청구법인은 1991.9.4. 개업하여 인터넷관련 소프트웨어와 컴퓨터관련 장비를 개발·판매하고 있는 벤처기업으로 1999.1.1.～2001.12.31. 사업년도 법인세신고시 청구법인이 운영하는 기업부설연구소(이하 쟁점연구소 라 한다)에서 지출한 인건비 등 144,445,408원(이하 쟁점인건비등 이라 한다)에 대하여 조세특례제한법 제10조 제1항에 의한 기술 및 인력개발비세액공제를 하였다.

한편, 청구법인은 OOOOOOOOO. 위 기업부설연구소에 대하여 기술개발촉진법 제16조의 규정에 따라 OOOOO장관의 위임을 받은 OOOOOOOOOO에 기업부설연구소의 신고를 하여 2002.3.29. 기술개발촉진법시행령 제15조 제1항에서 규정한「기업부설연구소인정서」를 발급 받았다.

처분청은 기술 및 인력개발비 세액공제 대상인 기술·인력개발비란 기술개발촉진법 시행규칙 제5조의 규정에 의해 OOOOO장관에게 신고한 기업내 부설연구서에서 지출한 개발비를 말하는 것인데, 청구법인이 위 신고하지 아니함으로서 기술 및 인력개발비 세액공제 요건을 미비하였다 하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제하고 2003.7.21. 청구법인에게 법인세 185,425,650원(1999사업연도 23,425,930원, 2000사업연도 20,613,800원, 2001사업연도 141,385,920원)을 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.10.18. 이의신청을 거쳐 2004.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 기술 및 인력개발비 세액공제의 요건을 규정하고 있는 구 조세감면규제법 시행규칙 제7조는 기술 및 인력개발비 세액공제 대상 기업부설연구소에 대한 OOOOO장관에게의 신고를 임의요건으로 규정하였다가 1998.3.21. 강화하여 개정하였으나, 위 개정당시 그 위임근거인 구 조세감면규제법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조의 규정은 개정되지 않았다. 그러하다면 위 개정된 시행규칙은 모법의 위임 없이 당해 세액공제의 요건을 축소·제한한 것이므로 동 시행규칙은 조세법률주의에 위배된 규정이고, 따라서 동 규정에 근거하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 위(1)에서 기업부설연구소에 대한 OOOOO장관에게의 신고는 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항이 2002.3.30. 개정됨으로서 기술 및 인력개발비세액공제의 필수요건으로 변경된 것이다. 따라서 위 시행규칙 개정 전의 과세연도인 이 건 1999～2001 사업연도분에 대해 기업부설연구소의 신고요건이 미비하였다는 이유로 기술 및 인력개발비세액공제를 배제한 처분은 위 개정된 규정을 적용한 것이므로 소급과세 금지원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 실질적으로 기업부설연구소를 운영하면서 발생된 연구 및 인력개발을 위한 비용이라 하더라도, 청구법인이 동 비용이 발생된 이후인 OOOOOOOOO.에야 기업부설연구소에 대한 신고를 하였으므로 쟁점 인건비등은 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항의 “대통령령이 정하는 비용”에 해당하지 아니하고, 따라서 이 건 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 정당하다.

(2) 위(1)에서 기업부설연구소에 대한 OOOOO장관에게의 신고는 1998.3.21. 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항에 규정되어 있으므로, 기술 및 인력개발비세액공제를 배제한 근거를 2002.3.30. 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제6조 제1항으로 보아 이 건 처분이 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구법인의 주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 구 조세감면규제법 시행규칙 제7조가 기술 및 인력개발비세액공제 대상 인건비를 이전에는 단순히 기업의 연구개발전담부서로 되어 있던 것을 1998.3.21. OOOOO장관에게 신고한 기술개발전담부서로 요건을 강화하여 개정하였으나 위 개정당시 그 위임근거인 구 조세감면규제법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조가 개정되지 아니함으로서 위 개정된 시행규칙이 조세법률주의에 위배된 것인지 여부

(2) 기술 및 인력개발비 세액공제에 있어 위(1)의 기업부설연구소(2002.3.30. 기업부설연구소가 추가됨)에 대한 신고가 필수요건으로 규정된 것이 1998.3.21. 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제7조인지, 아니면 2002.3.30. 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제6조인지

나. 관련법령

국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

조세특례제한법 제10조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하“기술 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 받을 수 있다. (이하 생략)

조세특례제한법 시행령 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표6의 비용을 말한다.(1998.12.31.개정)

조세제한특례법 시행령 별표 6

1. 기술개발

가. 자체기술개발

① 전담부서에 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

조세특례제한법 시행규칙 제7조 (연구 인력개발비의 범위)

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목①에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

조세특례제한법 시행규칙 제6조(연구 및 인력개발준비금의 사용기준)

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 "재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 OOOOO장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다

구 조세감면규제법 시행규칙 제7조【기술·인력개발비 및 연구시설용 시설의 범위】

① 영 별표 3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서 라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발 전담부서(이하 전담부서 라 한다)를 말한다. (1995. 4. 1. 개정)

* 위의 같은 법 시행규칙 제7조 제1항은 1998.3.21. 개정시 신고요건이 추가되었음

조세특례제한법 시행규칙 제7조【기술·인력개발비 및 연구시설용 시설의 범위】

① 영 별표 3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 OOOOO장관에게 신고한 기업의 연구개발 전담부서(이하 “전담부서” 라 한다)를 말한다.(1998. 3.21. 개정)

※ 구 기술개발촉진법 시행규칙 제5조【기업의 연구개발전담부서의 신고등】③ 과학기술처장관은 조세, 금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.(1994. 7.18.개정)

구 조세특례제한법 시행규칙 제7조【기술·인력개발비의 범위】

① 영 9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다(1999. 4.26.개정)

조세특례제한법 시행규칙 제6조【기술개발준비금의 사용기준】

① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서 라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 OOOOO장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서(이하 전담부서 라 한다)를 말한다. (1999. 4. 26 개정)

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자" 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (1999. 4. 26 개정)

기술개발촉진법 제16조【권한의 위임·위탁】OOOOO장관은 이 법의 규정에 의한 권한의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 과학기술진흥관련업무를 행하는 기관 또는 단체의 장에게 위임하거나 위탁할 수 있다.(2001. 5.24.개정)

기술개발촉진법 시행령 제15조【특정연구개발사업참여기관 등의 기준】

① (중략) “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, OOOOO령이 정하는 사항을 신고하여 OOOOO장관의 인정을 받은 기관을 말한다.(2001. 7.16. 개정) (이하 생략)

구 기술개발촉진법 시행령 제14조【기업부설연구소의 기준 등】(2001. 7.16. 개정전)

① (중략) “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 구분에 의한 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 총리령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술처장관의 인정을 받은 기관을 말한다.(1999. 5.13. 개정)

(이하 생략)

기술개발촉진법 시행규칙 제8조【기업내의 연구개발전담부서에 대한 지원】

① OOOOO장관은 제7조의 규정에 의한 기업부설연구소 외에 다음 각호의 요건을 갖추고 OOOOO장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서” 라 한다)에 대하여 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있다.(2001. 7.20. 개정) (이하생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)

(가) 청구법인은 1999.1.1.～2001.12.31.사업연도 법인세신고시 쟁점연구소 관련 인건비 등 144,445,408원에 대해 기술 및 인력개발비세액공제를 하는 한편, 위 과세기간 이후인 2002.3.29. 기술개발촉진법 제16조의 규정에 따라 OOOOO장관의 위임을 받은 OOOOOOOOOO로부터 동 연구소에 대한 기업부설연구소인정서를 발급(OOOOOOOOO. 신고)받았음이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(나) 청구법인은 1998.3.21. 조세특례제한법 시행규칙 제7조(본 시행규칙은 1999. 4. 26.자로 조세특례제한법 시행규칙 제6조와 제7조로 나뉘어 법률조항이 변경되었다.)의 개정으로 기업부설연구소에 대한 OOOOO장관에게의 신고요건이 강화되어 기술 및 인력개발비세액공제의 요건을 축소·제한하고 있으나 그 위임근거인 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조의 규정은 개정된 것이 없으므로 동 시행규칙 7조는 모법의 위임 없이 당해 세액공제 요건을 축소·제한하여 조세법률주의에 위배되었다고 주장하여 이를 살펴본다.

이 건 법인세 납세의무성립전 구 조세감면규제법 시행규칙 제7조(기술·인력개발비 및 연구시설용 시설의 범위) 제1항의 규정에 의하면 총리령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발 전담부서 를 말한다고 규정하여 동 연구개발 전담부서가 단순히 당시 시행중인 구 기술개발촉진법 시행규칙 제5조의 요건을 갖추기만 하면 세액공제가 가능한 연구개발 전담부서로 될 수 있었던 것을 이 건 납세의무성립 당시인 1998.3.21. 개정된 구 조세감면제한법 시행규칙 제7조 제1항의 규정에 의하면 기업의 연구개발 전담부서라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조의 규정에 의하여 OOOOO장관에게 신고한 기업의 연구개발 전담부서를 말한다 고 하여 모법인 조세특례제한법 제10조 제1항 및 같은법 시행령 제9조의 위임범위 이내에서 세액공제요건의 대상을 보다 구체적으로 한정한 것이므로 이를 조세법률주의에 위배되었다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)

청구법인은 기술 및 인력개발비 세액공제 대상 기업부설연구소에 대해 조세특례제한법 시행규칙 제6조 제1항은 1998.3.21. 개정당시「 기술개발촉진법 시행규칙 제5조의 규정에 의하여 OOOOO장관에게 신고한 기업의 연구개발 전담부서」라고 규정하였다가 2002.3.30. 「기술개발촉진법 시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 OOOOO장관에게 신고한 기업내의 연구개발 전담부서」라고 개정하여, 기업내의 연구개발 전담부서의 신고요건이 2002.3.30.에야 임의규정에서 강행규정으로 개정되었는 바, 위 강행규정으로의 개정전 과세연도인 이 건 1999～2001사업연도분에 대해 연구개발 전담부서의 신고요건이 미비하였다는 이유로 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제한 처분은 2002.3.30.개정된 조세특례제한법 시행규칙 제6조 제1항을 적용한 것이 되어 소급과세 금지원칙을 위배된다는 것이나, 쟁점(1)에서 본 바와 같이 1998.3.21. 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항에서는 기업부설연구소에 대하여는 별도의 규정없이 기술개발 전담부서로만 규정하고 있다가, 2002.3.30. 위 규칙개정시 기업부설연구소에 대하여 기술개발전담부서와 따로 규정하면서 OOOOO장관에의 신고요건을 동일하게 규정한 것으로 2002.3.30. 이전에 설립된 기업부설연구소라 하더라도 이는 기술개발 전담부서와 동일하게 신고의무가 있는 것으로 보아야 하며 기업부설연구소에 대한 신고요건이 2002.3.30.에야 임의규정에서 강행규정으로 개정되었다고 주장하는 것은 잘못된 법해석이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.