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경정
보조금의 익금 및 손금산입시기를 언제로 보아야 하는지 여부(경정)

조세심판원 조세심판 | 국심1999중2818 | 법인 | 2000-10-09

[사건번호]

국심1999중2818 (2000.10.9)

[세목]

법인

[결정유형]

경정

[결정요지]

보조금을 수령한 연도에 전액익금산입하고 미사용액으로 확정된 사업연도에 손금산입하여야 함

[관련법령]

법인세법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】

[따른결정]

국심2006중0977

[주 문]

안양세무서장이 1998.11.30 청구법인에게 다음과 같이 한

1993.1.1~1997.12.31 사업연도 법인세 및 동 농어촌특별세의

부과처분(국세청장의 심사결정에 따라 1999.10.25 경정결정)

은,

【당초결정 및 경정결정 내역】

(단위 : 원)

사업연도

(1.1~12.31)

당초결정(1998.11.30)

경정결정(1999.10.25)

법인세

농어촌특별세

법인세

농어촌특별세

1993

△150,007,830

-

100,881,300

-

1994

49,576,180

1,890,280

△5,196,440

△291,000

1995

3,007,507,060

90,230,150

1,426,219,580

42,767,330

1996

3,717,975,230

72,179,180

3,075,732,310

59,574,090

1997

135,909,990

1,198,000

△598,556,580

△14,921,830

합계

6,760,960,650

165,497,610

3,999,080,170

87,128,590

1. 국고보조금을 수령하여 당해 사업연도에 미사용한 금액

(1995.1.1~1995.12.31 사업연도 1,667,705,678원 및 1997.1.1~

1997.12.31 사업연도 2,006,701,665원 합계 3,674,407,343원)을

수령한 사업연도에 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준과

세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요

청구법인은 정부가 전액 출자한 공공법인으로서 광업(석유자원개발)과 서비스업(석유비축) 등을 영위하고 있다. 청구법인은 1993.1.1~1997.12.31 사업연도 법인세신고시 ①페루 8광구의 유전개발사업에 지분참여로 투자(이하 “쟁점투자비”라 한다)하여 유전개발이 성공함에 따라 발생한 투자회수금을 투자자산의 회수로 보아 이를 전액 익금 및 손금산입하고, ②비축기지의 삼출수펌프 등 32종의 설비(이하 “쟁점설비”라 한다)를 기계장치로 보아 내용연수 4년을 적용하여 감각상각하였으며, ③ U-2지역 비축기지 인근 어민피해보상금 814,098,784원(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 지급한 1995 사업년도의 수익적 지출로 회계처리하였으며, ④국고보조금을 수령하여 당해 사업연도에 미사용한 금액(1995 사업연도 1,667,705,678원 및 1997 사업연도 2,006,701,665원 합계 3,674,407,343원, 이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 당해 사업연도의 미지급금으로 회계처리하고, 쟁점보조금을 제외한 국고보조금만을 익금산입하는 등 위 각 사업연도의 법인세를 신고하였다.

처분청은 청구법인에 대한 법인세조사시 ①쟁점투자비를 무형고정자산(광업권)으로 보아 투자회수금 전액을 익금산입하고, 생산량비례법에 의해 감가상각비를 계산하여 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하였으며, ②쟁점설비를 구축물로 보아 내용연수 40년을 적용하여 감가상각비를 시부인하고, ③쟁점보상금을 자본적 지출로 보아 감가상각비를 시부인하였으며, ④국고보조금 중 익금산입하지 아니한 쟁점보조금에 대하여 수령한 사업연도에 익금산입하고, 이를 반환한 다음 사업연도에 손금산입하는 것으로 하여 1998.11.30 청구법인에게 다음과 같이 1994~1997 사업연도 법인세 및 농어촌특별세를 결정고지하였다가, 국세청장의 심사결정에 따라 1999.10.25 위 법인세 및 농어촌특별세를 경정결정하였다.

【당초결정 및 경정결정 내역】

(단위 : 원)

사업연도

당초결정(1998.11.30)

경정결정(1999.10.25)

법인세

농어촌특별세

법인세

농어촌특별세

1993

△150,007,830

-

100,881,300

-

1994

49,576,180

1,890,280

△5,196,440

△291,000

1995

3,007,507,060

90,230,150

1,426,219,580

42,767,330

1996

3,717,975,230

72,179,180

3,075,732,310

59,574,090

1997

135,909,990

1,198,000

△598,556,580

△14,921,830

합계

6,760,960,650

165,497,610

3,999,080,170

87,128,590

청구법인은 이에 불복하여 1999.1.29 심사청구를 거쳐 1999.12.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점투자비 및 투자회수금에 대한 회계처리 방법이 관련법령에 규정되어 있지 않아 증권감독위원회위원장의 유권해석에 따라 회계처리를 한 것임에도, 처분청이 생산물분배계약과 조광계약의 투자금 회수범위가 각각 다르다 하여 쟁점투자비를 무형고정자산(광업권)으로 보아 생산량비례법에 의하여 감가상각하고, 감가상각비 한도초과액을 손금불산입한 처분은 부당하다.

(2) 비축기지의 쟁점설비는 원유 등에서 발생한 수분을 분리 및 중화하여 폐수로 방출하는데 이용되는 설비인 점, 그 취득가액이 수천만원 내지 수억원에 해당되는 거액인 점, 관련법령이나 위 설비의 사실상 용도 및 유사업무를 영위하는 타법인의 회계처리 사례 등을 종합하여 볼 때, 쟁점설비는 기계장치에 해당되므로 내용연수 4년(업종 : 광업으로 분류)으로 보아야 한다.

(3) 쟁점보상금은 1980년~1985년도에 공사한 제1차 U-2지역 비축기지의 운영과정에서 민원의 야기로 발생한 비용이므로, 이를 1995년도 제2차 비축기지 건설(건설기간 1991년~1997년)에 투입된 매립지의 토지가액(자본적지출)으로 보아 감가상각비 시부인한 처분은 부당하다.

(4) 쟁점보조금의 회계처리를 1995.1.1부터 시행하고 있는 법인세법 제17조 제3항의 『일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 등을 법인세법령 보다 우선 적용한다』 는 규정에 의하여 부채인 미지급금으로 계상하여 재정경제부장관의 승인을 받아 확정 집행한 것이므로, 쟁점보조금을 수령한 사업연도에 익금산입하고, 그 다음 사업연도에 손금산입하는 것으로 하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 페루 8광구의 계약내용상 광구에 대한 일정 사용기간내에서, 일정지역에 대한 광물(원유) 채취권을 소유하게 되고, 이에 대하여는 제3자에게 배타적이고 독립적인 권리가 있다고 하고 있어 이는 조광권 계약임이 분명하고, 동 자산은 광물을 채취할 수 있는 권리인 광업권인 바, 쟁점투자비를 생산량 비례법에 의하여 감가상각하고, 감가상각비 한도초과액을 손금불산입한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점설비는 송유관에 부착된 송유관 운전설비 등으로서, 지방세법에서 저유조와 연결시설을 포함한 송유관 및 송유관에 부착된 송유관 운전설비와 송유펌프시설 및 증기 분배를 위한 송열관 등은 구축물에 해당한다고 규정하고 있고, 저장탱크 등과 분리되어 독립적으로는 제 기능을 발휘할 수 없으며, 취득당시 청구법인이 구축물로 보아 취득세를 신고 납부하였던 점 등을 볼 때, 쟁점설비를 구축물로 보아 내용연수 40년을 적용하여 감가상각비 시부인한 처분은 정당하다.

(3) 쟁점보상금은 U-2지역 비축기지(1, 2차로 나누어 공사한 것으로 같은 지역임) 인근 해역의 어민들에게 경상남도 OO시장을 통하여 지출한 것으로서, 이는 비축기지 전체의 건설과 관련하여 지출한 자본적 지출에 해당하므로(국세청 법인 46012-638, 1996.3.2, 같은 뜻임), 쟁점보상금을 자본적 지출로 보아 감가상각비 시부인한 처분은 정당하다.

(4) 국고보조금의 귀속시기는 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로서, 국고보조금을 수령한 사업연도에 전액 익금산입하고, 미사용액에 대하여는 그 다음 사업연도에 반환할 금액이 확정될 때에 손금산입하는 것이므로, 쟁점보조금을 수령한 사업연도에 익금산입하고 그 다음 사업연도에 손금산입하는 것으로 하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점투자비를 투자자산으로 보아야 하는지, 무형고정자산(광업권)으로 보아야 하는지,

(2) 쟁점설비를 기계장치로 보아 내용연수 4년을 적용하여야 하는지, 구축물로 보아 내용연수 40년을 적용하여야 하는지,

(3) 쟁점보상금을 자본적 지출로 보아야 하는지, 수익적 지출로 보아야 하는지,

(4) 쟁점보조금의 익금 및 손금산입시기를 언제로 보아야 하는지.

나. 쟁점 (1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

법인세법 제17조(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되어, 1998.12.28 법률 제5581호로 전면 개정되기 전의 것, 이하 “구 법인세법”이라 한다)【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】제1항에 의하면, 『내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다』 고 규정하고 있고,

같은 조 제3항은, 1994.12.22 법률 제4804호로 개정되어 『내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다가, 1996.12.30 법률 제5192호로 개정되어 『내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 페루 8광구의 유전개발 계약서 등에 의하면, 청구법인은 페루 8광구의 유전개발사업에 20%의 지분참여로 조광권을 부여받았다. 청구법인은 허가 취득자로서 탐사·개발에 관한 독점적 권리를 보유하고, 탐사 및 개발에 대한 모든 리스크를 부담한다. 또한, 생산물을 자유로이 처분하여 생산물에 대한 일정률의 조광료(Royalty)와 소득세를 페루정부에 우선 납부하고, 나머지를 투자회수하고 있다.

(나) 청구법인은 증권감독위원회위원장에게 『해외자원개발 현지로부터 수령하는 금액이 투자회수분인지 이익분배분인지 구분이 불분명한 경우 투자원본 회수금액 산출방법』 에 대하여 질의하여, 위 위원장으로부터 『투자회수분과 이익분배분의 구분이 불분명한 경우 원본의 전액회수시까지는 자원개발이익을 계상할 수 없는 것이다』 라는 회신을 받았다. 청구법인은 1997 사업연도까지 투자금액전액이 회수되지 않았다 하여 1996~1997 사업년도에 회수된 투자회수금을 투자자산의 회수로 보아 이를 전액 손금산입한 사실이 법인세신고서 등에 의하여 확인된다.

(다) 처분청은 청구법인의 페루 8광구에 대한 유전개발사업은 그 실질내용이 조광계약이고, 투자회수금은 투자원금만 회수하는 것이 아니라 하여 투자회수금을 무형고정자산(광업권)의 회수로 보아 익금산입하고 쟁점투자비에 대하여 생산량비례법에 의하여 계산한 감가상각비를 매출원가로 손금산입하면서 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하였음을 알 수 있다.

(라) 쟁점투자비 및 투자회수금의 성격에 대하여 살펴본다.

첫째, 청구법인이 쟁점투자비를 지출하여 취득한 권리를 보면, 청구법인은 유전개발사업에 20%의 지분참여함으로써, 공동참여자로서 조광권을 부여받고, 허가 취득자로서 탐사·개발에 관한 독점적 권리를 취득하였음이 확인된다.

둘째, 투자회수 및 이익분배에 대한 계약내용을 보면, 청구법인은 생산물을 자유로이 처분하여 조광료(Royalty)와 소득세를 페루정부에 납부한 후 나머지를 회수할 수 있고, 투자회수분과 이익회수분이 구분되어 있지 아니함을 알 수 있다.

셋째, 청구법인의 법인세신고서 및 결산서상의 결산개황에 의하면, 청구법인은 페루 8광구에 대하여 단순 참여방식을 탈피하여 광권을 취득한 것이라고 설명하고 있을 뿐만 아니라, 1997 사업연도에 투자자산으로 계상한 금액 중 일부(약 32억원)를 청구법인의 외국납부세액으로 하여 세액공제를 한 사실이 확인된다.

따라서, 청구법인은 쟁점투자비를 지출함으로써, 광물을 채취할 수 있는 권리인 무형고정자산(광업권)을 취득한 것으로 보아야 할 것이다.

(마) 그렇다면, 쟁점투자비에 대하여 청구법인이 이를 투자자산으로 보아 투자회수금 전액을 손금산입한 것은 잘못이라 할 것이므로, 처분청이 이를 무형고정자산(광업권)으로 보아 생산량비례법에 의하여 감가상각비를 계산하여 매출원가로 손금산입하고, 감가상각비 한도초과액을 손금불산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

다. 쟁점 (2)에 대하여 본다

(1) 관련법령

(가) 구 법인세법 제16조【손금불산입】제12호에 의하면, 『법인의 각 사업연도에 계상한 고정자산의 감가상각비로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 초과하는 부분의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다』 고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제48조【상각액의 범위】제1항에서는, 『법 제16조 제12호와 제12조 제2항 제5호의 규정에 의한 감가상각비(이하 상각액 이라 한다)의 계산은 법인이 고정자산(토지를 제외한다. 이하 같다)의 상각액을 손금에 계상하였을 경우에 고정자산의 내용연수에 따른 상각비율에 의하여 계상한 액(이하 상각범위액 이라 한다)을 한도로 하여 이를 소득계산상 손금으로 계산한다』고 규정하고 있다.

(나) 같은 법 시행령 제49조【내용연수와 상각비율】제1항 제2호에 의하면, 『제48조 제1항의 규정에 의한 고정자산의 내용연수와 상각비율은 제1호의 규정을 적용받는 자산외의 고정자산과 무형고정자산외의 고정자산의 내용연수와 상각비율은 구조 또는 자산별·업종별로 재정경제부령이 정하는 기준내용연수(이하 기준내용연수 라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감한 범위안에서 재정경제부령이 정하는 내용연수범위(이하 내용연수범위 라 한다)안에서 법인이 선택 적용하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 “신고내용연수” 라 한다)와 그에 따른 상각비율에 의한다. 이 경우 법 제5조의 규정에 의한 사업연도가 1년 미만인 경우에는 재정경제부령이 정하는 내용연수에 의한 상각비율에 의한다』고 규정하고 있다.

같은 법 시행규칙 제27조【내용연수와 상각비율등】제1항 제3호에서는, 『영 제49조 제1항에 규정하는 내용연수와 상각비율 등은,

영 제49조 제1항 제2호에서 재정경제부령이 정하는 기준내용연수 와 재정경제부령이 정하는 내용연수범위 라 함은 별표 1 및 별표 2에 규정된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다』 고 규정하고 있다.

별표 2【업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표】제1구분에서 광업에 사용되는 자산은 기준내용연수 4년으로 규정하고 있다.

(다) 지방세법 제104조【정 의】제4호에 의하면, 『취득세에서 사용하는 건축물의 정의는 대통령령이 정하는 건물·구축물 및 건물과 구축물의 특수한 부대설비를 말한다』고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제75조의 2【건물과 구축물의 범위】제2호에서는, 『법 제104조 제4호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 구축물은···저유조, 저장조 등 옥외저장시설, ···송유관(연결시설을 포함한다)·옥외주유시설·가스관(연결시설을 포함한다)·옥외가스충전시설·송수관(연결시설을 포함한다),급·배수시설 및 복개설비와 내무부령으로 정하는 구축물』이라고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제76조【특수한 부대설비의 종류와 범위】제1항에 의하면, 『법 제104조 제4호에서 “건물과 구축물의 특수한 부대설비 라 함은 당해 건물 및 구축물에 부속 또는 부착설치된 다음 각호의 설비를 말한다.

1.~5. (생략)

6. 주유시설 및 가스 충전시설』이라고 규정하고 있다.

한편, 같은 법 기본통칙 104-9【구축물 등에 해당하는 경우】제2호에서는, 『송유관에 부착된 송유관 운전설비 및 송유펌프시설과 증기분배를 위한 송열관은 구축물에 해당된다』고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 청구법인은 쟁점설비를 기계장치로 보아 내용연수 4년을 적용하여 감가상각비를 계산하였고, 처분청은 이를 구축물로 보아 내용연수 40년을 적용하여 감가상각비 시부인한 사실을 알 수 있다.

(나) 청구법인은 쟁점설비가 기계장치에 해당되므로 내용연수 4년을 적용하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다.

구축물 분류기준인 지방세법 제104조 및 같은 법 기본통칙 제104-9 제2호에 의하면, 송유관에 부착된 송유관 운전설비와 송유펌프시설 및 증기 분배를 위한 송열관 등은 구축물에 해당한다고 규정하고 있다.

또한, 쟁점설비는 송유관에 부착된 송유관 운전설비로서 그 실질적인 용도, 사업별 이용현황이 저유탱크 등의 주된 목적인 비축을 위한 보조기능으로 보이며, 저유탱크등과 분리되어 독립적으로 제 기능을 발휘 할 수 없는 설비로 보인다.

한편, 청구법인은 쟁점설비의 취득세신고시 쟁점설비를 구축물로 보아 취득세를 신고·납부한 사실이 확인되고 있다.

(다) 그렇다면, 쟁점설비에 대하여 청구법인이 이를 기계장치로 보아 내용연수 4년을 적용하여 감가상각한 것은 잘못이라 할 것이므로, 처분청이 이를 구축물로 보아 내용연수 40년을 적용하여 감가상각비를 시부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 쟁점 (3)에 대하여 본다

(1) 관련법령

법인세법 시행령 제57조【수익적 지출과 자본적 지출의 의의】에서는, 『법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 수선비는 수익적 지출로 하고 당해 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비는 이를 자본적 지출로 본다』고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 청구법인이 1995.11.8 경상남도 OO시장에게 U-2지역(OO시 지세포) 어업피해보상금으로 814,098,784원을 일괄지급하였고, OO수산대학의 조사용역 결과보고서에 의하면, U-2지역 비축기지 인근 거주어민에 대한 쟁점보상금은 부이(Buoy) 주변제한으로 인한 어업피해, 기지 앞바다 조업통제로 인한 어업피해에 따른 보상금임을 알 수 있다.

(나) 청구법인이 쟁점보상금을 1995.11.18 지급하고 이를 당해 사업연도의 손금에 산입한데 대하여, 처분청은 비축기지 전체의 건설과 관련하여 지출한 자본적 지출에 해당한다 하여 감가상각비 시부인한 사실이 확인된다.

(다) 청구법인은 1995년도에 지급한 쟁점보상금은 1980년부터 1985년까지 공사한 제1차 U-2지역 비축기지의 운영과정에서 발생한 비용이므로, 수익적 지출로 보아 당해 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다.

쟁점보상금은 OOOO대학에서 부이(Buoy) 주변제한으로 인한 어업피해, 비축기지 앞바다 조업통제로 인한 어업피해에 따른 보상금을 조사하여 확정된 것으로서, 이는 당해 사업연도에 일시적으로 발생한 피해보상금이 아니라 부이(Buoy) 및 비축기지 등의 설치와 관련된 어업피해를 보상한 것으로 보아야 할 것이므로, 쟁점보상금은 자본적 지출에 해당한다 할 것이다.

(라) 그렇다면, 쟁점보상금에 대하여 청구법인이 이를 수익적 지출로 보아 지급한 사업연도에 전액 손금산입한 것은 잘못이라 할 것이므로, 처분청이 이를 자본적 지출로 보아 감가상각비 시부인한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

마. 쟁점 (4)에 대하여 본다

(1) 관련법령

법인세법 제17조(1994.12.22 법률 제4804호로 개정된 것)【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】제1항에 의하면, 『내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다』고 규정하고 있고,

같은 조 제3항에서는, 1994.12.22 법률 제4804호로 개정되어 『내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다가, 1996.12.30 법률 제5192호로 개정되어 『내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제17조 제1항 및 제3항 단서의 규정에 의한 같은 법 시행령 제36조에서는, 국고보조금에 대한 손익의 귀속사업연도에 대하여 규정하고 있지 아니함을 알 수 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 청구법인은 국고보조금 중 쟁점보조금을 당해 사업연도의 미지급금으로 회계처리하여 쟁점보조금을 제외한 국고보조금만을 익금산입한 사실이 법인세신고서 등에 의하여 확인된다.

(나) 처분청은 국고보조금을 수령한 사업연도에 전액 익금산입하고, 쟁점보조금에 대하여는 그 다음 사업연도에 반환할 금액이 확정될 때에 손금산입하는 것이라 하여 쟁점보조금을 수령한 사업연도에 익금산입하였음을 알 수 있다.

(다) 쟁점보조금의 익금 및 손금산입시기에 대하여 살펴본다.

손익의 귀속시기를 규정하고 있는 법인세법 제17조같은 법 시행령 제37조를 보면, 손익의 귀속시기는 법인세법시행령 제37조에서 규정한 일부 과목을 제외하고는 기업회계기준 및 관행에 따라 익금과 손금에 산입할 수 있고, 국고보조금의 귀속시기에 대하여는 위 같은 법 시행령 제37조에서 규정하고 있지 아니함을 알 수 있다.

국고보조금의 손익귀속시기는 권리의무가 확정된 시기로 보아야 할 것인 바, 쟁점보조금의 경우 보조금의예산 및 관리에관한법률 제27조의 규정에 의하여 “보조사업의 실적보고”를 매 회계연도마다 하도록 되어 있음에 따라 미사용액은 당해 사업연도말 현재 국가에 반환할 의무가 확정되는 것으로 보아야 할 것이다.

(라) 그렇다면, 쟁점보조금에 대하여 청구법인이 이를 미지급금으로 회계처리하면서 익금에서 제외한 것은 잘못이라 할 것이고, 처분청이 이를 수령한 사업연도에 익금산입하면서, 그 손금산입시기를 쟁점보조금을 수령한 다음 사업연도로 하여 이 건 과세한 처분 역시 잘못이라 할 것이다. 따라서 국고보조금은 수령한 사업연도에 전액 익금산입하고 그 중 미사용한 금액인 쟁점보조금은 미사용액으로 확정된 사업연도에 손금산입하여야 할 것으로 판단된다.

바. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.