은 현금출금 내역을 제출하였으나, 처분청은 출금액이 임차료로 지급되었는지 불분명하다는 의견이다. 또한 청구인은 “2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지 쟁점병원에 대하여 매월 초 OOO임차료를 받았음을 확인한다”는 내용의 OOO확인서(2014년 1월, 인감증명서 첨부)를 제출하였다.

(라) 청구인이 접대비와 관련하여 추인을 요구한 금액은 아래 <표10>과 같고, 청구인은 간이영수증, 병원가계부 및 계정별 원장을 제출하였으나, 처분청은 추인요구액이 이미 신고된 금액에 포함되어 있다는 의견이다.

(마) 소모품비와 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다.

1) 청구인이 추인을 요구한 금액은 아래 <표11>과 같다.

2) 청구인은 아래 <표12>와 같은 청구인 명의의 과거거래 내역을 제출하였고, 그 밖에 병원가계부, 카드 이용내역 및 계정별 원장을 제출하였다.

(바) 여비교통비와 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다.

1) 청구인이 추인을 요구한 금액은 아래 <표13>과 같다.

2) 청구인은 아래 <표14>와 같은 청구인 명의의 과거거래 내역을 제출하였고, 그 밖에 병원가계부, 카드 이용내역 및 계정별 원장을 제출하였다.

(사) 청구인이 지급수수료와 관련하여 추인을 요구한 금액은 아래 <표15>와 같고, 그 밖에 청구인은 병원가계부와 계정별 원장을 제출하였다.

(아) 청구인이 차량유지비와 관련하여 추인을 요구한 금액은 아래 <표16>과 같고, 그 밖에 청구인은 병원가계부와 계정별 원장을 제출하였다.

(4) 먼저, 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다.

청구인은 쟁점감액환자진료비 상당의 무료진료가 있었던 사실이 감액환자 통계파일 등에 의하여 확인되는데도 처분청이 이를 수입금액에서 제외하지 아니하였다고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점감액환자진료비가 신고 당시에 반영되었는지 여부가 확인되지 아니하여 수입금액에서 제외하기 어렵다는 의견인바, 실제 무료진료 사실이 확인되는 진료비 상당액은 수입금액에서 차감하는 것이 타당하다 할 것인 반면, 제출된 심리자료만으로는 쟁점감액환자진료비가 청구인의 수입금액에 기 반영되어 있는지 여부가 불분명한 점 등에 비추어 처분청은 동 감액환자진료비가 기 신고되거나 경정된 총수입금액에 포함되었는지 여부를 재조사하여 총수입금액에 포함된 금액을 총수입금액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인이 필요경비로 추인되어야 한다고 주장하는 경비 중 지급임차료에 대하여 처분청은 임대인 OOO월 임대료를 OOO으로 신고한 점 등에 비추어 쟁점병원의 월 임대료가 OOO이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단하였으나, 청구인이 2009년 4월부터 2012년 2월까지 월말 또는 월초에 OOO부터 OOO금액을 지속적으로 출금하였던 점, OOO청구인으로부터 매월 초 OOO임차료를 받았음을 확인하였던 점 등에 비추어 동 지급임차료 OOO실제 지급되었을 것으로 보이므로 처분청이 동 지급임차료의 실제 지급 여부를 재조사하여 실제 지급사실이 확인되는 금액을 필요경비로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 그 밖에 청구인이 필요경비로 추인되어야 한다고 주장하는 금액 중 부식비, 잡급, 접대비, 소모품비, 여비교통비, 지급수수료 및 차량유지비에 대하여 살피건대, 카드이용내역, 병원가계부, 송금영수증 및 거래상대방의 확인서 등만으로는 위 비용들이 쟁점병원의 운영과 관련 있는 필요경비임이 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점, 청구인은 세무조사 당시 더 이상 제출할 자료가 없다는 내용의 확인서를 제출한 점, 여비교통비, 차량유지비 등과 관련해서는 청구인의 추인요구액 중 쟁점병원의 운영과 관련되지 아니한 경비가 포함되어 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위 비용들을 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.