가. 청구법인은 2009.7.31. OOOOO OOO OOO OOO 소재 건축물 29,472.73㎡ 및 토지 2,824.40㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOOOOOOO OOOO로부터 매매대금(부대비용 포함) 94,771,567,000원에 취득하고, 같은 날 이 건 취득세 및 등록세를 신고하면서 동 취득가액에 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,895,431,340원 및 등록세 1,895,431,340원 중,「OOOOOO OOOO」제27조 제1항의 규정에 의거 건축물 연면적 29,472.73㎡ 중 임대면적을 제외한 10,571.90㎡(35.87%)에 해당하는 취득세 679,891,220원, 등록세 679,891,220원, 합계 1,359,782,440원을 처분청에 감면신청하였고, 2009.8.3. 처분청은 동 감면신청세액에 대해 지방세 비과세·감면 결정 통지하였다.

나.청구법인은 2009.8.31. 동 감면세액을 제외한 취득세 1,215,540,110원, 농어촌특별세(감면분 포함) 393,510,490원, 등록세 1,215,540,110원, 지방교육세 243,108,020원, 합계 3,067,698,730원을 납부하였다.

다. 청구법인은 동 신고·납부사항에 불복하여 2009.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인은 2009.6.30.을 승인일자로 하여 OOOOOO으로부터 「지역신용보증재단법」제17조 제7호의 의거 기본재산 관리에 부수되는 업무로서의 임대업 승인을 받은 사실이 있는바, 청구법인이 이 건 부동산 중 타인에 임대한 부분도 「지역신용보증재단법」제17조 및 청구법인의 정관상 규정되어 있는 고유업무인 ‘기본 재산의 관리’ 또는 ‘이에 부수하는 업무’ 등에 포함되므로, 「 지방세법」제7조 제1항 및 「OOOOOO OOOO」제27조 제1항에 따라 취득세 및 등록세 등이 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

이 건 부동산에 대한 취득세와 등록세의 감면규정인「OOOOOO OOOO」제27조 제1항에서 “「지역신용보증재단법」에 따라 설립된 OOOOOOOO이 같은 법 제17조 제1호부터 제7호까지의 규정에 따른 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산( 「지방세법」제112조 제2항에 따른 과세대상은 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.”고 규정하고 있으므로, 이 건 부동산의 임대부분이 취득세와 등록세의 면제대상이 되려면, 동 임대가 「지역신용보증재단법」제17조 제1호부터 제7호까지의 규정에 따른 업무에 해당되어야 하나 이에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

OOOOO로부터 승인을 받은 임대사업이「OOOOOOOOOO」제27조 제1항의 청구법인 고유업무에 해당하므로 「 지방세법」제7조 제1항 및 「OOOOOO OOOO」제27조 제1항에 따라 이 건 부동산의 취득 관련취득세 및 등록세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세법

제7조【공익 등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세】① 지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다.

(2) OOOOO세 감면조례(2009.12.31. 조례 제4889호로 개정되기 전의 것)

제27조【신용보증재단에 대한 감면】①「지역신용보증재단법」에 따라 설립된 OOOOOOOO이 같은 법 제17조 제1호부터 제7호까지의 규정에 따른 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산( 「지방세법」제112조제2항에 따른 과세대상은 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 도시계획세와 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(3) 지역신용보증재단법

제17조【업무】재단은 다음 각호의 업무를 행한다.

1. 기본재산의 관리

2. 신용보증

3. 신용조사 및 신용정보의 관리

4. 경영지도

5. 구상권의 행사

6. 제2호 및 제3호의 업무에 부수되는 업무로서 중소기업청장의 승인을 얻은 것

7. 제1호·제4호 및 제5호의 업무에 부수되는 업무로서 시·도지사의 승인을 얻은 것

8. 국가, 지방자치단체, 공공기관 등이 위탁하는 사업 중 소기업등 지원 또는 그에 부수되는 사업으로서 중소기업청장 또는 시·도지사의 승인을 받은 사업

9. 다른 법령에서 재단의 사업으로 정하는 사업

(4) OOOOOOOO설립 및 운영에 관한 조례

제8조【업무】①재단은 다음 각호의 업무를 행한다.

1. 기본재산 및 운영수입의 관리·운영

2. 소기업 등에 대한 신용보증

3. 소기업 등의 신용조사 및 신용정보의 관리

4. 소기업 등에 대한 경영지도

5. 신용보증과 관련하여 재단이 금전채무자가 되어 그 채무를 변제하는 경우의 당해 소기업 등에 대한 구상권 행사

6. 제1호 내지 제5호의 업무에 부수되는 업무로서 시장의 승인을 얻은 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계를 본다.

(가) 이 건 부동산은 OOOOO OOO OOO OOO 소재 건축물 29,472.73㎡(지상 18층 및 지하 5층) 및 토지 2,824.40㎡로 건축물 연면적은 총 29,472.73㎡(8,915.5평)이고, 이 가운데 청구법인의 직접 사용면적은 10,571.9㎡(35.87%)이며 임대면적은 18,900.83㎡(64.13%)로 OOOOO, OOOOO, OOOOOOOOOOOO에 임차하고 있는 것으로 임대차계약서 등에 의해 확인된다.

(나) 2009.7.14. OOOOOO은 청구법인에게 기본재산 관리에 부수되는 업무( 「지역신용보증재단법」제17조 제7호)로서 임대업 승인(승인일자 : 2009.6.30.)을 통보한 사실이 관련 공문에 나타난다.

(다) 2009.7.31. 청구법인은 OOOOOOOO OOOO로부터 매매대금(부대비용포함) 94,771,567,000원에 이 건 부동산을 취득하였고, 건축물 연면적 29,472.73㎡ 중 임대부분 제외 면적분[10,571.90㎡(35.87%)]에 해당하는 취득세 679,891,220원, 등록세 679,891,220원, 합계 1,359,782,440원을 감면신청하였고, 처분청이 2009.8.3. 감면통지(감면신청 세액)한 사실이 관련 공문에 의해 확인된다.

(라) 2009.8.31. 청구법인은 상기 감면통지세액을 제외한 취득세 1,215,540,110원, 농어촌특별세(감면분 포함) 393,510,490원, 등록세 1,215,540,110원, 지방교육세 243,108,020원, 합계 3,067,698,730원을 납부하였다.

(마) 청구법인의 사업자등록증상의 업태는 “금융, 서비스”이며, 종목은 “신용보증, 경영지도, 정책자금융자대상업체 신용평가”이고, 법인등기부 등본상 목적사업은 “1. 기본재산의 관리, 2. 신용보증, 3. 신용조사 및 신용정보의 관리, 4. 경영지도, 5. 구상권의 행사, 6. 제1호 내지 제5호의 업무에 부수되는 업무로서 중소기업청장의 승인을 얻은 것”으로 나타난다.

또한, 청구법인의 정관상 기본재산은 “1. 시의 출연금, 2. 정부의 출연금 또는 보조금, 3. 금융기관의 출연금, 4. 기업의 출연금, 5. 제1호 내지 제4호외의 자의 출연금 또는 보조금, 6. 보증금 등 기타수입”으로 나타난다.

(바) 청구법인은 2007.9.14. 이 건 부동산 취득에 앞서 청구법인이 본점 사옥용 건물을 취득하고 그 일부를 임대하는 경우, 현행「OOOOOO OOOO」제27조 제1항의 규정에 의거 취득세와 등록세를 면제받을 수 있는지 여부를 OOOOOO에게 질의(OOOOOOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)하였고, OOOOOO은 그 임대업무가 「지역신용보증재단법」제17조 제1호 내지 제6호 규정에 의한 업무에 해당되는 경우라면 현행「OOOOOO OOOO」제27조 제1항의 규정에 의거 취득세 등이 면제되는 것이나 이에 해당하는 지의 여부는 과세권자가 구체적인 사실관계를 종합하여 판단하여야 할 사항이라고 2007.9.21. 회신(OOOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)하였다.

(사) 한편, 2009년 청구법인의 총 수입금액은 60,054,009,509원(보증료 수입, 위탁수수료 수입, 본점관련 수입 등)이고 이 건 부동산 취득(2009.7.31.) 후 이 건 부동산 관련 임대료수입금액(2009년분)은 1,345,341,500원(8월～12월분, 1년분 환산금액은 3,228,819,600원)인 것으로 청구법인이 제출한 자료상 나타난다. 이에 따라 청구법인의 2009년 총 수입금액 중 이 건 부동산 임대업 관련 수입의 점유비는순액기준으로 2.24%이고 환산액 기준으로는 5.37%인 것으로 나타난다.

반면, 이 건 건축물의 면적을 기준으로 산출한 임대면적의 점유비는 64.13%(임대면적 18,900.83㎡ / 전체면적 29,472.73㎡)로, 이 건 부동산 면적 중 청구법인이 주된 고유업무에 직접사용하는 비율은 35.87%에 불과한 것으로 나타난다.

(2)「OOOOOO OOOO」(2009.12.31. 조례 제4889호로 개정되기 전의 것) 제27조 제1항에서「지역신용보증재단법」에 따라 설립된 OOOOOOOO이 같은 법 제17조 제1호부터 제7호까지의 규정에 따른 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 하면서, 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고있고, 「지역신용보증재단법」제17조에서 재단은 기본재산의 관리 및 이에 부수되는 업무로서 시·도지사의 승인을 얻은 것, 다른 법령에서 재단의 사업으로 정하는 사업 등을 행한다고 규정하고 있으며,「OOOOOOOO설립 및 운영에 관한 조례」제8조 제1항에서 재단은 기본재산 및 운영수입의 관리·운영 및 이에 부수되는 업무로서 시장의 승인을 얻은 업무를 수행한다고 하고 있다.

(3) 살피건대,청구법인이 OOOOOO으로부터 임대업 승인을 받은 사실이 있다 할지라도, 그 승인 취지가 재단의 효율적인 재산관리 및 위탁업무의 성실한 수행을 위해 재단업무의 목적(소상공인 등의 채무 보증 등을 통한 서울경제 활성화 기여)에 저촉되지 않는 범위안에서 승인한다고 하고 있는 점, 청구법인의 경우처럼 비영리 공공법인이 부동산을 취득하여 비영리사업이 아닌 임대업을 영위하는 것까지 고유업무로 인정하여 세제상 혜택을 부여한다면, 동일한 사업(임대업)을 영위하는 다른 경제주체(영리법인 등)와의 과세취급상 불공평을 초래할 수 있는 점,「OOOOOO OOOO」제27조 제1항 및 「지역신용보증재단법」제17조에서 재단 기본재산의 관리 및 이에 부수되는 업무로서 시·도지사의 승인을 얻은 것을 재단업무로 본다고 규정하고는 있으나, 이 건 건축물 전체 연면적29,472.73㎡중64.13%(18,900.83㎡)는 수익사업인 임대업에 공하고 있는 반면,청구법인이 주된 고유업무에 직접 사용하는 면적은 35.87%(10,571.9㎡)에 불과한 점에서 OOOOOO으로부터 승인받은 임대업은 기본재산의 관리에 부수되는 업무가 아닌 주된 수익업무로 볼 수 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 이 건 건축물 면적 중 청구법인이임대업에 공하는 면적은 감면조례상 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.