반도체 제조장비의 설치 및 아프터써비스업을 영위하는 외국인투자현지법인인 청구법인이 1998.2기 예정분 부가가치세 환급세액을 24,413,254원으로 신고하였다는데 대하여,

처분청은 1998.2기분 부가가치세 환급 현지확인 조사시 청구법인이 1998.2기 예정분 부가가치세 신고서(이하 “쟁점신고서”라고 한다)를 제출하지 않았다하여 매출·매입세금계산서합계표 미제출가산세 및 영세율과세표준 신고불성실가산세 합계 44,815,170원을 환급세액에서 차감하고 1999.4.1 1998.2기분 부가가치세 20,401,910원을 경정결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.5.31 심사청구를 거쳐 1999.10.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 부가가치세 예정신고 기한 1998.10.25 이전인 10.23에 신고대행업체인 주식회사 OO뱅크를 통해 처분청의 법인세과에 비치된 접수함에 신고서를 투입하였으나 처분청은 1999.2.10 1998년 2기 부가가치세 확정신고분 환급신청에 대한 현지확인조사시 이를 부인하고 신고불성실 및 세금계산서합계표미제출가산세 등 44,815천원을 추징하였다.

청구법인은 영세율업체로서 부가가치세 환급액이 발생하는 것이 일반적으로 이에 관해 신고 및 관리를 소흘히 한다는 것은 생각할 수 없는 입장이고 제반의 상황을 보아도 청구법인이 신고서를 접수하였다는 것이 분명한데도 접수증이 없다는 이유로 이를 인정하지 않는 것은 부당하다.

일반적으로 세무서에서 신고서를 접수받을 때 접수증을 교부하지 않고 신고함에 투입하는 형식으로 이루어짐에 따라 쟁점법인과 같이 접수된 신고서가 분실되는 경우 이에 대한 입증 책임을 납세자에게만 부담지게 하는 것은 부당하고 처분청에도 똑같은 입증책임을 부담시켜야 한다.

나. 국세청장 의견

신고대행업체의 직원 청구외 OOO과 청구외 OOO의 확인서 내용을 보면 쟁점신고서를 6층 법인세과에 접수하였다고 하나 당시 처분청의 법인세과는 4～5층에 있었고 접수당시의 접수담당의 직·성명도 구체적으로 확인이 되지 않고 있으며 또한 동 확인서는 청구법인과 이해관계가 있는 회사직원이 작성한 사인간의 확인서로 이를 객관적으로 신빙성이 있다고 보기도 어렵다.

또한 부가가치세 사무처리규정 제77조의 규정을 보면 세무서장은 신고서 접수시 접수증을 사업자에게 즉시 교부하도록 규정하고 있으나 청구법인은 접수증을 수취하지 않았을 뿐만아니라 접수대장에 등재되어 있지 않고 신고당시 처분청이 신고실적 집계용으로 작성한 속보용 신고실적집계표에도 등재되어 있지 아니한 것으로 보아 매출·매입세금계산서합계표 미제출가산세 및 영세율과세표준 신고불성실가산세를 적용한 처분청의 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 1998.2기 예정분 부가가치세 신고서를 처분청에 접수하였는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제18조 제1항에는 “사업자는 각 과세기간중 다음에 규정하는 기간의 종료후 25일이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다”라고 규정하고 있고,

국세기본법 제85조의 4에는 “납세자 또는 세법에 의하여 과세자료를 제출할 의무가 있는 자로부터 과세표준신고서·과세표준수정신고서 또는 과세표준신고·과세표준수정신고와 관련된 서류 및 기타 대통령령이 정하는 서류를 제출받는 경우에는 세무공무원은 납세자등에게 접수증을 교부하여야 한다. 다만, 우편신고등 대통령령으로 정하는 경우에는 접수증을 교부하지 아니할 수 있다”라고 규정하고 있으며,

같은법시행령 제65조의 8 제2항에는 “법 제85조의 4 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 경우’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다”라고 규정하면서, 그 2호에 “납세자가 과세표준신고서등의 서류를 세무공무원을 경유하지 아니하고 지정된 신고함에 직접 투입하는 경우”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 1998.10.18 EXCEL file로 작성하였다는 쟁점신고서, 청구외 주식회사 OO뱅크가 보관중인 청구법인의 신고서 제출업무 대행 CHECK LIST, 쟁점신고서를 처분청에 접수하였다는 청구외 OOO의 확인서 등을 제시하며 쟁점신고서를 처분청에 접수하였다고 주장하고 있으나,

청구법인이 제시하고 있는 EXCEL file과 CHECK LIST는 청구법인 및 신고대행업체인 청구외 주식회사 OO뱅크의 내부 문서에 불과한 점, 위 확인서는 주식회사OO뱅크의 직원으로 쟁점신고서를 접수하였다는 당사자인 청구외 OOO이 작성한 것이라는 점 등으로 보아 청구법인이 제시한 위 자료들은 청구법인이 쟁점신고서를 접수하였다고 인정할 수 있는 객관적인 증거자료로 보기는 어렵다 할 것이고, 또한 처분청이 부가가치세 신고시 신고실적 집계용으로 작성한 속보용 신고실적집계표에 쟁점신고서의 접수 사실이 등재되어 있지 아니하며, 국세통합시스템(TIS)의 부가가치세 신고서조회에서도 나타나지 않는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점신고서를 처분청에 접수하였다는 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다 할 것이다.

따라서 청구법인이 1998.2기 부가가치세 예정신고를 하지 아니한 것으로 보아 처분청이 매출·매입세금계산서합계표 미제출가산세 및 영세율과세표준 신고불성실가산세를 적용한 처분에 달리 잘못이 없다 할 것이다.

라. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.