가. 청구인은 2002.6.2.부터 OOO OOOO OOOO OOOOO 소재 OOOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 여관업을 영위하는 사업자로서, 2008년 제1기 확정 부가가치세 신고시 「조세특례제한법」 제122조의2의 성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례 규정에 해당된다 하여 세액공제 신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사시 청구인이 2007.4.30.～2007.7.31. 기간동안 휴업한 사실을 확인하고 성실신고세액공제 요건 중 6개월 이상 계속하여 사업을 영위하는 자의 요건에 해당되지 아니한다 하여 성실신고세액 공제를 부인하고 2010.1.12. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 9,471,010원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.31. 이의신청을 거쳐 2010.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2002년 6월부터 현재까지 쟁점사업장을 운영하면서 휴·폐업을 반복하거나 타인 명의의 사업자, 즉 모자 바꿔쓰기를 한 적도 없으며, 오로지 경기가 좋아지기만을 기다리다가 어쩔 수 없는 상황에서 거액의 은행융자를 받아 2007.5.1.～2007.7.31.까지 리모델링 공사를 하면서 휴업을 하였으며, 「조세특례제한법」 제122조의2에서 과세특례 대상요건을 해당 과세기간 개시일 현재 6개월 이상 계속하여 사업을 영위하는 사업자로 한 것은 이름 그대로 매출누락 없이 성실하게 수입금액을 신고하는 장기 사업자 즉, 이리저리 사업자를 변경하거나 폐업과 개업을 반복하는 자를 배제하고 최소한 1과세기간 이상의 사업을 영위하는 장기사업자를 우대한다는 의미로 해석해야 할 것으로 판단되며, 자구의 지나친 엄격해석으로 6년간 계속한 사업자가 시설 개량을 위하여 1개월의 휴업기간이 있었다 하여 특례규정을 배제하는 것은 입법 취지에 반하는 것이다.

「부가가치세법」 제3조의 과세기간 정의에서도 폐업자의 과세기간은 별도로 정하고 있으나 휴업자의 과세기간은 따로 정함이 없이 일반과세기간으로 하고 있고 휴업기간에도 세금계산서를 교부하거나 교부받을 수 있도록 하여 사업자로서의 지위를 유지하게 하는 점으로 보아 휴업기간도 계속 사업기간으로 보아야 할 것이며, 휴업은 폐업과 달리 일시적으로 주된 사업활동을 정지하거나 사업을 재개하고자 하는 의사를 가지고 시설의 개체, 개량 등 부수적 사업을 행하는 상태를 말하는 것으로 6년간 계속 사업을 하다가 시설이 노후하여 영업이 불량, 적자가 누적되는 상태에서 부득이 시설개량을 위하여 당해과세기간 직전 6개월 내에 1개월 주된 영업을 중단하였다 하여 과세특례적용을 배제하는 것은 국정 방향에도 맞지 아니할 뿐 아니라 신의칙에도 반하므로 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제122조의2 제1항은 2007.12.31.이 속하는 과세연도 또는 「부가가치세법」 제3조의 규정에 의한 과세기간이 동 법에서 규정하는 세액공제요건에 부합되는 과세기간일 경우에 한하여 해당 과세기간을 포함하여 최초 2과세기간 동안 적용받을 수 있는 것이며, 동 조 제1호는 해당 과세연도 등 개시일 현재 1년(부가가치세의 경우에는 6월) 이상 계속하여 사업을 영위하는 사업자로 공제대상 요건을 규정하고 있으며, 청구인은 휴업신고에 따라 2007.4.30.～2007.7.31. 기간동안 휴업하였음이 확인되고 있어 리모델링 공사를 위한 휴업일지라도 휴업기간을 계속하여 사업을 영위한 기간에 포함하여 확대 해석할 별다른 이유가 없어 해당 과세기간 개시일(2008.1.1.) 현재 6개월 이상 계속하여 사업을 영위하였다고 보기 어려우므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」 제122조의2의 성실신고 사업자에 대한 소득세 등 과세특례 규정을 적용함에 있어 리모델링한 휴업기간(2007.4.30.～2007.7.31.)을 계속하여 사업을 영위한 기간에 포함할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 폐지되기 전의 것)

제122조의2 【성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례】①다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사업자(사업소득이 있는 자에 한한다. 이하 이 조에서 같다)가 2007년 12월 31일이 속하는 과세연도 또는 「부가가치세법」 제3조의 규정에 의한 과세기간(이하 이 조에서 “과세연도등”이라 한다)까지 발생한 소득세ㆍ법인세의 과세표준신고 또는 부가가치세의 확정신고를 하는 경우에는 제2항 내지 제8항의 규정에 따라 과세특례를 적용받을 수 있다. 이 경우 부가가치세에 대하여는 제3호를 적용하지 아니한다.

1. 해당 과세연도등 개시일 현재 1년(부가가치세의 경우에는 6개월) 이상 계속하여 사업을 영위하는 사업자로서 직전 과세연도등의 업종별 수입금액( 「법인세법」 제43조의 규정에 따른 기업회계기준에 의하여 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 대통령령이 정하는 금액 미만일 것. 다만, 부가가치세는 직전 과세연도 월수가 12개월 미만인 경우에는 12개월로 환산한 금액이 대통령령이 정하는 금액 미만이어야 한다.

2. 당해 과세연도등의 수입금액 또는 「부가가치세법」 제13조 및 동법 제26조의 규정에 의한 과세표준(이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)을 직전 과세연도등의 수입금액 또는 과세표준보다 100분의 20을 초과하여 신고할 것. 다만, 사업장의 이전 또는 업종의 변경 등 대통령령이 정하는 사유에 의하여 수입금액 또는 과세표준이 증가하는 경우를 제외한다.

3. 비치ㆍ기장한 장부에 따라 계산한 해당 과세연도 소득금액(소득세의 경우에는 사업소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 직전 과세연도 소득금액 이상으로 신고할 것

4. 「소득세법」 제160조의5 제3항의 규정에 따른 사업용계좌의 개설ㆍ신고 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 사업자에 해당할 것

② 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 사업자는 납부할 소득세 또는 법인세에서 다음 산식에 따라 계산한 금액을 공제한다. 다만, 공제금액은 종합소득산출세액 또는 법인세산출세액의 증가분을 한도로 한다.

세액공제금액 ＝ 해당 과세연도의 산출세액 × [해당 과세연도의 수입금액 - (직전과세연도의 수입금액 × 100분의 120)] / 해당 과세연도의 수입금액

③ 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 사업자는 다음 산식에 따라 계산한 금액을 부가가치세 확정신고시 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제한다. 이 경우 경감대상과세표준은 직전 과세기간의 과세표준에 100분의 120을 곱하여 계산한 금액을 해당 과세기간에 신고한 과세표준에서 차감한 금액으로 한다. 다만，각 과세기간의 공제세액이 해당 공제세액을 차감하기 전 각 과세기간의 납부할 세액[이 법 ㆍ「국세기본법」 및 「부가가치세법」에 따라 공제 또는 가산할 세액( 「국세기본법」 제47조의 2 내지 제47조의 5 및 「부가가치세법」 제22조의 규정에 따른 가산세를 제외한다)을 공제하거나 가산하여 계산한 세액을 말한다]을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 본다.

세액공제금액 ＝ 해당 과세기간의 경감대상과세표준 × 대통령령이 정하는 업종별 부가가치율 ×1/10 × 과세기간별 경감률(해당 과세기간을 포함하여 최초 2 과세기간 동안 100분의 100)

④ 「소득세법」 제160조 제3항의 규정에 의한 간편장부대상자가 제2항을 적용받는 경우에는 「소득세법」 제56조의 2 제1항 본문의 규정에 불구하고 기장세액공제액의 산출을 위한 적용비율을 100분의 15(복식부기에 의하여 기장하는 경우에는 100분의 20)으로 한다.

⑤ 사업자가 제3항의 규정에 따라 산출한 세액공제금액을 공제할 수 있는 과세기간(이하 이 조에서 "경감대상과세기간" 이라 한다)의 과세표준을 해당 과세기간의 직전 과세기간의 과세표준보다 100분의 20을 초과하여 신고하지 아니한 경우에는 그 경감대상과세기간부터 제3항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용받는 사업자의 당해 과세연도등 및 그 직전 과세연도 등의 수입금액 또는 과세표준에 대하여는 소득세법 제80조, 법인세법 제66조 또는 부가가치세법 제21조 및 제28조의 규정에 의한 경정 또는 다시 경정을 하지 아니한다. 다만, 객관적인 증빙자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑧ 제2항 내지 제4항의 규정을 적용받은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공제받은 세액을 전액 추징한다.

1. 당해 과세연도등에 대한 과소신고한 수입금액 또는 과세표준이 경정된 수입금액 또는 과세표준의 100분의 20 이상인 경우

2. 당해 과세연도에 대한 소득금액 계산시 과다계상한 손금이 경정된 손금의 100분의 20 이상인 경우

⑨ 중소기업을 영위하는 내국인이 다음 각호의 요건을 갖춘 사업에 대하여 2007년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 소득세 또는 법인세 과세표준신고시 당해 과세연도의 수입금액을 직전 과세연도의 수입금액보다 100분의 20을 초과하여 신고하는 경우에는 제2항을 준용하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제받을 수 있다. 이 경우 제1항 제2호 단서, 제5항 및 제8항의 규정을 준용한다.

6.당해 과세연도 개시일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위할 것

⑩ 제2항의 규정을 적용받는 사업자는 제9항 및 제122조의 규정에 의한 세액공제를 적용받을 수 없고，제9항의 규정을 적용받는 중소기업은 제2항 및 제122조의 규정을 적용받을 수 없으며, 제3항의 규정을 적용받는 사업자는 부가가치세법 제32조의 2 제1항의 규정에 의한 신용카드등의 사용에 따른 세액공제를 받을 수 없다.

⑪ 제1항 내지 제9항을 적용받고자 하는 사업자에 대한 세액공제신청방법, 자산총액, 상시 사용하는 종업원수의 계산, 1년 이상 계속 사업을 영위하는 자의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22, 대통령령 제20620호로 폐지되기 이전의 것)

제117조의2 【성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례】① 법 제122조의2 제1항 제1호 본문 및 단서에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 「소득세법 시행령」 제131조의 규정에 의하여 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부하는 사업자에 대하여 국세청장이 정하여 고시하는 업종별 기준수입금액을 말한다.

② 법 제122조의2 제1항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 사업장의 면적이 직전 과세연도 또는 「부가가치세법」 제3조의 규정에 의한 과세기간보다 100분의 50(사업장을 이전하는 경우에는 100분의 30) 이상 증가하는 경우

2. 한국표준산업분류에 의할 때 다른 대분류로 구분되는 업종으로 업종을 변경하거나 다른 대분류에 속하는 업종을 추가하는 경우

③ 법 제122조의2 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 요건을 갖춘 사업자" 라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 갖춘 사업자를 말한다.

1. 소득세에 관한 과세특례의 경우 : 「소득세법 시행령」 제113조의 2 제1항 제1호 내지 제3호에 따른 요건을 모두 갖춘 사업자

2. 법인세에 관한 과세특례의 경우 : 「소득세법 시행령」 제113조의2 제1항 제1호 및 제2호에 따른 요건을 모두 갖춘 사업자

3. 부가가치세에 관한 과세특례의 경우 : 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 사업자

가. 「소득세법 시행령」 제113조의2 제1항 제1호에 따른 요건을 갖출 것

나. 「소득세법 시행령」 제113조의2 제1항 제3호에 따른 요건을 갖출 것( 「소득세법」 제160조의5에 따른 사업용계좌의 개설의무가 없는 사업자를 제외한다)

⑬ 법 제122조의2 제9항 제6호에서 "1년 이상 계속하여 사업을 영위할 것" 이라 함은 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 1년 이상 계속하여 재화와 용역을 공급한 자를 말하며, 당해 기간중에 휴업기간 또는 개업 준비기간이 있는 자를 제외한다.

⑮ 법 제122조의2 제2항ㆍ제3항 또는 제9항의 규정에 의한 세액공제를 적용받고자 하는 자는 소득세ㆍ법인세의 과세표준신고 또는 부가가치세 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서 및 계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.6.2.부터 쟁점사업장을 영위하면서 2008년 제1기 확정 부가가치세 신고시 「조세특례제한법」 제122조의2의 성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례 규정에 해당된다 하여 세액공제 신고하였으나, 처분청은 청구인이 2007.4.30.～2007.7.31. 기간동안 휴업한 사실을 확인하고 성실신고세액공제 요건 중 6개월 이상 계속하여 사업을 영위하는 자의 요건에 해당되지 아니한다 하여 성실신고세액 공제를 부인하고 2010.1.12. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 9,471,010원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구인은 「부가가치세법」상 휴업자의 과세기간은 일반과세기간으로 하고 세금계산서를 교부하거나 교부받을 수 있도록 하여 사업자로서의 지위를 유지하게 한 점으로 보아 휴업기간도 계속 사업기간으로 보아야 하며, 「조세특례제한법」 제122조의2 규정은 장기사업자를 우대한다는 의미로 해석되므로 6년간 계속 사업을 영위한 자가 시설개량을 위하여 1개월의 휴업기간이 있었다 하여 특례규정을 배제하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」 제122조의2 제1항은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사업자가 2007년 12월 31일이 속하는 과세연도 또는 「부가가치세법」 제3조의 규정에 의한 과세기간까지 발생한 소득세ㆍ법인세의 과세표준 신고 또는 부가가치세의 확정신고를 하는 경우에는 제2항 내지 제8항의 규정에 따라 과세특례를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은 항 제1호는 해당 과세연도 등 개시일 현재 1년(부가가치세의 경우에는 6개월) 이상 계속하여 사업을 영위하는 사업자로서 직전 과세연도 등의 업종별 수입금액이 대통령령이 정하는 금액 미만일 것. 다만, 부가가치세는 직전 과세연도 월수가 12개월 미만인 경우에는 12개월로 환산한 금액이 대통령령이 정하는 금액 미만으로 규정하고 있다.

(나) 청구인이 2007.5.10. 계약한 쟁점사업장의 공사도급계약서에 의하면, 청구인은 (주)OO와 쟁점사업장의 리모델링 공사를 총 공사금액 650,000천원, 공사기간 2007.5.7.～2007.7.30.까지로 하여 계약한 것으로 나타나며, 국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2007.5.10. 사업부진을 이유로 2007.4.30.～25007.7.31.까지 휴업기간을 신고한 것으로 나타난다.

(다) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 「조세특례제한법」 제122조의2 제1항 제1호는 부가가치세의 경우 “ 「부가가치세법」 제3조의 규정에 의한 과세기간 개시일 현재 6개월 이상 계속하여 사업을 영위하는 사업자로서.....”라고 규정하고 있어 이는 청구인이 쟁점사업장을 실질적으로 6개월 이상 계속하여 운영하여야 하는 것으로 해석되어야 할 것인 바, 청구인이 리모델링 공사를 위하여 쟁점사업장을 2007.4.30.～2007.7.31. 기간동안 휴업기간으로 신고한 것으로 볼 때, 「부가가치세법」상 휴업기간이 과세기간에 해당한다 하더라도 「조세특례제한법」에서 규정하고 있는 해당 과세기간 개시일(2008.1.1.) 현재 6개월 이상 계속하여 사업을 영위한 사업자로 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구인의 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 성실신고사업자에 대한 세액공제를 부인하고 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.