청구법인과 청구외 OOO, OOO은 아래의 부동산을 청구외 공무원 및 사립학교교직원 의료보험관리공단(이하 “이 건 관리공단”이라 한다)에 1992.12.30 양도하고 청구법인 소유 부동산에 대한 양도가액을 한국감정원의 감정가액(토지 320,620,000원, 건물 2,874,979,000원)으로 하여 이에 대한 법인세(특별부가세)를 신고납부하였다.

처분청은 청구법인이 신고한 양도가액중 토지의 가액을 부인하고 위 부동산의 총매매가액 5,184,599,000원중 토지의 가액 2,309,620,000원을 각 토지의 개별공시지가로 안분 계산하여 청구법인 소유 토지의 가액을 427,296,855원으로 하고 청구법인이 신고한 가액 320,620,000원과의 차액 106,676,855원을 익금가산하여 1992사업년도(1992.1.1～1992.12.31)분 법인세 89,391,920원을 1993.11.16 청구법인에 경정결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1994.1.17 심사청구를 거쳐 1994.5.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

“이 건 관리공단”과 1992.12.22 체결한 부동산매매 가계약 내용에 따라 한국감정원 대전지점이 평가한 가액으로 구분하여 매매본계약을 체결하고 법인소유 부동산의 가액 3,195,599,000원(토지 320,620,000원, 건물 2,874,979,000원)을 법인의 수익으로 계상하여 법인세를 적법하게 신고·납부하였음에도 이를 부인하고 공시지가로 안분계산하여 법인세를 과세하는 것은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

① 청구법인 및 위 OOO, OOO과 거래상대방 의료보험관리공단간은 특수관계가 아니므로 개별공시지가보다 현저히 높은 가격으로 쟁점토지를 양도하였다고 하더라도 부당행위계산대상이 될 수 없으나 OOO, OOO은 청구법인과 특수관계자인 출자임원으로서 함께 양도한 경우이므로 총 양도가액만 일정하다면 법인과 개인간의 개별필지의 가격을 담합하여 계약내용을 결정할 수 있는 관계로 볼 수 있으며,

② 이 경우 청구법인이나 개인 모두 실지거래가액을 명시한 시가가 있으나 이는 토지부분과 건물부분에 한하여 명백한 것으로 보일 뿐 청구법인과 출자자들 소유 토지간 토지가액에 사회통념상 정상적인 거래가액이라고 보기 어렵게 형평을 잃은 토지가액으로 형성되어 있고,

③ 법인세법 시행령 제124조의 2 제5항의 규정에 의하여 기준시가가 있는 자산의 경우 기준시가에 비례하여 안분계산하는 것으로 인정하고 있어 쟁점부동산중 토지부분의 시가 320,620,000원에 대한 공시지가로 환산한 가액이 427,296,855원으로 그 차액만큼을 청구법인이 청구외 OOO 및 동 OOO에게 자산을 특수관계없는 자를 통하여 법인토지분의 이익을 분여하였다고 인정되고, 시가보다 공시지가로 환산한 가액이 133.3%만큼 상승되었으므로 현저히 높은 가액 106,676,855원을 익금 산입하여 법인세를 과세하고, 임원으로 출자자인 청구외 OOO 및 OOO에게 상여처분함이 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 쟁점은 대전직할시 동구 OO동 OOOOO 대지 377.2㎡의 양도가액을 매매계약서상의 가액인 320,620,000원으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 이 건 부동산의 매매경위를 살펴보면 1992.12.22 청구법인과 청구외 OOO, OOO은 “이 건 관리공단”과 이 건 관련부동산의 매매예정최고 가액을 5,500,000,000원으로 하되 “이 건 관리공단”이 한국감정원에 평가의뢰하여 그 감정가액대로 매매 본계약을 체결하기로 하는 매매가계약을 체결하였으며, “이 건 관리공단”은 위의 매매가계약조건에 따라 한국감정원 대전지점에 이 건 부동산의 평가를 의뢰하여 1992.12.24 아래와 같이 감정을 받았으며,

청구법인 및 위 OOO, OOO과 “이 건 관리공단”은 이 건 부동산의 가액을 한국감정원 대전지점의 감정가액대로 각 부동산별로 구분하여 1992.12.28 매매본계약을 체결하였음이 매매계약서 및 한국감정원 대전지점의 감정평가서에 의하여 확인되고,

청구법인은 법인 소유 부동산가액(토지 320,620,000원, 건물 2,874,979,000원)에 대한 법인세(특별부가세)를 신고·납부하였음이 처분청이 제시한 “법인세 과세표준금액 및 세액경정결의서”에 의하여 확인된다.

한편 처분청은 위 OOO은 청구법인의 대표이사이며 위 OOO은 청구법인의 주주로서 이들은 법인세법 시행령 제46조 제1항에서 규정하고 있는 특수관계 있는 자들이므로 매매계약서에 각 부동산별로 구분표시되어 있는 가액을 그대로 각 부동산의 시가로 인정할 수 없다는 이유로 계약서상의 거래가액을 각 부동산의 공시지가로 안분해서 청구법인 소유 부동산의 매매가액을 다시 계산하여 이 건 법인세를 부과하였음이 확인된다.

살피건대, 부동산의 시가는 위치·면적 도로와의 접면 등 수없이 많은 가격결정 요인들에 따라 정상적인 거래에 의해 형성된 객관적 교환가격을 의미하는 것으로 이 건 부동산의 위치를 보면 청구법인 소유토지는 한면만이 8m 도로에 접하여 있지만 개인이 소유한 토지인 OO동 OOOOO은 40m와 8m, 같은동 OOOOO는 8m와 8m도로의 양면에 접하는 곳에 위치하고 있어 청구법인 소유 토지보다 개인소유토지의 가치가 월등히 높을 수밖에 없음이 지가감정 문외한에게도 충분히 인정될 뿐만 아니라 지가감정전문기관인 한국감정원 대전지점의 청구법인 토지평가가 잘못되었다는 어떠한 증거도 없이 단순히 청구법인 토지와 동시 양도한 연접토지의 소유자들이 청구법인과 특수관계에 있으므로 평가조작이 가능하리라는 짐작만으로 동 감정가격을 부인한 것은 타당하지 아니한 것으로 판단되고,

법인세법 시행규칙 제16조의 2에서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법 시행령 제5조 제2항의 규정에 의하여 개별공시지가에 의한다고 규정하고 있는 바, 이경우 공신력 있는 감정기관의 감정가액이 있으므로 이를 우선 적용함이 마땅하다고 판단된다.

따라서 한국감정원 대전지점의 감정평가금액에 의해 매매계약을 하였는데도 감정평가금액이 부당히 잘못되었다는 증거도 없이 청구법인과 청구외 OOO, OOO이 단순히 특수관계에 있다는 이유만으로 그 감정가액에 의한 거래가액을 부인하고 공시지가로 안분하여 법인세 과세표준을 계산한 당초처분은 적법한 처분이라고 할 수 없고 청구주장은 이유있다고 판단되어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.