처분청은 청구법인이 공식장부외에 별도로 비치하고 있는 잡기장의 기록과 청구법인의 대표이사의 “중개수수료 수입누락 확인서”를 징취하여 91사업년도(91.1.1～12.31) 및 92사업년도(92.1.1～12.31)의 법인소득금액에 332,272,727원 및 597,136,363원을 각각 가산하고, 각 년도 해당금액을 대표자 상여처분하였으며, 또한 91년 제2기 부가가치세 및 92년 제1기 부가가치세 과세표준에 332,272,727원 및 597,136,363원을 각각 가산하여 93.11.1 청구법인에게 다음과 같이 법인세, 부가가치세 및 갑근세(원천징수 불이행분)를 경정고지하였다.

(단위: 원)

청구법인은 이에 불복하여 93.12.28 심사청구 및 94.4.25 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구법인은 81.1.13 설립된 선박대리점 및 해운중개업을 영위하는 법인으로서 자본금 1억5천만원에 종업원 10명 정도의 영세기업으로서 그 동안 법인세 등을 성실히 신고납부하여 왔는데 처분청은 청구법인이 경영참고자료로 보관하고 있는 잡기장에 적어 놓은 수치들중 몇 건을 발췌하여 중개수수료 수입이 누락된 것으로 간주하여 과세하였으나,

(2) 청구법인이 비치하고 있는 잡기장은 거래선사의 자금흐름 실태를 파악함으로써, 운송계약을 맺은 선주회사가 운송비 등을 수령하고 잠적 또는 도산하거나 화물을 분실 또는 빼돌리는 등의 위험행위가 발생할 우려에 대비하고자 하는 것이고, 만약 위와 같은 경우가 발생하면 청구법인은 해운중개수수료를 받지 못하는 것은 물론, 때로는 손해배상을 해야 하는 경우도 있으며,

(3) 청구법인의 대표이사가 “중개수수료 수입누락” 확인서를 작성하게 된 경위는 조사관서인 서울지방국세청에서 청구법인의 모든 서류를 영치하고 강압적인 조사를 함으로써 청구법인의 장부를 토대로 하여 제대로 설명할 수도 없었고, 조사기간중 회사의 운영실태 및 해운중개업의 운영실태를 소상히 설명하였으나, 조사공무원은 적출위주로만 조사에 임하여 그 설명을 들어주지도 않았으며, 대표이사 개인의 재산조사, 금융조사 등 온갖 조사를 다하여도 대표이사 개인이 회사돈을 인출해 간 사실이 없음을 확인한 바 있는데도 40여일간의 조사를 통하여 피조사자로서 지친 상태였고, 회사업무도 마비상태에 이르러 언젠가 진실은 밝혀질 것이라는 것을 믿고, 조사공무원의 요구대로 확인서를 작성해준 것인데 이를 근거로 과세를 하는 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 선박으로 화물을 운송하려는 화주와 국·내외의 화물선을 소유한 선주간에 선박항행에 관련된 계약·용선 및 집하 등의 업무를 대리하여 중개·알선·주선하고 받는 수수료수입을 목적으로 하는 업체로서 이 건 서울지방국세청 조사당시 91.8.12자에 외국용선회사인 OOOOO사에서 수령한 것으로 보이는 50만불을 91.8.20 외국환매입하여 운용한 사실이 확인되고, 91.2.12자 및 92.2.22자에 각각 현금수령한 4만불 및 청구법인의 대표이사 OOO 수령액 31만불과 92.5.26 현금전도금 50만불을 대표자가 인출한 것이 기록에 의하여 확인되며, 이에 대하여 청구법인의 대표이사 OOO이 중개수수료 수입누락으로 확인서를 작성한 사실이 있으며, 청구법인은 위 외화입금액에 대한 용도·내역·거래은행 및 구좌와 기타 관련증빙을 제시하지 아니하고 있고, 해외용선회사인 OOOOO사의 수입으로 볼 수 있는 구체적인 사유가 없으므로 청구법인에게 위 외화수입금액에 대하여 과세한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 이 건 조사관서(서울지방국세청)의 당초조사 의견을 보면 다음과 같다.

청구법인이 기록한 은행구좌거래사항은 청구법인이 선박의 항행과 관련된 계약·용선 및 집하 등의 업무를 수행하고 그 결과로 청구법인에게 귀속된 수익비용의 기록으로서 차변은 선박항행과 관련된 용선료, 항비, 수수료 등의 비용(자금감소)을 대변은 운임수입(자금증가)을 기록하여 은행계좌 잔액을 파악하고 있으며, 이 은행계좌차변에 기록된 91.8.12 $500,000, 92.2.21 $40,000, 92.2.22 $310,000, 92.5.26 $500,000은 특별한 명목없이 출금된 것으로 청구법인의 대표이사로부터 수입금액누락 확인서를 징취하여 과세한 것이므로 당초 처분은 정당하다는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 청구법인이 중개수수료를 91사업년도(91.1.1～12.31)에 332,272,727원, 92사업년도(92.1.1～12.31)에 597,136,363원, 합계 929,409,090원(부가가치세 제외금액)을 수입금액 누락시킨 것으로 보아 법인세, 갑근세 및 부가가치세를 과세한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령

(1) 법인세법 제32조 제2항 제1호의 규정에 의하면『정부는 법인세법 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 “신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때”에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다』고 되어 있다.

(2) 법인세법시행령 제94조의 2 제1항 본문에서는 “법인세의 과세표준을 신고하거나 법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 다음 각호의 규정에 의한다(이하 생략)”고 규정하고 있고, 제1호 본문에서는 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다”고 규정하고 있고, (나)목에서는 귀속자가 사용인(임원을 포함한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 규정하고 있다.

(3) 부가가치세법 제1조 제1항에서는『부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입』이라고 규정하고 있고,

같은법 제13조 제1항 본문에서는『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다』고 규정하고 있으며, 제1호에서는 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 이 건 청구법인이 비치하고 있는 잡기장의 내용을 보면 다음과 같다.

월일난은 “거래일자”, 선명난은 화물을 운송하는 “선박명”, 내역난은 “운임수입, 용선료지급, 연료비 등 항비지급 등 입금 및 출금내용”을 기재하고 있고, 차변난은 지급액(출금)을 기재하고 대변난에는 수입금액(입금)을 기재하고 있으며, 잔액난은 그날 현재의 시재액을 표시하고 있다.

또한, 차변 및 대변난의 출금 및 입금액에 대하여는 청구법인의 대표이사가 날인한 사실이 확인된다.

(2) 청구법인의 대표이사가 작성한 “중개수수료 수입누락” 확인서를 보면 다음과 같다.

위 확인서상의 금액은 잡기장상의 내용중 차변금액(출금)중 91.8.12 Refund $500,000, 92.2.21 For Cash Advance $40,000, 92.2.22 S.J.L $310,000, 92.5.26 Cash Transferred $500,000을 원화로 환산한 금액임이 확인된다.

또한, 잡기장상의 금액은 그 내역이 운임수입, 용선료, 항비 등으로 구체적으로 기재되어 있으나, 위 확인서상의 금액은 그 지출내역이 기재되어 있지 아니한 것을 알 수 있다.

(3) 처분청이 과세근거자료중의 하나로 제시한 “용선계약서” 및 “화물운송계약서” 각 1매의 내용을 보면, 청구법인이 선주회사(OOOOO OOOOOOOO OOOOOOO)로부터 선박(OOOOO)을 용선하여, 화주(OOOOO OOOOOOOOO OOO)와 92.1.23 화물운송계약을 체결한 것으로 나타나고, 또한, 당심에서 잡기장상의 용선료지급 내용중 선주회사가 내국법인인 청구외 OO상선주식회사에 조회하여 확인한 내용을 보면, 위 OO상선주식회사는 자기소유 선박인 “OOOO”를 92.7.9 OOOOOOO OOOOOOOO에 용선계약한 것으로 되어 있고, 동 용선계약서의 내용을 보면, 청구법인은 동 계약의 이행을 전부 보증하는 것으로 되어 있으며, 위 계약서상에 용선자인 OOOOOOO OOOOOOOO측의 서명은 청구법인의 대표이사가 한 사실이 확인된다.

(4) 한편, 잡기장의 대변에 기재되어 있는 운임수입금액에 대하여 1.25%～2.5% 상당의 중개수수료를 청구법인이 공식장부에 계상하고 세무신고를 한 사실은 확인된다.

라. 적용 및 판단

관계법령과 위의 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인은 잡기장의 내용이 거래선사들의 자금흐름상태를 파악하기 위한 참고사항에 불과한 것이고, 그 입출금의 구체적인 내용은 알 수 없으며, 또한 알 필요도 없다고 주장하고 있으나, 입·출금 상황에 대하여 청구법인의 대표이사가 일일이 날인하여 확인하고 있고, 처분청이 제시한 용선계약서 및 화물운송계약서를 보면, 청구법인이 직접 선박을 용선하여 화주와 화물운송계약을 체결한 것으로 되어 있으며, 또한 청구법인의 대표이사가 잡기장상의 출금상황중 뚜렷한 명목없이 지출된 금액에 대하여 “중개수수료 수입누락”으로 확인하고 있는 점, 당심에서 위 확인서상 금액을 청구법인의 대표이사가 인출한 것이 아니라면 그 구체적인 내용을 입증할 것을 청구법인에게 요구하였으나, 내용을 모른다고만 일관할 뿐 그 내용을 밝히지 못하고 있는 점 등으로 보아 청구법인의 대표이사가 확인한 위 확인서상의 금액을 청구법인의 수입금액 누락으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.