가. 청구인은 2007.6.7.부터 서울특별시 은평구 ○○동 281-104 1층에서 "○○시대 ○○점"이라는 상호로 프랜차이즈 음식업을 영위하는 사업자로서 매출액(공급가액)을 2007년 제1기 22,435천윈으로, 2007년 제2기 172,220천원으로 하여 부가가치세를 신고하였다.

나. ○○세무서장은 프랜차이즈 본사인 ○○○○○시스템주식회사(이하 "○○○○○시스템"이라 한다)에 대한 세무조사과정에서 청구인이 판매시점정보관리시스템(이하 "△△△시스템"이라 한다)을 통하여 ○○○○○시스템에게 보고한 매출액(공급가액)이 2007넌 제1기 29,468천원, 2007년 제2기 222,996천원, 합계 252,464천원인 사실을 적출하여 처분청에 과세자료로 통보하였다.

다. 처분청은 통보받은 과세자료에 따라 청구인이 2007년 제1기 7,033천원, 2007년 제2기 50,776천원(합계 57,809천원, 이하 "쟁점 금액"이라 한다)을 신고누락한 것으로 보아 2009.9.4. 청구인에게 부가가치세 2007년 제1기 935,880원 및 2007년 제2기 6,455,020원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2007.6.부터 사업을 새로이 시작하여 △△△시스템을 조작하는 방법을 잘 알지 못한 이유로 실지매출액이 아님에도 매출액으로 입력한 경우가 있었고, △△△시스템의 전산 장애로 인하여 전일 매출액이 당일 매출액에 합산되는 경우가 있는 등 ○○○○○시스템의 전산에 기록되어 있는 △△△시스템상 매출액은 실지매출액보다 과다하게 계상되어 있으므로 이를 기준으로 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

나. 처분청 의견

전산상 입력 착오와 전산오류로 인하여 청구인인 ○○○○○시스템에 보고한 매출액이 과대계상되었다는 주장이나, 입력착오와 전산오류로 인하여 매출액으로 중복 계상된 구체적인 근거를 제시하지 못하고 있고, 청구인이 주장하는 매출액의 차이가 현금매출에서만 발생하였는바, △△△시스템상 현금매출액은 삭제처리가 가능하여 실지현금매출액을 조작할 가능성이 존재하므로 ○○○○○시스템의 △△△시스템상 매출액을 기준으로 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점 금액을 과소신고하였는지 여부

나. 관련법률

(1) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

(2) 부가가치세법 제21조(결정 및 경정) ① 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 매출액(공급가액)을 2007년 제1기 22,435천원으로 2007년 제2기 172,220천원으로 신고한 사실이 부가가치세 과세표준신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 ○○세무서장으로부터 청구인이 △△△시스템을 통하여 ○○○○○시스템에게 보고한 매출액(공급가액)이 2007년 제1기 29,468천윈, 2007년 제2기 222,996천원, 합계 252,464천원인 사실을 통보받아 청구인이 쟁점 금액을 신고누락한 것으로 보아 청구인에게 부가가치세 2007년 제1기 935,880원 및 2007년 제2기 6,455,020원을 경정ㆍ고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 △△△시스템의 사용미숙과 전산장애로 인하여 ○○○○○시스템에게 보고한 매출액이 과다계상되었음에도 이를 근거로 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 2007년 ○○시대 ○○점의 월별 실지매출액은 아래 (표)와 같다고 주장하며 일일매출액을 품목별로 상세하게 기록한 매출원장을 제출하였다.

(표) 청구인주장 원별 실지매출액

○○○

(나) 청구인은 2010.4.7. 조세심판관회의에 참석하여 △△△시스템 사용미숙 및 전산오류로 인하여 ○○○○○시스템에 보고한 매출액이 과대계상되었다고 의견진술하면서 위 (표)의 매출액과 동일한 금액이 기재된 2007년 일자별 매출액을 기록한 장부를 제출하였다.

(다) ○○○○○시스템은 2007.11. △△△시스템의 운영자를 (주)☆☆☆테크놀러지즈에서 (주)□□□로 교체한 사실이 있고, (주)☆☆☆테크놀러지즈는 ○○○○○시스템에게 △△△시스템의 장애 및 오류에 대한 빠른 대처가 미숙하여 전산수정하지 못해 데이터가 중복된 사실이 있었다는 취지의 답변(기영 제90120-1호, 2009.1.20.)을 한 것으로 나타난다.

(라) 2008.9.11. ○○세무서장은 처분청에 과세자료를 통보하면서 청구인이 △△△시스템을 통하여 ○○○○○시스템에게 보고한 매출액이 전산오류로 중복자료가 있을 수 있으므로 소명을 받은 후 과세하여야 하는 것으로 통보하였으나 처분청은 이에 대하여 구체적인 조사를 하지 아니한 것으로 나타난다.

(마) 위 사실관계를 종합하여 살피건데, ○○○○○시스템이 △△△시스템 운영자를 교체한 점, 교체 전 △△△시스템 운영자인 (주)☆☆☆테크놀러지즈가 데이터 중복사실을 시인하고 있는 점, 이건 과세기간인 2007년은 청구인의 사업개시연도인 점, 처분청이 △△△시스템의 전산오류로 인한 매출액의 중복계상 여부와 청구인이 실지매출액을 기장하였다며 제시하는 장부에 기재된 매출액의 진위 여부에 대하여 조사한 사실이 확인되지 아니하는 점, 청구인이 제시하는 일일매출장부에 품목별로 매출이 상세하게 기록된 점 등을 감안하면 청구인의 사업개시연도에 △△△시스템 오류 및 처리미숙으로 매출자료에 중복이 있었던 것으로 보는데 무리가 없다고 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.