가.청구인은 2010.8.9. OOO와 인접한 같은 동 249-3 토지 658.3㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상건물 221.16㎡(이하 “이 건 건물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO에취득하고, 처분청으로부터 구「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1호의 종교용 부동산이라 하여 취득세 등을 비과세받았다.

나. 청구인은 이 건 부동산의 취득일부터 3년 이내인 2013.8.2. 이 건 건물을 멸실하여 이 건 토지를 교회주차장으로 사용하다가 2013.10.2. 재단법인 OOO(이하 “이 건 재단법인”이라 한다)에게 증여하고, 2013.11.7.기 감면받은 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 처분청에 신고한 후 2013.12.5. 경정청구를 하였다.

다.처분청은 청구인이 이 건 토지를 이 건 재단법인에게 증여한데 대하여 2년 이상 종교용에 직접 사용하지 아니하고 정당한 사유 없이 매각한 것으로 보아2013.12.9. 청구인에게취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 무납부고지한 후, 2014.1.2. 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.1.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 건 토지를 2013.10.2. 청구인 교회가 소속되어 있는 이 건 재단법인에게 증여한 것은 2013.7.12. 「부동산 실권리자 명의 등기에 관한 법률」제8조가 개정되어 종교단체의 명의로 그 산하조직이 보유한 부동산에 관한 물권을 등기하는 명의신탁이 합법화됨에 따라 2013.8.5. 청구인이 설립한 이 건 재단법인에게 명의신탁하면서 편의상 등기원인을 증여로 한 것일 뿐, 실제는 합법적인 명의신탁 등기를 경료한 것으로서 청구인과 이 건 재단법인의 내부적 관계에서는 청구인의 소유로 보아야 하므로 구「지방세법」상 추징대상으로 보는 것은 부당하다 하겠고, 이 건 토지를 이전한 후에도 여전히 청구인 교회의 주차장으로 이용하고 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 부당하며, 설령, 이 건 토지의 명의상 이전행위가 추징대상이라 하더라도, 청구인이2010.8.9. 이 건 부동산 취득 당시 매도자 박철현과 임차인OOO과의 임대기한 미도래 및 건물 명도소송 등으로 이 건 건물을 주차장 용도로 사용하지 못하다가 소송확정으로 명도를 받아 이 건 건물을 멸실하고 2013.10.2. 이 건 토지에 대하여 증여를 원인으로 청구인이 소속되어 있는 이 건 재단법인에게 증여한 후 청구인 교회의 주차장으로 사용하였는바, 이는 이 건 건물을 청구인이 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하고, 이 건 토지 중 이 건 건물의 바닥면적(221.16㎡)을 제외한 나머지 토지부분(437.14㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득한 후 2년 이상 청구인의 주차장으로 사용하였음에도 이 건 토지 전체에 대하여 추징대상으로 본 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 이 건 부동산을 청구인이 소속된 이 건 재단법인에게 신탁하면서 편의상 등기원인을 증여로 하였다고 주장하나, 증여 당시 당회결의서나 이사회의사록의 기록을 보면, 증여에 의한소유권 이전이 명백하다 할 것이며, 취득세는 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득 행위 자체를 과세객체로 하는 것이므로 실질적인 소유권이 소속 교회에 있다고 하더라도 청구인과 다른 등록번호를 부여받은 이 건 재단법인이 증여로 취득하여 새로운 소유자로 이전등기하였으므로 이는 이 건 재단법인이 종교용으로 새로이 취득한 것으로 보아야 할 것인바, 청구인이 이 건 토지를 증여한데 대하여 추징대상으로 본 것은 정당하며,청구인은 이 건 건물의 바닥면적을 제외한 나머지 토지부분(쟁점토지)을 2년이상 주차장으로 사용한 후 증여를 하였다고 주장하나, 토지의 사용용도는 토지에 건축된 건물의 사용용도에 따라 판단하는 것(대법원 2013.3.14. 선고, 2012두25200 판결, 같은 뜻임)인바, 이 건 건물에서 운영 중이던 OOO(이하 “이 건 사업장”이라 한다)의 폐업일은 각각 2013.8.5.과 2013.1.10.인 사실이 사업자등록증으로 확인되므로 쟁점토지를 2년 이상 교회 주차장으로 사용하였다는 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 종교용에 사용할 목적으로 부동산을 취득하여 취득세 등을 비과세 받은 후 청구인이 설립한 재단법인에게 당해 부동산을 증여한 경우, 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세)① 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령

제79조(비영리사업자의 범위)① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2010.8.9.OOO와 인접한이 건 부동산을 취득한 후 처분청에 교회의 부속 주차장 등으로 사용하겠다는 당회결의서 및 감면신청서를 제출하여 취득세 등을 비과세받았다.

(2) 청구인은 2010.8.15. 쟁점토지를 교회의 주차장으로 사용하는 ‘주차장 운영규정’를 마련하였는바, 그 내용을 보면, 주차관리인(이OOO)을 선임하여 선교용 차량과 예배참석자 차량을 무료 주차하도록 하고, 예배가 없는 날에는 인근 주민에게 무상주차할 수 있도록 되어 있다.

(3)청구인은 이 건 건물 내에 소재한 이 건 사업장 중정OOO이당초 매도자와의임차기간이만료된2012.1.25.명도를 하지 아니하자 2012.2.27. 명도소송을 제기하여 2012.11.16. 화해권고 결정을 받아 2013.1.10. 폐업되었고,임차인 김OOO에 대하여는임차기간이 완료된 2011.11.29. 명도를 하지 아니하여2012.2.7. 명도소송을 제기한 후 2012.10.24.승소하였으며, 임차인의 항소제기에 대하여 2013.5.8. 기각결정으로 2013.8.5. 폐업된것으로 나타난다.

(4) 청구인은 2013.8.5. 처분청에 이 건 건물의 멸실·철거일자를 2013.8.2.로 하여 건축물대장 말소신청을 하였고, 2013.9.4. 건축물대장이 폐쇄되었다.

(5) 이 건 재단법인인 OOO는 2013.8.2. 청구인 교회의 담임목사인 조OOO을 대표자로 하고, 청구인 교회의 교직자를 이사로 하여 OOO로부터 법인설립 허가를 받았는바, 재단법인 설립허가증상의 사업내용과 정관을 보면, 다음과 같이 나타난다.

(가) 법인의 사무소는 OOO으로 되어 있다.

(나) 사업목적은 예수그리스도의 복음을 널리 전파하고, 법인과 청구인 산하 각 소속교회OOO 및 기관의 재산을 소유, 보존, 유지관리함을 목적으로 한다고 되어 있다.

(다) 사업내용은 ① 교회설립 및 지원 운영, ② 국내전도와 해외선교, ③ 재산의 취득, ④ 본 법인과 산하 각 소속교회OOO 및 기관재산의 소유, 보존, 유지관리 및 무상임대, ⑤ 기타 법인의 목적달성에 필요한 사업으로 되어 있다.

(6)청구인이 제출한 당회결의서(2013.7.23.)에서재단법인에게 교회재산을 명의신탁하는 것이 합법화 되었으므로 청구인 교회가 이 건 재단법인을 설립하기로 의결하였으며,이 건 재단법인의 이사회 결의서에서청구인 소유의 이 건 토지 등 4건의 부동산을 2013.10.2. 증여를 원인으로 이 건 재단법인에게 증여하여 보통재산으로 유지관리하기로 의결하였고, 2013.10.8. 위 부동산에 대하여 소유권이전등기를 경료하였다.

(7) 처분청이 2013.8.5. 이 건 부동산에 현장조사를 실시한 후 작성한 비과세·감면 사실조사서와 첨부된 사진을 보면, 청구인이 이 건 토지상의 이 건 건물을 멸실한 후 교회주차장으로 사용중이라고 되어 있다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구 「지방세법」 제107조 본문 단서 및 제127조 제1항 단서에서 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산을 취득·등기한 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 등을 부과하는 것으로 규정한 취지가 비영리사업자가 당해 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 다른 용도로 사용하거나 매각함으로써 비과세의 목적이 상실되는 경우 비과세한 취득세 등을 추징함으로써 과세형평을 도모하고자 하는 것으로서, 청구인은 2010.8.9. 이 건 부동산을 취득하여 이 건 건물 내 임차중인 이 건 사업장에 대하여 명도소송을 거쳐 명도를 받아 건물을 멸실하고 주차장으로 사용하다 청구인이 설립한 이 건 재단법인에게 2013.10.2. 이 건 토지를 증여하여 당초 취득목적대로 교회 주차장으로 사용하고 있는 사실이 나타나는바, 이는 위 규정에서 취득세 등의 추징대상으로 규정한 ‘매각하거나 다른 용도로 사용’하는 경우와는 다르다 할 것(대법원 2008.3.14. 선고, 2008두1160 판결, 같은 뜻임)이므로, 이러한 경우까지 비과세한 취득세 등을 추징하는 것은 공익을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 목적 사업에 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산에 관하여 취득세 등을 비과세하는 입법취지에 벗어난다 할 것(조심 2009지299, 2009.12.14., 같은 뜻임)이다.

따라서, 처분청이 이 건 토지를 이 건 재단법인에게 증여한 행위에 대하여 취득세 등의 추징대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.