가. 청구법인은 1968.10.1. 개업한 택시운수법인으로, 처분청은 2015.5.28.부터 2015.6.16.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 보관하고 있는 배차일지상 운행대수에 운송수입기준액(일명, 사납금)을 곱하여 산정한 수입금액에서 청구법인이 신고한 수입금액을 차감한 OOO원을 매출누락한 것으로 보아 2015.9.10. 청구법인에게 법인세 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원과 부가가치세 2010년 제2기분 OOO원, 2011년 제1기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원을 각 경정·고지하면서2010～2013년 귀속소득금액 합계 OOO원을 청구법인의 대표자에게 상여로 소득처분하여 각 소득금액 변동통지를 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2015.11.26. 이의신청을 거쳐 2016.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 택시는 1인 1차 또는 2인 1차로 운행하고 있고, 차량마다 지정운전자를 고정 배차하고, 배차일지에 운전자의 사전 제출된 휴가원, 2일 이상 수리를 요하는 사고나 고장차량에 대한 기록을 표기하고 있으나, 간혹, 배차일지에는 운전자가 정상 배치된 것으로 기록되었음에도 불구하고, 운전자의 예기치 못한 건강문제, 고장, 사고 및 승객과의 언쟁이나 폭행 등이 있는 경우에 회사는 운전자로부터 정상적인 사납금을 받을 수 없으나, 급여를 정상 지급하고 있다. 영업용 택시의 연료탱크 용량은 60리터 정도 되나, LPG연료는 탱크에서 기체상태로 변환되어 연료계통으로 전달되는바, 탱크내 공기가 주입되어 있으면 LPG연료가 완전 충전이 안 되는 경우가 있는바, 2인 1차의 경우에는 교대 시 완전 충전으로 영업이 가능하지만, 1인 1차는 1일 1회 충전량이 부족하여 차량마다 충전시간, 충전량, 충전횟수가 상이하다. 영업시간은 2인 1차의 경우 오전반은 6시부터 15시까지, 오후반은 15시부터 다음 날 오전 6시까지이고, 1인 1차의 경우 평일에는 종일, 휴차일에는 오전 4시까지 운행할 수 있으나, 운전자마다 영업시간, 교대시간, 휴식시간 등에 다소 차이가 있다. 전날 영업을 시작하여 다음날 새벽에 영업을 종료한 후 충전하거나, 휴차 전날 연료분을 휴차날 차량관리 후 충전하거나, 차량고장 및 사고 등의 경우에는 복구된 후 충전하는 등 배차일지상 근무일과 실제 충전한 날이 일치하지 않는 경우가 있다. 배차일지상 근무일보다 실제 충전한 날이 많은 경우는 2인 1차의 경우 오전반은 영업이 종료된 오후에 충전을 한 경우, 오후반은 오후부터 다음날 새벽까지 영업을 한 후 충전을 한 경우이고, 1인 1차의 경우에는 전날 영업을 시작으로 1회 충전을 하고 다음날(휴차일) 새벽까지 영업을 한 후 2차 충전을 한 경우 등인바, 결과적으로 휴차일에 충전을 하게 되어 충전일 수가 많을 수 있으므로 실제 충전한 날만을 근무한 날로 보아야 하고, 다만, 휴차일 새벽까지 영업한 연료를 휴차일 충전한 경우에는 휴차 전날의 영업이므로 휴차일에 충전을 한 경우라도 근무일로 보지 않는 것이 타당하다. 또한, 배차일지상 운전자가 기록되어 있으나, 실제로 운행을 하지 못하여 연료를 충전하지 않은 경우는 전날 영업을 종료하고 충전을 한 후 당일 충전을 하지 않고 익일 영업종료 후 충전을 한 것인바, 연료를 미충전한 날에 해당하는 운송수입금액은 수입금액에서 차감하여야 할 것이다. 영업용 택시는 배회운행으로 사납금을 채워야 하므로 크고 작은 교통사고를가 발생하는데, 대형사고는 관계기관에의 신고, 보험처리 등을 거치지만 경미한 사고는 현장에서 각자 수리하거나 처리하는 방법으로 합의를 보고 있는 실정인바, 영업시간 중에 여러 시간동안 영업을 하지 못하게 되므로 급여는 지급하지만 사납금은 입금받지 못하는 경우도 있다.

(2) 청구법인은 「부가치세법」 제57조 제2항 단서에서 규정하는 사유에 해당되지 않고, 처분청이 수입금액을 산정한 방법은 같은 법 시행령에서 규정하는 추계조사 방법이 아닌바, 처분청의 운송수입금액 추계결정은 조세법률주의에 어긋난다. 또한, 추계조사로 운송수입금액을 결정하더라도 운행 배차는 되었으나 연료를 충전하지 않은 경우는 특별한 사정 등으로 실제 운행을 못한 경우인바, 이에 대한 수입금액을 과세금액에서 제외하여야 하며, 운송수입금액과 상관관계가 높은 연료사용량을 이용하는 것이 타당한바, 연간 총 충전량을 택시 한 대당 1일 배급사용량으로 나누어 운행대수를 산출하여 운송수입금액을 추계하는 것이 타당하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 작성하고 있는 배차일지는 택시업체의 가장 중요한 장부로서 교통사고시 증빙자료로 활용되거나, 운전기사의 개인택시면허발급시 근무시간 산출의 근거로 활용되는 등 정확성이 요구되는 장부인바, 현장확인시 청구법인으로부터 제출받은 유가보조금 지급대장을 살펴보면, 매월 차량별(기사별) 유가보조금 지급내역과 근무일수가 기재되어 있고, 이에 대해 기사들이 서명날인하여 확인을 하고 있으며, 배차일지와 유가보조금 지급대장의 근무일수가 일치하는 것으로 보아 배차일지상의 차량운행 내역이 사실과 같음을 확인할 수 있다. 청구법인으로부터 제출받은 유가보조금 지급대장을 살펴보면, 청구법인은 기사들에게 매월 유가보조금을 정산·지급하면서(정규직에 대해 1일 27리터를 보조하고, 이는 회사의 비용으로 처리됨) 배차일지상의 근무일수에 해당하는 연료비를(27리터×근무일수) 회사분 매입세금계산서로 수취하는바, 배차일지의 운행대수에 운송수입기준액을 곱하여 산정하는 것은 정당하다. 청구법인의 주장대로라면, 청구법인은 당일 미주유 차량에 대해 부가가치세를 부당 공제받고, 필요경비를 과다계상한 것이 되며, 운전기사에게 유가보조금을 과소지급한 것이 된다. 운전기사마다 영업시간, 교대시간, 휴식시간 등에 차이가 있고, 이러한 차이로 인해 배차일지상 근무일과 실제 충전한 날이 일치하지 않으며, 근무일보다 충전한 날이 많은 경우도 확인되고 있는바, 운전기사가 실제 운행한 날의 전날 충전하였는지 아니면 당일 또는 익일에 충전했는지 불분명하므로, 연료충전일을 기준으로 운송수입금액을 산정해 달라는 청구법인의 주장은 이유 없다.

(2) 또한, 교통사고 발생차량에 대해 사납금을 공제해 주고 있다는 청구법인의 주장에 대해 살펴보면, 청구법인이 운전기사에게 차량을 배차하게 되면 운전기사의 개인적 사정(건강상 문제, 교통사고등)과는 별개로 임금협약에 따라 정해진 1일 사납금이 청구법인의 수입금액이 되고, 청구법인은 이를 통해 운전기사의 근무태만을 방지하여 회사의 안정적인 수익구조를 유지하고 있는바, 다수의 차량사고가 운행을 시작한 후 상당시간이 경과한 후에 발생한 것으로 확인되므로 청구법인이 사고차량 운전기사로부터 당일 사납금을 받지 않을 이유가 없고, 차량에 사고가 발생할 경우 차량의 가치하락 및 해당 차량에 대한 1일 사납금이 입금되지 않아 회사의 수입이 감소되는 상황에서 당일 배차를 받아 사고를 발생시킨 운전기사에게 불이익 대신 오히려 사납금을 공제해 주고 있다는 청구법인의 주장은 상식적으로 납득하기 어렵다. 청구법인의 근로계약서 및 임금협정서상 사고차량에 대한 사납금을 제외해 주는 규정이 확인되지 않는 등 사고발생 차량에 대해 사납금을 공제해 주었다는 명확한 증빙이 없는바, 교통사고 발생일의 운송수입금액을 수입금액에서 차감하여 달라는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

배차일지상 운행대수에 임금협정서상 운송수입기준액을 곱하는 방법으로 수입금액을 산정하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 처분청은2015.5.28.부터 2015.6.16.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였는바, 처분청의현장확인 보고서의 주요내용은 아래와 같다.

(나) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인의 차량별(기사별) 일일 운송수입기준액은 아래 <표1>과 같은 것으로 나타나고, 청구법인은 「여객사업자 운수사업법」에 따라 전액 관리제가 시행되고 있어 기사들이 벌어들인 모든 수입금액을 청구법인에 입금하여야 하나, 현실적으로 전액 관리제가 시행되고 있지 아니하여 운송수입기준액에 해당하는 금액만 청구법인의 수입금액에 해당한다고 주장한다.

<표1>

(다) 처분청의 심리자료에 의하면, 청구법인의 배차일지 및 유가보조금 지급대장상 근무일수가 일치하는바, 처분청은배차일지 및 유가보조금 지급대장상 근무일수에 운송수입기준액을 곱하여 산정한 수입금액에서 청구법인이 신고한 수입금액을 차감하여 아래 <표2>와 같이 매출누락금액을 산정한 것으로 나타난다.

<표2>

(라)처분청의 심리자료에 의하면,청구법인의 근로계약서와 근로계약 부속합의서의 주요내용은 아래와 같은 것으로 나타난다.

(마)처분청의 심리자료에 의하면,청구법인의 2010년 임금협정서의 주요내용은 아래와 같은 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 배차일지에 운행한 것으로 되어 있으나, 당일 연료를 충전하지 않은 날의 운송수입기준액을 아래 <표3>과 같이 청구법인의 수입금액에서 제외하여야 한다고 주장하면서 배차일지와 개인별 연료충전내역을 제출하였다.

<표3>

(사) 처분청의 심리자료에 의하면, 처분청이 청구법인의 일부 차량에 대하여 ‘법인택시 유가보조금 카드관리시스템(www.lpgcard.com)’상의 주유일수와 배차일지(유가보조금 지급대장)상 근무일수를 비교한 결과는 아래 <표4>와 같은 것으로 나타난다.

<표4>

(아) 청구법인은 배차일지에 운행한 것으로 되어 있으나, 교통사고가 발생한 차량에 대한 운송수입기준액을 아래 <표5>와 같이 청구법인의 수입금액에서 제외하여야 한다고 주장하면서 배차일지, 사고관계보고서, 합의서, 합의금 송금내역, 및 보험처리확인서 등을 제출하였는바, 이에 대하여 처분청은 법인택시 유가보조금 카드관리시스템에서 2010년 하반기의 교통사고 발생차량의 연료충전내역을 확인한 결과, 사고발생일에 연료를 충전한 차량이 있고, 사고발생 시간으로 보아 영업을 하였을 개연성이 높다는 의견이다.

<표5>

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」 제57조 제2항에서 납세지 관할 세무서장 등은 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」 제103조 제2항에서는 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다고 규정하고 있는바, 처분청은 청구법인의 부가가치세 신고내역, 법인세 신고서 및 그 첨부서류, 손익계산서 등 재무제표, 그 밖의 증명자료인 배차일지, 유가보조금 지급대장, 임금협약서 등에 의하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 경정하여 청구법인에게 과세하였으므로 처분청의 경정방법이 부당하다고 보이지 아니하는 점,「여객자동차 운수사업법」제21조 제1항, 같은 법 시행령 제12조 제1항 및 청구법인의 임금협약서 등에서 운송수입금 전액 관리제를 실시하도록 규정하고 있는바, 운행한 차량대수에 운송수입기준액을 곱하여 청구법인의 수입금액을 산정하는 것이 수입금액을 과다하게 산정한 것이라고 보기 어려운 점, 연료충전일과 실제 차량운행일이 직접 대응된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 배차일지상 운행대수에 임금협정서상 운송수입기준액을 곱하는 방법으로 수입금액을 산정하는 것이 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다만, 배차일지는 실제 차량을 운행하기 이전에 작성하는 문서로, 교통사고 등으로 실제 운행이 불가능한 상황이 발생할 경우 배차일지상 운행대수와 실제 운행한 차량대수에 차이가 발생할 수 있으나, 처분청은 이를 전혀 고려하지 아니하였는바, 청구법인이 제출한 사고관계보고서, 합의서, 합의금 송금내역, 및 보험처리확인서 등에서 교통사고가 실제 발생한 것으로 나타나는 점, 교통사고로 인한 손해에 대하여 보험으로 보상받는 경우 차량을 운행하지 않았다고 보는 것이 더 합리적인 점, 청구법인이 교통사고가 발행하였다는 것을 입증하면 사고발생일에도 수입금액이 발생하였다는 과세요건은 처분청이 입증하여야 함이 상당하다 할 것이나, 처분청의 의견처럼 교통사고 발생일에 일부 연료를 충전한 차량이 있다고 하여 실제 차량을 운행하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 교통사고 발생일의 운송수입금액 합계 OOO원을 청구법인의 수입금액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.